החפירה הראשונה באתר עין ציפורי נערכה בימי המנדט הבריטי על ידי מהנדס העיר נצרת, ובה נחשפו ראש קיר איתן (סכר? כ-5 מ' אורך, כ-1 מ' גובה), שנבנה מאבני גזית גדולות, ובמרחק של 1.5 מ' ממערב לו אמת מים (0.42 מ' רוחב) המוליכה לצפון-מערב (ארכיון מחלקת העתיקות המנדטורית; איור 1:1). עוד נחשפו באתר בעבר תעלת מים מקורה שהייתה חלק ממערכת השקיה לשטחים הסמוכים, ובה חרסים מהתקופות הרומית, הביזנטית והאסלאמית הקדומה (בן נחום 1998; איור 2:1), ושרידים שתוארכו למן תקופת הברונזה התיכונה 3 ועד לתקופה העות'מאנית, ובהם בין היתר מבנה עגול (6 מ' קוטר) שקירותיו עבים (כ-2 מ' עובי), הנקרא בית המעיין (פורת 2005; איור 3:1).

בשנת 2005 החלו עבודות להכשרה של בית המעיין למבקרים, אולם אלה הופסקו מאחר שמפלס המים במבנה היה גבוה. לאחר מכן נערכו בבית המעיין קידוחי בדיקה באמצעות סילון מים, שחשפו שכבה קשה בעומק של 2.5 מ' מתחת לפני המים. בעקבות כך נפתחו שישה שטחי חפירה (איור 2) בבית המעיין (שטח B) ומסביבו (שטחים A, CF). כמו כן נערכו סקר חישה מרחוק וחתכי בדיקה בסביבת בית המעיין (אזורים ArsFrs; איור 3) ובדיקה תת-מימית בתחנת השאיבה מימי המנדט הבריטי (ר' איור 1).
 
החפירה
שטח A. נפתחו שני ריבועי חפירה (1A, 2A). ריבוע 1A (איור 4) נפתח מדרום לבריכה הצמודה לבית המעיין, ונחשפה בו שכבה של אדמה חרסיתית (138L), שמעורבים בה פריטי צור מהתקופה הניאוליתית, חרסים מהתקופות הרומית והעות'מאנית ופריטים בני ימינו. בעומק של 0.11 מ' מתחת לה נחשף ראש קיר דו-פני (144L), שנבנה מאבנים מהוקצעות וביניהן אבנים קטנות. בחצי המזרחי של הריבוע נחשפה רצפה של אבנים קטנות (152L) שתוארכה, על פי ממצא רב של כלי צור וחרס וכמה כלי אבן, לתקופה הניאוליתית (תרבות ואדי רבה). בצד המערבי של הריבוע נחשפה שכבה של אדמה, שמעורבים בה שברי אבן ואבני לקט קטנות (157L), ומתחת לה אדמה בוצית ספוגה מים.
בריבוע 2A (איור 5) נחשפה שכבה של אדמה שחורה עשירה בנתזי אבן, אבני צור וכלי חרס מהתקופה הרומית (139L). בעומק של 0.23 מ' מתחת לה נחשפו שרידי קיר (150W), ומדרום לו רצפה עשויה מגיר כתוש, חלוקים ושברי אבנים קטנות (146L); הרצפה משתרעת לאורך הקיר וניגשת אליו. ממזרח לרצפה ומתחתיה נחשפה אדמה שחורה עשירה באבנים ונתזי אבן (147L), ומתחתיה שכבה של אדמה אפורה (151L) ובה כמה מסמרי ברזל. בלוקוס 151 נראתה היטב התשתית של קיר 150. בפירוק המחיצה בין שני הריבועים נחשפו אבני כיסוי של תעלה טבולות במים (L158; איור 6).
 
