החפירות התמקדו בעיר העתיקה בבית שערים, המשתרעת על גבעת שיח' אבריק, שבראשה קבר השיח' ופסל אלכסנדר זייד הרוכב על סוס. האתר נמצא במערב עמק יזרעאל, באזור של מסלע קירטון ונארי הנוחים לחציבה. בשטח העיר העתיקה שעל הגבעה ובבית הקברות העתיק שבמורדותיה שוכנים כיום הגן הלאומי בית שערים, מושב בית זייד ונחלת משפחת יופה. בית שערים נזכרת לראשונה בכתבי יוסף בן מתתיהו כעיר בגבול עכו, שבה שכנה אחוזה של המלכה ברניקי לאיסוף מיסים (חיי יוסף, כד). במאה הב' לסה"נ ישבה בבית שערים הסנהדרין. בתקופה זו גר במקום רבי יהודה הנשיא, ולאחר מותו וקבורתו באתר, סביב שנת 220 לסה"נ, הפך בית הקברות למקום קבורה מועדף על יהודי ארץ ישראל והתפוצות, מסוריה ועד תימן. בית הקברות שימש בעיקר במאות הג' והד' לסה"נ, וכנראה אף מאוחר יותר בתקופה הביזנטית.
האתר נחפר בשנות ה-30 וה-50 של המאה הכ' מטעם החברה לחקירת ארץ ישראל ועתיקותיה והאוניברסיטה העברית. חפירות אלו התמקדו בבית הקברות, הכולל מערות קבורה חצובות במדרונות הצפוני והמערבי של גבעת שיח' אבריק והוא עשיר בכתובות ובאמנות. נחפרו גם אחדים ממבני העיר שעל הגבעה, ובהם בית כנסת, בתי מגורים, בית בד, מבנה בזיליקה ומתקנים חצובים (מזר תשי"ח; שובה וליפשיץ תשכ"ז; אביגד תשל"ב); החפירות של מבנים אלה תוארו רק בקצרה בדוחות ובכמה מאמרים, ולא פורסמו פרסום מלא. מסקנתם העיקרית של חופרי האתר הייתה שהיישוב בבית שערים שגשג בעיקר מהמאה הב' ועד אמצע המאה הד' לסה"נ, אז חרב במרד גאלוס.
בשנות ה-80 של המאה הכ' נערכה חפירת הצלה בשטח המושב בית זייד, ונחשף מבנה מרוצף בפסיפסים המתוארך לתקופה הביזנטית (המאות הו'–הז' לסה"נ; Vitto 1996). מאוחר יותר נטען כי גם בבית הקברות יש עדות לשימוש בתקופה הביזנטית ובתקופות מאוחרות יותר (Weiss 2010). בספר שהתפרסם בשנת 2004, נותחו מחדש מבני העיר שהתגלו בחפירות מזר ואביגד (טפר וטפר 2004).
החפירות הנוכחיות התחדשו בשנת 2014 במטרה להתמקד בעיר ולהבין את אופייה ותולדותיה לאורך הדורות. שאלות המחקר העיקריות הן: מתי הפך היישוב בבית שערים ליישוב יהודי ומתי הוא חדל להיות כזה; מתי הסתיים היישוב במקום ובאלו נסיבות; מהו האופי היישובי מבחינת גודל, תכנון עירוני, בנייה ועוד; ומה הקשר בין היישוב לבין בית הקברות.
בשנים 2014–2019 התקיימו שש עונות חפירה ונפתחו תשעה שטחים (איור 1), שישה מהם סמוך לפסגת גבעת שיח' אבריק (AF) ושלושת האחרים בשלוחה הצפונית-מזרחית של הגבעה (XZ). השרידים הקדומים ביותר כוללים ממצא מועט מתקופות הברזל 2–3, ללא שרידים אדריכליים. מן התקופה הפרסית פרסם מזר כמה חרסים, אך לא התגלו כאלו בחפירות החדשות. השכבה המשמעותית הראשונה באתר היא שכבת יישוב מהתקופה ההלניסטית המאוחרת (המאות הב'–הא' לפסה"נ), ובה חציבות, שרידים אדריכליים וממצאים. מן התקופה הרומית הקדומה (המאה הא' לסה"נ) התגלו שרידים משמעותיים בעיקר בשטח B. השכבות הבולטות ביותר באתר על כל שטחיו הן שכבות יישוב מן המאות הב'–הה' לסה"נ. בתקופה הרומית התיכונה (המאות הב'–הג' לסה"נ) הוקמה ברחבי הגבעה עיירה, ובה מבנים ומתקנים חצובים, כגון בורות מים, מקוואות ומחילות מסתור. המבנים המשיכו לשמש בשינויים קלים עד אמצע המאה הד' לסה"נ, אז חדרים אחדים נסתמו או קרסו. זמן קצר לאחר מכן, בתקופה הביזנטית הקדומה (המאה הד' לסה"נ), הוקמו שוב מבנים ברחבי העיר, וזו התקיימה עד למחצית הראשונה של המאה הה' לסה"נ. מן המאות הה'–הו' לסה"נ התגלו באתר שרידים אדריכליים וממצאים מעטים, המעידים על דעיכת היישוב. אין עדות לנוכחות באתר מאוחר למאה הו' לסה"נ ולמשך כ-700 שנה, עד להתחדשות היישוב בתקופה הממלוכית. בתקופה העות'מאנית הוקם בראש הגבעה קבר שיח' אבריק ונבנה כפר אריסים קטן. במלחמת העולם הראשונה הוגלו תושבי הכפר והגבעה הפכה למשלט חפירות של הצבא העות'מאני. בשכבה המאוחרת ביותר התגלו שרידים בני ימינו למן ההתיישבות של אנשי ארגון השומר אלכסנדר זייד ומשה יופה בימי המנדט הבריטי ועד להקמת הגן הלאומי במקום.
 
