החורבה משתרעת על תל בגדה המערבית של נחל חכליל ומוקפת עמקים פוריים. חלקו העליון של התל מוקף בחומה, שנבנתה מאבני שדה גדולות. באתר ביקרו אנשי הסקר הבריטי של ארץ ישראל אשר ציינו את שמו הערבי של המקום (Kh. Tell el-Beida) ודיווחו על מערות, בורות מים, שרידי מבנים ומערת קולומבריום (Conder and Kitchener 1883:369). בעקבות חפירות שוד בחורבה תועדו החל משנות ה-90 של המאה הכ' שלוש מערות קבורה משלהי ימי הבית השני (זיסו תשס"ב [א]:153–154). כן דווח על מערכות מסתור האופייניות לימי מרד בר-כוכבא, אך אלו לא שורטטו. באתר לוקטו חרסים ומטבעות המתוארכים לתקופות הברזל–הרומית הקדומה, לימי מרד בר-כוכבא ולתקופה הביזנטית (זיסו תשס"ב [ב]:164–165). לפני שנים אחדות תועדו במדרונות המערבי והדרומי של התל ארבע מערות קבורה ובהן ממצאים מתקופות הברונזה המאוחרת והברזל 2א', המלמדים כנראה על קיומו של יישוב בתל בתקופות אלה (Klein and Shai 2016).

בסקר הנוכחי תועדו ארבע מערכות מסתור תת-קרקעיות (איור 1:1–4), המתוארכות לימי הבית השני.

 
מערכת מסתור 1 (נ"צ 195534/616687; איור 2). מערכת המסתור נחצבה בחלקו העליון של התל, במרחק כ-8 מ' מצפון לנקודה הגבוהה ביותר באתר, שבה נראים שרידי מבנה מלבני. הכניסה אל מערכת המסתור אפשרית כיום דרך פיר מלבני אנכי היורד אל בור חצוב דמוי פעמון (A; איור 3). חלקו העליון של הפיר (5 מ' גובה) נחפר בתוך שכבות האדמה של התל ודופן באבני גזית ואבני שדה גדולות ובינוניות, ואילו חלקו התחתון של הפיר נחצב בסלע נארי (כ-1.5 מ' עומק). הבור נחצב בסלע קירטון רך (כ-9 מ' קוטר בחלקו התחתון, כ-7 מ' גובה). בדופן של בור A לא נראים שרידי טיח, ועל כן אין אפשרות לקבוע בוודאות האם שימש בור מים או שנועד לשימוש אחר. בצד הצפוני-מזרחי של דופן הבור, בגובה כ-6 מ' מעל הקרקעית, נחצבה מחילה קצרה (1a; כ-0.6 × 1.0 מ' מידות הפתח, כ-1.7 מ' אורך המחילה; איור 3). באמצע הדופן הדרומית של המחילה נחצב ברצפה מעבר צר שהוליך לעבר מחילה צרה (a-c; כ-5.5 מ' אורך), המאפשרת מעבר בזחילה בלבד. המחילה פונה בזוויות חדות, ולאורכה נחצבו שקעים שנועדו להנחת נרות. באמצע הדופן הדרומית של המחילה נחצב חדר קטן (B; 1.0 × 1.5 מ', כ-1 מ' גובה) ובו נמצאו שני שברי כלי חרס המתוארכים לתקופה שבין המרידות ולימי מרד בר-כוכבא (70–136 לסה"נ). מחילה a-c מוליכה אל פתח של חלל לא רגולרי (C; כ-3 מ' אורך מירבי, כ-2.2 מ' רוחב); סביב הפתח נחצבה מסגרת מדורגת שנועדה לקלוט לוח סגירה. בחלקו המזרחי של חלל C נמצא מוטל על הקרקעית לוח אבן מלבני שבור לשניים (כ-0.5 × 0.7 מ') ששימש כנראה לסגירת פתח מחילה a-c. בדופן הדרומית-מערבית של חלל C נחצב