בחודשים אוקטובר ונובמבר 2012 נערכה חפירת בדיקה בחצר המכון האמריקני לחקר ארץ צבי (בית הספר גובאט) שבהר ציון, בקצה רחוב ארוונה היבוסי (הרשאה מס' 6638-A; נ"צ 22163/63093), בעקבות גילוי ממצאים אדריכליים במהלך עבודות להנחת קו מים. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי י"ד קגן, בסיוע נ' נחמה (מנהלה), ו' פירסקי וי' שמידוב (מדידות ושרטוט) וא' בלשוב (שרטוט). החפירה נערכה בשיתוף פעולה עם מנהל בית הספר, ד"ר פ' רייט, ובעזרת מתנדבים מקרב תלמידי בית הספר.
בית הספר נמצא בחלקו הדרומי-מערבי של הר ציון (איור 1), במקום שבו נערכו חפירות אחדות. החפירות הראשונות נערכו במהלך הכשרת בית קברות ולקראת בניית מבנה בית הספר באמצע המאה הי"ט על ידי צ' וילסון, ק"ר קונדר, צ' וורן וא' פירוטי (לסיכום ר' Shultz 2004). בחפירות אלו נתגלה מצוק סלע חצוב ('מצוק ציון'), הנמשך מצפון לדרום ופונה לכיוון דרום-מזרח. בניין בית הספר נבנה סמוך למצוק. לקראת שיפוץ מבנה בית הספר בסוף המאה הי"ט נערכה במקום חפירה נוספת על ידי ה' מודסלי, שממצאיה פורסמו על ידי קונדר (Conder 1872; 1875a; 1875b). בחפירה זו נתגלה מגדל מלבני חצוב, הבולט מ'מצוק ציון' כלפי מערב, ולרגליו מדף סלע חצוב. לרגלי המצוק ולאורכו נמצאו מתקנים רבים, שחלקם נפגעו עקב חציבת המגדל בקיר הסלע, ובכלל זה גרם מדרגות חצוב העולה מזרחה. קונדר זיהה את 'מצוק ציון' והמגדל כיסודות 'החומה הראשונה' של ירושלים מימי החשמונאים. בשנת 1933 חפר במקום ר"ו המילטון לקראת בניית האגף המערבי של בית הספר (Hamilton 1935), וחשף מדרגת סלע נוספת היורדת מערבה ממדף הסלע שלמרגלות 'מצוק ציון'. על מדרגת הסלע נמצאו שלושה קירות שכיוונם הכללי צפון–דרום, שזיהו בהם קירות טרסה מהתקופה הביזנטית. בשנת 2010 נערכה חפירה ממערב למכלול מבני בית הספר, ובמהלכה נחשפו שרידים דלים של גרם מדרגות בנוי העולה מזרחה לכיוון ראש המצוק (הרשאה מס' 6007-A). בחפירה הנוכחית נפתחו שני ריבועים (1, 2; איור 2), ונחשפו קיר וחלל תת-קרקעי מקורה בכיפה, שיש לזהות בהם שרידים מן המבנה המקורי של בית הספר שנבנה במחצית השנייה של המאה הי"ט.
