תועדה מערכת תת-קרקעית המורכבת מכמה חללים קדומים סמוכים המחוברים במחילות צרות ומפותלות. הכניסה אל המערכת הייתה דרך מסדרון חצוב (A; כ-1.8 × 7.0 מ'; איורים 2, 3), שבדופנותיו שלושה פתחים שהוליכו לחללים תת-קרקעיים (E ,D ,B). תכנית המסדרון והחללים דמוית עלה תלתן, והיא אופיינית לאתרים בשפלת יהודה מהתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה (Kloner and Zissu 2013:50, 52). בדופן הצפונית-מערבית של המסדרון הותקן פתח (1 מ' רוחב, כ-2 מ' גובה) ובראשו משקוף חצוב ומדורג שהוליך לעבר חלל B (כ-6.4 × 8.0 מ'; איור 4). מפתח הכניסה הוליך אל פנים החלל גרם מדרגות חצוב שנחתך במדרגה הרביעית בחציבה מאוחרת; רצפת החלל הועמקה והחלל הוסב כנראה לשמש מחצבה. רצפת החלל כוסתה ברובה במפולות ובסחף אדמה ולכן קשה לקבוע את גובה החלל המקורי (כ-4 מ' גובה ממוצע מראש שכבת הסחף ועד התקרה). הדפנות הדרומית-מערבית והצפונית-מזרחית של החלל קמורים ובדופן הצפונית נראים שרידים של שני מקמרים גבוהים וביניהם אומנת סלע, שהוסרו כנראה בזמן השימוש המאוחר בחלל כמחצבה. במקמר המזרחי הותקנה גומחה (כ-1.2 מ' אורך, 0.8 מ' עומק). בדופן הצפונית-מזרחית של החלל הותקנו שתי גומחות סמוכות וצמוד אליהן נחצבו שתי לולאות קשירה לבהמות; דומה כי הגומחות שימשו אבוסים לחמורים. מדרום לגומחות הותקן פתח רחב וקמור (כ-1.8 מ' רוחב, כ-3 מ' גובה; איור 5), חלקו העליון מוקף במסגרת מוחלקת, והוא הוליך לחלל חצוב (C; כ-3.5 מ' קוטר) שבתקרתו פתח שהוליך לחלל (F) במפלס גבוה יותר. בדופן הדרומית-מזרחית של חלל B, משני צדי הפתח הותקנו שתי גומחות (1.1–1.2 מ' אורך, כ-0.4 מ' עומק). מתחת לגומחה המזרחית נמצאה חרותת של צלב ומעליו האות היוונית Π. גומחות דומות הותקנו בדופן הדרומית-מערבית של החלל. בפינה הדרומית-מזרחית של חלל B נראית פריצה מאוחרת שחיברה אותו לחלל E. על סמך התכנית האדריכלית של חללים B ו-C נראה ששימושם המקורי היה בית בד תת-קרקעי — במקמרים שבדופן הצפונית של חלל B הותקנו שני מתקני סחיטה שהופעלו בקורת עץ ומשקולות. מתקני הסחיטה והבורות שבהם הונחו המשקולות הוסרו בעת הסבת המתקן למחצבה, אולי במהלך התקופה הביזנטית. הגומחה הקטנה בדופן הצפונית היא שריד למתקני סחיטה אלו ושימשה כנראה מגרעת לבסיס קורת העץ של מתקן הסחיטה. יש לשער כי בחלל C, שמתארו עגול, ניצב מתקן פריכת הזיתים. מתקני בית בד דומים בתכניתם נמצאו בעיר התחתונה של מרשה, שם הם תוארכו לסוף המאה הג'–המאה ב' לפסה"נ (Kloner and Sagiv 2003:41–72). בח' בית לויה הסמוכה נחפרה מערכת תת-קרקעית דומה מהתקופה הרומית הקדומה, ובה מסדרון שהוליך למערכת חללים, שתכניתם דמוית עלה תלתן. החלל המרכזי של המערכת שימש בית בד תת-קרקעי וכלל מערכת סחיטה שבה קורה ומשקולת, וכן חדר צדדי מעוגל שבו מתקן פריכה. המערכת הוסבה למחצבה בתקופה מאוחרת ורצפתה הועמקה בכ-3 מ' (גוטפלד 2009; גוטפלד וקלמן תשע"א:175–178). בתי בד תת-קרקעיים דומים מוכרים מאתרים בשפלת יהודה, כגון ח' חזן, ח' עמודה, ח' שם טוב וח' ח'לת קייס (קלונר וטפר תשמ"ז:115–118, 194–197, 226–231, 240–242; קליין וקליין 2015). השימוש בבתי בד מטיפוס זה בשפלת יהודה המשיך גם לאחר חורבן העיר מרשה ובמהלך המאות הא' לפסה"נ–הא' לסה"נ, לפיכך אי אפשר לקבוע אם המתקן שנמצא בחורבת עזרה הוא מהתקופה ההלניסטית או מהתקופה הרומית הקדומה. חרסים אחדים לוקטו בחלל B, בהם שני כנים מהתקופה ההלניסטית או הרומית הקדומה (איור 12:6, 13) ששימשו להחזקת קנקנים, שבר צפחת האופייני לתקופה הרומית הקדומה (איור 10:7) ושבר סיר בישול האופייני למאה הא' לסה"נ ועד לימי מרד בר-כוכבא (איור 6:7). עוד נמצא שבר אגן מקִרטון (איור 16:7).

