התגלו שישה בורות מעוגלים חצובים בסלע כורכר, הנבדלים זה מזה בעומק, בגודל ובמתאר (בור 100 — 1.23 מ' קוטר, 1.00 מ' עומק; בור 101 — 1.2 מ' קוטר, 0.8 מ' עומק; בור 103 — 1.55 מ' קוטר, 0.7 מ' עומק; בור 105 — 0.9 מ' קוטר, 0.4 מ' עומק; בור 106 — 0.9 מ' קוטר, 0.24 מ' עומק; בור 107 — 0.90 × 1.25 מ'; איורים 3–8). כן התגלה מפלס של אדמה שחורה (L104) מעל סלע הכורכר, והתברר כי הוא הפרעה בת זמננו. בור 103 דופן באבני כורכר בינוניות וקטנות ללא חומר מלכד. בתוך הבור התגלו אבנים, וייתכן כי הן נפלו מתקרה שהתמוטטה. בור 107 דמוי פעמון. בתוך הבורות הצטברה אדמה שחורה שמעורבים בה שברי כלי חרס מטיפוסים שהיו בשימוש ביתי, המתוארכים לשלהי התקופה העות'מאנית ומוכרים מאתרים רבים. נמצאו קערות מקומיות עשויות מטין חום (איור 1:9–3), קערה מטין שחור ממשפחת כלי עזה (איור 4:9), קערה מזוגגת ירוק בדופן הפנימית שיובאה מהעיר דידימוטיכו (Didymoteicho) שביוון (איור 5:9); כן נמצאו שני טיפוסי קדרות, מטין חום (איור 6:9) ומטין אפור השייכת למשפחת כלי עזה (איור 7:9); שני טיפוסי סירי בישול, אחד עשוי ביד מטין חום עם חסמי מיקה ולו ידיות מדף והוא מעוטר בדיקור סביב הצוואר (איור 8:9) ונפוץ למן התקופה הממלוכית ועד שלהי התקופה העות'מאנית, וסיר בישול עשוי מטין אפור, השייך למשפחת כלי עזה (איור 9:9); קנקן עשוי טין חום (איור 10:9), השכיח בתקופה העות'מאנית; וכן שתי מקטרות מחופות בחום-אדמדם וממורקות ועליהן עיטורי מקדה וחריתה (איור 11:9, 12). על הצד הימני של קנה מקטרת מס' 12 טביעת חותם עגולה בדגם של פרח.

צורותיהם המגוונות של הבורות מלמדות שהם שימשו למגוון צרכים. ייתכן כי חלקם שימשו לאשפה, לאחסון או לתעשייה כלשהי. אפשר גם שהם שימשו לנטיעת עצים. האזור מתאפיין בסלע כורכר, ולכן נדרשת חציבה של בורות לצורך נטיעת עצים. בורות נטיעה חצובים בכורכר נמצאו בגבעה מדרום לתל יבנה (שפירה תשכ"ח:64). לדעת שפירה בבורות הנטיעה החצובים נאגרים מים, המעניקים לעץ ריכוז גבוה של לחות להבטחת התפתחות רצויה. על פי המיקום האקראי של הבורות במרחב נראה כי הם לא נחצבו לצורך נטיעות חקלאיות (דוגמה לנטיעה חקלאית ר' יקואל ונגר 2014; ינאי, מידע בעל פה על בורות לנטיעת עצים מחפירתו בבית דגן) אלא לנטיעת עצים אחדים. בורות דומים שנחצבו לצד מבני מגורים התגלו בחפירות הצלה שנערכו באתר (רישיון מס' 538/2015-B; א' כהן-תבור, מידע בעל פה). הבורות היו חלק מהכפר הערבי אל-קוביבה (למידע נוסף על הכפר הערבי ר' Khalidi 1992:407–408). על סמך סקר שנערך במאה הי"ט לסה"נ עצים וגידולים, כגון תאנה, זית, קישואים וטבק, הקיפו את הגבעה שעליה שכן הכפר (גרן תשמ"ב:44). על פי מפות היסטוריות שרידי הבתים שהתגלו בשטח החפירה נמצאים בשוליים המזרחיים של הכפר.