פתח המוליך אל גרם מדרגות חצוב העולה אל מחילה (c-d; כ-6 מ' אורך), שעולה בשיפוע מתון לכיוון דרום. בתקרת החלק העליון של גרם המדרגות הותקן משקוף אבן, ששני קצותיו קובעו בתוך מגרעות שנחצבו בסלע הנארי. מחילה c-d נמצאת במפלס שבו יש שכבות אדמה של התל, ועל כן היא נחפרה לתוך שכבות אלה, דופנה באבני גזית ואבני שדה גדולות ובינוניות וקורתה בלוחות אבן (כ-0.5 × 0.7 מ' כל אחד). מקום ההשקה שבין החלק העליון של גרם המדרגות שנחצב בסלע הנארי לבין דופנות האבן של מחילה c-d שנבנו בשכבות האדמה, כוסה בטיט חום שנועד כנראה לחיזוק. בדופן המערבית של המחילה נבנתה נישה, ונמצא בה לוח אבן שבור ששימש כנראה לחסימת המחילה בעת הצורך. בקצה הדרומי של המחילה היא פונה בחדות לכיוון מזרח ומגיעה לפיר חפור ומדופן באבנים (D), שפתחו נמצא חסום במפולת אך נראה כי הוא הוביל למעלה אל פני השטח. מבדיקה שנערכה על פני השטח עולה כי פיר D נחצב מתוך המבנה המלבני ששרידיו נראים בנקודה הגבוהה ביותר בתל. לפיכך נראה כי מערכת חללים זו שימשה למילוט של תושבי המבנה.
 
מערכת מסתור 2 (נ"צ 195579/616648; איור 4). מערכת המסתור נחצבה סמוך לראש התל מדרום-מזרח. הכניסה אל המערכת אפשרית כיום דרך פיר אנכי מעוגל (1.0–1.5 מ' קוטר, 7.5 מ' גובה), היורד אל חלל רחב (A). חלקו העליון של הפיר (כ-6 מ' עומק) נחפר בשכבות האדמה של התל ודופן באבני שדה בינוניות, ואילו קצהו התחתון (כ-1.5 מ' עומק) נחצב בסלעי נארי וקירטון. בצד המזרחי של דופן הפיר, בגובה כ-3 מ' מתחתיתו, נחפרה מחילה צרה ונמוכה (a-c; 0.5–1.0 מ' רוחב, כ-0.6 מ' גובה ממוצע), שדופנה באבני שדה גדולות ובינוניות וקורתה בלוחות אבן גדולים. המחילה פונה תחילה לכיוון צפון-מזרח (כ-3 מ' אורך) ולאחר מכן פונה בחדות לכיוון צפון (כ-2 מ' אורך); היא נחסמה במפולת אדמה ואבנים. מפלס המחילה עולה ככל שמתקדמים בה, ונראה כי היא הוליכה אל פני השטח. סביר כי המחילה שימשה במקור לירידה נוחה והדרגתית אל המערכת התת-קרקעית. חלל A נחצב בסלע (כ-3 × 4 מ', כ-1.5 מ' גובה), ובפינתו הדרומית נחצבה מחילה (a-b; כ-3.5 מ' אורך), ובה מדרגות היורדות אל חלל חצוב נוסף (B; איור 5). לאורך מחילה a-b נחצבו שקעים שנועדו להנחת נרות לתאורה. חלל B הוא חלל דמוי פעמון (כ-2.0 × 2.5 מ'; איור 5), שבתקרתו נחצב פיר אנכי רבוע, שהוליך בעבר אל פני השטח, אך כיום הוא סתום. קרקעית החלל נמצאה מלאה בהצטברות אדמה מעורבת בשברי כלי חרס רבים האופייניים לתקופה שבין המרידות ולימי מרד בר-כוכבא. בצד המערבי של דופן חלל B נחרתה קשת עמוקה, אולי סימון למחילה נוספת שלא נחצבה. ברחבי המערכת נמצאו שברי כלי חרס האופייניים למכלולים מימי מרד בר-כוכבא.
