המערה (205 מ' מתחת לפני הים) שוכנת בחלקו העליון של מצוק ההעתקים, במרחק כ-1 ק"מ מדרום לאפיק נחל קומראן וכ-1.3 ק"מ מדרום-מערב לחורבת קומראן (איור 1). הגישה אל המערה קשה, אך אפשרית בגלישה מראש המצוק המתנשא מעל המערה (25 מ' גובה) או בטיפוס חופשי על זיזים ומדרגות סלע מבסיס המצוק (10 מ' גובה). המערה לא הייתה ידועה קודם לגילויה, לא לחוקרי מדבר יהודה ולא לשודדי העתיקות.
בבסיס המצוק, מצפון למערה זו, נתגלו ונחקרו בעבר שתי מערות: מערה XII/56, המרוחקת ממנה כ-70 מ', ומערה 37FQ, המרוחקת ממנה כ-250 מ' ונמצאת במפלס מעט גבוה יותר (איור 1). בין המערות יש דרדרות סלע ובהן רשת של שבילי יעלים, המאפשרת תנועה סבירה במרחב. במערה 37FQ נתגלה ממצא מן התקופה הרומית הקדומה, המאוחר לימי הבית השני (de Vaux 1962:12; Patrich 1994), ובמערה XII/56, שרק חלקה נבדק, התגלה ממצא קדום יותר (אברהים תשס"ב).
 
המערה שנחפרה היא מערה טבעית קטנה (כ-20 מ' אורך כולל), שלה שלושה חללים בציר כללי מזרח–מערב (חללים A, B, C; איור 2). המערה התפתחה בשכבת סלע רוויה במי תהום (התווך הפריאטי) — סלע גיר בלוי ומרוסק למדי מתצורת שבטה — ועל כן ניכרים בה סימני המסה: חתכים מעוגלים וסגלגלים בחלל A ובמחילות, שתי ארובות שאינן יוצאות אל פני השטח ('ארובות עיוורות') וכמה עמודים וחלונות טבעיים. פתח המערה (1.6 מ' רוחב, 0.6 מ' גובה; איור 3) פונה למזרח וגבוה כ-10 מ' מעל בסיס המצוק. הפתח נמוך ונסתר ונחסם בשלב כלשהו בקיר (1W). ממזרח לפתח, בחזיתו, יש מדף סלע טבעי (כ-7 מ' אורך, כ-5.5 מ' רוחב מרבי) המאפשר שהייה נוחה מחוץ למערה לכמה אנשים.
החפירה נערכה בכל חללי המערה ובפתחה והעמיקה עד לסלע האם. כן נחפר בור בדיקה במדף הסלע שבחזית (שטח D; כ-1.0 × 1.6 מ'). במהלך החפירה התברר כי מוקד הפעילות האנושית במערה היה בחלל A ובמדף הסלע שבחזית המערה. הדוח שלהלן כולל גם את ממצאי הסקר. הממצאים שנלקטו בסקר והממצאים שנתגלו בחפירה מעידים כי המערה שימשה מערת מפלט בשליש הראשון של המאה הב' לסה"נ.
 

חזית המערה והפתח. חלקו המערבי של מדף הסלע שבחזית המערה צר, והוא ויוצר מעין מבואה. מבואה זו נתחמת ממערב בקיר (2W), שנבנה מאבני שדה בינוניות והשתמר במקום אחד כדי שלושה נדבכים (כ-0.5 מ' גובה; איור 4). המרחב שבין קיר 2 לבין פתח המערה שממערב לו, מולא בשכבת אדמה חומה בהירה, אשר הכילה כמות גדולה של אבני חצץ (123L). נראה לפיכך כי קיר 2 שימש לתחימת מרחב מפולס ונוח ממזרח לפתח המערה, אולי עמדת תצפית למזרח. בפתח המערה נחשפו שרידיו הדלים של קיר 1 (1.25 מ' אורך), שממנו השתמר נדבך אחד של חמש אבני שדה בינוניות. צמוד לקיר 1 ממזרח נתגלתה מפולת של אבני שדה, שהתמוטטו מהנדבכים העליונים של הקיר, אשר הגיע במקור כנראה עד לתקרת הפתח. קיר 1 נמשך מהדופן הדרומית של המערה לצפון, אך אינו מגיע עד לדופן הצפונית של המערה, שם נותר מעבר צר (118L; 0.6 מ' רוחב).במעבר צר זה נמצאו שברי כלי חרס רבים, ובהם שברי קנקן שלם האופייני לתקופה שבין המרידות ברומאים (70–135 לסה"נ), וכן ראש חנית מברזל מן התקופה הרומית (איור 5). צמוד לקיר 1 ממערב נמצא מפלס חיים (122L; איור 6) שהשתמר היטב. מתחת לקיר 1 נתגלה המשכו של מפלס חיים 122 ובו שרידים של מחצלת עשויה מעלי דקל באריגת שתי וערב (איור 7), ומכאן ברור כי הקיר מאוחר למפלס חיים זה, לפחות באופן טכני.

