החפירה נערכה על גבעה טרשית מתונה ובה משטחי סלע אחדים, והתמקדה במתקנים שנתגלו בסקר: שלוש מערות, גת ומשטח שחצובים בו מתקנים חקלאיים אחדים (איור 2).

 
מערה 1 (3.6 × 4.5 מ'; איורים 3, 4) שנחפרה בחלקה, היא מערה טבעית, שהכניסה אליה דרך פיר לא רגולרי היורד מפני השטח (L300; כ-1.2 × 1.6 מ', 2.1 מ' עומק). חלל המערה לא רגולרי, ובו מפלסי סלע אחדים. במערה לא נראו סימני חציבה, והממצא בה דל: מעט שברי כלי חרס מהמאות הא' לפסה"נ – הא' לסה"נ, שעיקרם קנקנים (איור 4:5, 7), מעט עצמות בעלי חיים ושתי טבעות ברונזה פשוטות, זהות (2.5 ס"מ קוטר כל אחת).
 
מערה 2 (2.80 × 2.85 מ', כ-1.25 מ' גובה מרבי; איורים 6, 7) היא מערה טבעית שהוכשרה לשימוש ולה חלל מעוגל. פתח המערה (L400) פונה צפונה וממנו מובילות שתי מדרגות חצובות (העליונה — 1.3 מ' רוחב, 0.37 מ' גובה; התחתונה — 1.15 מ' רוחב, 0.15 מ' גובה) לחלל המערה (L401) שהיה מלא בעפר ובאבנים, ונמצאו בו מעט שברי כלי חרס לא אינדיקטיביים. כ-0.7 מ' מעל לקרקעית המערה, על גבי שכבת עפר (L403) שלא נמצא בה דבר, הונחה רצפה עשויה לוחות אבן לא רגולריים (F402; איור 8). במשטח הסלע שמעל לתקרת המערה נחצב ספלול קטן (0.12 מ' קוטר; 0.07 מ' עומק).
 
מערה 3 (איור 9) גם היא טבעית והתגלו בה סימני חציבה. פתח המערה (L100; כ-1.4 × 2.0 מ') לא רגולרי ופונה מזרחה. מסדרון קצר (1.3 מ' אורך, 0.7 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה) מוליך מן הפתח אל חלל המערה. מפנים לפתח המסדרון, לצד הדופן הדרומית של המערה, נמצא קיר אבנים (W103; כ-1.5 מ' אורך השתמרות; איור 10) שהשתמרו בו שני נדבכים של אבני גוויל גדולות. חלל המערה לא רגולרי (L101; כ-4.8 × 7.3 מ', 1.5 מ' גובה ממוצע). חלקה הצפוני של המערה לא נחפר, אך גומחה בסלע מרמזת כי ייתכן שהיה בו פתח נוסף שהוביל אל המערה מצפון. ברצפת הסלע של המערה, לצד הפינה הדרומית-מערבית, נחצב מתקן שמתארו אינו סדור (L102; כ-2.65 × 2.70 מ', 1.2 מ' עומק מרבי; איור 11). אל קרקעית המתקן מובילות שתי מדרגות מטויחות היורדות ממזרח למערב (העליונה — 0.5 מ' גובה, התחתונה — 0.45 מ' גובה). בקרקעיתו, לצד דופנו המערבית, נחצבה גומה עגולה, אף היא מטויחת (0.65 מ' קוטר, 0.35 מ' עומק). ייתכן שהמתקן שימש מקווה טהרה. כ-0.2 מ' ממזרח למתקן נמצאה חציבה מלבנית צרה (L104; כ-0.7 מ' אורך, 0.2 מ' רוחב) ששימושה אינו ברור. בתקרת המערה נחצב פתח סגלגל (0.75 × 1.05 מ'), המוביל אל פני השטח. לצד הפתח, על משטח הסלע שמעל המערה, נחצב שקע מלבני מטויח (0.75 × 0.50 מ', 0.35 מ' עומק; איור 12); בשתיים מפינות השקע, נחצבו בקרקעית נקבים עגולים צרים (0.08–0.12 מ' קוטר) המובילים אף הם לחלל המערה.
במערה נמצאו שברי כלי חרס, בעיקר קנקנים (איור 1:5–3, 5, 8–10), וכן סירי בישול (איור 11:5) המתוארכים למאות הא' לפסה"נ – הא' לסה"נ.
 