שטח A
נפתחו כעשרים ריבועים וחצאי ריבועים ממערב לפסגת גבעת שיח' אבריק וממזרח למבנה הבזיליקה (מזר תשי"ז; איור 2), ונחשפו שרידים וממצאים המתוארכים למן התקופה ההלניסטית או הרומית הקדומה ועד התקופה העות'מאנית. הסטרטיגרפיה בשטח זה מורכבת, וקירות קדומים ומאוחרים, לעתים בפער של מאות שנים, נמצאים באותו מפלס ואבני הבנייה שימשו בשימוש חוזר.
מתקופות הברזל וההלניסטית התגלו ממצאים בחציבות ובכיסי אדמה.
בתקופה הרומית (המאות הב'–הג' לסה"נ) נבנה במזרח השטח מאגר מים שחלקו חצוב וחלקו בנוי, וקירותיו טויחו בטיח אפור האופייני למאות הא' והב' לסה"נ; הוא נחצה לאורכו בשתי קשתות שרק אחת שרדה בשלמותה. ברצפת המאגר שולבו שני פתחים של בור מים. בבור נבנה קיר גדול החוצה אותו, כנראה לתמיכת הבנייה מעל פני השטח. במרכז השטח נחצב מתקן תת-קרקעי המתפצל לשני תאים, שצדו המזרחי מדורג ומטויח ושימש אולי מקווה טהרה (איור 3). מקווה טהרה נוסף נחשף בדרום-מערב השטח. ממערב למתקן נוקה מחדש חדר ספסלים שנחשף בעבר בחפירות של מזר ואביגד, המתוארך כנראה לתקופה הרומית. בדרום השטח נחשפו בורות מים. בנוסף, עמודים קטנים שהתגלו בשכבה מהתקופה הממלוכית, נבנו כנראה במקור בתקופה הרומית. נראה שבתקופה זו האזור שימש למגורים. במהלך המאה הד' לסה"נ חלו שינויים בשטח: מתקנים מולאו בעפר ובאשפה, מאגר הקשתות יצא משימוש ונבנו בו קירות וכמה חדרים כנראה קרסו.
בתקופה הביזנטית (אמצע המאה הד' לסה"נ והמאה הה' לסה"נ) נבנה השטח מחדש בשינוי חלקי של תכנית הקירות והפתחים, בבניית קירות מבנים בזוויות לא ישרות ובשימוש משני באבנים. בוטלו מתקני המים בשטח: מאגר הקשתות נוצל לשטח בנייה, אחד מבורות המים בדרום השטח נסגר בקיר והמקווה בדרום-מערב השטח יצא משימוש. נראה שבתקופה זו נבנתה סמטה במזרח השטח. אפשר שקירות המבנים שהתגלו בזוויות לא ישרות הם תוצאה של רעידת אדמה במאה הה' לסה"נ. בהמשך המאה הה' ובמהלך המאה הו' לסה"נ רוצף אזור מאגר הקשתות באבן והמקווה המערבי שימש בור אשפה. השרידים מהמאה הו' לסה"נ מעטים יחסית ונמצאים קרוב לפני השטח, ובהם שבר של פריט ייחודי מחרס (איור 4), אולי מחזיק לנר או מקטר, הנושא עיטורים חרותים.
בתקופה הממלוכית התגלו בעיקר במרכז השטח כמה קירות, וכן נחשפו מפלסי רצפות מהודקים עם אבנים בתוכם, ומתקנים קטנים, כגון אגן וטבון. בבנייה בתקופה הממלוכית נעשה שימוש בפריטים קדומים. במקומות מסוימים חדרה הבנייה כמעט עד לסלע האם. ממצאים נוספים מתקופה זו הם צמידי זכוכית רבים, ומכלול קטן של כלי נשק.
בתקופה העות'מאנית נבנה בצפון השטח מבנה, שרצפותיו עשויות אבנים קטנות מהודקות. אחד הקירות נפול בצורה האופיינית לרעידת אדמה; אולי זו הרעידה משנת 1837 שהחריבה את צפת (א' עגנון; מידע בעל-פה).
 