שטח B. נערכה חפירה תת-מימית בפיר של בריכת הביקורת (1.8 × 2.3 מ'; איור 7) בבית המעיין, במטרה לבדוק את עומק הבריכה. נערכו 15 דיקורי בדיקה (137L) באמצעות סילון מים, המאפשרים חדירה דרך סדימנטים בלתי מלוכדים בלבד. נחשפו מפולות של אבני בנייה גדולות (140L) שהתמוטטו מדופנות הבריכה ותקרתה, ובהן התגלו שתי אבנים מסותתות ומחורצות כתוצאה משימוש בחבלים לדליית מים, ששימשו בפי באר. כמו כן, נשאבו באמצעות מערכת חפירה תת-מימית (דרדג'ר) שהופעלה על ידי צוללנים סדימנטים בלתי מלוכדים, ומתחת להם נחשפה רצפת בטון (162L; כ-0.15 מ' עובי) מימי המנדט הבריטי שחתמה כמחצית משטח הבריכה בצדה הצפוני. ברצפה שולבו קורות עץ ומוטות ברזל. מתחת לרצפה נחשף מילוי של אבני שדה קטנות (163L; 1.55 מ' עובי). בתחתית המילוי (L163a) נחשפה רצפה עשויה מגיר כתוש מהודק ואבנים קטנות, שהשתרעה על פני כל קרקעית הבריכה; זוהי רצפת הבריכה מזמן בנייתה בתקופה הרומית. בחתך שנערך בפינה הדרומית של הפיר (168L) נחשפו מתחת לרצפה תעלת היסוד ונדבכי היסוד של הבריכה. בצד הדרומי של הפיר נחשף פתח של תעלת הזנה, ובו זרימה רציפה של מים צלולים (איור 7C) שהוליכו מהתעלה הדרומית. בצד הצפוני של הפיר התגלה פתח (0.5 מ' רוחב) שממנו זרמו מים החוצה אל התעלה הצפונית (איור 7B), שחלק מאבני הכיסוי שלה הוסרו בעבר. שני הפתחים גבוהים מרצפת הבריכה בכ-9 ס"מ, והם אינם נמצאים בציר ישר אלא בזווית קלה במטרה ליצור ערבול של המים. מאחר שהמים אינם זורמים ישירות החוצה, הם זורמים בתוך הבריכה והסדימנטים שוקעים בתחתיתה. מפתחי התעלות נראו היטב דופנותיהן, שנבנו מחמישה נדבכים של אבנים מסותתות ללא שרידי מלט וטיח. עומק התעלות כ-1.2 מ' מהנדבך העליון.
 
שטחים C ו-D. פני השטח הופרעו עקב הנחה של צינורות מים (L141). נערך חתך בדיקה (L148), ונחשפו בו כלי צור וכלי חרס מעטים שאינם באתרם מהתקופה הניאוליתית הקרמית.
 
בשטח E נחפרה התעלה הצפונית. לאחר פינוי של פריטי צור שאינם באתרם, שהתגלו על פני השטח, והסרת אבני הכיסוי של התעלה, נערכו דיקורים והתברר שהתעלה סתומה בסחף. מעל התעלה נחשפה במרבית אורכה חגורת בטון (כ-0.2 מ' עובי), שנוצקה בימי המנדט הבריטי. חלק מלוחות הכיסוי שהוסרו הוחזרו מעל לבטון. חגורת הבטון נחשפה גם בחפירה שנערכה במקום בעבר (פורת 2005).
 
שטח F. נחשפו שני נדבכים של אבנים מהוקצעות השייכים לקיר החיצוני של המבנה העגול של בית המעיין. מתחת לנדבכים ומעט פנימה במבנה נחשפו נדבכים נוספים של אבני שדה בינוניות ששימשו תשתית. עוד נחשפו אבני הכיסוי של התעלה הדרומית, ונראה כי הקיר העגול נבנה על גבי התעלה והשתלב בה. הממצא הקטן בחפירה כלל חרסים מהתקופה הרומית וכלי צור מהתקופה הניאוליתית.
 
