בחודשים יוני ויולי 2005 נערכה חפירה באתר גת גוברין שבנחל קומם (הרשאה מס'
4432-A; נ"צ 17885-913/61679-717; איור 1), לקראת הרחבת מסילת הרכבת באר שבע–תל אביב. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי פ' פביאן, בסיוע ע' פדר (ניהול שטח A), י' מילבסקי (ניהול שטח B), ח' לביא (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות ושרטוט), ר' גורן-רבינוביץ (ארכיאוזאולוגיה) וג' קדושים ז"ל (צילום אוויר).
האתר נחפר לראשונה בשנת 1958 על ידי ז' פרו (Perrot J. 1961. IEJ 11:76; 1962. RB 69:387–388) ופעם נוספת בשנת 1998 (ר' חדשות ארכיאולוגיות 114: 103), והתגלו בו שרידי יישוב משלהי התקופה הכלקוליתית ותחילת תקופת הברונזה הקדומה. בחפירה זו נחפר שטח הגדול מבין השטחים שנחפרו באתר עד כה (600 מ"ר; איור 2); השטח משתרע צמוד למסילת הרכבת ממזרח ומתחבר לשטחי החפירות הקודמות שנערכו באתר. כתוצאה מחיבור שטחי החפירות התקבלה תמונה רחבה ורציפה של הסטרטיגרפיה והאדריכלות באתר. בחפירה נחשפו שרידים של שתי שכבות יישוב, המתוארכות לתקופה הכלקוליתית ולתקופת הברונזה הקדומה 2. לא התגלו עדויות להמשך היישוב לאחר תקופות אלה.
בשכבה העליונה התגלו בורות ושרידי קירות אחדים. שכבה זו הופרעה קשות במהלך חריש עמוק. רוב הממצאים מהשכבה מתוארך לראשית תקופת הב"ק 2 ומיעוטם מתוארך לתקופה הכלקוליתית. בשכבה התחתונה, שהשתמרה טוב יותר, נחשפו בעיקר בורות רדודים ובורות דמויי פעמון, אליהם ניגשות רצפות שעליהן התגלו מוקדי אפר וכן שברי כלי חרס, כלי אבן גיר ועצמות. בשכבה זו התגלו לראשונה באתר כמה קבורות אדם, מרביתן בבורות רדודים כשלצד הנקבר שרידי חזירים. כן התגלה מבנה עגול (כ-4 מ' קוטר) ייחודי בתוכניתו, שנבנה מלבני בוץ. בתוך המבנה התגלתה קבורת ילד, מעליו ולצדו הונחו מנחות של בעלי חיים שונים, ובהן חזיר צעיר שלם ורגל שלמה של מפריס פרסה. בקבר זה התגלו גם שיניים של אדם בוגר, המלמדות כנראה שבמבנה נערכה קבורה ראשונית והשרידים הועברו מאוחר יותר לקבורה משנית במקום אחר. נראה שמבנה ייחודי זה שימש לקבורה טקסית. הממצאים בשכבה התחתונהכוללים שברי כלי חרס, כלי אבן ופריטי צור מהתקופה הכלקוליתית. בולטת במיוחד תעשייה לייצור כלי אבן גיר, הייחודית לאתר זה. תעשייה זו כוללת כמות רבה של מגרדים, כלי קיצוץ וסדנים, המהווים את עיקר ממצא האבן באתר.