למן שנת 2019 ועד היום מתקיימות מדרום וממזרח לתל יבנה חפירות, ובהן נפתחו חמישה שטחים (AD, G; איורים 1, 2). צמוד לשטחים A ו-B מצפון נערכה בעבר חפירה נרחבת (ינאי 2014). בחפירות בשטח A נחשפו שרידי בית גתות גדול וכבשני יוצר של כלי חרס מהתקופה הפרסית (הדד ואחרים 2021, ור' שם סקירה היסטורית והפניות). בין שטח A לשטח B לא נמצאו עתיקות, וייתכן שבימי קדם עבר במקום ואדי.
בחפירה בשטח B נפתחו ארבעה שטחי משנה (1B–4B; איור 3), ונחשפו בהם שרידים של מבנים ומתקנים מהתקופות הביזנטית והאומיית, שרידי מבנים וכבשני יוצר של כלי חרס מהתקופה האסלאמית הקדומה ושברי כלי חרס מתקופות אלה ומתקופות הברונזה, הברזל והפרסית. יחד עם ממצאי החפירות הקודמות נראה כי בשטח B ובסביבתו שכן אזור תעשייה רחב ידיים, שפעל בעיקר בתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה. בחפירה בשטחים C ו-G נחשף המשכו של אזור תעשייה זה.
בשטח D, המרוחק כ-650 מ' מדרום-מערב לשטחים A ו-B, נחשפה תעלת השקיה מסוף התקופה העות'מאנית, המעידה על פעילות חקלאית שנערכה בסביבות התל בתקופה זו, וכן התגלו חרסים מתקופות הברזל, הפרסית, ההלניסטית והביזנטית.
 
שטח B
תקופות הברונזה, הברזל והפרסית
בשטח B התגלו חרסים מתקופות הברונזה התיכונה 2א'–ב', הברונזה המאוחרת, הברזל והפרסית ללא שרידי בנייה. גם בסקרים וחפירות שנערכו בעבר בתל התגלו חרסים מתקופות אלה, המלמדים על נוכחות בתל ובסביבתו (Fischer and Taxel 2007:216–218). בית קברות מתקופת הברזל התגלה בעבר מצפון לתל (Kletter, Ziffer and Zwickel 2010; 2015; Kletter and Nagar 2015).
בשטח נערכו כמה חתכי בדיקה לתוך אדמת חרסית, מתחת לשרידי בנייה ופסולת מן התקופות הביזנטית–האומיית. בכמה מקומות נחשפה שכבת חול מתחת לאדמת החרסית. החתכים לא העמיקו עד לסלע האם. באדמת החרסית והחול שבחתכים התגלו שברי כלי חרס מתקופות הברונזה התיכונה 2א'–ב', הברונזה המאוחרת, הברזל והפרסית. הממצא האופייני לתקופת הב"ת 2א' כולל קערות מזוות ועגולות (איור 1:4–3), פיטסים (איור 6:4) וקנקנים (איור 9:4). הממצא האופייני לתקופת הב"ת 2ב' כולל קערות (איור 4:4, 5) וקנקנים (איור 7:4, 8). מתקופת הברונזה המאוחרת התגלו רק חרסים אחדים (הם יפורסמו בדוח הסופי). הממצא האופייני לתקופות הברזל והפרסית כולל כלי שולחן, כלי בישול וכלי אגירה. כלי השולחן כוללים קערות קטנות, שלהן דפנות דקות בזיווי קל וחריץ מתחת לשפה, והן מחופות אדום וממורקות (איור 1:5–3), קערות בינוניות ששפתן מעובה ומשולשת (איור 4:5, 5), קערות גדולות ועמוקות (איור 6:5) וכמות ניכרת של קדרות כדוריות חצי סגורות ששפתן מכונסת פנימה בזווית חדה והן עשויות מחומר גס עם חסמים גיריים שמורק מחוץ (איור 7:5, 8). למרות שהצורה והרכב הטין של הקדרות הכדוריות מתאימים לכלי בישול, מירוקן בשפה ובפן החיצוני מקשה על ייחוסן לבישול. כלי הבישול כוללים סירי בישול סגורים ששפתם בולבוסית ומרוכסת (איור 9:5, 10), וכן פך שלו שפה פשוטה (איור 11:5). כלי האגירה כוללים קנקנים פערוריים שלהם שפת מדף חלקה (איור 12:5) ושפת מדף מרוכסת (איור 13:5) לצד קנקנים ישרי כתף (איור 14:5–18) ואמפורה מיובאת (איור 19:5). חלק גדול מהכלים החל להופיע בתקופת הברזל 2ב', ובהם הקערות הבינוניות והגדולות (איור 4:5–6), סירי הבישול (איור 9:5, 10), הפך (איור 11:5), הקנקנים למיניהם (איור 12:5–18) והאמפורה (איור 19:5). הקנקנים המשיכו להופיע בתקופה הפרסית. הקערות בעלות הדפנות הדקות (איור 1:5–3) והקדרות הכדוריות (איור 7:5, 8) אופייניות רק לתקופת הברזל 2ג'.
 
