בחודש נובמבר 1999 נערכה חפירת בדיקה באתר ניאוליתי בנחל ירמות סמוך לצומת רמת בית שמש (הרשאה מס' 3158-A; נ"צ — רי"ח 19680/62518; רי"י 14680/12518) בעקבות סלילת כביש ופיתוח האזור. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד השיכון, נוהלה על ידי ח' חלאילה, בסיועם של א' האג'יאן (מדידות), ל' זייגר ומ' סמילנסקי (ציור כלי צור), ע' מרדר ור' בנקירר.
האתר נמצא על הגדה הדרומית של נחל ירמות במקום שבו האפיק משנה את כיוונו ממזרח–מערב לדרום–צפון (כיום צומת רמת בית שמש). סמוך לאתר מעיינות פעילים ולמרגלותיו עמק פורה. י' דגן גילה את האתר וערך בו חפירת בדיקה במסגרת פרויקט מפת בית שמש. תוצאות הסקר והבדיקה הצביעו על קיומו של יישוב פרהיסטורי קטן שגודלו הוערך ב-8 דונם. בחפירה הנוכחית נתגלו שרידי יישוב מסוף התקופה הניאוליתית הקרמית (סוף האלף החמישי לפסה"נ).
נפתחו 8 ריבועים (4 × 4 מ') שפוזרו על פני השטח המיועד לפיתוח, במטרה לאמוד את גודל האתר ואת עומק השרידים הקדומים. בשולי האתר נחפרו שלוש תעלות באמצעות כלי מכני. האתר חד-שכבתי (1.5 מ' עומק), עשיר בממצאים ובו ארבעה מפלסי חיים. המפלס העליון
(0.8 מ' עובי) כולל בורות ומורכב מסדימנט בצבע חום בהיר מעורב בכיסי אפר ואבנים. המפלס השני (0.6-0.4 מ' עובי) מורכב מסדימנט פריך בצבע אפור בהיר ומכיל ריכוז גדול של שברי כלי חרס וצור. המפלס השלישי (0.2 מ' עובי) הוא של סדימנט אפור כהה מעורב באבנים קטנות ושרופות. המפלס הרביעי מורכב בעיקר מסדימנט חום בהיר מעורב בחומר לבנים ואבני בנייה.
בבסיס הריבוע המרכזי (C5; איור 1) נתגלו שרידי מבנה בן שלושה קירות שיוצרים מרחב מלבני בציר צפון-מערב–דרום-מזרח. הקירות בנויים אבני גוויל גדולות וביניהן חומר לבנים. למרחב רצפת עפר מהודק עם סימני שרפה; במרכזה נמצאה אבן שחיקה. צמוד לקיר המזרחי נתגלה מוקד בנוי גיר כתוש. בקצה הצפוני של הריבוע נחשף קיר (W6) השייך כנראה למבנה נוסף שלא נחפר. בשאר הריבועים נתגלו מיתקנים עגולים ובדלי קירות.
תעלות הבדיקה וריבועי החפירה אפשרו הגדרה מדויקת של גודל האתר. התברר כי הוא קטן יחסית ומשתרע על שטח של 4 דונם. הממצא האופייני לתקופה הניאוליתית הקרמית המאוחרת (תרבות ואדי רבה) כלל שברי כלי חרס רבים, כלי צור, כלי אבן ועצמות עזים, כבשים וחזירים. להבי מגל רבים, אבני שחיקה והעצמות מעידים על כך שתושבי היישוב עסקו בחקלאות. כן נתגלו חפצי נוי, בהם חרוזים עשויים צפחה וחודי עצם רבים.