היישוב יפיע מזוהה עם יפיע המקראית (יהושע 12:19). החפירות בשטח מלמדות על התיישבות כמעט רציפה למן תקופות הברונזה התיכונה, הברונזה המאוחרת והברזל, דרך התקופות ההלניסטית, הרומית והביזנטית ועד היום. האתר העתיק של יפיע, המשתרע כיום בשכונת מר יעקוב, נחפר לראשונה על ידי סוקניק שחשף בשנת 1950 שרידי בית כנסת (Sukenik 1951; איור 2:1). סדרה של מערות חצובות, שזוהו כממגורות, שאחת מהן הניבה מטמון של 200 מטבעות רומיים אימפריאליים, כבר הייתה ידועה כאשר ביקר גרן במקום (Guérin 1880:140; איור 1:1). בחלק המערבי של האתר נחשפו מקווה (אלכסנדר 1998; איור 3:1) וממגורה נוספת (אלכסנדר 2012; איור 10:1). כל החפירות הקודמות (אבו-עוקסא 1998; 2002; מוקארי 1999; שלם 1999; זידאן 2015; כהן 2021; איור 4:1–9 בהתאמה) נערכו מצפון לחפירה הנוכחית, וחשפו בעיקר מתקנים חצובים בסלע, מערות טבעיות ומערות קבורה חצובות בסלע (לסקירה מקיפה של הרקע הגיאוגרפי, ההיסטורי והארכיאולוגי, ר' אלכסנדר 2012).
המגרש המיועד לבנייה (כ-10´  23 מ'; איור 2), המשתרע במדרון המזרחי של גבעה, נחפר על ידי דחפור לעומק של כ-4 מ' שהרס שכבות סלע. חפירה זו הותירה בצדדים המערבי והדרומי של המגרש שני חתכים אנכיים גבוהים בסלע (כ-23 מ' אורך, כ-1.5 מ' אורך בהתאמה; איור 3), וכן אבנים ואדמה. בחפירה הנוכחית נחשפו בצד המערבי שני חללים חצובים בסלע וקטע קיר, ובצד הדרומי — קיר ואבן גולל. בשל שיקולים בטיחותיים הוגבלה החפירה לניקוי החתכים ותיעוד השרידים החצובים בסלע.
 
חללים. שני החללים החצובים בסלע (איור 4; L100, L101) לא נחפרו מסיבות בטיחותיות, ומחקרם הוגבל לניקוי החתכים הפונים מזרחה, שם הופרעו ההצטברויות. נראה שהחללים שימשו ממגורות. חלל 100 (2.5 מ' גובה, 3 מ' רוחב; איור 5) התגלה מלא בהצטברות אדמה אפורה כהה מהודקת למדי (L102) ומעליה — מילוי אדמה חום בהיר רופף יותר. בהצטברות האדמה היו מעורבים אבני גוויל רבות בינוניות וקטנות וחרסים רבים, שהורבדו אולי באופן סטרטיגרפי, אך התערבבו כשההצטברות הופרעה ונשפכה מהחלל. החרסים תוארכו במקצתם לתקופת הברזל 2 וברובם לתקופות ההלניסטית המאוחרת והרומית הקדומה–התיכונה (להלן), והם מלמדים על משך הזמן הארוך של ההצטברות. הממצא הקרמי מתקופת הברזל 2 כולל שפת קערה (איור 1:6), שפת סיר בישול (איור 2:6), שפת קדרה מחופה אדום (איור 3:6) ובסיס פכית עגולה קטנה מחופה אדום (איור 4:6). מכלול זה אופייני לתרבות הצפונית של תקופת הברזל 2, ומתוארך כנראה למאות הי'–הט' לפסה"נ. בקצה העליון של ההצטברות הובחנה אדמה אפורה בהירה ובה אבנים קטנות רבות וכמה חרסים מהתקופות האסלאמית הקדומה ועות'מאנית.
חלל 101 (1.5 מ' גובה, 2.5 מ' רוחב בבסיס) מתחדד כלפי מעלה, שם נראה פתח עגול קטן. גם חלל זה היה מלא בהצטברות אדמה וגושי סלע שהתמוטטו מהתקרה. בניקוי החתך של הצטברות זו התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הפרסית, ובהם שפת מורטריום קיפרי (איור 5:6) ובסיס מורטריום (איור 6:6), וכן קדרות מהתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה-התיכונה (להלן). כמו בחלל 100, בחלק העליון של ההצטברות הובחנה אדמה אפורה בהירה ובה אבנים קטנות רבות וכמה חרסים מהתקופות האסלאמית הקדומה והעות'מאנית.
כלי החרס מהתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה והתיכונה בשני החללים כוללים שפת קנקן אגירה מהתקופה ההלניסטית (איור 7:6); שפת קנקן אגירה מהתקופה ההלניסטית המאוחרת (ימי החשמונאים? איור 8:6), שנמצאה מעורבת עם כלי החרס מתקופת הברזל בחלל 100; וכן שפה של קערת כפר חנניה (איור 9:6), קדרת בישול (איור 11:6), סיר בישול (איור 12:6) וקנקן (איור 14:6), המתוארכים לתקופה הרומית הקדומה-התיכונה.
 
קטעי קירות. התגלו שני קטעי קירות (1W, 2W). קיר 1 נבנה מאבני שדה בינוניות ובו גם אבן גדולה (איור 7), ככל הנראה אבן גולל של קבר בשימוש משני, שנמצא מדרום-מערב לחפירה. קיר 2 נבנה מאבני גזית גדולות והשתמר לגובה של שלושה נדבכים (איור 8). נראה שהוא חלק מקבר ארגז שנבנה על סלע בכיוון כללי מזרח–מערב ומעליו השתמרה אבן כיסוי גדולה. סמוך לקירות התגלו כמה שברי כלי חרס (L103), ובהם שפה של קערת בישול (איור 10:6) וסיר בישול (איור 13:6) מהתקופה הרומית הקדומה והתיכונה, המתארכים את שני הקברים.
 
אי אפשר לתארך בוודאות את החללים החצובים בסלע, אך על פי שברי כלי החרס שנמצאו בתוכם, נראה כי הם היו בשימוש למן תקופת הברזל 2 ואילך. נראה כי הם ננטשו בתקופה הרומית, כאשר אזור זה הפך לשדה קבורה.