בדופן הצפונית-מערבית של מסדרון A הותקן פתח (0.7 מ' רוחב, כ-2 מ' גובה) שהוליך לחלל D — בור מים פעמוני שלו גרם מדרגות לולייני ומעקה (איור 8); בורות מים דומים היו נפוצים במרשה ובסביבותיה במאות הג' לפסה"נ–הא' לסה"נ (Kloner and Zissu 2013:58). פתח בתקרה ותעלה צרה שקישרה בין מסדרון A לבור שימשו להזנת מים ולמילוי. שתי מחילות מסתור (d-d ,e-l) ומחילה נוספת במיקום לא נגיש פרצו את חלקו העליון של בור המים ודומה כי אפשרו גישה לבור ושאיבת מים בהסתר בעת השימוש במערכת המסתור, כנראה במהלך מרד בר-כוכבא. התקן דומה של מחילת מסתור שאפשר שאיבת מים בהסתר נתגלה במקומות אחרים בשפלת יהודה, למשל בחורבתעמודה, בחורבת מדרס, בחורבת קנים (קלונר וטפר תשמ"ז) ובחורבת שויכה (זיסו תשס"א:71). מחילה d-d נחצבה בדופן הצפונית-מערבית, במפלס המדרגה העליונה של בור המים (כ-6.5 מ' אורך, כ-0.7 מ' רוחב, 0.85 מ' גובה). המחילה נחצבה לכיוון צפון (לאורך כ-1.5 מ') ולאחר מכן פנתה בזווית של כ-90º למערב; בנקודה זו פרצו חוצבי המחילה את הפינה הדרומית-מערבית של חלל B הסמוך וחיברו ביניהם. מעל פתח המחילה נמצאה חרותת של צלב ומעליה האות היוונית Π (איור 9).
בדופן הצפונית-מזרחית של מסדרון A הותקן פתח שהוליך לחלל E (כ-4.5 × 5.0 מ'). רצפת החלל הייתה מלאה בסחף, אבנים וחרסים רבים, בהם קנקנים (איור 1:6–11), כלי בישול (איור 1:7–5, 7, 8), צפחת (איור 9:7) ונר מקורצף (איור 11:7), שהיו בשימוש בתקופה הרומית הקדומה, בעיקר בתקופה שבין המרידות ברומאים (שליש אחרון של המאה הא'–שליש ראשון של המאה הב' לסה"נ). עוד נמצאו כלי אבן (איורים 12:7–15; 10), המעידים על שימוש בחלל בתקופה הרומית הקדומה ועד לימי מרד בר-כוכבא על ידי אוכלוסייה יהודית (Magen 2002:163–164). חלל E חובר לשלושה חללים (HF) בהסרת חלק מדופנו הצפונית. פיר חסום שימש פתח לחללים G ו-F, ששימשו כנראה מערכת אחסון תת-קרקעית בתקופה הרומית הקדומה (איור 11). שני פתחים צרים שהותקנו בחלקם העליון של הדפנות הצפוניות של חללים F ו-H אפשרו מעבר למערכת אחסון תת-קרקעית סמוכה. למערכת מסדרון כניסה (J) שפתחו נחסם ושני חדרי אחסון (K ,I). חדר K רבוע (1.2 × 1.2 מ') ויוצאת ממנו מחילה (k-k; אורך 3.5 מ') ללא מוצא.
בפינה הדרומית-מערבית של חלל E נחצבה מחילה e-l (כ-9 מ' אורך, 0.6 מ' רוחב ממוצע, 0.9 מ' גובה), שמשנה את כיוונה ב-90º כמה פעמים. המחילה נחצבה מתחת למסדרון A, ולאחר כ-7 מ' פרצה את חלקו העליון של דופן בור המים ובכך אפשרה שאיבת מים בהסתר (ר' לעיל). המחילה הובילה לעבר סדרת חללים תת-קרקעיים (OL) ודומה כי שימשו שתי מערכות אחסון סמוכות שחוברו בעת הסבת המערכת למסתור. הגישה אל חלל L הייתה דרך פיר בתקרת חלל M. נראה כי אל חלל N, שבדופנותיו הותקנו גומחות, נכנסו דרך חלל O — פיר שהוביל אל פני השטח.
 
על סמך התכנית האדריכלית והממצא הקרמי אפשר לשחזר כמה שלבי שימוש במערכת. בשלב ראשון נחצבה מערכת 'בית בד' תת-קרקעית שמתארה דמוי תלתן ובה מסדרון (A), בית בד (C ,B), בור מים (D) וחלל (E); נראה שיש לתארכה לתקופה ההלניסטית או הרומית הקדומה. בשלב שני, סמוך למערכת 'בית הבד' הותקנו בתקופה הרומית הקדומה מחסנים תת-קרקעיים, שהגישה אליהם התאפשרה דרך פירים ומסדרונות צרים (FO). מערכות דומות נתגלו ביישובים רבים משלהי ימי הבית השני ביהודה, למשל בחורבת עתרי (זיסו וגנור תשס"ב:20–21). כנראה שלקראת מרד בר-כוכבא נערכו שינויים במערכת — חיבור כל החללים במחילות צרות ומפותלות, חסימה של פתחי גישה קדומים והתקנת גישה לשאיבת מים בהסתר. יש לשער כי בהכנות המערכת למרד נחסם גם מסדרון A והמעבר בין אגפי המערכת היה דרך חלל B. מתקופה זו נתגלה מכלול קרמי מגוון המעיד על שימוש אינטנסיבי בחללים. בתקופה מאוחרת, אולי הביזנטית, הוסב חלל בית הבד (B) למחצבה — רצפת החלל הועמקה ומתקני הסחיטה של בית הבד הוסרו. חרותות הצלבים שנתגלו בחללים B ו-D מעידות על פעילות במערכת בתקופה הביזנטית, ייתכן התבודדות או חציבת אבני בנייה.