התקופות הביזנטית והאומיית
בשטח B התגלו שרידי מבנים ומתקנים, ובכל אחד מהם זוהו כמה שלבי בנייה (איור 6); להלן יוצגו שלבי הבניה העיקריים. בנוסף, במזרח השטח נחשפה ערמה גדולה של פסולת בית יוצר לכלי חרס, ובדרום-מערב השטח נחשף אזור שבו הושלכה פסולת היישוב מתקופות אלה (שטח 3B).
 
השלב הקדום
בחלקו הדרומי של השטח התגלו שני בורות עגולים (14371L, 14372L; 0.5 מ' קוטר, כ-0.3 מ' עומק) מתחת ליסודות קירות (14235W, 14168W) מהשלב המאוחר. הבורות נחפרו לתוך אדמת החרסית והחול, ושפתם דופנה באבני שדה קטנות. בתוך הבורות נמצאו שברי קנקני עזה; ייתכן כי הם הושלכו לבורות בשלב מאוחר. ממערב לבורות, ובאותו מפלס גובה, נחשף צבר אבני שדה (14378L), ששימושן אינו ברור. ייתכן כי אבנים אלה הן מפולת של קיר שמיקומו המקורי לא נחשף. בשל המרחק הרב בין הבורות לבין צבר האבנים אי אפשר לקשור ביניהם באופן חד משמעי. ייחוסם של שרידים אלה לשלב הקדום נובע ממיקומם מתחת לשלב המאוחר בשטח.
 
השלב המאוחר
לשלב העיקרי בתקופות הביזנטית והאומיית יוחסו מבנה נרחב, המשתרע ברוב שטח B, מבנה מוארך ממערב לו ובריכת אגירה (איור 7). צמוד למבנה המערבי ממזרח עובר רחוב בכיוון צפון–דרום (כ-3.5 מ' רוחב), ולו רצפת עפר מהודק מעורבת בכמות גדולה של שברי חרסים. מן הרחוב ישנה גישה לבריכת האגירה ולמבנה הנרחב. הקשר בין השרידים משלב זה טרם הוברר ולכן כל מכלול יתואר להלן בנפרד.
 
