בחודש פברואר 2013 נערכה חפירת הצלה בח' רפידייה (הרשאה מס' 6712-A; נ"צ 209588-638/6636616-647), לצורך סיקול השטח לפעילות חקלאית. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת כרמי ענבה לייצור יין, נוהלה על ידי ד' סטורצ'ן (צילום שטח), בסיוע נ' מלכה (מנהלה), מ' קונין (מדידות), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית) ופ' בצר (ארכיאולוג מחוז).
החפירה במדרון הדרומי של גבעה מתונה שמעבר לשטח האתר ח' רפידייה (איור 1). בתחום האתר נחשף בעבר כבשן סיד שתוארך לתקופה העות'מאנית (חדשות ארכיאולוגיות 125) ונצפו שרידי מבנים ובהם קטע מרצפת פסיפס, בורות מים חצובים ומתקנים חקלאיים, המתוארכים לתקופות הביזנוית והאסלאמית הקדומה על סמך חרסים שמצאו בשטח. עוד נחפר בור מים חצוב סמוך לאתר, לאורך הגדה הדרומית של נחל כפירה, שתוארך למאה הא' לפסה"נ (חדשות ארכיאולוגיות 120).
החפירה המצומצמת נועדה לבדוק מערה חצובה שקטע גדול מתקרתה הוסר והיא התמלאה באדמה ובאבנים בעקבות פעילות בנייה בשטח (איור 2). עם הסרת המילוי המודרני התבררה תוכניתה הרבועה של המערה (2.5×2.5 מ'; איור 3). על קירות המערה נצפו שרידים דלים של עבודת אזמל. אף שקירות המערה נפגשים ויוצרים פינות, הקטע הצפוני-מזרחי של המערה נותר מעוגל ולא גמור. באמצע חלקה הדרומי של המערה נחשף פתח כניסה מרובע (0.4 מ' רוחב; איור 4) שהוביל לחדר באמצעות מדרגה יחידה (0.6 מ' גובה).
כשהתבררה תוכנית המערה, הוגבלה החפירה לשטחה המערבי. בעומק של 1.5 מ' מגג המערה נחשפו ספסלי אבן חצובים (0.4–0.5 מ' רוחב) שהקיפו את צדי המערה בצפון, במערב ובדרום (איור 5). מעל הספסל הצפוני הייתה חצובה גומחה קטנה בקיר המערה (0.3 מ' רוחב, 0.2 מ' גובה) שאולי שימשה להנחת נר. כמו כן נחשפה תחילתו של בור עמידה (1.5×1.8 מ' גודל משוער) שלא נחפר; המילוי בתוכו היה ספוג מים.
בשטח שממזרח למערה נחשף קו חצוב (1.3 מ' אורך; איור 6). נראה שהקו עוקב לאורך ציר החזית המשוערת של המערה, ואפשר שהוא מייצג מערה חצובה נוספת (לא נחפרה).
במערה נחשפו מעט מאוד חרסים. מעט החרסים במילוי המודרני שאין להם משמעות סטרטיגרפית מתוארכים לתקופה ההלניסטית. לפיכך את תיארוך המערה יש לבסס על פי סגנונה – קברי ספסל חצובים המאפיינים את הקבורה בתקופת הברזל באזור זה. המערה שימשה לקבורה על פי שרידי עצמות אדם שנמצאו על הספסל הצפוני בצדה האחורי. המערה היא ככל הנראה חלק משטח חקלאי גדול שהקיף את תל כפירה, שמשתרע לרוחב לנחל כפירה ומצפון לו. סקרים שנערכו בשטח האתר תיעדו ממצא צור וחרסים מתקופת הברזל.