שטח B
נחפרו כעשרים ריבועים וחצאי ריבועים (איור 5) סמוך לפסגת הגבעה ממזרח; לא ניכרו שרידי עתיקות בשטח טרם החפירה. השכבות בשטח מרובדות זו מעל זו, בדומה לתל, והן מגיעות לעומק של כ-4 מ' מתחת לפני השטח ועד לסלע האם. הממצאים והשרידים מתוארכים למן תקופת הברזל ועד ימינו. הממצאים הקדומים ביותר בשטח הם שברי כלי חרס מעטים מתקופת הברזל 2, שהתגלו בחגווי סלע האם במרכז השטח.
מהתקופה ההלניסטית (כנראה המאה הב' לפסה"נ) התגלו שרידי מבנה שקירותיו נבנו בסגנון פניקי מאבנים מסותתות שהוצבו כאומנות וביניהן מילוי אבני גוויל (איור 6). בשטח נחצבו זוגות של מתקני סילו דמויי פעמון, שעל פתחם אבן כיסוי. התגלו שברי כלי חרס האופייניים לפניקיה ההלניסטית.
בשלב הבא, כנראה במאה הא' לפסה"נ ובמעבר לתקופה הרומית, נבנו קיר ארוך ועבה, התוחם את המבנה מהשלב הקודם מצפון, ובניצב אליו קירות נוספים. חלק מקירות אלה מכסים את פתחי מתקני הסילו (איורים 7, 8). במרכז השטח התגלו אמבט או מתקן קטן, וכן כלי חרס באתרם מהמאה הא' לסה"נ. ייתכן שהמבנה שימש בשלב זה מצודה, בדומה למצודות אחרות באזור (שער העמקים, חורבת עלק), ואולי מאוחר יותר הפך להיות אחוזתה של ברניקי המתוארת אצל יוסף בן מתתיהו.
בתקופה הרומית נבנה על גבי הקירות הקדומים מבנה נרחב, שקירותיו נבנו גזית וחדריו רוצפו במרצפות אבן; המרצפות נשדדו ברובן במאות האחרונות. אפשר שזהו מרכז מנהלי שנוסד במאה הב' לסה"נ ושימש עד המאות הג' או הד' לסה"נ. צמוד למבנה ממזרח נחשפו חדרים ובהם ממצא עשיר מן המאה הג' לסה"נ, וכן שברי צינורות טובולי ולוחות שיש המעידים על בית מרחץ סמוך. דומה כי אזור זה, הסמוך לרום הגבעה, שימש מרכז ציבורי של העיירה בתקופה הרומית.
לאחר אמצע המאה הד' לסה"נ חל שינוי גדול בשטח, ומעל שרידי המבנה הנרחב הוקם במערב השטח בית בד (איור 9). התגלו בסיס מעוגל של מתקן פריכה וממזרח לו שלושה בסיסים של מתקני סחיטה מטיפוס בורג בלחץ ישיר. שניים מהבסיסים נמצאו באתרם, והתברר כי ניקוזם פונה מערבה לעבר בורות איגום מטויחים, ואחד נמצא בשימוש משני. בסיסי מתקני הסחיטה מחורצים בהיקפם, בדומה לכאלה שנחשפו בעבר בבית בד בצפון היישוב. הבסיסים עשויים מאבן גיר ולא מנארי מקומי, ועל כן נראה שהם הובאו ממקום אחר. בתקופה זו הוסבו חלק ממתקני הסילו מהתקופה ההלניסטית לשמש בורות מים. נראה כי בתקופה הביזנטית אזור מרכזי זה של העיר הפך לאזור תעשייה ובו מתקנים.
לא ידוע מה התרחש בשטח בתקופה הממלוכית. ממצאים מתקופה זו התגלו רק בתוך מילויים מעורבים מהתקופה העות'מאנית.
בתקופה העות'מאנית היה השטח סמוך לקבר השיח'. בכל השטח התגלו בעיקר בורות עמוקים מלאים בשכבות אפר ואשפה מכל התקופות, ללא שרידים אדריכליים. מאחר שחלק מהבורות חותכים קירות ורצפות, נראה כי אלו שרידים של פיצוצי דינמיט של הכוח העות'מאני שהתבצר במקום במלחמת העולם הראשונה. בימי המנדט הבריטי פולס השטח בעפר במהלך בניית היישוב במקום על ידי משפחות יופה וזייד (ע' יופה; מידע בעל-פה).
 