 
מערכת מסתור 3 (נ"צ 195480/616719; 120 מ' אורך כולל; איור 6). הכניסה אל מערכת המסתור אפשרית היום דרך פתח מערה במדרון הצפוני-מערבי של התל, מחוץ לתחומי היישוב שבראש התל. זוהי מערכת חצובה ברובה, הכוללת מחילות ארוכות המחברות חללים קדומים מטיפוסים שונים וחדרי מסתור; בדופנות המחילות נחצבו שקעים לנרות. פתח המערה מוביל לחלל מוארך (A; 1.5–2.0 × 10.0 מ'), שבתקרתו פיר חסום; נראה כי הוא שימש במקור מחסן תת-קרקעי ועם שילובו במערכת המסתור הוא הורחב. בדופן המזרחית של חלל A נחצב פתח שהוליך בזחילה לחלל רבוע קטן (B; כ- 2.5 × 2.5 מ', כ-1 מ' גובה), שבחלקו הדרומי-מערבי דרגש מוגבה, בחלקו הצפוני-מזרחי פתח לחדרון נוסף (חלל 1B) ובחלקו הדרומי פיר סתום, העולה כנראה אל פני השטח. נראה כי גם חללים אלו שימשו במקור מחסנים תת-קרקעיים. בדופן המערבית של חלל A נחצב פתח המוליך לחדרון מלבני (C; 1.0 × 2.5 מ'). מחלל A נמשכת לדרום מחילה ארוכה (c-d; כ-16 מ' אורך), המאפשרת מעבר בזחילה בלבד ומוליכה לחלל לא רגולרי (D). מחלל D נחצבה מחילה צרה (d-e; 10 מ' אורך) לכיוון מזרח, המאפשרת מעבר בזחילה בלבד, המוליכה לחלל רבוע רחב (E; כ-4 × 4 מ', כ-1.5 מ' גובה). בחלקו המזרחי של חלל זה הובחן בתקרה פיר חסום, שהוליך כנראה אל פני השטח; בחלקו התחתון של הפיר נחצבו מדרגות המוליכות אל קרקעית החלל. מהפינה הצפונית-מזרחית של חלל E מוליכה מחילה צרה ונמוכה (e-g; כ-1 מ' אורך) לכיוון מזרח. בקצה המזרחי של מחילה זו נחצב פיר, החסום כיום, העולה כנראה לפני השטח. סמוך לפיר זה מדרום נחצב חלל מעוגל קטן (G; 1.0–1.5 מ' קוטר), שממנו נמשכת מחילה קצרה ללא מוצא (כ-1.5 מ' אורך). נראה כי פיר הכניסה החסום וחלל G הם חלק ממחסן תת-קרקעי אחד ששולב במערכת המסתור. הדופן הדרומית של מחילה e-g הוסרה בחלקה במרכזה, ובכך נפער מעין חלון מוארך (כ-1 × 3 מ') המשקיף לעבר חלקו העליון של בור סגלגל רחב (F; כ-4.5 × 6.5 מ', כ-4 מ' עומק עד להצטברות האדמה על הקרקעית). בתקרת בור F נחצבו שני פירים סמוכים העולים לפני השטח (כ-5.5 מ' גובה); חלקם העליון נחפר בשכבות האדמה של התל ודופן באבני שדה ואבני גזית גדולות ובינוניות. פתחי הפירים אותרו בחלקו המערבי של ראש התל, בתוך תחומי החומה המקיפה את ראש התל. פירים אלו יכלו לשמש למילוט משטח היישוב אל מחוצה לו. ממרכז הדופן הצפונית של מחילה e-g נחצבה מחילה נוספת (f-h; כ-7 מ' אורך), המוליכה לצפון-מזרח אל חלל סגלגל (H; כ-4.0 × 5.5 מ', כ-3.5 מ' גובה); בקצה המחילה נחצבו מדרגות היורדות אל קרקעית החלל. בתקרת החלל נחצב פיר (6.5 מ' גובה), המוליך אל פני השטח בראש התל; פתחו העליון חסום כיום. חלקו העליון של הפיר (5 מ' גובה) נחפר בשכבות האדמה של התל ודופן באבני שדה ואבני גזית גדולות ובינוניות. בדופן המערבית של חלל H, בגובה כ-1.5 מ' מקרקעיתו, נחצבה מחילה (h-i; כ-4 מ' אורך) המוליכה לכיוון מערב אל חדרון לא רגולרי (I; 1.5 × 3.0 מ', כ-1 מ' גובה). במחילה, סמוך לפתח החדרון, נמצאה אבן מלבנית ששימשה לסגירת החדרון (איור 7). סמוך לפתח החדרון פונה המחילה לכיוון דרום (i-o; כ-3 מ'); היא נחסמה בשפך אדמה. בדופן הצפונית של מחילה h-i נחצבה מחילה ארוכה ומפותלת (h-j; כ-20 מ' אורך), המוליכה לצפון-מזרח ופונה בזוויות חדות כמה פעמים. בכל נקודות הפנייה של המחילה נחצבה מגרעת ששימשה כנראה להנחת לוח אבן, או אלמנט נעילה אחר. מחילה זו מסתיימת בחלל (J; כ-3 × 3 מ') שבתקרתו פיר חסום. בצד הצפוני-מערבי של דופן חלל J נחצבה מחילה (j-k; כ-22 מ' אורך), שבקרקעיתה נחצבו שני מתקני אחסון קטנים מטיפוס בקבוקון (1M, 2M); בתחתית אחד מהם נמצאו לוחות כיסוי מאבן שנועדו לסגירת פתח המתקן. מחילה j-k מוליכה אל חלקו העליון של חלל מעוגל (K; כ-3 מ' קוטר), שבתקרתו פיר חסום. בצד הדרומי-מערבי של חלל K נחצב מעבר שהוליך לחלל מוארך נמוך (L; כ-1.5 × 3.0 מ'). בדופן הדרומית של חלל זה נחצבה מחילה (1L; כ-2 מ' אורך) ללא מוצא. גם במערכת חללים זו נמצא ממצא קרמי האופייני למכלולים מהתקופה שבין מרידות היהודים ברומאים (70–132 לסה"נ) ולימי מרד בר-כוכבא.
 
מערכת מסתור 4 (נ"צ 195447/616673; איור 8). הכניסה אל מערכת המסתור אפשרית היום דרך פתח רחב (כ-1.5 × 4.5 מ') שנפער במדרון הדרומי-מערבי של התל, בתחומי מערה גדולה שתקרתה קרסה, מחוץ לשטח היישוב שבראש התל. המערכת נחצבה ברובה בסלע. הפתח מוביל אל חלל מוארך ורחב (A; כ-4 × 16 מ', כ-2 מ' גובה) שכיוונו מזרח–מערב. בקצהו המזרחי נפער פתח בתקרת החלל, אך קשה לדעת האם זהו פתח מקורי של המערכת, או תקרה שקרסה. במרכז הדופן הדרומית של חלל A נחצב פתח מלבני (כ-1.0 × 1.4 מ') שממנו יורדת מדרגה המובילה אל חלל רבוע (B; 2.8 × 2.8 מ', כ-1.8 מ' גובה). הדופן המערבית של חלל זה נבנתה מאבנים שטויחו בטיח אפור. בדופן הצפונית של חלל A נחצבו שתי מחילות (a-c — כ-3.5 מ' אורך, כ-0.7 מ' רוחב, כ-0.7 מ' גובה; a-d — כ-2 מ' אורך, כ-0.5 מ' רוחב), המוליכות לצפון ומתחברות זו לזו, הן מאפשרות מעבר בזחילה בלבד ולאורכן נחצבו שקעים להנחת נרות. ממחילה a-c יוצאת למזרח מחילה נוספת (c-d; כ-3 מ' אורך), המוליכה לחלל מלבני (C; כ-2.0 × 2.7 מ', כ-1 