גת 1 (איור 13) חצובה במשטח סלע כ-5 מ' מדרום למערה 3. היא תחומה מדרום בקיר (W501; כ-1.1 מ' רוחב, 6 מ' אורך, 0.45 מ' גובה) שנבנה מאבני גוויל בינוניות. לגת משטח דריכה גדול (L500; כ-4.0 × 4.4 מ', 0.6 מ' עומק חציבה מרבי; איור 14) שבפינתו הצפונית-מזרחית נחצבה מדרגה (0.30 × 0.55 מ', 0.4 מ' גובה), כנראה לאפשר ירידה למשטח. בחלקו המזרחי של המשטח נחצב שקע שמתארו מרובע לא סדור (1.45 × 1.80 מ', 0.6 מ' עומק), ייעודו אינו ברור, וייתכן כי נחצב לאחר שהגת יצאה מכלל שימוש. תעלה רדודה הובילה מהפינה הדרומית-מזרחית של משטח הדריכה אל בור שיקוע טרפזי (L502; כ-0.90 × 1.05–1.20 מ', 0.9 מ' עומק). בדופן המזרחית של הבור שקע משולש, ששימש אולי מעין מדרגה, להקלת הירידה אל הבור. בפינה הדרומית-מערבית של בור השיקוע נראים שרידי טיח. נקב בפינה הצפונית-מזרחית של הבור הוביל לבור איגום עגול (L503; כ-1.2 מ' קוטר, 1.5 מ' עומק; איור 15), שגם על דופנו נמצאו שרידי טיח. בחפירת הגת נמצאו שברי קנקנים, המתוארכים למאות הא' לפסה"נ – הא' לסה"נ (איור 6:5).
 
גת ואגנים חצובים (L200; איורים 16, 17). בדרום שטח החפירה נמצא משטח סלע שחצובים בו גת וארבעה אגנים סגלגלים. לגת, החצובה בדרום המשטח, משטח דריכה שמתארו אינו סדור (L202; כ-1.5 × 1.8 מ', 0.25 מ' עומק חציבה מרבי) וקרקעיתו משתפלת ממזרח למערב. מדרום למשטח נחצב אגן סגלגל, כנראה בור איגום (L201; כ-0.95 × 1.40 מ', 0.25 מ' עומק מרבי). ממזרח ומצפון-מזרח למשטח הדריכה נחצבו ארבעה אגנים סגלגלים (L203 — כ-1.15 × 1.30 מ', 0.65 מ' עומק; L204 — כ-1.1 × 1.2 מ'; L205 — כ-1.2 × 1.4 מ'; L206 — כ-1.1 × 1.3 מ', 0.75 מ' עומק מרבי); קצהו הצפוני-מערבי של אגן 206 נהרס.
על משטח הסלע נתגלו מעט מאוד שברי כלי חרס, כולם לא אינדיקטיביים. תפקידם וייעודם של האגנים החצובים העגולים אינו ברור.
 
המערות והמתקנים החקלאיים שנתגלו בחפירה מעידים על אופיו החקלאי של האזור בתקופות הקדומות. על סמך הממצאים המעטים שנתגלו, יש לתארך את השימוש במערות ובמתקנים אלו לתקופה הרומית הקדומה. אם המתקן במערה 3 היה מקווה טהרה, הוא שימש אוכלוסייה יהודית. מקוואות הסמוכים למתקנים חקלאיים ידועים במחקר. בהיעדר ממצא מהתקופה הרומית בחורבת צור, שממערב לשטח החפירה, דומה כי יש לשייך את המערות והמתקנים לנחלות החקלאיות של תושבי שילה בתקופה זו.