בחודש ינואר 2004 נערכה חפירה בכפר מִצְר (הרשאה מס' 4091-A*; נ"צ —רי"ח 2390-400/7270-80; רי"י 1890-900/2270-80) לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ע' מוקארי בסיוע פועלים מטעם היזם.
שטח החפירה נמצא בגרעין הכפר הישן, כ-70 מ' צפונית-מזרחית למסגד. נפתח ריבוע ונחפרה שכבת מילוי אחידה אשר הגיעה עד סלע הבזלת המקומי. נחשפו שרידי קיר בנוי מאבני גוויל מגיר ומבזלת (כ-4.3 מ' אורך, 0.6 מ' רוחב; איור 1) שמעליו הצטברות מילוי אדמה (0.6 מ' עובי) עם שברי כלי חרס מעטים המתוארכים לתקופה האסלאמית הקדומה.