שטח A משתרע על פני גבעה המתנשאת בגדה הדרומית-מזרחית של אחד מערוצי נחל חובב. במדרונה הדרומי נתגלו שישה קברים מלבניים (L105–L100; כ-1.3 × 2.5 – 1.6 × 3.2 מ'; איור 2) חצובים בסלע קרטון, מתקופת הברזל 2א, שכוסו בלוחות קרטון גדולים ומהוקצעים (איור 3). חלק מהקברים נשדדו וחלקם הופרעו בעת המודרנית. בשני קברים נתגלו עצמות אדם ולידם כלי חרס תמימים, תכשיטי נחושת וחרוזי אבן. על ראש הגבעה נמצאו שרידי מבנה תחום משלושה כיוונים. הקירות, שנראה כי רק בסיסהם השתמרו, לגובה נדבך אחד (0.3 מ'), נבנו מאבני גוויל על סלע האם. רצפת המבנה לא השתמרה.

שטח B משתרע על פני גבעות המתנשאות בגדות הצפונית והדרומית של אחד מערוצי נחל חובב.
על ראש גבעה נמוכה, בגדה הדרומית של נחל חובב, נחשף מבנה עגול (3.5 מ' קוטר; איור 4) שנבנה על הסלע. למבנה קיר מעוגל (W20), שהשתמר לגובה נדבך אחד (0.28 מ') ונבנה מאבני גוויל קטנות ובינוניות מקרטון שלוכדו בחומר מליטה. בחלקו הדרומי-מזרחי של המבנה נקבע פתח (1.2 מ' רוחב) שמובילות אליו שלוש מדרגות נמוכות (1 מ' רוחב). בהיעדר ממצאים במבנה ובסביבתו לא התאפשר תיארוך המבנה. כ-300 מ' מצפון-מערב למבנה העגול נחשף בור מים (L202; כ-3.6 מ' עומק היום; איור 5), חצוב בסלע במורדות הדרומיים של גבעה נמוכה בגדה הצפונית של ערוץ נחל חובב. פתחו מלבני (כ-0.7 × 0.8 מ') והוא נבנה מאבני גיר מסותתות בחלקן. אל הבור מובילה תעלת הזנה (L203; כ-250 מ' אורך, כ-0.5 מ' רוחב, כ-0.2 מ' עומק), המקיפה את הגבעה ממערב ואוספת מי נגר ממדרונותיה הצפוני והמערבי (איור 6).
שטח C נפתח על השלוחה המשתרעת בכיוון צפון–דרום בין ערוצי נחל נעים בחלקו הצפוני-מזרחי של שטח החפירה. בקצה הצפוני של השטח נתגלו שרידי מתקן עגול (L300; איור 7). חלקו הדרומי תחום בקיר מעוגל (W53) שנבנה מאבני גוויל. בתוך המתקן נחשפה מפולת אבנים ובמרכזו נתגלה קיר החוצה את המתקן בכיוון צפון-מזרח–דרום-מערב (W54; כ-0.9 מ' רוחב, 6.1 מ' אורך). המתקן לא נחפר עד בסיסו, אך ייתכן ששימש שובך יונים.
נחשפו שני מבנים מתקופת הברזל 2א כ-0.5 מ' בתוך הלס הטבעי ששימש יסודות לקירות (איור 8). הקירות נבנו מאבני גוויל של קרטון רך ומעליהן לבני בוץ שנתגלו במפולות בתוך החדרים. רצפות החדרים, שנמצאו במפלס הנמוך ממפלס בסיסי הקירות ב-0.2–0.6 מ', נעשו מאדמת לס מהודקת. המבנה הצפוני, שנחשף בחלקו (14 × 15 מ'), נבנה במורדות הגבעה המתונה המשתפלת לצפון-מערב ונחשפו בו שמונה חדרים ושתי חצרות. 30 מ' מדרום למבנה הצפוני נחשף מבנה נוסף, דרומי, שנבנה על המדרון המתון המשתפל צפונה ומזרחה. חמשת חדריו חפורים בתוך הלס הטבעי לעומק 0.2–0.3 מ'. באחד מהם נתגלו שני מתקני אבן מעוגלים. המתקן הצפוני שימש מוקד אש – אבניו נמצאו שרופות וסביבו שרידי אפר. על רצפות החדרים ובתוך ההצטברות שמעליהן נמצאו כלי חרס המתוארכים לתקופת הברזל 2א,מספר רב של אבני שחיקה ומקבות.
