בחודש פברואר 2004 נערכו חפירות בדיקה ממזרח לתל עלי, לקראת חפירת תעלה להנחת קו ביוב (הרשאה מס' 4126-A; נ"צ — רי"ח 25270-88/73390-4220; רי"י 20270-88/23390-4220). נערכו שלוש בדיקות בתעלה, במקום שהיה בו חשש לפגיעה בעתיקות. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון המועצה האזורית עמק הירדן והמחלקה לעבודות ציבוריות, נוהלה וצולמה על ידי הווארד סמיטליין בעזרת י' יעקובי (מנהלה), ו' אסמן וס' פירסקי (מדידות) וא' בלשוב (שרטוט).
תל עלי הוא אתר ניאוליתי וכלקוליתי גדול בגליל התחתון, על המדרונות הנמוכים המשתפלים לעמק הירדן התיכון, מצפון לנחל יבנאל, סמוך למפגשו עם הירדן, היוצא מן הכנרת כ-1.5 ק"מ מצפון-מזרח. בשנים 1959-1955 נערכו באתר ארבע עונות חפירה על ידי מ' פראוסניץ (שטחים A-C). שתי חפירות נוספות נוהלו על ידי י' גרפינקל בשנים 1989–1990 (שטחים E, D; ר' חדשות ארכיאולוגיות צה: 23; צט: 17). החפירה הנוכחית נערכה בשלושה שטחים והמשיכה את רצף מספור השטחים שפראוסניץ החל בו וגרפינקל המשיכו; שלושת שטחי החפירה G ,F ו-H (איור 1) נמצאים 150–200 מ' ממזרח לשטחי החפירה הקודמים בתל עלי ונמוך מהם, לאורך דרך עפר המוליכה דרומה מן הכניסה לקבוצת כנרת, עוברת שדות חקלאיים וחוצה בהמשך את נחל יבנאל. השטחים נוקו בחלקם באמצעות כלי מכני. בשטח F, הצפוני, נחפרו כ-35 מ"ר; 185 מ' מדרום, בשטח G, נחפרו כ-50 מ"ר, ובשטח H, כ-100 מ' מצפון לנחל יבנאל ו-140 מ' נוספים דרומה, נחפרו כ-50 מ"ר.
שטח F
שרידי קירות מקוטעים נתגלו באדמת האלוביום מתחת להצטברות של חומר מודרני. שניים מן הקירות (603 W, 604 W ; איור 2) נראים כפינה של מבנה דל שהכיל כמה אבנים בשימוש משני, ובהם מכתש בזלת קדום — ככל הנראה מן התקופה הניאוליתית או הכלקוליתית — ואבן בנייה מלבנית מהוקצעת היטב, המתוארכת כנראה לכל המוקדם לתקופה הביזנטית (איור 3). המבנה נמשך מתחת לדרך העפר. כחצי מטר דרומה נתגלתה שורת אבנים נוספת שהוצבה במכוון (1.4 מ' אורך) על האלוביום הסטירילי שהצטבר על גבי סלע האם, כ-2.5 מ' מתחת לפני השטח.
רוב שברי כלי החרס שנמצאו קטנים ושחוקים וניתן לתארכם לתקופות הביזנטית או המוסלמית הקדומה. ראוי לציון שבר נר מן המאות הז'–הח' לסה"נ. הממצא הקרמי אינו מספק אפשרות לתיארוך המבנה.
שטח G
לאורך של כ-4.5 מ' נתגלו שתי שורות מקבילות ומופרעות של בולדרים מבזלת (גודל ממוצע: 0.7-0.6 מ' אורך; 0.4 מ' גובה) עם מילוי של אבנים קטנות ביניהן, שכיוונן דרום-מזרח–צפון-מערב (איור 4). שורות האבן נקטעו במזרחן על ידי תעלת ביוב שנמשכת לאורך שולי הדרך. כמו בשטח F, מעט שברי כלי חרס נמצאו שחוקים ואינם מאפשרים תיארוך. ניתן לשער ששורות אבן אלה היו קשורות לפעילות חקלאית, ולא היו חלק ממבנה. מתחת לבולדרים נמצאה אדמת אלוביום סטרילית שבבדיקה סמוכה נמצאה משתפלת כ-2.5 מ' עד לסלע הטבעי, ללא שרידים ארכיאולוגיים.
שטח H (איור 5)
בחפירה ידנית שהושלמה באמצעות כלי מכני מפני השטח עד לסלע הטבעי,כ-3 מ' לעומק, נחפר בור בדיקה (5X5 מ') שהכיל אלוביום סטרילי. 25 מ' צפונה-מזרחה, נחשפו שרידים של דרך מרוצפת שלא השתמרה היטב. השרידים הופרעו קשה בשל קרבתם לפני השטח, וכן בשל תעלת הביוב שנזכרה לעיל. הדרך, שניתן לשער כי שימשה את תושבי האזור במאה הי"ט ובראשית המאה הכ', נבנתה מאבנים שטוחות עם חומר מלכד לבן דמוי טיח, שהונחו על האלוביום. קטעים מתשתית זו אותרו לאורך כ-20 מ', עד למקום שבו פנתה הדרך דרומה-מזרחה ונעלמה מתחת לדרך הקיימת.
גם בשטח זה נמצאו מעט מאוד שברי כלי חרס אף שלא היו שחוקים כמו אלה שנמצאו בשטחים F ו-G והם מתוארכים לתקופות הביזנטית, הממלוכית והעות'מאנית.
הממצאים משלושת שטחי חפירה, אף שלא ניתן לתארכם במדויק, מסייעים להעריך את שטחו של האתר. לאורך רצועת אדמה של 300 מ' לא נמצאה עדות להתיישבות קדומה, למעט מכתש הבזלת שאותר בשימוש משני בקיר W603. גבול ההתיישבות הקדומה של תל עלי נמצא, אם כן, קרוב יותר לאתר עצמו כ-200-150 מ' ממערב לשטחי החפירה.