מ' גובה) שבפינתו הצפונית-מערבית שקע חצוב. ייתכן כי חלל זה שימש לאחסון של קנקני נוזלים והשקע החצוב בפינת החדר שימש לאיסוף הנוזלים אם אחד מהקנקנים נשבר. מחילות a-c ו-a-d מוליכות אל חלל דמוי פעמון גדול רחב (D; כ-4 מ' קוטר), שבתקרתו נחצב פיר ובצדו הצפוני נחצבו מדרגות לולייניות צרות היורדות אל קרקעיתו. בצדו הצפוני-מזרחי של החלל נחצב פתח צר המוליך לחלל קטן (E; כ-1.5 × 1.5 מ', כ-1 מ' גובה), שבצדו הצפוני נחצב מעבר צר אל חלל דמוי פעמון (F; כ-2.5 × 3.0 מ', כ-2.5 מ' גובה). בחלק המזרחי של תקרת חלל F נחצב פיר החסום כיום. בחלקו המערבי של חלל F נחצב גרם מדרגות העולה למשטח סלע ישר, שבקרקעיתו נחצבו שני מתקני אחסון מטיפוס בקבוקון (G, H) וכן שקע מעוגל נוסף סמוך אליהם. בחלקו הצפוני-מערבי של חלל F, סמוך לחלקו התחתון של גרם המדרגות, נחצב פתח, המוליך לחלל H (כ-1 × 2 מ', כ-1.5 מ' גובה). בדופן הדרומית של חלל H נחצב פתח צר המוליך לחלל G הסמוך (כ-1.7 מ' קוטר). בדופן הדרומית של חלל G נחצבה מחילה קצרה, המוליכה חזרה לחלל D. מהדופן הצפונית של חלל H נחצבה מחילה צרה (h-i; כ-2.5 מ' אורך) שמפלסה עולה לכיוון צפון אל חלל מעוגל (I; 2.8 מ' קוטר), שנמצא מלא באדמת סחף שחדרה דרך פיר בתקרתו. ייתכן כי בחלל I נחצבו מחילות נוספות המוליכות אל חללים סמוכים, אך הן מכוסות באדמת הסחף. מהפיר בחלל I יורדת מערכת מדרגות לוליינית. פיר זה חסום היום ונראה כי זהו פתח מקורי לחלל I. הפתח העליון של הפיר אותר על פני השטח במרחק כ-1 מ' מדרום-מערב לחומה המקיפה את ראש התל, מחוצה לה.
 
ארבע המערכות התת-קרקעיות שתועדו באתר כוללות מאפיינים של מערכות מסתור מהטיפוס הנפוץ בארץ-יהודה בתקופה הרומית הקדומה (קלונר וטפר תשמ"ז), כגון מחילות צרות המאפשרות מעבר בזחילה בלבד, שקעים חצובים לנרות, זוויות חדות, שינויי מפלסים, פירים אנכיים, אלמנטים שנועדו לסגירת החללים ושילוב של חללים קדומים. ברוב המערכות נמצאו ממצאים המתוארכים לתקופה שבין המרידות ובמיוחד לימי מרד בר-כוכבא. המערכות נתגלו בחלקים שונים של התל ומיקומן מעיד כי בימי הבית השני ועד למרד בר-כוכבא התקיים יישוב יהודי בין תחומי החומה הסובבת את ראש התל. מערכת מסתור 3 אף אפשרה מילוט משטח היישוב שהתקיים בראש התל אל מחוץ לתחומי היישוב.
מערכות מסתור אלו מתווספות אל מערכות מסתור שנתגלו בעבר באתרים נוספים באזור שפלת יהודה, כדוגמת חורבת מדרס (קלונר תשמ"ז:137–147) וחורבת עתרי (זיסו וגנור תשס"ב), והן מעידות על יישוב יהודי צפוף שהתקיים באזור זה בתקופה שבין מרידות היהודים ברומאים.