 

חללים AC. פתח המערה מוביל אל חלל A הסגלגל (A; 3.0 × 4.8 מ', 1.4 מ' גובה מרבי; איור 8); היחיד מבין החללים שאיפשר שהיית אדם בנוחות יחסית. לאחר הסרת שכבת פני השטח (101L, 109L, 115L; כ-0.15 מ' עובי), אשר כללה אדמה תחוחה ואפורה מעורבת בגללים של שפני סלע, נמצאה שכבת אדמה פריכה ודקת גרגר — הצטברות של שכבת חיים (104L, 110L, 116L) — מעל להמשכו של מפלס חיים 122. בשכבת חיים זו נמצאו שברי כלי חרס, ובהם גם חלק משברי הקנקן השלם ממעבר 118, בסיס בקבוקון זכוכית מהמאות הא'–הב' לסה"נ, סיכת ברזל, מטבע ברונזה שנטבע במטבעת אנטיוכיה בימי הקיסר דומיטיאנוס (81–83 לסה"נ; ר"ע 046096), מטבע ברונזה שנטבע במטבעת קיסריה בימי הקיסר טריאנוס (114–116 לסה"נ;ר"ע 046097) וגלעינים רבים של זיתים ותמרים. בחלקה התחתון של שכבת חיים זו נמצאו שרידיה של המחצלת שהונחה על מפלס אדמה 122 (איור 9), ונפרסה כנראה בחלק המרכזי של חלל A. גם בתוך מפלס חיים 122 נמצאו גלעיני זיתים ותמרים. מתחת לשכבה זו נחשף סלע האם הבלוי של המערה. בחלק המערבי של חלל A נחשף עמוד סלע, שתחם משני צדיו מעברים צרים (0.5–0.8 מ' רוחב, כ-0.5 מ' גובה), המאפשרים מעבר בזחילה למערב אל חלל B (1.2 × 2.0 מ', 1.6 מ' גובה), שמפלסו גבוה מעט ממפלס חלל A. בחפירות שנערכו בחלל B והעמיקו עד לסלע האם לא נתגלה כל ממצא הקשור לפעילות אנושית. בחלקו הדרומי-מערבי של החלל יש מעבר (0.85 מ' רוחב), המוליך דרך מדרגה לעבר חלל C, שמפלסו גבוה מזה של חלל B. בחלל C יש כמה הסתעפויות מחילות, מפלסים וכוכים, אולם גם בו לא נתגלה כל ממצא קדום.

 

הממצאים שנתגלו במערה, ובמיוחד קנקן החרס השלם, כלי הזכוכית ושני מטבעות הברונזה, מלמדים במידה רבה של ודאות כי המערה שימשה למפלט בשליש הראשון של המאה הב' לסה"נ, כנראה בימי מרד התפוצות או מרד בר-כוכבא. קביעה זו מתחזקת לאור מיקום המערה בראש מצוק קשה לגישה ולאור פתחה הנמוך והנסתר. שטחה המצומצם של המערה והעובדה כי אי אפשר לשהות בה בנוחות, מלמדים כי היא שימשה כנראה קבוצה קטנה של פליטים למשך זמן לא רב וייתכן כי שימשה נקודת תצפית. למרות זאת, השוהים במערה ערכו פעולות הסדרה מינימליות לצורך שהייתם במקום, וכחלק מכך נבנה קיר 2, והחלק שבינו לבין פתח המערה פולס לצורך יצירת מפלס חיים נוח בחזית המערה. במהלך שלב פעילות זה הונחה מחצלת עשויה ענפי דקל בחלל A, בפתח המערה ובחלק המערבי של המפלס המלאכותי בחזית המערה. ייתכן כי בשלב כלשהו, אולי כשהצבא הרומי הגיע לאזור, נבנה מעל למפלס החיים וחלקי המחצלת קיר 1, שהסתיר את רוב פתח המערה והשאיר רק מעבר צר. ראש החנית ושברי הקנקן שנמצאו במעבר צר זה הם אולי עדות לעזיבה חפוזה של המקום.

באזור שמדרום לנחל קומראן כמעט שלא נמצאו מערות שבהן ממצא מהתקופה שבין המרידות ברומאים, אך אחת ממערות ספורות אלו היא מערה 37FQ, המרוחקת כ-250 מ' מהמערה שנחפרה (ר' איור 1). המערה נבדקה על ידי דה-וו, שמצא בה שרידים מהתקופות הכלקוליתית והרומית הקדומה (de Vaux 1962:12). היא נבדקה שוב על ידי פטריך (Patrich 1994), שמצא בה ממצאים מהתקופה הרומית הקדומה, שחלקם מאוחרים לחורבן הבית השני, לרבות מטבע ברונזה שנטבע במאה הא' או הב' לסה"נ, ראש חץ תלת-כנפי (Patrich 1994:91–93) וראש חץ דו-כנפי שטוח (Patrich 1994:88, Fig. 16), מטיפוס המוכר רק במכלולים המאוחרים לחורבן הבית השני. לפיכך הציע ר' פורת כי המערה שימשה למפלט במהלך מרד בר-כוכבא (פורת תשס"ו:71). עם זאת, כיוון שלא נתגלו בה מטבעות או ממצא כתוב מימי מרד בר-כוכבא, ייתכן כי היא שימשה למפלט בימי מרד התפוצות, אך רק תיארוך מדויק, אולי באמצעות בדיקות פחמן 14, יאפשר קביעה זו.

נראה כי תקופת המפלט בשתי המערות 37FQ ו-4-026A, הסמוכות זו לזו, זהה, וכי יש לבחון אותן כמכלול אחד המייצג תופעה אחת. עם זאת, מערה 4-026A ייחודית מאחר שהממצא בה חד-שכבתי, ההשתמרות בה טובה, והיא לא נפגעה משוד. כיוון שכך, מחקרים נוספים על ממצאים אורגניים, ארכיאוזואולוגיים וארכיאובוטניים מן המערה עשויים להניב תוצאות מעניינות, ובדיקות פחמן 14 יוכלו לסייע בקביעת המרידה שבמהלכה שהו במערה זו.