שטח C
נחפרו 14 ריבועים וחצאי ריבועים בשני שטחי משנה (1C, 2C; איור 10) במדרון המזרחי של הגבעה, בין שיחי צבר; לפני החפירה נראו על פני השטח אבני בנייה גדולות ובורות מים. מטרת החפירה הייתה לברר את השתרעות היישוב ואת גבולו במדרון המזרחי של הגבעה. התגלו עדויות למן תקופת הברזל 2 ועד התקופה העות'מאנית. בחתך בדיקה שנערך בעונת 2019 במורד המזרחי של הגבעה, נמוך משטח C, לא התגלו ממצאים קדומים, ועל כן נראה ששטח זה משתרע מחוץ לתחום היישוב העתיק.
 
שטח 1C. הממצאים הקדומים ביותר הם שברי כלי חרס מתקופת הברזל 2, שהתגלו על סלע האם. לשלהי התקופה הרומית ותחילת התקופה הביזנטית יוחסו רחוב משופע במדרון הגבעה, שממנו השתמרה רק תעלת הניקוז, ומשני צדיו חדרים של בתי מגורים; הם נבנו כנראה במאות הג' או הד' לסה"נ וחרבו בראשית המאה הה' לסה"נ. באחד החדרים נחשפה מפולת של קירות שהיו מעורבים בה שברי כלי חרס רבים וכן מטמון מטבעות מהמחצית השנייה של המאה הד' לסה"נ. בתוך מפולת זו התגלה חותם דו צדי מתקופת הברזל שהיה בשימוש חוזר (Erlich 2020; איור 11).
לשלב מאוחר יותר, כנראה בתקופה הביזנטית, יוחסו שרידים דלים. מעל השרידים התגלו ברחבי השטח כ-15 קברי שוחה ללא ממצאים מתארכים, כנראה מהתקופה העות'מאנית המאוחרת. נראה כי הם שימשו מוסלמים שביקשו להיקבר ליד קבר השיח'.
 
שטח 2C. השרידים הקדומים ביותר הם חציבות, הכוללות בור מים שהיה גלוי טרם החפירות ולא הייתה אפשרות לתארכו; הוא נהרס כשנבנו מעליו כמה חדרים. על פני השטח נחשפו שרידים הכוללים תשתיות רצפה שהתגלו בכמה מקומות ומיוחסים למאה הב' לסה"נ, ובמורד המדרון התגלו קטעי רצפות, קירות וקטע רחוב, שנבנו במאה הג' לסה"נ, והתקיימו עד התקופה הביזנטית הקדומה (המאה הד' עד אמצע הה' לסה"נ). במאה הה' לסה"נ נבנה בחלקו המערבי של השטח ריצוף אבנים, שהונח מעל קירות קדומים; הריצוף המשיך לשמש עד המאה הו' לסה"נ. בתקופה זו השתמשו שוב בחללים תת-קרקעיים. לאחר המאה הו' לסה"נ האזור לא היה מיושב.
 
שטח D
נפתחו 11 ריבועים (איור 12) ונחשפו מתקני מים, רחובות, חדרים ומחילת מסתור; נראה כי האזור שימש למגורים. השרידים מתוארכים על סמך הממצא הקרמי בעיקר לתקופות הרומית הקדומה–הביזנטית התיכונה, אם כי התגלו גם חרסים קדומים יותר.
 
