בחודשים מאי-אוקטובר 2000 נערכו חפירת הצלה ותיעוד בנחל קדרון מצפון לגת שמנים (הרשאה מס' 3240-A; נ"צ — רי"ח 22270-85/63215-40; רי"י 17270-85/13215-40), בעקבות פיקוח על עבודות פיתוח והנחת קו ניקוז. החפירה, מטעם רשות העתיקות, במימון חברת 'הגיחון' ובאמצעות החברה לפיתוח מזרח ירושלים, נוהלה על ידי ז' עדוי, בסיועם של ב' זיסו (הנחיה מדעית), ו' אסמן, א' האג'יאן, ט' קורנפלד וו' פירסקי, (מדידות), צ' שגיב, ק' עמית ומ' סלצברגר (צילום), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית), ע' אבו דיאב (ייעוץ בנושא פסיפס), ע' ראם וח' אבו טאעה.
החפירה נערכה בתוך תוואי של תעלה (כ-600 מ' אורך, כ-4 מ' רוחב) המיועדת להנחת קו ניקוז מרחוב שמואל בן עדיה ועד כנסיית קבר מרים. ב-13 מקומות נתגלו שרידים עתיקים, ובהם קירות, מחצבה ומשטח מרוצף מן התקופה הרומית המאוחרת, שתי מערות קבורה מן התקופה הביזנטית ומבנה ושני קטעי פסיפס מימי הביניים.
לאורך ערוץ נחל קדרון נתגלו קירות שכיוונם הכללי צפון-דרום ונחשפו באורך כולל של כ-104 מ' (איור 1). הם נועדו, ככל הנראה, למנוע גלישה של עפר מן המדרון אל תוך הערוץ, כדי לאפשר זרימה חופשית של מי הנחל. הקירות (1.8-1.0 מ' רוחב ממוצע) השתמרו לגובה מרבי של כ-3.6 מ'. הם נבנו בדרך כלל משתי שורות של אבנים שצדן החיצוני מהוקצע וביניהן מילוי של אדמה ואבנים קטנות. זהו כנראה מפעל בנייה ציבורי שעל סמך הממצא הקרמי מתוארך לתקופה הרומית המאוחרת.
סמוך לשניים מן הקירות נתגלתה מחצבה (כ-7 מ' אורך, 1.5 מ' רוחב; איור 2) בגוש של סלע קשה. על סמך הממצא הקרמי אפשר כנראה לתארכה למאות הא'–הב' לסה"נ. כ-6–7 מ' מדרום-מערב למחצבה, במפלס גבוה, נתגלה משטח מרוצף המתוארך לתקופה הרומית המאוחרת (המאות הג'–הד' לסה"נ). הריצןף נעשה בלוחות אבני שדה במגוון גדלים. שטחו המצומצם אינו מאפשר לקבוע את שימושו.
בתחתית המדרון, ממערב לערוץ הנחל נתגלו שתי מערות קבורה (1, 2) חצובות. למערה 1 חדר קבורה רבוע שבשלוש דופנותיו נחצבו מקמרים. למערה 2 פתח שעוצב כחזית קשותה שבחלקה העליון נחצבו חמש גומחות קטנות וביניהן נחקק צלב (איור 3). מתחת לגומחות, על לוח אבן שחתם את הפתח נתגלו כתובות ביוונית. למערה חדר קבורה טרפזי ובו חמישה משכבים וכוך. על סמך הממצא במערה 2 ותוכנית שתי המערות ניתן לתארך אותן לתקופה הביזנטית.
מדרום לשתי המערות נתגלו הדופן המערבית וחלק מהחזית הצפונית של מבנה (איור 4). החזית נבנתה מאבני גזית ועוצבה בצורת קשת; על כמה מאבניה הובחנו תווי סתתים האופייניים לתקופה הצלבנית. בקרבת המבנה נחפר בעבר מיתקן לניתוב מי שטפונות מן התקופה הצלבנית (ר' חדשות ארכיאולוגיות 99:112).
מדרום למבנה, במרחק של כמה מטרים ממערב לכנסיית קבר מרים נתגלו בחתך התעלה (איור 5) שני קטעי רצפות עשויות מאבני פסיפס גדולות (3 × 3 ס"מ). הרצפות מונחות זו על זו וביניהן מילוי אדמה (לוקוס 155) ושני קטעי קירות. המשך הרצפה העליונה צפונה הופרע על ידי בור (לוקוס 153). מתחת לפסיפסים בתוך שכבה של הצטברות (לוקוס 154, 1.5 מ' עובי) נתגלו חמישה קברי ארגז ותעלה מטויחת (לוקוס 156). הקברים (T1-T5) כוסו בלוחות מאבני שדה ועל דופנותיהם היה טיח לבן. הם לא נחפרו אך בחלקם הובחנו עצמות אדם. מצפון לקברים הובחנה שכבת שרפה לאורך של כ-11 מ' ובעובי של כ-0.50-0.15 מ'. משכבה זו נלקטו שברי כלי חרס מזוגגים המתוארכים לימי הביניים. מצפון לקטעי הפסיפס נתגלו שתי שורות נוספות של אבני פסיפס, זו מעל זו. הפסיפסים והמבנה שייכים, כנראה, למכלול מנזר קבר מרים שנבנה במאה הי"ב לסה"נ ונחפר על ידי ג'ונס בשנת 1937.