שכבה III. שכבה זו נחשפה בחתך בדיקה קטן בריבוע C1 (איור 4), בעומק של 2 מ' מתחת לפני השטח. נתגלה קטע קטן של ריצוף (L315) עשוי ממפלס של אבנים קטנות ואחידות מגיר ומבזלת, שברי כלי חרס ושבבי צור, שנמצא חתום מתחת לשכבה עבה של משקעי הצפה (0.5 מ' עובי; איור 5), שבהם לא נתגלה כל ממצא.

בשל שטח החפירה המצומצם שבו נחשפה שכבה III, נתגלה מכלול קטן בלבד של כלי חרס. אולם, במכלול זה טיפוסים אופייניים אחדים המאפשרים לתארך שכבה זו לתקופת הב"ק 1א'. אלה כוללים קערות ממורקות אפור שלהן זיזים שטוחים או בליטות (איור 1:6–7; טיפוס 1 אצל רייט Wright 1958; תת-טיפוס 1a אצל בראון Braun 2013:73); קערה קטנה מחופה אדום בעלת דופן מכונסת ומעוגלת בראשה (איור 8:6); קערה גדולה מחופה אדום, ששפתה נוטה פנימה (איור 9:6); פערורים ששפתם מחודדת (איור 10:6–11); ופערורים שלהם שפת מדף הנושאת עיטור חבל בתבליט(איור 12:6–13); קנקן מחופה אדום בעל שפה מופשלת(איור 14:6); ובסיס של קנקן קטן הצבוע בפסים אדומים (איור 15:6). מכלול קטן אך משמעותי זה של כלי חרס מתארך את היישוב של שכבה III לתקופת הב"ק 1א'.
 
שכבה II. נחשפו שרידים דלים בשני ריבועי בדיקה (ריבועים C3 ,C1). בריבוע C3 נתגלה מפלס חיים (L312; איור 7) מתחת להצטברות של משקעי הצפה ללא ממצאים (מ' 0.5 עובי). על מפלס החיים נתגלו שברי כלי חרס, פריטי צור ועצמות בעלי חיים, המייצגים את פסולת היישוב של שכבה זו. שכבה זו זוהתה גם בריבוע C1, שבו נחשפה רצפת אבן קטנה (L314). מפלסה של רצפה 314 זהה לזה של רצפה 312, ואף היא נמצאת בין שתי הצטברויות של משקעי הצפה סטריליים הכוללות תצבירים גירניים (carbonate nodules). רצפים אלה מצביעים על כך שחלק זה של האתר הוצף לפרקים (ר' איור 5).
המכלול המצומצם של כלי החרס משכבה II כולל טיפוסים מתקופות הב"ק 1א' והב"ק 1ב': קערות ממורקות אפור (איור 1:8, 2), שאחת מזווה (איור 2:8; טיפוס 1 אצל רייט; תת-טיפוס b1 אצל בראון Braun 2013:75); קערה מחופה אדום ישרת דופן (איור 3:8); שתי קערות מחופות אדום, שלהן שפת מרזב (איור 4:8, 5); ושני פערורים ששפתם מעובה (איור 6:8, 7). פערור בעל שפת מדף הנושאת עיטור חבל בתבליט (איור 8:8) מתוארך לשלב הקדום של תקופת הב"ק 1. כן נמצאו קנקן ששפתו מופשלת חוצה (איור 9:8), קנקן קטן או פך מחופה שחור (איור 10:8), ידיות מדף (איור 11:8, 12) ושברים של כלי חרס שעובדו לפריטי חרס עגולים (איור 13:8–15). במכלול קטן זה טיפוסים מתקופת הב"ק 1א', דוגמת כלים ממורקים אפור ופערורים שלהם שפת מדף, ולצדם קערות שלהן שפת מרזב, האופייניות לתקופת הב"ק 1ב'. למרות ששכבה זו הופרדה משתי השכבות האחרות ברבדים עבים של משקעי הצפה, אין לשלול את האפשרות שחרסים שאריתיים או אינטרוסיבים משכבות III ו-I נמצאו בשכבה II.
 