בצפון השטח התגלו ארבעה מתקנים לאגירת מים מהתקופה הרומית: מתקן הכולל שורת חדרים חצובים שטויחו בטיח אפור, מהם החדר הראשון קורה בקמרון (איור 1:12) והוביל לחדר תת-קרקעי שהוביל לחדר נוסף; בור מים מהתקופה הרומית (איור 2:12); תעלה שניקזה מים למערב (איור 3:12); ובור מים שלו שני פירי כניסה, האחד מדופן באבן והאחר מטויח (איור 4:12). דומה כי שטח זה היה אזור פתוח, אולי חצר עם מתקנים, ובה בעיקר מתקנים לאיסוף מים. לשלב הקדום, כנראה המאה הב' לסה"נ, שייכים בור המים וחציבות נוספות, וכן קטעי תשתית רצפה. עוד יוחסו לתקופה הרומית שני רחובות היוצרים צומת T (איור 7:12). ריצוף הרחובות לא שרד, אך נחשפה תעלת הניקוז שהתעקלה בין הרחובות והובילה למערב. בתשתית הרחוב משני צִדי התעלה התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הרומית התיכונה (המאה הב' לסה"נ) המתארכים את זמן בניית הרחוב.
בתקופה הביזנטית הקדומה נחסם פיתחו של אחד מבורות המים שהתגלו בצפון השטח (איור 2:12) בקיר, ונבנו חדרים. כן נחשף באזור זה חדר (איור 5:12) שעל רצפתו מפולת; בתוך המפולת ובתשתית הרצפה התגלו כ-80 מטבעות, המתארכים את בניית הרצפה לזמן שאחרי שנת 363 לסה"נ. החדר קרס לאחר דור או שניים, בראשית המאה הה' לסה"נ. מעל שכבת החיים מהתקופה הביזנטית הקדומה נתגלו ממצאים מעטים מהמאות הה'–הו' לסה"נ, בעיקר במפולות ובפני השטח. לתקופה הביזנטית יוחסו גם במת אבן ואגן סמוך (איור 6:12), שהתגלו בצפון-מזרח השטח. על סמך חרסים שהתגלו בתעלת הניקוז של הרחובות נראה כי היא נסתמה בראשית המאה הה' לסה"נ.
 
בדרום השטח, מדרום לשרידי הרחוב, התגלו כמה חדרים שנבנו בתקופה הרומית. אחד מהם חצוב בחלקו ובנוי בחלקו, ונחצה בקשת שהשתמרה בשלמותה (איורים 8:12; 13); ברצפתו נמצאו חציבות ופתחים למכלול תת-קרקעי (להלן). החדר נבנה במאות הא' או הב' לסה"נ, יצא משימוש באמצע המאה הד' לסה"נ, והתמלא כמעט כולו באשפה. במאה הד' לסה"נ נסתם המעבר לחדר הקשות ונחצב בור מלבני מטויח, שהתגלו בו כלי חרס שלמים מן המאה הד' לסה"נ. בתקופה הביזנטית הקדומה הותקנה מעל הקשת רצפת עפר מהודק ולשם כך פולס חלקה העליון של הקשת וזו שימשה קיר. מעל הרצפה התגלה מפלס רצפת גיר כתוש מהתקופה הביזנטית התיכונה.
ממזרח לחדר זה נתגלו חדרים נוספים, שגם הם נוסדו בתקופה הרומית התיכונה ושימשו עד המאה הד' לסה"נ, ולאחר מכן שוב בתקופה הביזנטית.
מהפינה הדרומית של החדר הקשות נחצבה מחילת מסתור לכיוון צפון; היא חתכה חללים קדומים כגון בור המים שמצפון לניקוז הרחוב (איור 2:12). במחילה התגלו הסתעפויות, פיר כניסה, אבן סגירה, שקעים לנרות, כמה מפלסים וחדרים קטנים (איור 14). לאחר שהמחילה נחצבה, נחסם הפתח מהחדר הקשות; הממצא מסתימה זו מתוארך למאה הב' לסה"נ. באחד החדרים התגלה ממצא מועט, המתוארך כנראה למאות הג'–הד' לסה"נ. נראה כי המחילה נחצבה בימי מרד בר כוכבא, ואולי שימשה שוב מאוחר יותר.
בשלושת הריבועים הדרומיים ביותר של השטח נחשפו חדרים ושרידי בנייה. באחד החדרים התגלו כמה מפלסי רצפות מהודקים זה מעל זה; המפלס הקדום מתוארך לתקופה הרומית הקדומה — מתחתיו נמצאו גם חרסים מהתקופה ההלניסטית — והמפלס המאוחר מתוארך למאה הד' לסה"נ. בחדר אחר התגלתה בחלק העליון במה מאבנים קטנות מהתקופה הביזנטית הקדומה (איור 9:12). כן התגלו כמה שלבי בנייה וקירות (איור 10:12), ובהם בין היתר שלב מהתקופה הביזנטית התיכונה (המאות הה'–הו' לסה"נ).
 
שטח E
נפתחו שני ריבועים במטרה לבדוק את השתרעות היישוב במדרון המערבי של הגבעה. לא התגלו שרידי בנייה, אלא רק שברי כלי חרס וממצאים נוספים מעורבים. נראה כי שטח זה היה מחוץ לגבולות היישוב.
 
