בית הקברות של ח' אל-עליה, מצפון ומצפון-מזרח לח' דיר אל-עצפור, נחצב לתוך סלע האופייני לאזור רמת בית שמש — שכבת נארי קשה שמתחתיה שכבת קרטון רכה שאפשרה חציבת חדרי קבורה במגוון גדלים. כל הקברים (איור 2), שנתגלו במהלך החפירה הם מטיפוס אחד — קברי פיר שלהם פיר כניסה אנכי שהוביל לחדר קבורה מעוגל. עם זאת, ניכרים תת-טיפוסים הנבדלים זה מזה בכמות חדרי הקבורה, בצורת הפיר, בעומקו ובמורכבות מכלול הקבורה. טרם החפירה נפגעו חלק מן הקברים מכלים מכניים וחלקם נהרסו (איור 3). כמו כן, רובם המכריע של הקברים נתגלו ריקים מממצא, כנראה בעקבות שוד עתיקות על ידי תושבי האתר ח' דיר אל-עצפור, עוד בתקופות הרומית, הביזנטית, האסלאמית הקדומה והממלוכית. בכניסה לחלק מחדרי הקבורה נתגלו אבני גולל באתרן, ועם זאת, חלק מקברים אלה היו ריקים מממצאים. נחפרו 250 קברי פיר, וכל הסדימנטים מתוך חדרי הקבורה נופו בקפדנות. אפשר לחלק את בית הקברות לכמה מקבצי קברים, השונים זה מזה במידותיהם, בעומקם ובמידת המאמץ שהושקע בהכנתם בתקופת הברונזה הביניימית.

 
מקבץ מזרחי (שטח K)
המקבץ, קרוב ליישוב מתקופת הברונזה הביניימית, הכיל קרוב ל-100 קברים, ונחשפו בו הקברים הגדולים והמרשימים ביותר שנחפרו בבית הקברות. רבים מן הקברים מתאפיינים בפירים מרובעים ובחדרי קבורה שקוטרם ועומקם מעל 2 מ' (איור 4). רובם המכריע של הקברים בנויים מפיר אנכי שהוביל לחדר קבורה עגול, שנחצב בדרך כלל בצד דרום, דרום-מזרח או דרום-מערב של הפיר. בכמה פירים לא נחצבו כלל חדרי קבורה אולי בשל מאפייני הסלע  — שכבת סלע קשה לחציבה. אולם פירים ללא חדרי קבורה הסמוכים לפירים שבהם נחצב חדר קבורה מעלה אפשרות להסבר אחר, המדגיש היבטים חברתיים-כלכליים הקשורים לצריכה ראוותנית של כוח אדם באתר זה. נתגלו שתי מערכות קבורה יוצאות דופן (818 הדרומית ו-799 הצפונית).
מערכת 818 מורכבת משני פירים רבועים (2.7 × 2.7 מ' מזרחי, 2.4 × 2.4 מ' מערבי, כ-2.5 מ' עומק; איור 5), הקשורים בתעלה חצובה (1.0 × 3.8 מ', כ-2 מ' עומק מרבי), ששימשה מסדרון בין שני אגפי הקבר. כל אחד מן הפירים הוביל לחדר קבורה, שנחצב בדופן הדרומית של הפיר. הכניסה לחדרי הקבורה התאפשרה דרך פתח צר (כ-0.5–0.7 מ' רוחב). אבני הגולל שחסמו את הפתחים לא נתגלו במהלך החפירה. הפירים הכילו סחף חום וחרסים רבים מתקופת הברזל 2, שמקורם כנראה במערות קבורה שדודות שנמצאו מדרום לבית הקברות של תקופת הברונזה הביניימית. בניגוד לפירי הכניסה, חדרי הקבורה קטנים מאוד וניכר בהם רישול; לא נתגלו בהם ממצאים, למעט רסק עצמות אדם.
מערכת 799 נחצבה בקצה הצפוני של שטח החפירה ובה קברי פיר, שחוברו ביניהם בתעלה חצובה, שתחילתה כנראה בסדק טבעי בסלע האם שהורחב לכדי מעבר בין חלק מן הקברים. במערכת, שכיוונה מזרח–מערב, ארבעה קברי פיר, שבכל אחד מהם פיר (1.15–1.75 מ' קוטר, 0.77–1.00 מ' עומק) וחדר קבורה (1.75–2.25 מ' קוטר), שנחצב מצפון לו. גם בפירים, וגם בחדרי הקבורה ניכרת השקעת מאמצים רבה. נתגלו כלי חרס תמימים באתרם, קנקנים, קנקניות וקערות. עוד נתגלה פגיון נחושת שלם באתרו (L530; איור 6).
ממערב לקצהו של מקבץ הקברים המזרחי נמצא משטח סלע (כ-50 × 100 מ'), שלא נחצבו בו קברים, אולי הפרדה מכוונת בין שני מקבצי הקבורה.
 
