נחפרו 13 שטחים (G–E ,C4–C1 ,B3–B1 ,A3–A1; איור 2), והובחנו בהם כ-130 שרידים קדומים הפזורים על פני השטח, בהם בית חווה, מצודה, ערמות סיקול, מגדלי שדה, קירות תמך של מדרגות עיבוד חקלאיות, דרכים, קירות שדה, גתות וכבשני סיד.

 
מכלול בית החווה (שטח B1)
תועדו טרסות אחדות על גבעה (235.92 מ' מעל פני הים); אחת מהן כנראה מן התקופה ההלניסטית (המאה הג' לפסה"נ). במרכז הגבעה, בשטח טרשי, נמצאו שרידים של גת ביזנטית (שלב תיכון) שביטלה גת קדומה (שלב קדום; לא תוארך). עוד נחשף מבנה המתוארך לתקופה הביזנטית שביטל את הגתות (שלב מאוחר). כן נמצאו ספלולים, בור מים, מערה וכבשן סיד. נראה שכל אלה השתייכו למכלול של בית חווה התחום מדרום בקיר מסיבי שנסמכת אליו חלקלקה בנויה מאבני שדה קטנות; תאריכם אינו ידוע.
שרידי גתות ומבנה. בשלב הקדום נחצבו משטח דריכה (כ-1.5 × 2.0 מ') ותעלה פתוחה שהובילה אל בור איגום במערב, אך זה לא נשתמר. על גבי הסלע ממזרח לתעלה נשתמר באתרו טיח לבן-אפור שסתם כנראה שקע טבעי בפני הסלע כדי לפלס את משטח הדריכה.
הגת שהותקנה בשלב התיכון כללה משטח דריכה רבוע (3.5 × 3.5 מ'; איור 3), בור שיקוע ובור איגום שרוצפו בפסיפס תעשייתי, שהשתמרו ממנו קטעים אחדים. תשתית רצפת הפסיפס ביטלה את התעלה מהשלב הקדום. נראה שבור האיגום הקדום הורחב והועמק ושימש גם בשלב זה. התירוש זרם ממשטח הדריכה לבור השיקוע דרך תעלה צרה (אולי טבעית) שנמצאו בה שרידי טיח. מבור השיקוע זרם התירוש אל בור האיגום דרך נקב עגול בדופן הדרומית שלו.
קירותיו של המבנה שהוקם בשלב המאוחר (כ-7 × 9 מ'; איור 4) הושתתו בחלקם על הסלע ובחלקם על דופנות משטח הדריכה וביטלו אותו. הקירות בנויים מאבני גוויל בינוניות (0.6 × 0.7 מ' בממוצע). נחשף בחלקו קיר שחילק את המבנה לשני חללים (צפוני ודרומי). מדרום-מערב למבנה נחשף חדר שקירותיו בנויים מאבני גוויל ומושתתים על הסלע.
בור מים. כ-15 מ' מדרום-מזרח למבנה נחשף פתחו של בור מים מטויח (כ-5 מ' עומק); הבור לא נחפר. אבן חוליית הבור נמצאה שעונה מעל פתח הבור (איור 5). סמוך לפי הבור הובחן בבור שיקוע עגול חצוב בסלע, ששימש לסינון מי נגר שזרמו במורד הגבעה. סמוך לבור המים ממערב נמצא אגן חצוב בסלע. חור שנמצא בתחתית דופנו הצפונית של האגן שימש אולי לקשירת בעלי חיים לאבוס; אם פקקו אותו,  האגן יכול היה לשמש רהט.
מערה (איור 6). ממזרח למבנה מערה שלה שני פתחים: בצפון-מזרח ובמערב. הפתח המערבי היה חסום באבני גוויל. במערה נמצאה כמות גדולה של עצמות בעלי חיים, וכן חרסים אחדים, בהם שבר של נר מהתקופה האסלאמית הקדומה, וכלי צור. פרט לעצמות בעלי החיים נראה שהממצאים נסחפו אל המערה.
כבשן סיד (כ-2.5 מ' קוטר; איור 7). בחתך בדיקה שנעשה בחלקו הפנימי של הכבשן התברר כי הוא היה מלא באבני גיר צרופות, וכי הדפנות דופנו באבני בנייה רבועות. רק נדבכים אחדים נשתמרו. הכבשן לא נחפר עד קרקעיתו בשל מגבלה טכנית.
 
מתקנים חקלאיים
בשטח A1 (בתוואי כביש הכניסה המתוכנן לשכונה) נחפרו ותועדו גת (איור 8), ספלול וחמישה קירות תמך.
בשטח A2 נחפרו גת, קבר(?), חמש ערמות סיקול (ר' למשל איור 9), שש מדרגות עיבוד וספלול.