שטח F
במורד הדרומי-מזרחי של הגבעה לא התגלו שרידים, פרט לקטע מקיר קטן, כנראה בן ימינו.
 
שטח X
השטח נמצא במושב בית זייד, במרחק כ-100 מ' מדרום-מזרח לשרידי בית הכנסת שנחשף בעבר. הוא צמוד לדופן של מחסן גדול, וחלקו הגדול מקורה בסככה. לפני שנים אחדות נפגעו באזור זה עתיקות על ידי כלי מכני שהוציא אבני גזית גדולות, ובהתערבות רשות העתיקות נעצרה הפגיעה. בהסכמת בעלת הקרקע הוחלט לחזור ולחפור בשטח שנפגע. עד החפירה הוא היה מכוסה באשפה בת ימינו. נחפרו ארבעה ריבועים וחצאי ריבועים (איור 15), ונחשפו בית שער גדול מהתקופה הרומית בדרום-מערב וכבשן קדרים מראשית התקופה הביזנטית בצפון-מזרח.
 
בית השער כולל שני חדרים מרובעים וביניהם פתח רחב. החדר הצפוני (איור 1:15) נבנה מאבני גזית גדולות שסותתו בסיתות שוליים וביניהן מילוי של אבני שדה. ייתכן שזהו נדבך היסוד מתחת לשלב הרצפה, או חדר ובו מילוי פנימי משלב מאוחר יותר. החדר הדרומי (איור 2:15) השתמר חלקית לגובה היסודות. הפתח (4.3 מ' רוחב כולל המזוזות, 3.9 מ' רוחב הפתח; איור 3:15) נבנה משתי אבני סף גדולות ובהן שקע לקיבוע הדלתות ופותות לצירים. אבן הסף הצפונית (1.85 מ' אורך) התגלתה באתרה, ואילו אבן הסף הדרומית (2.4 מ' אורך) הוזזה כנראה בזמן הפגיעה במבנה ונמצאה בתום העונה באזור השפך; נראה כי היה זה פתח לדלת דו-כנפית. בית השער הוביל אל רחבה קטנה שרוצפה בלוחות אבן מלבניים (איור 4:15), שממנה נמשך רחוב שבשלב האחרון שלו היה עשוי מגיר כתוש. מדרום-מערב לחדר הצפוני נחשפו קירות מאוחרים שניגשים אליו וכן בור מים (איור 5:15). שברי כלי החרס שנמצאו בחפירת בית השער מתוארכים ברובם למאה הד' לסה"נ. בחתכים שנערכו מתחת לריצוף של המבנה לא נמצאו מספיק חרסים כדי לתארכו, אך נראה שהוא נבנה בתקופה הרומית ושימש עד למאה הד' לסה"נ. דומה כי זהו אחד משערי העיר, שממנו נמשכה דרך לכיוון מזרח, אולי לסימוניה השכנה (תל שימרון).
 
כבשן הקדרים עגול (איור 6:15), והוא נתחם בחדר רבוע. צמוד לכבשן ממערב נחשף חדר נוסף, הצמוד לבית השער, ששימש כנראה את הקדר בעבודתו. מהכבשן השתמרו תא הבערה, ובו אומנה מרכזית עגולה שנבנתה מאבני גוויל שחופו בשכבת טיט וטיח עבה ופתח הזנה לחומרי הבערה בצד הצפוני-מזרחי. הקיר החיצוני של הכבשן נבנה מאבני גזית שצִדן הפנימי חופה באופן דומה. רצפת הכבשן נמוכה ליד פתח ההזנה וגבוהה הרחק מהפתח, כדי לסייע לחום המגיע מהפתח לעלות למעלה ולהתפשט באופן שווה בחלל. מחוץ לפתח ההזנה התגלה חלל עמוק, ששימש להזנת האש. תא הכלים לא שרד, אך שברים רבים דמויי רעפים או חומר טבון של רצפתו התגלו במפולת.
במפולת בתוך הכבשן וסמוך לו התגלו שברי כלי חרס רבים המתוארכים למחצית השנייה של המאה הד' לסה"נ, רובם של קנקנים דמויי שק מתוצרת הכבשן. נראה כי הכבשן פעל בתקופה הביזנטית הקדומה למשך זמן קצר והתמוטט. כבשנים כאלה, שייצרו בעיקר קנקנים, מוכרים ממקומות אחרים בגליל המערבי, כדוגמת חורבת עוצה. מעל הכבשן התגלתה עדות מצומצמת לתעשיית ניפוח זכוכית.
 
