החפירה נערכה במרחק כ-150 מ' מצפון לח' קומראן (325 מ' מתחת לפני הים), במישור רחב, מחורץ בערוצים צרים שהעמיקו עד 20 מ' מתחת למישור החוואר שמעליהם. המסלע באזור מורכב משכבות אופקיות (למינות) ורכות של חוואר וחלוקים קטנים מתצורת הלשון (משקעי אגמים וחופים שזמנם 70,000–14,000 שנים לפני זמננו). תהליכי הבליה שעיצבו את הנוף, בעיקר סחיפה והתחתרות, היו מהירים מאוד באזור זה. בסקר שקדם לחפירה, זוהו שקעים, מכתשים ואנומליות בפני השטח, שבהם ובסביבתם הקרובה נוצרו מחילות ומערות תת-קרקעיות בתהליכי מֽחְתוּר (piping). אלה נוצרו מנגר עילי שחדר לתת-הקרקע דרך סדק מקומי. פעולת סחיפה בשילוב המסה איטית פוררו את הסלע הרך ויצרו מחילות שלרובן חתך נמוך ורחב (פרומקין תשע"ה:17, 262). בחפירות שנערכו במערות בסביבה נמצאו חרסים רבים ללא שיוך סטרטגרפי, כנראה תוצאה של שוד (Broshi and Eshel 1999). מתוצאות החפירה של ברושי ואשל ומממצאי הסקר המקדים נראה שחלק גדול מהמכתשים נוצרו מקריסתן של מערות ובעקבות התקנת משטחי פעילות מלאכותיים.
נפתחו שני שטחי חפירה (3-006A, 3-013A; איור 2), ונבחנו עדויות לחציבות מלאכותיות ומכתשי מֽחְתוּר צפופים ללא מערכת ניקוז, החורגים מתופעות גיאומורפולוגיות מוכרות.
 
מערה 3-006A (נ"צ 243638/627807; Broshi and Eshel 1999: Cave D; איור 3) היא היחידה ממערות החוואר שזוהו בה סימני חציבה ברורים. המערה קרסה בחלקה, אך נראה שנערכה בה חפירה ארכיאולוגית או חפירת שוד. מחוץ למערה זוהה שקע טבעי (כ-7 × 8 מ'), שבמרכזו עבר ערוץ זרימה עילי, אך לא ניכרים בו סימני מֽחְתוּר. צדו המערבי של השקע תחום במצוק (כ-5 מ' אורך, כ-3 מ' גובה). בהיעדר ניקוז נראה כי השקיעה נוצרה מקריסה של מערה מלאכותית, ולכן נחפרו ארבעה ריבועים ממזרח לפתח המערה. תוצאות החפירה לא הראו כל סימן לפעילות אנושית, ואם היה כזה, נשטף ונסחף זה מכבר.
 
מערה 3-013A (נ"צ 243507/628864; איורים 4, 5) נמצאת בצדה הצפוני של שלוחה, במרחק כ-19 מ' ממערה שנחפרה בעבר (Broshi and Eshel 1999: Cave C). בשקע דמוי מכתש, הסגור משלושה כיוונים ופתוח מצפון (כ-5 × 6 מ', כ-5 מ' גובה), שבפינתו הדרומית-מזרחית נוצרה מערכת מֽחְתוּר הזורמת למזרח (כ-5 מ' אורך), נחפרו ארבעה ריבועים. נמצאו סימנים למרחב פעילות מלאכותי קדום, שהתמלא בסחף ושינה את מתארו בעקבות בליה מואצת של סלע החוואר. במרכז המרחב נחפר ריבוע (1). בתחתיתו נחשף מפלס מהודק (106L) שמעליו חרסים המתוארכים למאות הא' לפסה"נ–הא' לסה"נ. מצפון, בראש המדרון היורד אל הערוץ, נחפר ריבוע נוסף (4), ובו נחשף סלע מפולס שעליו נמצא שבר של קערה המתוארכת לאותו פרק זמן (113L; איור 6). מעל למפלס 113 נמצאה שכבת מילוי המורכבת מאדמה רכה וחלוקים קטנים–בינוניים (108L; איור 4: חתך CC), ששולבו בה גושי סלע מרוסקים ומשוכבים חלקית (104L). ייתכן שגושי הסלע מעידים כי מרחב הפעילות היה בעבר חלל סגור. בחתך שנפתח בחלקו המערבי של ריבוע 4 (109L; כ-1 מ' עומק) אפשר לראות את הסלע המיושר שעליו נחשף מפלס החיים משופע כלפי מעלה ומשתלב עם הסלע הטבעי, ונראה שזהו גבולו המערבי של המכלול. בצדו המערבי של מרכז המכלול נחפר ריבוע (2) במטרה לאתר את דופן המערה. הסלע זוהה בעיקר בצדו המערבי של הריבוע, שם אותר גבולו הדרומי-מערבי של המכלול. ריבוע נוסף (3) נחפר צמוד לגב המכתש, במטרה לאתר את הגבול הדרומי של המכלול ואת הקשר בינו לבין מערכת המֽחְתוּר. נוקה סחף ונחשף הקיר הדרומי של המכלול, כך שניתן להעריך שגודלו המקורי היה כ-4 × 4 מ'. בתחתית הדופן הדרומית זוהו סימנים להתמוטטות התקרה ונמצאו חרסים רבים ושבר של כלי אבן גלוסקמה? שנמצא בשימוש משני (איור 7).
 
בשלב זה אין די נתונים לשחזור התכנית של מכלול 3-006A. מעדויות גיאומורפולוגיות נרמז כי ייתכן שהיה באזור משטח פעילות נוסף מעל המערה החצובה או מערה נוספת שלא שרדה. לעומת זאת, גודלו המוערך של מכלול 3-013A הוא כ-16 מ"ר, ונראה שחלקו כלל משטח פעילות פתוח מחוץ למערה. מיעוט הממצא מקשה על אפיון המכלול והבנת אופי השימוש בו. בסקר ובחפירה נמצאו עדויות לאזורי פעילות חצובים או חצובים בחלקם, שנעזבו באופן מסודר ונהרסו במשך הזמן. תקרות קרסו וקברו ממצא דל מהמאות הא' לפסה"נ–הא' לסה"נ, תקופת הפעילות העיקרית בח' קומראן הסמוכה. מאז התמלאו החללים בסחף והתבלו באופן טבעי. כן נראה כי באתר מכלולי פעילות מגוונים שלמיונם הטיפולוגי ולהבנתם נדרש מחקר נוסף.