שכבה I. החשיפה הנרחבת ביותר בחפירה הייתה של שרידי שכבה זו. תחת אדמת סחף דחוסה נתגלו שלושה קטעי רצפות עשויות אבן, שעוביין אינו אחיד (L313 בריבועים C1/2 — עובי 0.3 מ'; L309 בריבוע C3 — עובי 0.3–0.7 מ'; L310 בריבוע C4 — עובי 0.4 מ'; איורים 9–11). הרצפות משתרעות על פני כל השטח שנחפר ומשתפלות מזרחה. הרצפות עשויות מאבנים זוויתיות קטנות–בינוניות, שעיקרן אבן גיר, אף כי אפשר להבחין באבני בזלת אחדות. הרצפות כוללות כמות רבה של שברי כלי חרס ופריטי צור שיצרו מעין רבדי ריצוף שאי אפשר היה להפריד ביניהם בבירור, שכן הונחו זה מעל זה אך חלקם התמזגו זה בזה (איור 12); רבדים אלה מעידים כי שכבה I כוללת שלבים אחדים. אי אפשר לקבוע אם כל הרצפות הללו שייכות ליחידה אדריכלית אחת. מעל רצפות האבן זוהו שלושה מעגלי אבן (L304 [איור 13] ו-L307 מעל רצפה 313; L316 מעל רצפה 309). הממצאים משכבה זו כוללים מכלול קרמי עשיר, פריטי צור, כלי אבן, עצמות בעלי חיים שבורות ושברים של זרעים מפוחמים.
המכלול הקרמי מתארך את היישוב של שכבה I לתקופת הב"ק 1ב', והוא דומה לזה שנתגלה בשטחים A ו-B. נתגלה מגוון רחב של קערות: קערות ממורקות אפור, כולל קערה מזווה, שלה שפה נוטה חוצה (איור 1:14; Wright 1958: Type 1), וקערה בעלת גוף ושפה מזווים (איור 2:14; Wright 1958: Type 3), שני טיפוסים שכמותם נתגלו באתר בעבר (Braun 1985: Fig.19:1–10); קערות קטנות ששפתן מופשלת חוצה (איור 3:14, 4); קערה מחופה ישרת דופן (איור 5:14); וקערות קטנות מחופות אדום בעלות שפת מרזב, שדופנותיהן נוטות פנימה (איור 14: 6, 7) או פתוחות ובעלות שפת מדף (איור 8:14). קבוצת הכלים האחרונה היא האופיינית ביותר לעמק יזרעאל במהלך תקופת הב"ק 1ב' (Braun 2013:83; למשל, עין שדוד [Braun 1985: Fig. 16] ועפולה [נ' גצוב, מידע בעל פה]). לקערות מחופות אדום נוספות שפות בעלות חתך משולש (איור 9:14, 10), דופן מכונסת ושפה שטוחה (איור 11:14, 12) או שפה תלויה, נוטה פנימה (איור 13:14); בליטה דמוית קונוס מחופה אדום (איור 14:14) שייכת אף היא לטיפוס האחרון (Braun 1985:8–10). לקערות הגדולות שפה נוטה פנימה ומרזב פנימי (איור 1:15), רכס חיצוני (איור 2:15–4) או בליטה דמוית קונוס (איור 5:15). הקערות הגדולות ביותר, הדומות לקדרות, שפות נוטות פנימה וזרבוביות (איור 6:15, 7), המלמדים כי שימשו להכנת המזון ולהגשתו.
לפערורים משכבה זו שפה מחודדת (איור 8:15–9; ר' למשל Braun 1985: Fig. 21:10–14) או מרוכסת, ללא טיפול של פני הכלי החיצוניים (איור 10:15–13; ר' למשל Braun 1985: Fig. 22:1–7); לפערור שדופנותיו דקות שפה בעלת חתך מרובע וידית מדף מוגבהת (איור 14:15). כן נתגלו קנקן שצווארו גבוה ושפתו משתפלת חוצה, כנראה קנקנית או קנקן גוצי דמוי דלעת (gourd jar; איור 1:16), הדומה לאלה שנמצאו בשטחים A ו-B (ר' Braun 1985: Fig. 20:1–5); כלי קטן וסגור צבוע אדום (פך? איור 2:16); קנקן שצווארו ישר דופן (איור 3:16); וקנקנים מחופים אדום וקצרי צוואר (איור 4:16–6), שצורתם דומה לכלים משטחים A ו-B (ר' Braun 1985: Fig. 20:8–14). כן נתגלו פיטסים ששפתם מעובה ומעוגלת, מעוטרת או ללא עיטור (איור 7:16–9) ופיטסים בעלי צוואר קשת (איור 10:16–12); בסיס של כלי סגור המעוטר מבחוץ בפסים אדומים (איור 1:17); ידיות מדף (איור 2:17–4); ידיות אוזן מחופות אדום הנושאות חרותות אלכסוניות מקבילות (איור 17: 5, 6); וזרבובית עקומה של קומקום מחופה אדום (איור 7:17). מספר עיגולי חרס יוצרו משברי כלים פשוטים ומחרסים משוחים אדום (איור 8:17–11).
מכלול כלי החרס מתארך שכבה זו לתקופת הב"ק 1ב'. מאחר שכל העפר מן החפירה סונן, למכלול זה חשיבות רבה לחקר דפוסי ההתיישבות באתר ובעמק יזרעאל בתקופה זו.
ממצא האבן כולל משקולת פלך מאבן גיר (איור 1:18), משקולת (איור 2:18) ושלושה שברים של כלי שחיקה מאבן בזלת (איור 3:18–5). רוב פריטי הצור שנחשפו בחפירה הנוכחית הם משכבה זו. ניתוח כלי הצור (ר' נספח) חשף את הדפוס המוכר היטב של ייצור מקומי של כלי אד-הוק מנתזים לצד ייבוא של להבים כנעניים שייצורם דרש מומחיות והתמקצעות.
 