בשטח A3 נחפרו שלוש גתות חצובות בסלע, שלושה מגדלי שדה (ר' למשל איור 10), שמונה ערמות סיקול (ר' למשל איור 11), שש קירות תמך, מכלאה וספלולים.
שטח B2 (איור 12) ממוקם על גבעה, ונחפרו בו 16 שרידים קדומים. במדרון המערבי של הגבעה נחשף כבשן סיד גדול חצוב בסלע שהשתמרותו גרועה (איור 13). הכבשן מדופן באבני שדה בינוניות שהשתמרו מהן רק קטעים אחדים. במדרון הצפוני של הגבעה נחשף פתח גדול למערה טבעית (כ-6 × 7 מ'; איור 14); נראה שבעבר הפתח היה חסום באבן. תקרת המערה התמוטטה פנימה ותחתיה נחשפה שכבת שרפה עבה. בחתך בדיקה שנעשה במערה לא נתגלו חרסים וייתכן שהמערה שימשה מאורה לבעלי חיים. בשלוש דפנות יש פתחים צרים למחילות שנוצרו כנראה על ידי בעלי חיים. כן תועדו 11 קירות שדה, מגדל שדה עגול ושתי ערמות סיקול שמתארן עגול.
שטח B3 מאופיין בסלע חשוף וטרשי ובשיפוע דרומה. נחפרו שלוש ערמות סיקול, שני מגדלי שדה, שני קירות תמך של מדרגות עיבוד חקלאיות, שני קירות שדה, שומרה מלבנית ומכלאה.
בשטח C1 נחפרו שתי גתות (ר' למשל איור 15), קטע מדרך קדומה (איור 16), פיר חצוב, שלושה ספלולים, שתי ערמות סיקול ושמונה מדרגות עיבוד חקלאיות.
בשטח C2, 'הבוסתן' שבו גדלים עצי פרי, כגון שקד ותאנה, נמצא מכלול של קירות שדה — שבעה בכיוון צפון–דרום וארבעה בכיוון מזרח–מערב (איור 17) — היוצרים חדרים. פני הסלע מדורגים דרומה, וקירות הרוחב נבנו בחלקם הגבוה. בחתך בדיקה לצד קיר רוחב אחד נמצאה אדמת גן ללא שרידים קדומים שאפשר לתארכם. על פי אופי הבנייה נראה כי הבנייה היא ממאה השנים האחרונות.
בשטח C3 נחפרו שלוש ערמות סיקול ומבנה, אולי מגדל שדה (איור 18).
בשטח C4 נחפרו קיר שדה, שלוש ערמות סיקול וגת (איור 19).
בשטח F נחפרו דרך עתיקה,מגדל שדה עגול (איור 20), מבנה? וארבע ערמות סיקול.
 
המצודה (שטח G)
השטח משתרע בתוך גבולות ההכרזה של חורבת אבידן, על אוכף שממנו עולים לגבעות טרשיות ממערב וממזרח לו. שני ואדיות קטנים יורדים מהאוכף (דרומה לכביש 431 וצפונה לנחל ענבה). שטח הוואדי מדרום רחב ועשיר באדמת סחף. שטח הוואדי מצפון צר, ושכבת אדמת הסחף בו דלה יותר. חורבת אבידן מזוהה עם מבנה רבוע בראש גבעה (201.66 מ' מעל פני הים), שרובה טרשית. בסקר פיתוח שערך מ' היימן (רישיון מס' 432/2013-S) נסקרו קירות תמך של מדרגות עיבוד חקלאיות, מכלאות, ערמת סיקול, ספלול, מגדל שדה ודרך קדומה. נקודות הסקר נחפרו ותועדו בחפירה הנדונה כאן. המבנה הרבוע בראש הגבעה, אותו ייחס הסוקר למצודה מהתקופה הפרסית,  נמצא מחוץ לגבולות הפיתוח, אך חשיבותו להבנת המכלול הארכיאולוגי הפרוש בתא השטח רבה. לכן נחפר ריבוע בתחום המצודה וריבוע בתחום חדרי הסוגרים שמדרום לו.
