שכבה VI. נחשפה פינה של יחידה אדריכלית, הכוללת שני קירות (W13 ,W12) ורצפה (L106) הניגשת אל הקירות. הקירות הושתתו על מילוי אדמה שהונח על הסלע ונבנו מאבני גזית מגיר; הם השתמרו לגובה נדבך אחד. שני הקירות ממשיכים אל מחוץ לתחום החפירה. רצפה 106 הושתתה על הסלע, והיא עשויה מגיר כתוש, שמעורבים בו אבני גוויל קטנות וחרסים מהתקופה הביזנטית. מתחת לרצפה התגלה בור מים, שנחצב בסלע בחלקו התחתון ונבנה באבנים בחלקו העליון (L107; עומק חשיפה 1.3 מ'). נראה שפתח הבור שולב ברצפת היחידה. אל הבור הוליכה תעלת ניקוז חצובה בסלע (L112; כ-0.3 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה), הנמשכת ממערב למזרח. התעלה טויחה בטיח הידראולי וכוסתה בלוחות אבן (איור 4); מעל לוחות האבן נבנתה רצפת היחידה. במקביל לתעלה זו ממזרח התגלתה תעלה נוספת (L113), שנבנתה במפלס נמוך יותר. בנייתן של שתי התעלות זהה. ייתכן שתעלה 13 שימשה להוצאת עודפי מים מהבור. מעל הרצפה התגלה מילוי של אדמה, ובו מעורבים חרסים מהתקופה הביזנטית (המאות הה'–הו' לסה"נ).

 
שכבה IV. נחשפו שני קירות מקבילים זה לזה (W14 ,W11), וביניהם קטעים מרצפה (L108 ,L104) הניגשת אל שני הקירות. שני הקירות נבנו באבני גזית מגיר מעל שרידי שכבה VI. קיר 11 השתמר לגובה שלושה נדבכים ואילו קיר 14 השתמר לגובה נדבך אחד. שני הקירות נמשכים אל מחוץ לתחום החפירה. הרצפה עשויה מאדמה כבושה וגיר כתוש, ובה מעורבים אבנים קטנות, חלוקי נחל והרבה חרסים מהתקופות הביזנטית, האומיית והעבאסית (המאה הי' לסה"נ).
 
שכבות II-III. נחשפו קיר (W10) ושרידי רצפה (L100) הניגשת אל הקיר. הקיר נבנה על השרידים של שכבה IV משתי שורות של אבני גיר גדולות, מסותתות היטב. הרצפה עשויה מאדמה כבושה, שמעורבים בה אבנים קטנות וחרסים מהתקופות הצלבנית והממלוכית (המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ).
 
מהחפירה עולה כי חלקו המרכזי של האתר ברמת ישי היה מיושב בצפיפות בתקופות הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית והממלוכית.