המבנה הנרחב. ברוב שטח B משתרע מבנה נרחב (כ-50 × 50 מ'; איור 6), הכולל שלוש שורות חדרים המקיפות חצר פנימית גדולה ממערב, מדרום וממזרח. ייתכן כי בחלק הצפוני של המבנה הייתה שורת חדרים נוספת, אך שטח זה טרם נחפר. על סמך הממצא במבנה נראה כי הוא פעל בעיקר במהלך המאה הו' לסה"נ, ואילו במאה הז' הפעילות בו הצטמצמה. מבנה זה הוא בן זמנו של השלב המאוחר בבריכת האגירה (להלן). להלן יתוארו ארבעת השלבים העיקריים במבנה (1–4) מהקדום למאוחר.
שלב 1 — בשלב זה נבנו שלוש שורות החדרים מסביב לחצר הגדולה. ברוב הקירות החיצוניים של המבנה השתמרו בעיקר היסודות, שנבנו מאבני שדה בינוניות וקטנות מכורכר ללא חומר מלכד והשתמרו לגובה כ-0.7 מ'. במקומות אחדים מעל יסודות הקירות השתמר נדבך אחד מקיר, שנבנה באבני גזית שלוכדו בחומר מליטה לבן מעורב בצדפים. בכמה פינות של קירות המבנה התגלה עיבוי של הבנייה לחיזוק. הקירות הפנימיים של המבנה אינם אחידים בבנייתם. בחלק מהקירות התגלה יסוד שנבנה מנדבך אחד או שניים של אבני כורכר מהוקצעות ואבני שדה בגדלים שונים. בשורת החדרים המערבית נחשפו שלושה חדרים (5–7; איור 7), ובהם רצפות אבן; רצפת חדר 5 מוגבהת משאר החדרים. בשורה המזרחית לא השתמרו הקירות הפנימיים. בחלק הדרומי של שורה זו נחשפו אבני פסיפס צבעוניות; לא ברור אם הן שייכות לרצפת המבנה או שהן נזרקו במקום. בחלק המערבי של שורת החדרים הדרומית נחשף חדר גדול מוארך (8; 6 × 16 מ'; הוא נתחם במזרח בקיר 13190). במרכז החדר נחשפה מפולת של אבני שדה גדולות שהתמוטטו מהקירות. בחלק המזרחי של שורת החדרים הדרומית נחשפו לפחות שישה חדרים (10–15), שחלק מקירותיהם הפנימיים נשדדו. בחדרים 10, 11, 14 ו-15 התגלו שרידי רצפות אבן, ואילו ביתר החדרים הייתה אולי רצפת עפר מהודק. בפינה הצפונית-מזרחית של חדר 12 נחשף מכלול כלי חרס באתרו (13365L; איור 8), הכולל סיר לילה (איור 3:9) ופך בישול (איור 4:9) תמימים, ולצדם שברים של קערת FBW (איור 1:9), קדרת בישול (איור 2:9), כלי אנטיליה (איור 5:9, 6) ונרות מטיפוס Candelstick (איור 7:9). המכלול מתוארך לסוף התקופה הביזנטית ולתקופה האומיית, והוא מתארך את שלב השימוש האחרון בחדר. עוד נמצאו בפינת חדר 12 מעט שברים של בקבוקי זכוכית מהמאות הו'–הז' לסה"נ. במילוי חתום מתחת לרצפת האבן בחדר 10 נמצא מטבע ביזנטי בעריך של 40 נומיות, המתוארך למאה הו' לסה"נ.
שלב 2 — בשלב זה החלק המערבי בשורת החדרים הדרומית (חדר 8) הוסב לשמש מאגר מים. הפן הפנימי של קירות החדר טויח בטיח ורדרד, שהשתמר בעיקר בחציו המזרחי של החדר. סימני טיח (רולקה) על חלקם התחתון של הקירות מעידים על קיומה של רצפה שלא השתמרה. נראה כי רצפת החדר בשלב זה חתמה את אבני המפולת מהשלב הקודם. בשל השיפוע הטבעי של השטח לכיוון דרום נוצר לחץ מים על הקיר הדרומי של החדר (14168W), ולפיכך הוא חוזק ביציקה של יסוד חדש על גבי היסוד של השלב הקדום ובבניית שלוש אומנות תמיכה מדרום לו. אל המאגר הוליך צינור מים מחרס (W14241), מצופה ביציקה גירנית מעורבת בצדפים ואבני שדה קטנות. מקור המים של הצינור לא נחשף. סמוך לחיבור הצינור למבנה, ממזרח לאומנה המזרחית, נחשף מתקן עגול ומטויח (13204L), שממנו יוצאת תעלה ניקוז (13106L) לדרום. דופנות התעלה נבנו מאבני שדה קטנות והיא הושתתה על אדמה וקורתה באבני כיסוי מכורכר. למרות שלא נמצא קשר בין מתקן 13204 למבנה, בשל קרבתם נראה כי המתקן שימש להוצאת עודפי מים מן המאגר. ההמשך למזרח של הקירות הדרומיים של שורת החדרים הדרומית (13285W, 13265W) נבנה באופן דומה לבנייה של קיר 14168. מקירות 13285 ו-13265 השתמרו שניים–שלושה נדבכים של אבני גזית ואבני שדה שלוכדו בחומר מליטה עבה וגס. שלושת הקירות המשופצים של שלב 2 (13265, 13285, 14168) לא נבנו מקשה אחת אלא בשלבים טכניים נפרדים. קיר 13265 ממשיך מזרחה אל מחוץ לשטח החפירה.
שלב 3 — השימוש במאגר הסתיים עם בנייתו של קיר במרכז חדר 8 (13189W), שחילק את החדר לשניים. בשני החדרים נבנו בשלב זה רצפות אבן. צמוד להם ממערב נבנתה בריכה קטנה (14222L), שחוברה לצינור חרס 14241 על מנת לנקז את עודפי המים לצינור הראשי. בשטח שממערב לחדרים אלה התגלו שלוש רצפות טיח (14234L, 14246L, 14300L), שנבנו זו על זו, והן ניגשות אל הבריכה ואל שני קירות נוספים (13286W, 14235W); הן מלמדות על תיקונים ברצפות שנערכו במהלך קיומו של המבנה.
שלב 4 — בשלב זה נוסף חדר (16), שקירותיו נבנו מאבני שדה, ולו רצפת עפר. על הרצפה נחשפו קנקני עזה. סופו של המבנה בקריסת קירותיו. בשורה המערבית של המבנה, סמוך לפינת שני קירות (17034W, 17057W) ומתחת להריסות המבנה, נחשף שלד של כלב ללא הגולגולות (איור 10). בשני חלקי חדר 8 ובחלק הדרומי של שורת החדרים המזרחית (13259L) כוסו השרידים בשכבת מפולת לבנה של שברי טיח עבים, אבני שדה קטנות ושברי חרסים, כנראה תקרת המבנה שקרסה. בתוך שכבת המפולת בחלק המזרחי של חדר 8 נמצאו שני מטבעות ביזנטיים מהמאה הו' לסה"נ. לאחר שהמבנה קרס התקיימה בשטח פעילות דלה. סמוך לבריכה 14222 נחשף כבשן קטן (14291L), שנבנה לתוך מפלס אדמה מהודקת מעורבת בחרסים. מפלס זה כיסה את קירות המבנה ופולס לגובה מפולת התקרה. לתוך מפולת 13259 שבחלק הדרומי של שורת החדרים המזרחית נבנה מתקן סגלגל מלבני טין (13419L) ובתוכו כלי חרס. ממזרח לשורת החדרים המזרחית נחשפה ערמת פסולת של בית יוצר (13402L; להלן), שהוציאה חלק זה של המבנה משימוש; לא ברור עדיין אם בעת השלכת פסולת בית היוצר במקום חלקו המערבי של המבנה המשיך לשמש. בשלב זה של המחקר שימושו של המבנה אינו ברור, אך נראה שהיה זה מבנה תעשייה ציבורי.
 