שטח Y
נפתחו ארבעה ריבועים וחצאי ריבועים מדרום-מזרח לבית הבד שנחשף בעבר (אביגד תשי"ד), במטרה לתארך את בית הבד ואת הבנייה בסביבתו. נחשפו כמה חדרים ממבנה מגורים, שנבנה ושימש בתקופה הביזנטית הקדומה ונהרס במחצית הראשונה של המאה הה' לסה"נ במפולת גדולה. חפירה קטנה בפתח הדרומי של החדר המזרחי של בית הבד העלתה אף היא תאריך דומה. ניכר דמיון בין בית בד זה לבין בית הבד בשטח B, גם במתקן הסחיטה וגם בתאריך. בית השער שנחשף בעבר ממערב לבית הבד (אביגד תשי"ד) דומה בתכניתו ובגודלו לבית השער שהתגלה בשטח X, ויש לשקול מחדש את תאריכו, את יחסו הסטרטיגרפי לבית הבד והאם שימש שער או מעבר בין העיר לבין בית הקברות שבמדרון מצפון.
 
שטח Z
נחפרה רצועה צרה ובה ארבעה ריבועים בין בית הבד לבין בית הכנסת שנחפרו בעבר, ובמרחק כ-20 מ' מבתי המגורים בני זמננו הסמוכים לבית הכנסת. במרכז השטח נחשף מקווה טהרה מדורג ומטויח בטיח אפור (איורים 16, 17), שחלקו קורה בקמרון שהתמוטט וחלקו תת-קרקעי וקורה בתקרה גמלונית. הוא תוארך על פי הטיח למאות הא' או הב' לסה"נ. במילוי האדמה במקווה התגלו מטבעות מהמאה הד' לסה"נ. מדרום-מערב למקווה נמצאו שברי כלי חרס מהמאות הב'–הג' לסה"נ ששוקעו בתוך טיח ותעלה צמודים לסלע האם. מצפון למקווה התגלה חדר גדול ומטויח, ששימש כנראה בתחילה בריכה גדולה הצמודה למקווה.
השכבה העיקרית שנחשפה בשטח מתוארכת לתקופה הביזנטית הקדומה. בשלב זה, או קודם לכן, נסתמה הכניסה למקווה בקיר מסיבי, והמקווה הוסב לבור אשפה. מכל צִדי המקווה ואף מעליו התגלו חדרים, שנבנו באבנים מהשלב הקודם, ובהן אבנים עם סיתות שוליים שהונחו הפוכות וחוליית עמוד שאינה באתרה. מצפון-מזרח למקווה נחשף מסדרון צר, והלאה ממנו נחשף חדר שבו שלוש אומנות ושתי קומות, שהקטין את הבריכה שהייתה שם קודם. המבנים מהתקופה הביזנטית קרסו במפולת אימתנית שניכרה בכל השטח, ובה התגלה ממצא רב של שברי כלי חרס ביתיים, כלי זכוכית ומטבעות. מכלול כלי החרס מחפירת השכבה מהתקופה הביזנטית הקדומה (2 מ' עומק ויותר) הומוגניים, והם תוארכו לאמצע המאה הד' לסה"נ עד המחצית הראשונה של המאה הה' לסה"נ.
מעל מפולות השכבה העיקרית התגלו שרידי בנייה דלה ומעט שברי כלי חרס מהמאות הה'–הו' לסה"נ. לאחר התקופה הביזנטית השטח לא נושב עוד.
 
