בחודשים פברואר-מרס 2004 נערכו שתי חפירות בדיקה בחורבת גילן (דרום; הרשאה מס' 4105-A*; נ"צ — רי"ח 20325-70/70983-1013; רי"י 15325-70/20983-1013), לקראת סלילת קטע של כביש מס' 6. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ש' מחאג'נה, בסיועם של ו' אסמן (מדידות ושרטוט), צ' שגיב (צילום), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית), ל' יחיא לוי (GPS), מ' שויסקיה-ארנוב (ציור ממצא), ר' גת (רפאות) ול' קופרשמידט (מעבדת מתכת).
נפתחו שני שטחים (B ,A) המרוחקים 300 מ' זה מזה. בשטח A נתגלו שני חללים תת-קרקעיים, שלאחר חפירתם הסתבר שהם טבעיים. בשטח B נחפרו שלוש מערות קבורה (B1-3) ושני חללים תת-קרקעיים (B5 ,B4), שנפגעו מדחפור.
שטח B
הכניסה למערה B1 היתה דרך פיר בצד המזרחי (3 × 4 מ'); בתוכה היו הצטברות של אדמה אפורה שכללה שברי כלי חרס מהתקופה הרומית ומתקופת הברונזה הקדומה ועל הרצפה נמצאו חרסים מתקופת הברונזה הביניימית (איור 1: 1). מערה B2 כללה שלושה כוכים ריקים (3 × 3 מ'). בהצטברויות נמצאו מעט שברי כלי חרס מתקופת הברונזה הביניימית. מערה B3 נפגעה ברובה מדחפור (1.5 × 2 מ'; איור 2). נמצאו בה עצמות נקבר אחד כבן 17 שנים במצב השתמרות גרוע. לצד הנקבר הונחו קנקנית (איור 1: 2) וגביע (איור 1: 3) המתוארכים לתקופת הברונזה הביניימית.
החללים B5 ,B4 (איור 2) טבעיים. לחלל B4 שני פתחים ובתוכו הצטברות אדמה אפורה ללא חרסים. בחלל B5 הצטברות אדמה חומה עם הרבה אבנים. בתוך ההצטברות נמצא ראש פגיון (איור 3).
הממצאים שנתגלו בחפירה מתוארכים לתקופת הברונזה הביניימית ומצטרפים לממצאי חפירה קודמת שבה נתגלו שתי מערות קבורה מתקופה זו (יהודה דגן, מידע בע"פ).