מקבץ מערבי (שטח L)
ממערב למשטח הסלע הריק מקברים, נחפר שטח L, ובו מקבץ של כ-50 קברי פיר, שנחצבו לתוך סלע האם, בדומה לאלה שבמקבץ המזרחי. הקברים מאופיינים בפיר כניסה, רדוד יחסית (0.5–1.0 מ' עומק; איור 7), שהוביל לחדר קבורה, שנחצב על פי רוב בדופן הדרומית של הפיר. מתאר חדרי הקבורה סגלגל או עגול (עד 1.5 מ' קוטר). בפתחם של מקצת מחדרי הקבורה נתגלו אבני גולל, אולם רובם המכריע היו שדודים והכילו בעיקר סחף אדמה וחרסים ממגוון תקופות, בעיקר מתקופות הברזל והברונזה הביניימית. אפשר היה להבחין בשכבה של סדימנט אפור שבתוכו היו עצמות אדם וכלי חרס, חלקם תמימים ובאתרם, מתקופת הברונזה הביניימית (איורים 8, 9). נתגלו חלקי שלדים בארטיקולציה, המעידים כי הנפטרים הושכבו בתנוחה מכווצת, ומניתוח מאפייני העצמות (י' נגר) עולה כי רובם היו בוגרים (15–50 שנה), ללא ילדים קטנים או תינוקות. מכלול כלי החרס שנתגלו באתרם מתאפיין במעט מאוד טיפוסים — קנקנים, קנקניות וקערות.
 
מקבץ דרומי-מערבי (שטח N)
מדרום-מערב לשטח L, נחפר מקבץ נוסף, שבו כ-80 קברי פיר (איור 10), רובם נפגעו טרם החפירה מכלים מכניים כבדים, כך שחלק מהפירים לא שרדו. נראה כי במקבץ זה אפשר להצביע על השקעה מתונה או מעטה בחציבת מכלולי הקבורה. פירי הכניסה ששרדו היו רדודים מאוד (עד 0.5 מ' עומק; איור 11). מאפיינים ייחודיים שנתגלו היו מדרגות שנחצבו בין הפיר לחדר הקבורה (איור 12), פירי כניסה שהובילו לכמה חדרי קבורה וחיבור של כמה מערכות יחד, דרך פתחים חצובים שקישרו בין חדרי קבורה של מערכות אחדות (איור 13), כנראה במכוון. כמו במקבצי הקבורה שתוארו לעיל, גם בשטח N נראה כי רובם המכריע של הקברים נשדדו עוד בתקופות קדומות. אולם בשטח זה נתגלו ממצאים ייחודיים: חלקים משני פגיונות צור גדולים נמצאו בחדרי קבורה ללא ממצא אחר, קערה מיניאטורית בתוך קנקן וכמות גדולה של חרוזים וצדפי דנטליום באחד הקברים.
 
סמוך לכל אחד ממקבצי הקבורה נמצאו מתקנים שנחצבו בסלע האם — ספלולים רדודים שהובילו לגומות עמוקות יותר. אי אפשר לתארך את המתקנים על סמך ממצאים, אולם סמיכותם לקברים ופיזורם במרחב עשויים להעיד על היותם בני זמנו של בית הקברות.
 
בית הקברות של ח' אל-עליה נחצב ושימש בתקופת הברונזה הביניימית אוכלוסייה כפרית שחיה במרחב רמת בית שמש. בחפירות י' דגן נחשפו שרידי יישוב מתקופה זו למרגלות ח' אל-עליה ובאזור תל זנוח. ייתכן שבית הקברות שימש את אוכלוסיית כלל יישובי רמת בית שמש. אף שרוב הקברים נתגלו ללא ממצא ואף שמספר השלדים שנתגלו בארטיקולציה מזערי, חשיפת בית הקברות, שהוא מהגדולים שנחפרו אי פעם בארץ ישראל, חשובה מאוד מכיוון שהוא משקף הבדלים כלכליים וחברתיים, הניכרים הן בפיזורם המרחבי של הקברים הן במידת ההשקעה בחציבתם.