 
סקר חישה מרחוק
הסקר נערך ממזרח לכביש המוביל ליישוב ציפורי, בין ערוץ נחל ציפורי לכביש 79, במטרה לאתר תעלות מים מתחת לקרקע. נעשה שימוש במכשיר MK31-2EM המודד את המוליכות החשמלית של תת-הקרקע, מבלי לגעת בקרקע ולפגוע בשטח הנבדק. תחילה נערך סקר מקדים מעל חלקה הדרומי של תעלת מים בין תחנת השאיבה מימי המנדט לעין ציפורי, בין שני שטחים של חפירות הבדיקה שנערכו במטרה לאתר את תוואי התעלה. הסקר המקדים נועד לבחון את יכולת המכשיר לאתר תעלת מים בתת-הקרקע ולקבל את האנומליה שיוצרת תעלה כזו בתת-הקרקע לצורך השוואה בהמשך. בעקבות הסקר המקדים נבחרו שישה שטחים שבהם נערכו המדידות האלקטרומגנטיות (ArsFrs; איור 8, ר' איור 3). בשטח Ars נבדק אם ישנה אמה המסתעפת לכיוון ערוץ נחל ציפורי מהאמה שמובילה מתחנת הביקורת (עין ציפורי) לכיוון צפון-צפון-מזרח. בשטחים Brs, Drs ו-Ers נבדק אם ישנה אמה הנכנסת לבית המעיין מכיוון מזרח. מדרום לבית המעיין לא התאפשרה מדידה עקב צינור מים גדול וכביש העוברים במקום. בשטחים Crs ו-Frs נבדק אם ישנן אמות המובילות מבית המעיין ועין ציפורי לכיוון שוחה שאליה נשאבו המים, הנמצאת על יד כביש הכניסה לציפורי. כדי לקשור בין שטחים Crs  ו-Frs נמדדו שני קווים נוספים וקו שלישי ניצב בשטח שביניהם. קווים אלה מסומנים בקו שבור (ר' איור 3).
 
בשטח Ars בולטות האנומליות של התעלה שעוברת בדרום השטח ובמערבו, ומוליכה כנראה למבנה בעין ציפורי. כמו כן, נראות שתי אנומליות חלשות המסומנות בקו מקווקו, שכיוונן מתאים לכיוון של העיבוד החקלאי בשדה, ונראה שזהו הגורם ליצירתן. לא נערכה חפירת בדיקה בשטח.
 
שטח Brs. הובחנה אנומליה בחלקו הדרומי של השטח, המקבילה באופן כללי לצינור מים שיוצא מהמשאבות דרומה. הפרעת הצינור מקשה לקבוע את רוחבה המדויק של האנומליה (6–12 מ'), המשתנה מצפון לדרום. ייתכן כי אנומליה זו נובעת מתעלת הצינור היוצא מבית המעיין. נחפר חתך (1B; 10 מ' אורך), בכיוון מזרח–מערב ובעומק של 2.8 מ' מתחת לפני השטח, ובו התגלה מילוי של אבנים מעורבות באדמה ובו ראשי חץ ושברים של כלי צור המוכרים מתרבות ואדי רבה.
 
שטח Crs. נערך חתך (1C; 10 מ' אורך, 3.5 מ' עומק) בכיוון דרום–צפון, ונחשפה בו קרקע חרסיתית כהה עשירה בחומר אורגני. נראה כי זוהי שכבת אקוויפר נושאת מים. לא התגלו שרידים קדומים.
 
בשטח Drs נראית אנומליה (25–30 מ' אורך) האופיינית לגוף רדוד, כנראה בעומק מרבי של כ-1 מ', והיא כוללת שני קווים מקבילים. רוחב האנומליה (כ-10 מ') דומה לרוחב של אנומליית התעלה בסקר המקדים. חלקה הצפוני של האנומליה נמשך לכיוון צפון-מערב והיא אחידה בצורתה בקטע זה. בחלקה הדרומי פונה האנומליה לעבר תחנת השאיבה מימי המנדט. בניצב לאנומליה נערך חתך (1G; 10 מ' אורך, 3 מ' עומק מרבי) בכיוון דרום–צפון. במרכז החתך, בעומק של 1.6 מ' מתחת לפני השטח, התגלה מילוי מלאכותי גדול של אבני שדה קטנות ונתזי אבן; חתכו של המילוי דמוי V (איור 9, ר' איור 7: חתך B). נראה כי זהו מצבור של אבני שדה ששימש תשתית לבנייה של תעלת מים שנחשפה. מתחת למילוי התגלתה קרקע לחה. החתך לא העמיק עד לסלע האם. נראה כי מילוי האבנים נמשך לאורך כל חלקה הצפוני של האנומליה. כאשר פונה האנומליה לעבר בית המעיין היא משנה את צורתה, אולי מפני שהמילוי משנה את עומקו או את הרכבו או שהאנומליה נגרמת על ידי גורם אחר.
 
