בחודש דצמבר 1999 נערכה חפירת הצלה ברחוב רבי יהודה מרגוזה ביפו (הרשאה 3175-A*; נ"צ — רי"ח 176666/662020; רי"י 126666/162020) לאחר שבמהלך חפירת תעלה נחשפו עצמות אדם. החפירה נערכה מול בית מס' 48, 2.5 מ' ממערב לשטח שנחפר בעבר על ידי המחבר (ר' חדשות ארכיאולוגיות קח: 71). החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי מ' פיילשטוקר בסיוע ו' אשד (אנתרופולוגיה).
לאחר ניקוי התעלה התברר כי המחפרון פגע בכוך של מכלול קבורה הנמצא מצפון לתעלה ומתחת לבניין מודרני. המכלול חצוב בסלע הכורכר הרך, שמנע את המשך החפירה מתחת לבניין מטעמי בטיחות. הבדיקה האנתרופולוגית מצביעה על כך שעצמות האדם הם של שלושה פרטים לפחות שגילם ומינם אינו ידוע. לבד מכמה שברי חרסים לא מזוהים, לא התגלו כל ממצאים אחרים.
תאריך הקבר קשה לקביעה. על פי חפירות קודמות בשטח (ראה לעיל וחדשות ארכיאולוגיות קו: 80-79), נראה שהקבר שייך לבית הקברות הדרומי של יפו, שהיה בשימוש מתקופת הב"ת 2 ועד לתקופה הביזנטית.