בשטח C נחשפו שרידי יישוב מצומצמים, הכוללים סדרה של רצפות אבן בשולי האתר, ללא עדות למבנים. שלוש השכבות שזוהו בחפירה מופרדות זו מזו בשכבות עבות של משקעים שהצטברו בעקבות הצפות תקופתיות שכיסו חלק זה של האתר; נראה אם כן כי בתקופות של הצפות הצטמצם חלקו המיושב של האתר. שלבים אלה של הצטברות משקעי הצפה עבים מעלים את האפשרות כי הקרקע הבתולה שזוהתה בשטחים A ו-B מתחת לשכבה II (ר' Braun 1985:12, 27, Figs. 9, 10) היא למעשה רובד של אדמת סחף או של משקעי הצפה שחתם שלבי יישוב קודמים.
השוואה בין מכלולי כלי החרס משטחים A ו-B (ר' Braun 1985: Figs. 14–27) לאלה משטח C מעידה כי שרידי היישוב בשטחים A ו-B מקבילים בזמן לשכבה I בשטח C, המתוארכת בוודאות לתקופת הב"ק 1ב'. בחתכי הבדיקה בשטח C נחשפו שרידים קדומים יותר — שכבות II ו-III. במכלולים הקטנים משכבות אלה טיפוסי כלים אחדים המעידים על יישוב בתקופת הב"ק 1א'.

 

למרות החפירה המצומצמת בשטח C, הממצאים שנתגלו תורמים להבנת היישוב הקדום של עין שדוד, ומאפשרים להסיק מסקנות אחדות על גודלו ועל הכרונולוגיה שלו. שטח C נמצא בשוליו הדרומיים ביותר של היישוב מתקופת הב"ק 1, כפי שמעידים רצפות האבן והיעדרם של קירות. עדות נוספת לכך עולה מתעלות הבדיקה הרבות שנחפרו כ-80 מ' דרומה, שבהן לא נתגלו שרידים קדומים. שרידים של יחידות מגורים השייכות ליישוב מתקופת הב"ק 1 נחשפו בחפירות קודמות: רבן חשף לאורך הנחל חמישה מבנים סגלגלים שרצפתם עשויה מחלוקי אבן, אשר זוהו על ידו כחלק מ"כפר חקלאי" (ארכיון רשות העתיקות; אריה 262:2011–263, תכנית 2.4.9); יחידות נוספות נחשפו בשטחים A ו-B (ר' Braun 1985:12–28), כ-200  מ' מצפון לשטח C. מכאן עולה כי אפשר לשחזר את היישוב מתקופת הב"ק 1 בעין שדוד שהתפתח באדמות העמק, לצד מעיין, ככפר הכולל יחידות מגורים המשתרעות על שטח של 210 דונם לפחות (איור 19). אין אפשרות לקבוע אם היישוב השתרע גם על פסגת התל.

לסיכום, נראה כי עין שדוד יושב לראשונה בתקופת הב"ק 1א', כפי שמציע המכלול הקטן אך המשמעותי של כלי החרס משכבה III בשטח C. היישוב המשיך להתקיים בתקופת הב"ק 1ב', כפי שעולה מן המכלולים משכבות II ו-I בשטח C, המקבילות ככל הנראה לשכבות II ו-I בשטחים A ו-B. לאחר נטישתו של היישוב מתקופת הב"ק 1ב' הצטמצמה ההתיישבות בעיקר לתל, ובשטחים CA לא נתגלו שרידים מאוחרים יותר באתרם.