המבנה המוארך המערבי. נחשף מבנה ארוך בציר צפון–דרום, ובו לפחות ארבעה חדרים (1–4; איורים 6, 7); הוא נמשך צפונה אל מחוץ לשטח החפירה. חלק מהמבנה נחשף בעבר בחפירתו של אלי ינאי (ינאי 2014, שטח A3). במבנה זוהו שני שלבי קיום.
השלב הקדום — יסודות הקירות החיצוניים נבנו מ-1–2 נדבכים של אבני שדה בינוניות וקטנות מכורכר. חלקם העליון של הקירות החיצוניים נבנה משורה חיצונית של אבנים מהוקצעות מכורכר ומאבני שדה קטנות ביתר רוחב הקיר; הם השתמרו לגובה של 1–3 נדבכים. בצדו החיצוני של הקיר המערבי של המבנה נחשפה רולקה, המכסה את יסוד הקיר. הקירות הפנימיים בשלב הקדום נבנו מיסוד של אבני שדה קטנות ומעליהן קיר שנבנה באבני גזית והשתמר לגובה נדבך אחד. אל קירות המבנה ניגשו רצפות עפר מהודק אפרפר. בחדרים 2 ו-4 נמצאו על הרצפות כלי חרס וזכוכית באתרם (איור 11). מעל הרצפות ומעל הכלים התגלו אבני שדה רבות ושברי טיח, המעידים על התמוטטות המבנה.
הממצא הקרמי מהשלב הקדום מתוארך למאות הו'–הז' לסה"נ וכולל קדרות בישול ומכסים (איור 1:12–6), קנקני עזה מטיפוס טורפדו (Majecherek type 4; איור 7:12, 8), קנקן תמים אחד שהועבר לרפאות (לא צויר), נרות מטיפוס Candlestick (איור 9:12–11) ורעף (איור 12:12).
ממצא הזכוכית מהשלב הקדום כולל קערה (איור 1:13) ובקבוק (איור 2:13), המתוארכים למאות הד'–הו' לסה"נ; ומגוון קערות עדינות גדולות (15–18 ס"מ קוטר), ששפתן מעוגלת באש (איור 1:14–4), ובסיס קערה עשוי מליפוף של חוטי זכוכית (איור 5:14) הנפוץ באתרים בארץ, האופייניים למאה הד' וראשית המאה הה' לסה"נ. הקבלות לשפות קערות מעוגלות באש ולבסיסים עשויים מליפוף חוטי זכוכית נמצאו למשל בבית הקברות ובשרידי בית המלאכה לייצור זכוכית בח'ירבת א-נענע (Gorin-Rosen and Katsnelson 2007:76–78, 88–90, Figs. 1:1, 3, 4, 7:3–5, 27:1, 2, 31:1–3). כמו כן נמצאו שני בקבוקים, לאחד שפה מעוגלת באש ולשני שפה מקופלת פנימה (איור 6:14, 7), ושבר קטן של צמיד מזכוכית כהה המעוטר בצילוע אלכסוני (איור 8:14). טיב הזכוכית והבלייה של הבקבוקים והצמיד מאפיינים זכוכית מהמאות הד'–הה' לסה"נ. כלים אלה מוכרים היטב ממכלולי קבורה ויישוב בכל רחבי הארץ.
מתחת לכלים שעל רצפת חדר 4 התגלו שני מטבעות: נומוס ופנטניום ביזנטיים מהמאה הו' לסה"נ.
השלב המאוחר — המבנה שופץ בהרמת הקירות והרצפות. הגבהת יסודות הקירות נראית היטב בקירות החיצוניים הדרומי (14288W) והמערבי (14073W). בקיר 14288 נוספו יסודות רחבים, שנבנו מאבני שדה קטנות על גבי הקיר הקדום (איור 15). בקיר 14073 נוספו נדבכים של אבני שדה בינוניות וקטנות במקומות שבהם הקיר קרס, וכך אבני הקיר שנותרו באתרן יחד עם אבני התיקון שימשו יסודות של שלב הבנייה המאוחר במבנה; יסודות אלה רחבים מעט מהקירות של שני השלבים. מעל יסודות קירות 14073 ו-14288 השתמר נדבך אחד של הקיר העליון, שנבנה בדומה לבנייה בשלב הקדום. נראה כי הקיר המזרחי של המבנה (14069W) לא התמוטט בשלב הקדום, מכיוון שלא נראים שינויים בבנייתו. הקירות הפנימיים במבנה (למשל, 14071W) צרים יותר בשלב זה, והם נבנו על גבי הקירות הפנימיים של השלב הקדום ששימשו יסודות רחבים לקירות החדשים (איור 16). על המפולות בחדרים הונח מילוי של אדמה כתמתמה ומעליה אדמה אפרפרה. על מילוי זה נבנו הרצפות של השלב המאוחר. בחדר 1 התגלתה רצפת אבן. בחדר 3 התגלה קטע משכבת טיח (תשתית רצפה?) ושתי אבנים מהוקצעות, אולי שרידי רצפת אבן. אפשר שבחדרים 2 ו-4 הייתה רצפת עפר מהודק. בשני חדרים אלה התגלו בפינה הצפונית-מערבית מתקנים רבועים שנבנו מאבני קירטון מלבניות ושטוחות ושימשו אולי לאחסון. גם המבנה מהשלב המאוחר התמוטט. בין אבני המפולת בחדר 2 נחשפו שברי כלי חרס וכלי זכוכית וקערת אבן.
הממצא הקרמי מהשלב המאוחר כולל כלים תמימים לצד שברי כלים מהתקופות הביזנטית המאוחרת–האומיית, ובהם קדרת בישול (איור 1:17) וקדרה ששפתה מעובה (איור 2:17) מהמאות הו'–הח' לסה"נ, קנקני עזה מטיפוס טורפדו (Majecherek type 4) מהמאות הו'–הז' לסה"נ (איור 3:17–6), צפחת (איור 7:17) עשויה מטין צלהב מהמאות הז'–הח' לסה"נ וקנקן מיניאטורי דמוי פיקסיס המעוטר בחריתה של דגם גיאומטרי (הוא נשלח לרפאות ולכן לא צויר). כלי מניאטורי דומה התגלה ביבנה ים והוא מתוארך למאה הח' לסה"נ (Fischer and Taxel 2014:223, Fig. 5:10).
כלי הזכוכית מהשלב המאוחר במבנה מתוארכים למאות הד'–הו' לסה"נ, וכוללים קערות ששפתן מקופלת וחלולה (איור 3:13), בסיסי טבעת מוגבהים חלולים (איור 4:13), בקבוקים פשוטים שלהם שפה מעוגלת באש (איור 5:13), בקבוק שנופח לדפוס צלעות מסובב ועוטר בתוספת של חוטים אופקיים על הצוואר (איור 6:13), האופייני לתקופה הביזנטית המאוחרת, וחלק תחתון של דו-שפופרת תמרוקים (איור 7:13) שנועדה לכחל.
כלי החרס והזכוכית שנמצאו בשני שלבי הקיום של המבנה כוללים בעיקר כלי בישול, אחסון ותמרוקים, המשקפים את חיי היום יום של דרי המבנה.
 
