שכבה I (התקופה הרומית הקדומה). נחשף גרם מדרגות חצוב של מקווה שהשתמרותו גרועה (איור 3). נראה כי השרידים של שכבה זו הוסרו ברובם; בשרידים שנותרו באתר, ובהם המקווה, נעשה שימוש חוזר בתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית (שכבה II). בשטח החפירה התגלתה כמות רבה של מטבעות ושל שברי כלי חרס לא באתרם, המתוארכים לתקופה הרומית הקדומה ומלמדים על יישוב מוגבר למדי באתר בתקופה זו.

 
שכבה II (התקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית). נחשפו שרידי מבנה נרחב (17 × 33 מ' לפחות), כנראה וילה רומית ובה בית מלאכה לנרות חרס. המבנה נבנה בצירים כלליים צפון–דרום ומזרח–מערב. הקירות החיצוניים של המבנה נבנו הישר על סלע האם, ולהם נדבך יסוד שנבנה משורה של אבנים גדולות שסותתו חלקית וביניהן אבנים קטנות. על הפן הפנימי של הקירות התגלו שרידים של שכבת טיח לבן שנמרחה על אבנים קטנות. החדר הצפוני ביותר במבנה רוצף בפסיפס לבן, ובמרכזו עיטור רבוע של דגמים גיאומטריים צבעוניים (איור 4). הדגמים והצבע של העיטור דומים לאלה של פסיפס שהתגלה בעבר בחדר דרומי יותר במבנה (Dagan 2010:236, Fig. 306.3). השתמרותם של הקירות בחלקו הדרומי של המבנה דלה, ורובם זוהו על סמך בסיס הסלע החצוב שלהם. עוד התגלו בחלקו הדרומי של המבנה כמה מתקנים חצובים, הקשורים כנראה למבנה אך זה לא הוכח בוודאות. הקיר הדרומי של המבנה ניגש אל תעלה מטויחת, כנראה חלק ממערכת ביוב שניקזה מי נגר מגג המבנה.
בשטח המבנה התגלו למעלה מ-600 שברים של נרות חרס, ובהם בעיקר נרות בית נטיף (Baramki 1936; Rosenthal and Sivan 1978:99) המתוארכים למאות הג'–הד' לסה"נ. טיפוס הנר השכיח ביותר במבנה מאופיין בגוף סגלגל או דמוי אגס, נקב מילוי גדול, עיטור גיאומטרי חוזר על הכתף וידית קטנה דמוית פירמידה מאחור (זוסמן תשמ"ה–תשמ"ו: 68; סטורצ'ן תשע"ז: איור 5; Rosenthal and Sivan 1978: Nos. 406–410). רוב הנרות נצבעו באדום או חום, אך כמה נותרו ללא צבע. בנוסף התגלה על רצפת אחד החדרים בחלק הדרומי של המבנה מקבץ של 15 תבניות נרות מאבן גיר (איור 5). התבניות יחד עם השברים הרבים של הנרות מלמדים שהחלק הדרומי של המבנה שימש בית מלאכה לנרות.
 
שכבה III (התקופה העות'מאנית). כל שטח האתר כוסה במילוי עפר ושימש מטע. אבנים נערמו לבנייה של מדרגות עיבוד וקירות שדה; חלק גדול מקירות אלה הוסר במהלך החפירה הראשונה באתר. במדרונות שמצפון וממזרח לאתר השתמרו קירות מדרגה התוחמים מדרגות עיבוד חקלאי.
 
המבנה משכבה II, שתכניתו דומה לזו של וילה רומית, מתוארך למאה הד' לסה"נ. בעוד שברוב חלקי המבנה נעשה שימוש ביתי, חלקו הדרומי שימש בית מלאכה תעשייתי לייצור נרות בית נטיף. גילוי זה בח' שומילה בא כמעט 80 שנה לאחר שנרות בית נטיף זוהו לראשונה בחפירה בכפר הסמוך בית נטיף של שני בורות מים שהוסבו לבורות אשפה והכילו שברים רבים של נרות וכמה תבניות אבן — פסולת מבית מלאכה לייצור נרות (Baramki 1936). בעוד שבחפירות ברמקי בבית נטיף נחשפה פסולת שהושלכה מבית מלאכה שלא נחשף, בחפירה בח' שומילה נחשף באתרו בית מלאכה לייצור נרות חרס הראשון בשפלת יהודה.