ח'ירבת אל-קוט משתרעת בראש שלוחה ממזרח לחורבת בית נטיף ומשקיפה אל עמק האלה שמדרום לה (איור 1). האתר צוין לראשונה במפות המנדט הבריטי של ארץ ישראל (Survey of Palestine 1945: Deir esh Sheikh Sheet 15/12). בשנים האחרונות נערכו בחורבה שני סקרים. בסקר רמת בית שמש תועדו בה שרידים של חווה חקלאית, מגוון מתקנים חצובים ומערות קבורה בשטח של 10 דונם (Dagan 2010: Site 383, see also 382). בסקר לאורך השוליים הדרומיים של החורבה, מדרום לח'ירבת עין אל-כיזבה, תועדו כמה מערות קבורה, גתות ומקווה (Zissu and Gass 2012). מחקר על הגיאומורפולוגיה של האזור שנערך לאחרונה סביב ח'ירבת אל-קוט מספק היבטים מעניינים אודות הפוטנציאל החקלאי של האזור בעת העתיקה (Paz et al. 2018). בכמה חפירות הצלה שנערכו בשוליים המזרחיים של החורבה (הרשאות מס' 7261-A, 7263-A, 7576-A, 7616-A) נחשפו שרידי יישוב גדול מהתקופה ההלניסטית המאוחרת–ימי החשמונאים, שהמשיך להתקיים בתקופה הרומית הקדומה והצטמצם בגודלו וננטש במהלך המרד הגדול. מקבצי מבנים צפופים שהתגלו בחלק זה של האתר מלמדים שכאן היה גרעין היישוב (ס' מזרחי וא' קוגן-זהבי, מידע בעל פה).

החפירה הנוכחית נערכה בשמונה שטחים (AH; איורים 2, 3), שנפתחו לאורך השוליים המערביים של היישוב מהתקופה ההלניסטית המאוחרת–ימי החשמונאים, ונחשפו בה שרידים למן התקופה הפרסית ועד התקופה הרומית הקדומה.

 
שטח A (איורים 4, 5). בשטח הגדול ביותר נחשפו שרידים של שני מבנים מימי החשמונאים, שהופרדו בסמטה צרה, מקווה וקולומבריום חצוב. השרידים האדריכליים השתמרו גרוע, שכן הם ניזוקו מפעילות חקלאית בימינו, הניכרת בסימני חריש על ראשי קירות האבן. רוב הקירות נחתכו עד לנדבכי היסוד שלהם, שנבנו מאבני שדה ובולדרים גדולים שהונחו בתעלות שנחפרו בשכבת סחף נטולת ממצאים. תכנית היישוב, המבוססת על יסודות הקירות, מלמדת כי כל מבנה כלל כמה חדרים. במבנים לא נמצאו רצפות ברורות, ובנייתם תוארכה על סמך מכלול קרמי מצומצם מתעלות היסוד של הקירות. במילוי אדמה שנחשף בתוך המבנים התגלה מכלול קרמי מעורב ברובו, המכיל שברי כלי חרס מימי החשמונאים ומהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית.
ממערב לשטח A זוהתה מערה שלה מנהרה חצובה (לא נחפרה), ששימשה אולי מערכת מסתור במהלך מרד בר-כוכבא. מערה זו, יחד עם מטמון מטבעות מימי בר-כוכבא שהתגלה בקרבת מקום (א' קוגן-זהבי, מידע בעל פה), מעידים כי למרות שהאתר ננטש ברובו לאחר המרד הגדול, חלקים מהיישוב נותרו פעילים ומקצת התושבים השתתפו ככל הנראה במרד בר-כוכבא (132–135 לסה"נ).
 
שטח B (איור 6). בחפירה בשטח הצפוני-מערבי נחשפו מילויי אדמה מרובדים מהתקופות הפרסית–ההלניסטית הקדומה ושרידים של מבנה המתוארך לימי החשמונאים. אף כי העדות המוקדמת ביותר להתיישבות ביתר השטחים היא מימי החשמונאים, הרי שהממצא הקרמי המשמעותי מהתקופה הפרסית שהתגלה בשטח B מלמד כי ההתיישבות באתר החלה מוקדם יותר.
נחפר רק חלק קטן של המבנה מימי החשמונאים (איור 7). ממזרח למבנה התגלה מקווה מטויח, הכולל גרם מדרגות חצוב בן תשע מדרגות, שירד אל פתח קשות, ובו שתי גומחות מלבניות, אולי לקיבוע קורת עץ, שהוביל לחדר טבילה מלבני גדול (לא נחפר). תעלת הזנה שנחצבה בסלע מעל חדר הטבילה הוליכה אל הקיר הצפוני של גרם המדרגות. נראה כי התעלה ניזונה ממי גשמים שנאספו בסדק טבעי בסלע האם, ומשם הם זרמו במורד גרם המדרגות אל חדר הטבילה.
 
שטח C (איור 4). התגלו שרידים של דרך כפרית וקולומבריום חצוב מצפון-מזרח לה (איור 8). הדרך, שכיוונה צפון-מערב–דרום-מזרח, עשויה מאדמה חומה בהירה ותחומה באבני שפה נמוכות. הקולומבריום כולל פיר אנכי המוליך מטה אל אולם חצוב; על פני השטח, מסביב לפתח הפיר, נחשף קיר עגול, שנבנה משורה אחת של בולדרים שהונחו על הסלע. בדופנות האולם, מהקרקעית עד לתקרה, נחצבו באקראי גומחות סגלגלות רבות. בתוך האולם נחשפו מילוי עפר ומפולות אבנים שהתמוטטו אולי מהקיר העגול. קולומבריום דומה, הכולל מגדל עליון שנבנה מעל האולם החצוב, התגלה בקרבת מקום ליד תל ירמות (עדוי 2017: שטח A).
 