בריכת אגירה. בבריכה התגלו שני שלבים. בשלב הקדום נבנתה בתוך הקרקע בריכת אגירה מרובעת ומטויחת (17120L; 3.0 × 3.5 מ' מידות פנימיות, 1 מ' עומק), שאליה מוליכה מצפון תעלת מים (17105L; 4 מ' אורך חשיפה, 0.3 מ' רוחב פנימי). שניים מקירות הבריכה נחשפו עד לתחתית (14075W, 17048W). הקירות נבנו מאבני שדה קטנות מכורכר שלוכדו בחומר מליטה אפרפר (שרוף?) מעורב בפחם. בפינה הצפונית-מזרחית של הבריכה נבנו שתי מדרגות מעוגלות שטויחו גם הן. סמוך למדרגה העליונה, בדופן הצפונית של הבריכה, ישנו שקע עגול ומטויח (כ-0.15 מ' קוטר). בפינה הדרומית-מערבית של הבריכה הותקן בור שיקוע מרובע (0.72 × 0.75 מ', 0.45 מ' עומק) שטויח כשאר הבריכה. תעלת המים הוליכה אל הדופן המערבית של הבריכה. דופנות התעלה נבנו מאבני שדה קטנות; סביר להניח כי התעלה הייתה מטויחת אך הטיח לא השתמר. התעלה התגלתה מלאה בהצטברות אדמה, וזו נחתמה בשכבת חרסים ששימשה ריצוף של הרחוב הצמוד.
בשלב המאוחר הוגבהו קירות הבריכה (עד 0.35 מ' גובה) ביציקה של אבני שדה שלוכדו בחומר מליטה גירני. יציקה זו עבה יותר מרוחב הקירות של השלב הקדום. הקירות ורצפת הבריכה טויחו בטיח לבן ועל גביו טיח ורדרד; בין הרצפה לקירות מחברת רולקה. על חלק מקירות הבריכה הובחנו סימני תיקון של הטיח. הטיח נסדק והשתמר פחות טוב באזור החיבור בין השלב הקדום למאוחר. מעל תעלה 17105 נבנתה תעלה חדשה (17052L; כ-5.8 מ' אורך חשיפה, כ-0.24 מ' רוחב פנימי). דופנות התעלה נבנו מאבני שדה קטנות שלוכדו בחומר מליטה גירני. תחתית התעלה ודופנותיה טויחו, והיא קורתה באבני כיסוי גדולות שהיו חשופות ובולטות ממפלס הרחוב. התעלה ממשיכה לצפון, אולי לעבר באר מים שטרם נחשפה. בריכת האגירה יצאה משימוש בסוף התקופה הביזנטית והפכה לבור אשפה.
 
