שטח A
השטח נמצא על המדרונות הדרומי והמזרחי של התל. נפתחו תשעה חצאי ריבועים (2.5 × 5.0 מ') מפוזרים על פני שטח נרחב למדיי, חלקם סמוך לבורות שוד שהתל משופע בהם. בסיוע טרקטור נוקו בורות ושקעים בקרקע.  לא נמצאו שרידים ארכיטקטוניים למעט שורת אבנים הנראית ככיסוי של קבר. בחפירת הקבר (0.40 × 0.75 × 1.80 מ') נמצאו שברי עצמות בודדות. נאספו מעט שברי כלי חרס מן התקופות הברזל עד הביזנטית. דלות הממצא מפתיעה לנוכח סמיכותו של השטח לתל.

 

שטח B
השטח על מדרונותיו הדרומיים של התל, ממערב לשטח A. בשל מגבלות תוואי הגדר נערכה החפירה באוכף שבין התל ושוליו המערביים של הכפר בית מרסים. נפתחו עשרה חצאי ריבועים
(2.5 × 5.0 מ') על תוואי הגדר המתוכנן ונחפרו עד הקרקע הבתולה או סלע האם. מעל לסלע או הקרקע הבתולה נמצאה אדמת מילוי בהירה, רכה ומעורבת בחרסים שרובם הידרדרו כנראה מראש התל. לא נחשפו מבנים למעט בדל קיר מאבני שדה לא מסותתות הנראה כגדר או מחיצה (3 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב), ללא המשך. נמצאו שברי כלי חרס רבים מתקופות הברונזה התיכונה והמאוחרת, ומעטים מתקופת הברזל והתקופה הביזנטית. נראה כי אזור התל שמעל שטח B היה מיושב בתקופות אלו.

 

שטח C
השטח משתרע למרגלותיה הצפוניים של הגבעה שעליה הכפר בית מרסים. טרם החפירה בלטו מתלולית אדמה שני עמודי אבן גיר ובחפירה נחשפה כנסייה המתוארכת לשלהי התקופה הביזנטית (המאות הו'-הז' לסה"נ) וכן שרידי קירות מתקופות מאוחרות (איור 1). חלקה המזרחי של הכנסייה נהרס, כנראה בעקבות בניית טרסה חקלאית וחלקה המערבי נפגע מעבודות צה"ל. 

 

במזרח הכנסייה נראה כי האפסיס והבמה נהרסו כליל. מדרום למקום המשוער של האפסיס נחשפו קטעים קצרים של שרידי קירות מטויחים וקטעי רצפת פסיפס אשר ניתן לשייכם לאחד החדרים הנספחים של הכנסייה. ממערב למקומו המשוער של האפסיס המזרחי נמצאו באתרן שלוש אבני גזית שבחלקן העליון נחצבה תעלה וכן שקעים לשני עמודונים השייכים לגדר הסורג.

 

מחלקה המרכזי של הכנסייה נותרו שרידים מקוטעים של יסודות הקיר הצפוני וקטעים מהסטילובטים שעליהם עמדו העמודים שהפרידו בין אולם התווך לאגפים הצפוני והדרומי. שתי שורות הסטילובטים (W35 ,W34) נבנו מלוחות מסותתים של אבן גיר (0.55 × 0.60 מ'). על הסטילובט הדרומי נמצאו עמוד שבור וכותרת ושני עמודים באתרם.

 

מהקיר הדרומי החיצוני של הכנסייה (W38) נחשפו ארבעה נדבכים הבנויים אבני גזית מסותתות היטב. צמוד לחלקו הפנימי, בסיטרה הדרומית נחשף גרם בן שמונה מדרגות היורד לחדר תת-קרקעי. החדר שימש קריפטה של הכנסייה, הכניסה אליו ממערב והוא מקורה בקמרון חביתי (איור 2). החלל נבנה מאבני גזית מהוקצעות ועל חלקן נותרו שרידי טיח. מתארו של החדר מלבני (1.7 × 3.5 מ', 2.4 מ' גובה) – ציר האורך שלו בכיוון צפון–דרום. נרות שמן מהתקופה העות'מאנית ופחית קולה מהתקופה המודרנית שנמצאו בתוך הקריפטה מעידים שהמקום היה בשימוש עד זמננו. מעל לקריפטה נחשפה יחידה נוספת עם אפסיס לדרום, כנראה בפטיסטריום, בנוי מאבני גזית מסודרות במתאר חצי מעוגל ומרוצף בלוחות אבן מסותתים שעליהם נותרו שרידי טיח.

 

ממערב לאולם התווך וסיטראות הכנסייה נותרו שרידים מיסודות קירו המזרחי של הנרתקס

(W45, כ-1.8 מ' אורך), שגם בו נחשפו שרידי פסיפס דלים. בקיר המערבי של הנרתקס

(W40) נחשפה אבן גדולה מחורצת בשני קצותיה ששימשה כנראה סף כניסה. לכנסייה היו כנראה שלוש כניסות, אחת מרכזית ושתיים צדדיות. ממערב לקיר היה כנראה האטריום. עקב ההרס הרב שנגרם לחלקה המערבי של הכנסייה לא אותר הקיר המערבי התוחם את האטריום והכנסייה. ממערב לאבן הסף נחשפו יסודות קיר נוסף שכיוונו מזרח–מערב; הקשרו למבנה הכנסייה אינו ברור. לאורך הקיר הצפוני הסוגר את הכנסייה (W37) נמצאו שרידי דלים מאוד של יסודות שני קירות לפחות שכיוונם צפון–דרום והם ניגשים לפן החיצוני של הקיר. ייתכן שאלו יסודות חדרים נוספים. 