בשטח Ers הובחנה אנומליה חלשה וצרה יחסית (כ-4 מ'). נראה כי המקור לאנומליה זו הוא עיבוד חקלאי של השטח בדומה לשטח A. אנומליה זו לא נחפרה.
 
בשטח Frs נראו שינויים גדולים במוליכות החשמלית בכיוון צפון–דרום, כן נראו כמה אנומליות חלשות של קווים ישרים. נערך חתך (1F; 15 מ' אורך, 3.8 מ' עומק מרבי) בכיוון צפון–דרום, וניצב לו נערך חתך נוסף (3.8 מ' עומק מרבי). בקרקעית החתכים נחשפה אדמה חרסיתית כבדה ובה אבנים בינוניות אחדות. סמוך לקרקעית נחשפה אדמה בוצית שאינה מימית. בעומק של 0.6 מ' מתחת לפני השטח התגלו שברים אחדים של כלי חרס המוכרים מתרבות ואדי רבה. במרכז שדה ממערב לעין ציפורי נערך חתך נוסף (2F; 3.8 מ' עומק מרבי), ובעומק של 0.5 מ' מתחת לפני השטח נחשפו בו שתי אבנים מהוקצעות שהונחו זו לצד זו, אולי שרידי קיר בכיוון מזרח–מערב. על פי הממצא יש לתארך את הקיר לזמנה של תרבות ואדי רבה.
 
בדיקה תת-מימית בפיר תחנת השאיבה מימי המנדט הבריטי
תחנת השאיבה נבנתה כפיר עגול ועמוק (כ-3 מ' קוטר), שבמרכז קרקעיתו יש פתח ובו הונחו צינורות ברזל לשאיבת המים (איור 10). בעומק של 0.2 מ' מתחת לרצפת הבטון של פיר זה התגלו שרידי בריכה מלבנית (כ-1.8 × 2.0 מ'), שנבנתה מאבני גזית ללא סימני טיח. בצדה הדרומי של הבריכה התגלה פתח של תעלה שהזינה אותה במים, בדומה לבית המעיין, ואילו בצדה הצפוני של הבריכה התגלה פתח של תעלה מקורה הנמשכת לכיוון צפון. הובחנו ארבעה נדבכים של דפנות הבריכה, אם כי נראה כי נדבכים נוספים קבורים מתחת לאדמה שהצטברה על קרקעיתה.
 
ממצאים
כלי חרס. התגלו שברי גוף מהתקופה הניאוליתית (תרבות ואדי רבה; איור 1:11–5), פך מהתקופה הרומית (איור 6:11) ופך ומקטרת מהתקופה העות'מאנית (איור 7:11, 8).
 
פריטי צור. התגלו 577 פריטי צור בשטחים A ו-CF. בשל פעילות חקלאית במקום קשה היה להפריד בין שכבות קדומות למאוחרות יותר, ולכן מכלול פריטי הצור נבחן כמאסף אחד. התגלו 241 פריטי פסולת, ובהם שכיחות גבוהה של נתזים ביחס ללהבים: סך כל הנתזים שנאספו הוא 81 (14% מהמכלול), לעומת 42 להבים (7% מהמכלול). נחשפו שישה גרעיני נתזים (כ-1% מהמכלול), שצורתם אינה סדורה והם נוצלו באופן אינטנסיבי (איור 1:12–4). בפסולת הגרעין תשעה פריטים (כ-2% מהמכלול; איור 5:12, 6), כולם להבי רכס (0.05 מ' אורך ממוצע) המוכרים מהשלבים הראשונים של עיצוב הגרעין. התגלו 230 כלים, ובהם להבים עם שקערוריות ומשוננים (איור 7:12–9), מקדחים (איור 10:12), להבי מגל (איור 11:12–13), גרזנים (איור 14:12) ומקרצפים (איור 15:12). להבי המגל שבמכלול משוננים בשינון עדין על להבים ארוכים — טיפוס המוכר מהתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית ב'. חלק מהכלים הוכנו באתר.
 