פסולת בית יוצר
באזור המזרחי של השטח התגלתה ערמה גדולה של פסולת בית יוצר לכלי חרס (13402L; איור 6), שהכילה שברי קנקני עזה מהתקופה הביזנטית (המאות הו'–הז' לסה"נ) וחומר לבנים שמקורו כנראה בכבשנים שפורקו. גודלה המלא של הערמה טרם נחשף. אל תוך הערמה נחפרו שני חתכי בדיקה (2.5 × 2.5 מ' כל אחד; איור 18). הפסולת כיסתה קיר (13265W), שנבנה בכיוון מזרח–מערב — המשכו של המבנה הנרחב שתואר לעיל. ערמת הפסולת ניגשת אל חלקו החיצוני של הקיר המזרחי של המבנה הנרחב (13318W). נראה כי ערמת הפסולת הוציאה משימוש חלק זה של המבנה הנרחב — החלק שממזרח לקיר 13318 — ולא ברור בשלב זה האם חלק המבנה שממערב לקיר 13318 נותר בשימוש בעת השלכת פסולת בית היוצר.
 
אזור פסולת היישוב
בדרום-מערב השטח (שטח B3; איור 6) נחשף אזור ששימש לשפיכת פסולת היישוב. הובחנו שתי שכבות פסולת, שכל אחת מהן הכילה שברים של כלי חרס וכלי זכוכית, מתכות וכמויות גדולות של עצמות בעלי חיים. השכבות מופרדות ברובד אדמה (0.9 מ' עובי). בשלב המחקר הנוכחי לא נראה הבדל מהותי בממצא שהתגלה בכל שכבה.
פסולת היישוב מתאפיינת בכלי בישול (איור 1:19), בכמויות גדולות של שברי קנקני עזה מטיפוס טורפדו (איור 2:19, 3) לצד קנקני שק דרומיים (איור 4:19) ונרות מטיפוס Candlestick (איור 5:19), המתוארכים לתקופות הביזנטית המאוחרת–אומיית (המאות הו'–הח' לסה"נ).
שברי כלי הזכוכית האופייניים לפסולת היישוב כוללים מבחר גדול של קערות ששפתן מקופלת החוצה וחלולה, חלקן רחבות מאוד וחלקן עדינות (איור 1:20–4), המתוארכות למאות הד'–הו' לסה"נ; גביע יין מעוטר בחוטים כחולים מעל ומתחת לשפה (איור 5:20); בסיס גביע יין טבעתי חלול ומעוות (איור 6:20), שיש בו פגם והוא נראה חלק מתוצרת של בית מלאכה מקומי שפעל באתר; נר כלילה קוני חלול (איור 7:20); בקבוק זכוכית עדין שלו שפת משפך קצרה מקופלת (איור 8:20) המתוארך למאות הד'–הה' לסה"נ; בקבוקים ששפתם זקופה ומעוגלת באש (איור 9:20–11) ובסיסי בקבוקים קעורים נמוכים בגדלים ועוביים שונים (איור 12:20, 13), המתוארכים למאות הו'–הז' לסה"נ; ושפה של צנצנת גדולה ועבת דופן ששימשה אולי לאחסון מוצר תעשייתי כלשהו (איור 14:20), המתוארכת למאות הו'–הח' לסה"נ. 
פסולת מתעשיית זכוכית נמצאה בכל האזור ששימש לשפיכת פסולת, גם בשכבה העליונה וגם בתחתונה. הפסולת מגוונת וכוללת נתזים של זכוכית גולמית (איור 1:21–3), בעיקר בגוונים כחלחלים-ירקרקים או ירקרקים-צהובים, המתאפיינים לרוב בשבירה טבעית ובחתך משולש; גושים קטנים של זכוכית גולמית שעליה צמודים חלקי דופן או רצפה של הכבשן (איור 4:21, 5); גושים של פסולת הכוללים חומר מזוגג בחלקו (partly vitrified; איור 6:21), המרמז על תעשייה של זכוכית גולמית באזור; ופסולת של זכוכית חמה, ובה נטיפות בצורות שונות (איור 7:21–9) ושברי כלים מעוותים בחום (איור 10:21), המעידים שבאזור התעשייה שהתגלה באתר עסקו גם במלאכת הזכוכית (ר' למשל בח'ירבת א-נענע, Gorin-Rosen and Katsnelson 2007:124–129). ממצאים אלה מלמדים בברור כי בקרבת מקום פעל בית מלאכה לייצור כלי זכוכית, ואולי אף התקיימה תעשייה לייצור זכוכית גולמית.
 
