התקופה הכלקוליתית (שכבה I). במזרח שטח החפירה נחשפו שרידי אפיק (L103; כ-1 מ' רוחב; איורים 2, 3), שהיה פעיל בתקופה הכלקוליתית. נראה שזהו האפיק הקדום של נחל יהוד, הנמשך כיום כ-500 מ' מדרום לאתר. בקרקעית האפיק — שקע צר ומוארך — ריכוז של חלוקי נחל, גרנולות, תצבירי מנגן, וכן קרקע חרסיתית חומה במבנה גרומי וסדימנטים במבנה למינרי. מישור הפשט של האפיק מורכב מסדימנטים חוליים וחרסיתיים שהורבדו לסרוגין במבנה למינרי. על פי רוחב האפיק ומישור הפשט יש להניח כי באפיק זרמה כמות מים גדולה, וקונכיות של שחריר הנחלים שנצפו במשקעים מעידות כי היו אלה מים מתוקים. בקרבת האפיק וממזרח לו התגלה מעין שקע מעוגל באדמה, שם נקוו כנראה מים.

בקרקעית האפיק (איור 4) נמצאו חרסים מהתקופה הכלקוליתית המאוחרת, כמות גדולה של פריטי צור, שכללה בעיקר גרעינים ונתזי צור אך מעט מאוד כלי צור. נראה כי תושבי האתר בתקופה הכלקוליתית ניצלו את חלוקי הנחל הרבים לאורך האפיק כמקור זמין לצור, הכינו את הכלים בקרבת האפיק והשליכו לתוכו את פסולת הסיתות ואת הגרעינים שבהם לא היה צורך עוד. כך אפשר להסביר את כמות הכלים הקטנה בהשוואה לכמות הרבה של גרעינים ושל פסולת סיתות.
משני צדי האפיק נחשפה שכבת פעילות המתוארכת לתקופה הכלקוליתית. זוהו שני מפלסי חיים (איור 5), שנמצאה בהם כמות גדולה של חרסים, בעיקר קערות גדולות וקטנות וקנקנים. כן נמצאו בהם מעט שברי כלי בזלת, כלי צור שבורים ועצמות בעלי חיים. יש להניח כי מקור המים הוא אחת הסיבות העיקריות להתיישבות במקום.
 
תקופת הברונזה המאוחרת (שכבה II). התגלו שני קברים מתקופת הברונזה המאוחרת (T102 ,T101; איור 2), שנחפרו לתוך השכבה הכלקוליתית. הקבורה בתקופה זו נערכה בקברי פיר, שנכרו לרוב באדמה החרסיתית. נחשפו רק תחתיתם של הקברים, שם הונחו הנקבר ומנחות הקבורה (איור 6). הקברים נכרו בציר צפון-מזרח–דרום-מערב, ובכל קבר הונח נקבר יחיד על גבו, כשרגליו ישרות ויד אחת או שתיים מכופפות. סביב הנקברים הונח מגוון כלי חרס ששימשו מנחות קבורה, ובהם קנקנים, קערות פתוחות במגוון גדלים, קערות מזוות, פכים ופכיות מטיפוסים אחדים. בין הכלים נמצאו כלי יבוא רבים, המצביעים על קשרי מסחר נרחבים שהתנהלו בתקופה זו. כן נמצאו שתי סיכות רכיסה ממתכת ועצמות בעלי חיים.
 
נחשפו שרידים של אפיק קדום ומפלסי חיים מהתקופה הכלקוליתית, וכן שני קברים מתקופת הברונזה המאוחרת. ממצאים אלה מעשירים את ידיעותינו על האתר ביהוד ותורמים להבנת הפרישה המרחבית של היישוב בתקופות הכלקוליתית והברונזה המאוחרת. השרידים מהתקופה הכלקוליתית ייחודיים, וחקירתם תתרום למחקר על ההתיישבות בתקופה זו בסביבת תל יהוד.