מהחפירה עולה כי היישוב בבית שערים התחיל בתקופת הברזל 2, כנראה במאה הט' לפסה"נ. לא נחשפו ממצאים משמעותיים מהתקופות הפרסית וההלניסטית הקדומה. בראש הגבעה התגלו השרידים האדריכליים הקדומים ביותר: מבנה שהוקם במאה הב' לפסה"נ. מאותה תקופה התגלו גם חציבות בסלע הקירטון הרך, בעיקר של מתקני אחסון קטנים דמויי פעמון ואולי גם של בורות מים. ביישוב מהתקופה ההלניסטית הובחנו מאפיינים פניקיים בסגנון הקירות ואופי כלי החרס. במאה הא' לפסה"נ נבנה בראש הגבעה מבנה גדול מידות, אולי מצודה, ששימש עד למאה הא' לסה"נ. ייתכן שמבנה זה היה אחוזתה של המלכה ומחנה החיילים של אבוטיוס הרומאי שבו נלחם יוסף בן מתתיהו (חיי יוסף, כד).
בתקופה הרומית התיכונה, בסוף המאה הא' לסה"נ ובמאה הב' לסה"נ, התפתח במקום יישוב בעל אופי עירוני; הוא נותר כזה עד אמצע המאה הד' לסה"נ. יישוב זה כלל בתי מגורים ומבני ציבור, רחובות, בורות ומתקני מים חצובים ומקוואות טהרה. היישוב נבנה במתכונת של פוליס רומית, למרות שהיה רק עיירה קטנה, ותכניתו כללה רחובות ישרים החוצים זה את זה בזווית ישרה, וביניהם מבני מגורים ומבני ציבור, כגון המבנים בשטחים D–A, הבזיליקה, בית הכנסת שחשף מזר והשכונה הצמודה לו. אופיה היהודי של העיר ניכר בבית הכנסת, בית הקברות, מקוואות הטהרה וכלי אבן. כותרות קורינתיות ולוחות שיש קטנים לחיפוי קירות ורצפות שהתגלו בשכבה מעידים על רמה סוציו-אקונומית גבוהה של תושבי העיר. מזר ואביגד הציעו כי שטחה של העיר כ-100 דונם, אך מהחפירות עולה כנראה כי היא הייתה גדולה מעט יותר, אם כי עדיין מוקדם לקבוע את גודלה. לא התגלתה חומת עיר, אך התגלה שער נוסף גדול מידות. אפשר להציע בזהירות כי השערים שהקיפו את העיר נתנו לה את שמה, בית שערים. במהלך התקופה הרומית חלו שינויים קלים בתכנית ובשימוש של חללים בשכבה: במאה הב' לסה"נ נחצבה, אולי בהקשר למרד בר כוכבא, מחילת מסתור שחתכה חללים קדומים; ובתקופה הרומית המאוחרת הוסבו המקוואות לשמש בורות אשפה. נראה שבאמצע המאה הד' לסה"נ חל שינוי, הניכר בשטח בקריסת מבנים או במילוי של חללים. אך העדויות לכך אינן רבות, ואין אפשרות לקבוע בבהירות את המועד והנסיבות המדויקים של ההרס ודעיכת העיר באמצע המאה הד' לסה"נ.
בתקופה הביזנטית הקדומה, לאחר אמצע המאה הד' לסה"נ, נבנתה העיר מחדש במתכונת שונה מהיישוב הקודם. אמנם ברוב השטחים נשמרו תוואי הקירות הקדומים והתכנית האורתוגונלית, אך ניכרים כמה שינויים: הבתים בשטחים Y ו-Z נבנו בסטייה מהתכנית האורתוגונלית והבנייה פשוטה יותר ונעשה בה שימוש בפריטים קדומים. היישוב היה גדול, אבל בניגוד לאופי העירוני והמפואר הקודם, אופיו כפרי ויצרני: נחשפו באתר שני בתי בד, כבשן קדרים ותעשיית זכוכית, ששולבו בין הבתים וסמוך להם ואחד מבתי הבד אף נבנה בפסגת הגבעה, מקום שהיה מרכז העיר הקודמת. בשלב זה של המחקר עדיין אין לדעת מה זהות התושבים שגרו בעיר זו. השכבה מהתקופה הביזנטית הקדומה נהרסה באירוע אלים וחד פעמי, שכלל מפולות מסיביות וקריסת מבנים שניכרים במרבית השטחים. אפשר אולי לייחס את הרס העיר לרעידת האדמה של שנת 419 לסה"נ.
לאחר הרס העיר מהתקופה הביזנטית הקדומה הצטמצם היישוב באתר. מהמאות הה'–הו' לסה"נ נחשפו שרידי יישוב דלים בחלק מהשטחים. לתקופה זו יוחסו שרידי בנייה ומתקנים וכלי ייבוא מעטים. שרידי הבנייה כוללים גם מבנה פסיפסים, שנחפר בשנות ה-80 של המאה הכ' (Vitto 1996), ששכן אולי במרכז היישוב, או שהיה חלק מחווה או מנזר.
מהתקופה האסלאמית הקדומה לא נתגלו שרידים. ייתכן שהיישוב עבר למקום אחר בסביבה. היישוב בגבעה התחדש בתקופה הממלוכית, כנראה במאה הי"ד לסה"נ. בשטח A התגלו שרידי מבנה, אולי מצודה או חווה. בתקופה העות'מאנית נבנו בראש הגבעה קבר שיח' אבריק ובמדרונותיה כפר אריסים קטן, ובמלחמת העולם הראשונה נבנה בפסגת הגבעה משלט של הצבא העות'מאני.