התקופה האסלאמית הקדומה
נחשפו שרידי מבנים, ובהם הובחנו שני שלבי בנייה, וכבשני יוצר של כלי חרס (איור 22). חשיפת חלק משרידים אלה החלה בחפירה קודמת, ובה התברר בין היתר כי המבנים קדומים לכבשני היוצר (נדב זיו 2020).
 
שרידי מבנים
לשלב הקדום יוחסו שני מבנים שנחשפו בצפון השטח, והיו אולי חלק ממכלול נרחב. המבנה המערבי כולל שני חדרים, והוא נחשף בעבר (נדב זיו 2020, שכבה IV, איור 3). המבנה המזרחי השתמר גרוע; פינתו הצפונית-מערבית נחשפה בעבר והמשכו לכיוון מזרח (13026W, 13361W) נחשף בחפירה הנוכחית. המבנה המזרחי נבנה בדומה למבנה המערבי בציר מזרח–מערב (3.8 × 12.0 מ' מידות פנימיות); קצהו המזרחי לא נחשף וייתכן שהוא נמצא מחוץ לגבולות החפירה. קיר 13361 הצפוני נבנה משני נדבכים של אבני שדה קטנות מכורכר; בחלקו המערבי שולבו באחד מנדבכי הקיר אבנים מהוקצעות, כנראה בשימוש משני, שהונחו לרוחב הקיר. בין שני המבנים מחבר קיר (13416W), שנבנה מיסוד של אבני שדה שלוכדו באדמה אדומה ומעליו השתמר נדבך אחד של קיר שנבנה מלבני טין. קיר 13416 ניגש אל קיר 13361 ואל קיר של המבנה המערבי (13173W).
בשלב המאוחר נבנה קיר 13026 מעל נדבך הלבנים של קיר 13416. קיר 13026 נבנה כנראה בשיטה דומה לזו של קיר 13361, והשתמרו ממנו רק קטעים קטנים בחלקו המערבי.
 
כבשני יוצר לכלי חרס
בשטח הובחנו 13 כבשני יוצר לכלי חרס, מהם נחפרו שמונה. שניים מהכבשנים בחפירה קודמת (נדב זיו 2020: לוקוסים 293, 323) ושישה בחפירה הנוכחית (13465L, 14146L, 14183L, 14185L, 14200L, 17019L). כל שמונת הכבשנים שנחפרו שייכים לאותו טיפוס, הכולל תא בערה מלבני ובו אומנות שנשאו את רצפת תא הכלים, וכן כיפה שבדרך כלל לא השתמרה. ההשתמרות של ששת הכבשנים שנחשפו בחפירה הנוכחית אינה אחידה. השתמרותו של כבשן 17019 (איור 23) היא הטובה ביותר. בכבשן זה השתמרו תא הבערה, רצפת תא הכלים וחלק מהכיפה שכיסתה את תא הכלים. עם סיום השימוש בכבשן, הוא הוסב לשמש בור אשפה. בתא הבערה נמצאו שברי כלי חרס, הכוללים קנקנים שצווארם גבוה ולעתים מנופח (Swollen Neck; איור 1:24–3). קנקנים אלה מתאפיינים בגוף דמוי שק מעוטר בסרוק אופקי או בדגמים גאומטריים. לעתים הם מתאפיינים בממדים גדולים ביותר, כמו קנקן זיר המוכר מאזור יהודה. תפוצתם החלה כנראה בתקופה האומיית והם החליפו את קנקני השק הדרומיים, האופייניים לאזור עד התקופות הביזנטית המאוחרת–האומיית. בחפירה הנוכחית נתגלה מרכז ייצור של קנקנים אלה, שפעל לאורך כל התקופה האסלאמית הקדומה. עדיין לא קיימת טיפולוגיה ברורה, אך על סמך חפירות אחרות באזור החוף ובשפלה הדרומית אפשר לתארכם למאות הח'–הי' לסה"נ. יחד עם קנקנים אלה התגלו בתא הבערה של כבשן 17019 קנקנים נוספים, ובהם קנקני עזה מטיפוס טורפדו (איור 4:24), קנקני שק דרומיים (איור 5:24), קנקן מטיפוס זיר (איור 6:24) ושברי גוף של קנקני שק צפוניים מעוטרים במשך פסים לבן (איור 7:24, 8). עוד התגלו בתא הבערה של כבשן 17019 טבעות טין צרוף מעובדות ברישול, ועליהן סימני טביעות אצבעות של הקדר (איור 9:24). טבעות חרס מרושלות אלה נפוצות בכל הכבשנים ביבנה, וייתכן כי הן הונחו מתחת לקנקנים בכבשן על מנת למנוע את מגעם עם רצפת תא הכלים. כבשנים נוספים מאותו טיפוס ומאותו זמן התגלו בחפירה שנערכה ממערב לתל יבנה (הרשאה מס' 5612-A; ע' עד, מידע בעל פה).
מדרום לקיר 13361 שבמבנה המזרחי שבצפון השטח נחשף בור פסולת (13400L), כנראה של בית יוצר, ובו שברי כלי חרס מהתקופה האסלאמית הקדומה. המכלול הקרמי כולל קנקני שק שלהם צוואר גבוה (איור 1:25–3) ומכסים של כלי בישול (איור 4:25). קנקני השק זהים לאלה שהתגלו בכבשנים בסביבה (למשל, כבשן 17019 שנחשף בחפירה הנוכחית וכבשן 323 שנחשף בעבר; נדב זיו 2020), והם מלמדים על הייצור המקומי בתקופה זו.
סמוך לפתחו של כבשן 14200 התגלה שבר פכית ובו מטמון של שבעה מטבעות, כולם דינרים מזהב, מהתקופה העבאסית: ארבעה דינרים מהתקופה העבאסית הקדומה (762–806 לסה"נ), שני דינרים משושלת האג'לביים שבצפון אפריקה (תוניסיה של היום; 814–837 לסה"נ) ודינר שחוק של החליף אל-מתוכל (847–861 לסה"נ).  
 