שטחים D ו-E (איורים 9, 10). התגלו שני ריכוזים של מחצבות אבן. רוב המחצבות רדודות ונחצבה בהן שכבה אחת של אבנים. המחצבות רדודות שכן שכבת סלע הנארי במקום — הסלע המתאים לחציבת אבני בנייה — דקה, והן ננטשו עם הגעה החציבה אל שכבת סלע הגיר הרך שמתחת לנארי, אשר פחות מתאים לחציבת אבני בנייה. כתוצאה מכך החציבה בשטחים אלה נערכה בשטחים מצומצמים, שבהם הסלע התאים לחציבה. כל המחצבות מתאפיינות בסימני סיתות זוויתי ובתעלות ניתוק חצובות. המחצבות התגלו מכוסות בשכבה עבה של אדמה אחידה ללא פסולת חציבה, רמז לכך שהן מולאו במכוון במטרה ליישר את פני הקרקע.
 
שטח F. נחשפה גת קטנה חצובה, הכוללת משטח דריכה מרובע ובור איגום מרובע שבקרקעיתו גומת שיקוע עגולה גדולה. תעלה רחבה הוליכה ממשטח הדריכה אל בור האיגום. בדופן הצפונית של משטח הדריכה נחצבה גומחה קטנה, ששימשה לקיבוע קורת עץ. בשל היעדר ממצאים מתארכים לא ניתן לקבוע את זמנה של הגת.
 
שטח G (איורים 11, 12) משתרע בשוליים הדרומיים-מערביים של היישוב מימי החשמונאים. התגלו שרידי מבנה מלבני, הכולל כמה חדרים מלבניים; הובחנו בהם שני שלבי בנייה. המכלול הקרמי במבנה כולל מגוון רחב של טיפוסים המתוארכים לימי החשמונאים (המאות הב'–הא' לפסה"נ). התיארוך קיבל אישוש מהמכלול הנומיסמטי, הכולל בעיקרו מטבעות מימי שלטונו של אלכסנדר ינאי.
 
שטח H (איורים 9, 13). נחשפו שרידי מקווה, מחצבת אבן וגרם מדרגות בנוי. המקווה כולל מסדרון כניסה ובו שמונה מדרגות חצובות היורדות לעומק של 2.5 מ' אל חדר טבילה. חדר הטבילה נמצא מלא באדמה מעורבת באבנים (לא נחפר). על המדרגות העליונות התגלו קטעי טיח אפור, המלמדים כי גרם המדרגות היה מטויח. בחפירה במסדרון נחשף מכלול קרמי עשיר, הכולל סירי בישול מהתקופה הרומית הקדומה וכלי מידה שבורים מאבן גיר (איור 14). מסדרון דומה הכולל שמונה מדרגות בנויות נחשף מדרום-מזרח למקווה. בשלב כלשהו הוסב המקווה לקולומבריום, ובדופנותיו נחצבו כמה גומחות (איור 15). שני שלבי השימוש הברורים במתקן לא ניתנים לתיארוך משום שהוא לא נחפר.
 
בחפירה נחשפו השוליים המערביים של היישוב בח'ירבת אל-קוט מהתקופה ההלניסטית המאוחרת–ימי החשמונאים. התגלו כמה מקבצי מבנים שנבנו בכיוון אחיד, לצד מתקנים חצובים המתוארכים בעיקר לימי החשמונאים. שלא כמו שטחים אחרים באתר, אשר היו מיושבים ברציפות עד לתקופה הרומית הקדומה, שטח זה של האתר כולל רק שרידים דלים מתקופה זו. נראה אפוא, כי בתקופה הרומית הקדומה הכפר הצטמצם, והיה מוגבל בעיקר לגרעין הכפר שממזרח לשטחים שנחפרו. כלי האבן ושפע המקוואות שנמצאו באתר מלמדים על זהותם היהודית של התושבים. אף על פי שהמקוואות היו קשורים למבנים פרטיים, כמותם בשטח שנחפר היה רב יותר מאשר בחלקים אחרים של האתר. החפירות בשטחים אחרים באתר הראו כי חלקים מהאתר המשיכו להיות מיושבים לאחר המרד הגדול ועד למרד בר-כוכבא, כאשר הכפר ננטש לבסוף. במשך כל התקופות הללו האתר היה חלק מרשת יישובים שהשתרעה סביב היישוב הגדול ביותר באזור — בית נטיף — אחד מעשרת המרכזים המנהליים האזוריים של יהודה (טופרכיות; צפריר, די סגני וגרין 1994:84; Zissu and Klein 2011:211, ושם הפניות נוספות ודיון במקורות עתיקים). נראה כי היישוב בבית נטיף פרח בתקופה הרומית המאוחרת, בעת שרוב כפרי הלוויין שמסביב ננטשו. למן התקופה הביזנטית ואילך, שטחה של ח'ירבת אל-קוט נוצל בעיקר לעיבוד חקלאי.