שטח D משתרע על פני הגבעות הנמוכות בגדות הצפונית והדרומית של ערוץ נחל נעים בחלקו הצפוני-מערבי של השטח הנחפר. על ראש גבעה נמוכה, כ-100 מ' מצפון לערוץ של נחל חובב, נחשפו שרידי שובך יונים סגלגל (כ-7.4 מ' קוטר חיצוני בציר מזרח–מערב, כ-7.9 מ' בציר צפון–דרום; איורים 9, 10). המתקן נבנה על הסלע ולו ארבעה קירות – קיר תוחם עגול (W70) ושלושה קירות מחיצה (W73–W71). חלקו המערבי של קיר 70 השתמר לגובה שני נדבכים (כ-0.45 מ') וחלקו המזרחי הרוס כמעט לחלוטין. הקירות הפנימיים של השובך השתמרו באחידות, עד לגובה נדבך אחד (0.30–0.35 מ'). הקירות (0.8 מ' רוחב) נבנו משתי שורות של אבני קרטון מסותתות ואבני גוויל קטנות ביניהן (0.15 × 0.40 – 0.10 × 0.30 מ'), וחילקו את חלל השובך לארבעה חלקים שווים. בין קירות 71 ו-72 נקבע מעבר (0.55 מ' רוחב) ובין קירות 71 ו-73 מעבר נוסף (0.6 מ' רוחב). בסיס המבנה נחצב בסלע קרטון לעומק של כ-0.15 מ' ובתחתית השקועה – רצפת השובך (L405 ,L404 ,L402 ,L401) – נאסף זבל היונים ששימש לחקלאות. הרצפה נחשפה מתחת להצטברות אדמה חולית ונתגלו בה חרסים מהתקופות הביזנטית המאוחרת–תחילת האסלאמית הקדומה והעות'מאנית וכן עצמות בעלי חיים (נוסף על עצמות היונים). כ-70 מ' ממזרח לשובך היונים זוהה שקע בקרקע – שריד של מחצבת אבן שבה כנראה נחצבו אבנים לבניית השובך. בור המים בשטח B, כ-650 מ' מדרום-מזרח לשובך היונים, סיפק כנראה את המים לצורכי המתקן. כ-100 מ' מדרום לשובך היונים, על הגדה הדרומית של אחד מערוצי נחל חובב, נחשף קיר שדה (W80; כ-15 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב; איור 11) ששימש מדרגה חקלאית, וכוסה באדמת סחף. הקיר נבנה על אדמה חולית משתי שורות של אבני קרטון והשתמר לגובה 2–5 נדבכים (עד 0.6 מ'). הנדבך התחתון נבנה מאבנים גדולות (כ-0.20 × 0.25 × 0.40 מ'), חלקן מהוקצעות, ואילו שאר הנדבכים נבנו מאבני גוויל קטנות ובינוניות (0.10 × 0.15 × 0.25 מ').
 
נתגלו שרידי תרבויות שהתקיימו במשך אלפי שנים: החל מיישוב מתקופת הברזל 2א וכלה בבתים ומתקנים חקלאיים מן התקופה הביזנטית–האסלאמית הקדומה. יישובים מתקופות שונות בנאות חובב הם חלק ממערך היישובים הקטנים שנתגלו באזור הספר בנגב הצפוני. הם שימשו מקום מגורים לרועים ולחקלאים, שלטו על דרכי המדבר והוקמו לא הרחק ממקורות מים. ריבוי אתרים ארכיאולוגיים על גדות הנחלים נובע ממיקומם של מקורות מים זמינים, קרבה לשטחי עיבוד חקלאי ודרכים עתיקות שעברו סמוך לנחלים. הקרקע הזמינה, המתאימה לגידול תבואות, ומי תהום גבוהים לאורך אפיק הנחל, משכו אליהם מתיישבים שעסקו בחקלאות עונתית וברעיית צאן.