 

בכנסייה ובסביבותיה נתגלו שרידי עמודים, חלקים מאגן הטבילה וכמה שברים של גדר הסורג. רוב ממצא כלי החרס הוא מסוף התקופה הביזנטית (המאות הו'-הז' לסה"נ) ומתחילת התקופה האסלאמית (המאות הז'-הח' לסה"נ). כמו כן נתגלו שרידים של שני סוגי פסיפס במגוון דגמים. הסוג הראשון (1.0 × 1.7 × 1.7 ס"מ גודל האבנים) עיטר את רצפת שני אגפי הכנסייה ונמצא במצב השתמרות גרוע אך נראה כי הורכב מדגמים גיאומטריים ונמצאו בו קטעי תיקונים שנעשו כנראה בזמן פעילות הכנסייה. אבני הסוג השני קטנות יותר (0.5 × 1.0 × 1.0 ס"מ); הפסיפס עיטר את אולם התווך של הכנסייה, מצב השתמרותו גרוע אך הובחנה מסגרת המורכבת מדגם סרט, קטע ובו תיאור של פרחי לוטוס ובמרכז מדליונים עשויים משריגי גפן שבהם מגוון בעלי חיים וכנראה אף תיאור של כלי קיבול פתוח. על פי סגנונם מתוארכים הפסיפסים למחצית השנייה של המאה הו' לסה"נ. 

 

למרות מצב ההשתמרות החלקי ניתן להבחין בכנסייה בכמה שלבי בנייה. הקיר הדרומי המעוגל המשויך לבפטיסטריום (W39) חותך את הקיר הדרומי של הכנסייה ולכן נראה כי נוסף לאחר שמבנה הכנסייה כבר עמד. נראה עם זאת כי הקריפטה שמתחת לבפטיסטריום היא מזמן בניית הכנסייה.

 

בתוך אולם התווך במרכז הכנסייה נמצא קטע קיר אלכסוני (W33) שכיוונו מזרח–מערב. הקיר הוקם הישר על רצפת הפסיפס והוא שייך לשלב מאוחר במבנה, לאחר תום השימוש בכנסייה. ליד קצהו המזרחי של הקיר וצמוד אליו נחשף קבר בנוי הנסמך עליו. הקבר ושני קברים נוספים שנחשפו בחלקו הצפוני של מבנה הכנסייה מאוחרים לזמן הכנסייה. הקברים לא נחפרו. קיר נוסף (W41), אולי בן זמנו של הקיר המאוחר החותך את אולם התווך, נמצא חשוף בחלקה המזרחי של הכנסייה. כיוונו צפון–דרום בהמשך לקירו המתעגל של הבפטיסטריום. נראה כי רבות מאבני הקיר הן בשימוש משני והיו שייכות למבנה הכנסייה. בתוך הקיר נתגלו סמוכים זה לזה שני חלקי אגן טבילה שהוצב כנראה בחלקה הדרומי של הכנסייה, באזור הקיר המתעגל; יחידה זו שימשה לפיכך בפטיסטריום של הכנסייה. צמוד לסיטרה הדרומית נחשף קטע קיר קצר (W43), כנראה מחיצה הניגשת לקיר המזרחי המאוחר.

נוסף על הקירות המאוחרים נחשף קיר החותך את האגף הצפוני ואת הקיר הצפוני התוחם של הכנסייה (W31). כיוונו צפון–דרום והוא בנוי בחלקו הדרומי משורת אבנים אחת ובחלקו הצפוני משתי שורות של אבני שדה גדולות. נראה כי הקיר מאוחר אף יותר – נוסף על שברי כלי החרס מהתקופות הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית והממלוכית נמצאו גם שברי כלי חרס מאוחרים המתוארכים עד למאה ה-19.

 

מבנה הכנסייה הוא אם כן בזיליקה המורכבת מאולם תווך ושני אגפים. ייתכן שהיו חדרים נספחים משני צדי האפסיס המזרחי וחדרים נספחים נוספים בחלקה הצפוני של הכנסייה. רצפת הכנסייה הייתה מעוטרת בפסיפסים משני סוגים. הכנסייה מתוארכת לסוף התקופה הביזנטית והובחנו בה שני שלבי בנייה. לשלב הראשון שייכים מבנה הכנסייה והקריפטה ולשלב השני הבפטיסטריום. לא אותר מרכז הפולחן של הכנסייה, האפסיס הראשי במזרח וכן לא אותר הקיר הסוגר במערב. בתוך מבנה הכנסייה התגלו קירות המייצגים לפחות שתי תקופות מאוחרות שאינן ניתנות לתיארוך בשלב זה.

  

שטח D
על גבעה מזרחית לכפר בית מרסים, נבדקו שלוש חציבות. לא נמצא דבר והחציבות הוגדרו טבעיות.

 

שטח E
על גבי גבעה דרומית-מזרחית לתל בית מרסים מיתקנים רבים ומערות קבורה. נבדקו ונוקו אלה שתוואי הגדר יעבור עליהם: בור ניקוז לבור מים, כמה חציבות טבעיות, גת מורכבת, פתחים לפירים שלא נחפרו עד תומם, שטח כניסה בפתחה של מערת קבורה רומית, באר הממשיכה לשמש את תושבי האזור ומערת מגורים, כנראה מודרנית.


                                                                                                                                       
שטח H
על גבעה הנמצאת צפונית-מזרחית לבית מרסים, נסקרו טרם החפירה חציבות רבות, כמה מיתקנים ומערות מגורים/קבורה. נבדקו ונוקו אלה שעל תוואי הגדר: בור מים, שני מיתקנים חצובים, פתח מערה, וחציבות טבעיות. על גבי שלוחה נמוכה יותר לצפון-מזרח נחפרה גת מורכבת עם כמה בריכות, חלקן מטויחות.