בחודש פברואר 2012 נערכה חפירה בבית דגן (הרשאה מס' 6430-A; נ"צ 184006-31/656615-39), לאחר שהתגלו שרידים עתיקים בעבודות לקראת בניית בית כנסת. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ס' יחיאלוב, בסיוע א' בכר (מנהלה), פ' וולינסקי (הכנת השטח לחפירה), ח' בן ארי (מדידות ושרטוט), א' גורזלזני (צילום), פ' גנדלמן (כלי חרס) ומ' שויסקיה (ציור כלי חרס).
נפתחו שני ריבועי חפירה (A2 ,A1) ברחוב מנחם בגין פינת רחוב הרמב"ן, מדרום לתל בית דגן (איורים 1, 2). נחשפו שרידי בנייה דלים מהתקופה העות'מאנית, השייכים כנראה לכפר הערבי בית דג'אן ששכן בתל ובסביבתו עד שנת 1948. השרידים בחפירה נפגעו קשות בעבודות תשתית ובנייה בנות ימינו. ביישוב נערכו בעבר חפירות וסקרים, ובהם התגלו ממצאים למן תקופת הברונזה הביניימית ועד לימי המנדט הבריטי; התל עצמו לא נחפר (חדשות ארכיאולוגיות 124).
ריבוע A1. נחשפו שלושה קטעי קירות (W1–3; איור 3), שנבנו בציר צפון-מערב–דרום-מזרח. קיר 1 (3.4 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב) נבנה על קרקע חולית באבנים מהוקצעות חלקית, גדולות ובינוניות, והשתמר לגובה מרבי של חמישה נדבכים (0.7 מ'). קיר 2 (1.6 מ' אורך השתמרות) נבנה באבני גוויל והשתמר לגובה נדבך אחד. קיר 3 (0.76 מ' אורך השתמרות) נבנה באבני גוויל בינוניות וקטנות והשתמר לגובה מרבי של חמישה נדבכים (0.6 מ'). צמוד לקיר 3 התגלה רובד אבנים ששימש תשתית לכביש בן זמננו שעבר במקום. בחפירת הריבוע התגלה ממצא חרסים דל מהמאות הי"ח–הי"ט לסה"נ המתארכים את הקירות, ובהם קערות (איור 4: 1–3), מחבת בישול (איור 4: 4), קנקן (איור 4: 5), ושברי רעפים (איור 4: 6, 7). בתעלת היסוד של קיר 3 התגלו חרסים שחוקים מאוד, כנראה קדומים לאלה שהתגלו בריבוע.
ריבוע A2. התגלו אבני גוויל פזורות ללא סדר בפינה הצפונית-מערבית של הריבוע. נראה שהאבנים התפזרו בעת הנחת תשתיות בימינו.