החפירה בשטחים AF מלמדת שבית המעיין נבנה בשלושה שלבים: בשלב הקדום, בתקופה הרומית, נבנתה מערכת מים, הכוללת בריכה (שטח B) שאליה זרמו מים מתעלה בחלקה הדרומי ויצאו דרך תעלה בחלקה הצפוני. הבריכה שימשה בריכת ביקורת, ובה שקע החול והלכלוך. כדי למנוע את סתימת התעלות, נוקו החול והלכלוך ששקעו בבריכה אחת לתקופה. בשלב האמצעי, במהלך התקופה העות'מאנית, בריכת הביקורת המשיכה לשמש כפי שהיא. מתקופה זו התגלו על הרצפה המקורית של הבריכה חרסים, מחברי ברזל וחלקי עץ, הקשורים כנראה למתקן הרמת מים פשוט למילוי שקתות מחוץ למתקן. בשלהי התקופה העות'מאנית נסתמה בריכת הביקורת בשפכים, מעבר המים מהתעלה הדרומית הצטמצם, מעבר המים אל התעלה הצפונית נחסם בחלקו, מפלס המים בבריכה עלה והבריכה הפכה למעין בריכת הרמה. המים נשאבו מלמעלה אל אגנים או בריכות קטנות בצדה המזרחי. בשלב המאוחר, בימי המנדט הבריטי, נבנתה בבריכה רצפת בטון ובצדה המזרחי הוצבה משאבה ששימשה להשקיית השדות ועדרי צאן ובקר. נראה כי בתקופה זו נפרץ הקיר הצפוני של הבריכה והוגבהו דופנות התעלה הצפונית באמצעות קורות יצוקות במטרה לאפשר זרימת מים; חלק מאבני הכיסוי של התעלה לא הוחזרו למקומן ולכן הייתה זו תעלה פתוחה בחלקה. בחפירה מסביב לבית המעיין לא התגלתה מערכת אנטיליה חיצונית. אין בבית המעיין נביעה של מים ומקור המים נמצא מדרום לתחנת השאיבה, כנראה מעבר לכביש 79. ממצא כלי הצור מלמד שבמקום התקיימה פעילות בתקופה הניאוליתית הקדם קרמית ב' ובזמנה של תרבות ואדי רבה; אפשר ששרידי יישוב מתקופות אלה נהרסו בעת הבנייה במקום. בחפירות שנערכו באזור בעבר התגלו שרידי יישוב גדול מתקופות אלה (ברזילי 2010; מילבסקי וגצוב 2014; ירושביץ 2016; גצוב ומילבסקי 2017).
בסקר החישה מרחוק נראו כמה אנומליות קוויות הנגרמות כתוצאה מחפירה של תעלת מים. בשטח Drs הובחנה האנומליה החזקה ביותר — היחידה הקשורה לבנייה עתיקה. לא נתגלתה תעלה מים המקשרת בין אזור בריכת הביקורת בבית המעיין לשוחת השאיבה שבמערב אזור הסקר. בשטח Ars לא התגלתה תעלה המקשרת את בריכת הביקורת לאזור הסכר שעל נחל ציפורי מצפון.
הבדיקה שנערכה בתחנת השאיבה מימי המנדט מלמדת כי היא נבנתה כפיר עגול ועמוק, ובמרכזה צינורות שאיבה מברזל היורדים לתוך פתח מלבני בתחתית ומשם לתוך בריכת ביקורת מהתקופה הרומית, הזהה במידותיה לזו שנחפרה בבית המעיין. גם בבריכה זו התעלה של כניסת המים היא מדרום והתעלה של יציאת המים מצפון. נראה כי בימי המנדט הבריטי, לאחר הבנייה של תחנת השאיבה, היה מפלס פני המים גבוה בתוך המבנה והתאפשרה שאיבת מים באופן רציף והזרמתם ליישובים סמוכים. בנאי תחנת השאיבה הכירו את המערכת של הולכת המים ואת בריכות הביקורת מהתקופה הרומית ואת הקשר ביניהן וסתמו את בריכת הביקורת ברצפת בטון. סתימתה אפשרה את עליית מפלס המים בתחנת השאיבה ויחד עם זאת זרימה מצומצמת דרך בריכת הביקורת לשטחים החקלאיים. בנייה של מערכת תת-קרקעית משוכללת להולכת מים יכולה הייתה להתבצע אך ורק על ידי שלטון מרכזי שדאג לאספקה סדירה של מים ראויים לשתייה.