ריבוע 1 (כ-3.5×4.5 מ') נפתח לצד הקיר המזרחי של האגף המערבי, סמוך לפינתו הדרומית-מזרחית (איורים 3–5). נתגלו שני קירות טרסה (W107 ,W100) הנמשכים בכיוון צפון–דרום; קיר 100 מושתת על קיר 107. החלק הדרומי של קיר 100 פורק במהלך החפירה. שני הקירות בנויים אבני גוויל מהוקצעות במקצת; אבני קיר 107 גדולות יותר מאבני קיר 100. ממערב לקירות נתגלתה שכבה של שפכי עפר (L104), שבה אבנים קטנות רבות ושברי כלי חרס. ממזרח לקירות נתגלה מילוי המורכב מרבדים של חצץ ופסולת חציבה ושכבות טיח קשה מאוד (L109 ,L108 ,L106 ,L105; איורים 6, 7). רבדים 108 ו-109 ניגשו אל הפן המזרחי של קיר 107, ואילו רובד 105 וחלקו העליון של רובד 106 נחתכו בשל תעלת שוד שפגעה גם בחלקו העליון של קיר 107. בחתך המזרחי של הריבוע אפשר להבחין מעל רובד 105 ברובד טיח נוסף שנחתך במהלך עבודות התשתית שקדמו לחפירה. קיר 100 נבנה בתוך תעלת השוד. נראה שקיר 107 ורובדי המילוי שממזרח לו שייכים לתשתית של יחידה אדריכלית שנבנתה אל תוך שכבת שפכים 104.
ממצא כלי החרס משכבת שפכים 104 היה מעורב, וכלל חרסים רבים מסוף תקופת הברזל (המאות הח'–הז' לפסה"נ) ומן התקופה הרומית הקדומה (המאות הא' לפסה"נ–הא' לסה"נ) לצד ממצאים מן העת החדשה. בחלקו הדרומי של קיר 100 נמצאה מתחת לאבנים (L103) צלמית חרס מתקופת הברזל 2. בתוך רובדי המילוי שממזרח לקירות L109 ,L108 ,L106 ,L105 נתגלו שברי כלי חרס מהתקופה הרומית הקדומה וכן שברים ספורים מתקופת הברזל 2.
בריבוע 2 (כ-1.7×2.5 מ'), מדרום לריבוע 1, נתגלה מתקן מלבני קטן (לפחות 1.5 מ' אורך, 1.8 מ' רוחב, עומק לא ידוע; איורים 3, 4, 8), שנבנה בתוך בור. רק חלקו המערבי של המתקן נחשף בחפירה, וחלקו הפנימי לא נחפר. המתקן נמדד מתוך פרצה שנקרעה בתקרתו. במרכז הבור ניצבת קשת מאבני גוויל שטוחות, התומכת בתקרה הכיפתית למחצה של החלק המערבי של הבור (איור 9). יש לשער שחציו המזרחי של הבור, שלא נחפר, קורה באופן דומה. מעל הקשת נחה אבן מהוקצעת ארוכה; אבן דומה לה נמצאה במפולות שבתוך הבור. שתי אבנים אלו תחמו, ככל הנראה, את פתחו העליון של הבור. בחתך שנפתח בתעלת היסוד של הבור, לאורך פאתו הדרומית (L111), לא נתגלו ממצאים מתארכים.
שיטת הנחתן של שכבות היסוד ממזרח לקיר 107 בריבוע 1 אינה דומה לאף שיטה המוכרת מתקופות קדומות. לפיכך, דומה שיש לתארכה לשלב הבנייה הראשון של בית הספר, באמצע המאה הי"ט, על אף הממצא הקרמי משכבה זו. מיקום קיר 107 והתוואי שלו תואמים לאחד מקירות הגן שהיה במקום קודם להקמת האגף המערבי (לתוכנית, ר'
Conder 1875a). זוהי ככל הנראה טרסה ישנה של הגן שנהרסה עקב בניית האגף המערבי. קיר 100 מאוחר יותר, וייתכן שהוא קשור לבניית האגף המערבי.
גם הבור שנתגלה בריבוע 2 קשור, ככל הנראה, לאגף הישן של בית הספר, וייתכן ששימש בור ספיגה שנקשר למערכת ביוב או ניקוז. במהלך עבודות התשתית שקדמו לחפירה נמצא ממזרח לבור קטע צינור חרס מזוגג מהתקופה העות'מאנית, ממצא העשוי לחזק מסקנה זו. הממצאים מאפשרים ללמוד על שיטות הבנייה של המבנה המקורי של בית הספר – המבנה הראשון שהוקם מחוץ לחומות העיר העתיקה.