שטח D
התקופות הקדומות
בחלקו הצפוני של שטח D נפתחו ארבעה ריבועי חפירה, והתגלו בהם שברי כלי חרס מתקופות הברזל, הפרסית, ההלניסטית והביזנטית ללא שרידי בנייה.
 
התקופה העות'מאנית
שטח D משתרע במורד הצפוני של גבעת כורכר מכוסה באדמת חמרה. בראש הגבעה עומד מבנה ישן עם רצפות בטון ששימש כנראה בית באר. בשל מצבו הרעוע של המבנה הוא לא תועד. בחפירה מצפון למבנה נחשפו קטעים של תעלת השקיה מהתקופה העות'מאנית, שיצאה כנראה מן המבנה לכיוון צפון, ולאחר מכן פנתה למזרח (איורים 26, 27). בכמה מקומות נמצאו שרידים של תעלות משנה, שהתפצלו מהתעלה הראשית. החלק הצפוני של התעלה השתמר בצורה הטובה ביותר, וזוהו בו שני שלבי טיוח. בשלב הראשון התעלה טויחה בטיח אפרפר ובשלב השני היא טויחה בחלקה הפנימי בלבד בטיח ורדרד. על קטע מקרקעית התעלה נמצאו טביעות רגלים של צבאים שעברו במקום כשהטיח היה עדיין לח עם סיום בניית התעלה.
 
מהחפירה הנוכחית ומחפירות קודמות עולה כי האזור שמדרום לתל יבנה היה חלק מאזור תעשייה נרחב לאורך התקופות. בתקופה הפרסית פעלו במקום בית גתות גדול לייצור יין וכבשנים לייצור כלי חרס. תעשיית כלי החרס התקיימה באזור גם בתקופה הביזנטית: בחפירות בעבר התגלו שרידי כבשן גדול (ינאי 2014), ובחפירות הנוכחיות התגלו בשטח B שרידים של שני מבנים ומתקנים ופסולת רבה של בית יוצר לכלי חרס. לא ברור אם המתקנים שהתגלו בשטח היו חלק מתעשיית ייצור כלי חרס או מתעשייה אחרת. על פי תכנית המבנה הנרחב והבריכה הסמוכה אליו, נראה כי זהו מבנה תעשייתי. הממצא מתוך המבנה המערבי מלמד על פעילות ביתית, וייתכן שהיה זה בית המגורים של האנשים שתפעלו את המבנה הנרחב. תכנית המבנים, הרחוב שעובר ביניהם ובריכת האגירה שאליה הוליכה תעלת מים מלמדים כי הושקעו מחשבה ותכנון בבניית אזור תעשייה זה. נראה כי היה זה אזור תעשייה רחב ידיים, שנבנה בצורה מסודרת ומתוכננת, כנראה על ידי הממסד של אותם ימים. ינאי סבור כי בעקבות רעש האדמה של שנת 659 לסה"נ יצא הכבשן הגדול משימוש (ינאי 2014). בחפירה הנוכחית טרם נמצאו עדויות לרעידת אדמה זו.
נראה כי תעשיית ייצור כלי החרס ביבנה התאוששה במהרה והתקיימה גם בתקופה האסלאמית הקדומה. בחפירה התגלו 13 כבשני יוצר לכלי חרס ושני מבנים שיוחסו לתקופה זו. לצד תעשיית כלי החרס התגלתה בחפירה פסולת של בית מלאכה לייצור כלי זכוכית, המלמד על תעשיית זכוכית שהתקיימה במקום.
מהתקופה העות'מאנית התגלו בשטח D שרידי תעלות מים, כנראה עדות לפעילות החקלאית של הכפר הערבי ששכן על התל.