המבנה (30.5 × 30.5 מ'; איור 21) בנוי מקירות עבים (כ-1.35 מ' רוחב) שפניהם בנויים מאבנים גדולות ומהוקצעות וביניהן מילוי של אבני גוויל קטנות ועפר. על הקיר המזרחי נבנה כבשן סיד שביטל חלק מהקיר. בפינה הדרומית-מערבית של המבנה נחפר ריבוע הכולל הן את פנים המבנה הן את חלקו החיצוני (איור 22). בפנים המבנה וצמוד לקירות נחשפה מפולת גדולה וצפופה של אבני שדה בינוניות ומהוקצעות. מתחת למפולת נחשפה רצפת אבן גיר וגיר כתוש, ייתכן מפלס החיים של המבנה. מתחת לרצפה נמצאו שברי גוף רבים של קנקנים בהירים, ידית של סיר בישול מסוף תקופת הברזל (סוף המאה הז'–ראשית המאה הו' לפסה"נ) ונר צבוט האופייני לתקופה הפרסית (המאות הה'הד' לפסה"נ). בחלקו המזרחי של המבנה נחשף קיר מסיבי שכיוונו צפון–דרום, בנוי מאבני שדה גדולות ומהוקצעות. מחוץ למבנה וצמוד לקיר הדרומי בוצע חתך בדיקה עד לסלע האם, ונמצאו רק מעט חרסים שלא תוארכו.
חדרי הסוגרים (איורים 21, 23). 50 מ' מדרום למבנה הרבוע זוהה טור של חדרי סוגרים שכיוונו מזרח–מערב. בריבוע שנחפר התברר שהחלל בין שני הקירות החיצוניים נחלק לשני חדרים: צפוני ודרומי. זוג מזוזות מאבני שדה גדולות שניצבו במקום מעיד על מעבר בין החדרים (איור 24). חלק מהחדר הדרומי נחפר עד לסלע האם, והתברר כי על גבי הסלע הונחה תשתית של אבני גוויל קטנות ובינוניות, כנראה במטרה לפלס את השטח. לרגלי המזוזות נחשף קטע קטן של רצפה(?) עשויה מאבני שדה קטנות ועפר. הקיר הסוגר ממזרח על שני החדרים, הצפוני והדרומי, מונח על מסד רחב, הבנוי משתי שורות של אבנים, ששימש אולי ספסל. בחפירה נמצאו חרסים אחדים, ובהם שפות של קנקנים שזמנם כנראה סוף התקופה הפרסית – ראשית התקופה ההלניסטית (סוף המאה הד' לפסה"נ). הקיר הסוגר המערבי טרם נחשף, וייתכן שהוא מחוץ לגבולות הריבוע שנחפר. בחדר הצפוני לא הושלמה החפירה בשל מגבלות טכניות. פני הסלע שמצפון לחדרים חשופים ברובם, ולכן ברור כי מפלס החיים בעבר היה בגובה דומה לזה של פני השטח היום. מתצלום האוויר (איור 21) אפשר לזהות לפחות שבעה חדרים סדורים בטור שלהם חלוקה פנימית. בקירות הסוגרים מדרום ומצפון וכן בתחום החפירה לא זוהה פתח. ייתכן שבחפירה עתידית במתחם יחשפו הפתחים.
 
אתר פרהיסטורי
פולינה ספיבק
 
מסקירה ותיעוד מדגמי של פריטי צור בשטחים B1 ו-E עולה, על סמך מאובן מנחה, שהאתר התקיים בתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית א'. מודיעין שלמרגלות רכס הרי יהודה מתאפיינת במסלע גירני עשיר בצור מתצורת משאש (Meishash Formation). את העורקים של בולבוסי הצור הטבעי אפשר לראות על פני סלע הגיר של מרבית הגבעות הטרשיות של מודיעין. בשנים האחרונות תועדו בשטח העיר כמה אתרים ארכיאולוגיים מראשית התקופה הניאוליתית; כולם על גבעות הבולטות בסביבתן. ממצא אדריכלי לא השתמר באתרים אלה וכלי הצור הם עדות יחידה לפעילות האנושית. הכלי הנפוץ ביותר באתרים אלה הוא הגרזן. מאז הופעתו לראשונה, בראשית התקופה הניאוליתית, מצוי הגרזן במגמת התפתחות טיפולוגית מתמדת ולכן משמש מאובן מנחה, שאפשר לבסס עליו כרונולוגיה יחסית. מאפיינים טיפולוגיים של גרזנים מאתרי מודיעין, בכללם שכונת נופים, מאפשרים לתארך את הפעילות האנושית שקשורה בהם לראשית התקופה הניאוליתית הקדם-קרמית. מרבית הגרזנים שנמצאו באתרים אלה נשברו בזמן הכנתם (במהלך הסיתות) או במהלך השימוש בהם. 
מפני השטח בשטח B1 נאספו 1080 פריטי צור (שטח כולל 50 × 50 מ'; הפריטים נאספו בשיטתיות על פי רשת ריבועים). בשטח E, בחפירת בדיקה ובניפוי בחתך בדיקה, נאספו עוד 380 פריטים. מכלול הפסולות (Debitaje) מעיד על הכנת גרזנים ועל שימוש בהם. לשם כך נוצל הצור המקומי שעל פני השטח ובתוך סלע האם בגושים במגוון גדלים. מתוך 70 הכלים שנמצאו כ-50% הם גרזנים. לצד הגרזנים נמצאו כלי צור נוספים — שקערוריות, נתזים משוננים, להבים ומקרצפים — הנפוצים אף הם בתקופה זו. עם זאת, חשוב להדגיש שבאתר זה, בדומה לאתרים אחרים באזור מודיעין, לא נמצאו כלים המעידים על ציד (ראשי חץ) או על חקלאות (להבי מגל).
 
מהחפירה עולה כי בשטח הפתוח הייתה פעילות ענפה בתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית א'. נראה כי במאה הד' לפסה"נ, במעבר בין התקופות הפרסית וההלניסטית, הוקמה במקום מצודה — המצודה היחידה שנחשפה עד כה במודיעין. המצודה נמצאת במקום אסטרטגי, המאפשר תצפית לכל עבר וקשר עין עם תל גזר, הבולט במיוחד בכיוון דרום-מערב, ועם אתרים על הגבעות הסמוכות, כגון חורבת נכס, חורבת רגב וחורבת ענבה; כמן כן תועדה דרך עתיקה העוברת סמוך למצודה. הקירות המסיביים של מבנה המצודה מעידים כי אכן שימשה להגנה. מסקר שנערך מצפון, ממערב וממזרח לה עולה כי היא ניצבת במרכז מתחם, המוקף בשרידים של קירות שתחמו אולי את המקום בעבר. אזור לוד, שבשפלה הצפונית, נכלל ברשימת השבים מבבל (נחמיה ז, לז), ועל כן ייתכן כי המצודה הוקמה על קו הגבול של פחוות יהוד עם מישור החוף; אפשרות אחרת היא שישבה בה יחידה של הצבא הפרסי שהשגיחה על דרכי המעבר מאזור ההר בואכה שפלת לוד. חפירות ארכיאולוגיות עתידיות במתחם המצודה ובסביבתה יתרמו רבות להבנת תפקידו של האזור.
בכל השטח הפתוח, למעט באזור המצודה, נמצאו שרידים רבים מן התקופה הביזנטית. תיארוך השטח החקלאי לתקופה זו נסמך בעיקר על בית החווה שנחפר במרכז השטח ועל הממצא שנתגלה בו. מניתוח הנתונים הארכיאולוגיים נראה כי בתקופה הביזנטית שימש השטח לחקלאות, בעיקר לגידול גפנים. בשטח מדרגות עיבוד חקלאיות רבות מן התקופה הביזנטית, אך ייתכן שחלקן מתקופות קדומות יותר (ההלניסטית והרומית הקדומה), על סמך החרסים שנמצאו בחתכים לצד המדרגות. הקמת בית החווה ביטלה משטח דריכה של גת שיצאה מכלל שימוש במהלך התקופה הביזנטית; השתמרות משטח הדריכה גרועה, אך ניכר כי בעבר היה מרוצף פסיפס. כן נמצאו בשטח גתות חצובות נוספות, שלכל אחת מהן בור שיקוע הפונה כלפי המדרון הטבעי; לגתות שנחשפו מאפיינים כלליים דומים. סביר ביותר שהגתות שימשו את השטח החקלאי בסביבתן הקרובה, ושהענבים לא הובאו אל הגתות מרחוק.
השטח שנחפר תחום בגבולות טבעיים — נחל ענבה מצפון וואדי קטן ממערב. פרט למכלול בית החווה לא נחשפו מבני מגורים נוספים, ולכן עולה השאלה, מי עיבד את השטח בתקופה הביזנטית? אפשר שהיו אלה אנשי אחת החורבות הסמוכות, אשון או חמים. אין בממצא כדי להעיד על ייצור שמן בשטח החפירה. מעניין שבכל השטח נמצא רק בור מים אחד, בתחום בית החווה הביזנטי. בור המים מתועד במפת הסקר הבריטי (Conder and Kitchener 1883: Sheet XVII; איור 25), שם מופיעה החורבה שנחפרה בשטח B1 בשם Kh. Ruweisun, וחורבת אבידן מכונה Umm es-Semmeikât. שלא כמו בשטח B1, שם הוקם בתקופה הביזנטית בית חווה, לא נמצאו עדויות לנוכחות בתקופה זו בראש הגבעה ובתחום המצודה שבשטח G. נראה כי בתקופת המנדט הבריטי נערכה במקום חציבה באמצעות מקדח. במקום החציבה קיימות ערמות של אבני גיר, ששימשו חומר גלם לכבשני הסיד המוכרים בתוואי נחל ענבה.