בחפירה (100 מ"ר; איורים 2, 3) נחשפו כ-1 מ' מתחת לפני השטח שרידי מבנה המתוארך לתקופת הברזל 2. במבנה הובחנו שלושה מרחבים, התחומים בקירות בנויים מאבני בזלת במגוון גדלים, ששרדו לגובה של עד שלושה נדבכים.

במרחב הצפוני נחשף משטח (L108; כ-2.5 × 3.0 מ'; איור 4) המורכב מאבני בזלת במגוון גדלים, הניגש אל שני קירות (W109 ,W104); נראה כי שימש חצר. על המשטח נחשפו שברים רבים של סירי בישול (90%) ושברי קנקנים (10%) המתוארכים לתקופת הברזל 2. סביר להניח שהאזור שימש לתעשיית מזון. בחתך בדיקה (L107) שנערך מתחת לחלקו המזרחי של המשטח נחשפה שכבה של אבני בזלת קטנות מעורבת בחרסים, רובם שברים של סירי בישול. שכבה זו שימשה כנראה תשתית לחצר, או שריד ממפלס חיים קדום יותר מתקופת הברזל 2.
במרחב האמצעי (L106), התחום בקיר 104 ובקיר היוצר עמו פינה (W122), מהם שרדו רק היסודות, נמצא מילוי אדמה (L116; איור 5). נראה כי זהו מילוי מכוון, שנועד למלא שקע טבעי בפני הסלע, לפלס את פני הסלע המשתפעים ממזרח למערב ולשמש תשתית לרצפה או למפלס חיים שלא שרדו.
המרחב הדרומי (L121 ,L115 ) תחום בין קיר 122 וקיר שנפגע ממחפרון (W120; איור 6), אשר שרדו לגובה נדבך אחד. במרחב זה נמצאו חרסים אחדים המתוארכים לתקופת הברזל 2. מדרום לקיר 120 נחשף מפלס בהיר (L114), שעליו נמצאו מעט חרסים המתוארכים לתקופת הברזל וכלי צור. אי אפשר לקשור מפלס זה למבנה.
בקצה הדרומי של החפירה נחשפו שרידי קיר (W110), שכיוונו מזרח–מערב. על הקיר ומדרום לו נמצאו חרסים אחדים המתוארכים לתקופה ההלניסטית. על פני השטח בדרום החפירה נמצאו שברים אחדים של קערות המתוארכות לתקופה הרומית המאוחרת.
 
עיקר הממצא הקרמי נתגלה על משטח 108 ובחתך בדיקה 107 שנערך שמתחתיו; כל הכלים שנתגלו בהם אופייניים לתקופת הברזל 2א'. אלה כוללים קערה עגולה (איור 1:7), סירי בישול ששפתם משולשת (איור 2:7–6), קנקנים (איור 7:7, 8) ובסיס פך (איור 9:7). כן נמצאה מקבת מבזלת (איור 10:7). סמוך לקיר 110, נחשף קנקן (איור 11:7) המתוארך לתקופה ההלניסטית; טיפוס זה נפוץ באתרי צפון ארץ ישראל, בתל יקנעם ובאתרים הסמוכים לחוף הים — תל כיסן, תל שקמונה ותל דור. כן נמצא שבר של קדרה עם שפת מדף מאונקלת (איור 12:7) שזמנה התקופה הרומית המאוחרת (המאה הד' לסה"נ), וכמוה נחשפו באתר הסמוך, חורבת עמודים, וכן ביקנעם ובבית שערים. בחפירה נמצאו גם 20 פריטי צור. כולם נושאים סימני שחיקה ופטינה עבה. זוהה רק פריט אינדיקטיבי אחד, השייך לתעשיית הלבלואה של התרבות המוסטרית מן התקופה הפליאוליתית התיכונה.
 
שרידי המבנה מתקופת הברזל 2א' מתאימים לממצאי הסקרים שנערכו בסביבה, המעידים על יישוב מתקופת הברזל 2 באזור חורבת משכנה. סגנון הבנייה — קירות עם מעט נדבכים וחידוש של מפלסי חיים — מעיד אולי על יישוב ארעי סמוך לבריכה עונתית (בירכת מסכנה). הבריכה הפעילה לאורך רוב השנה היא הסיבה להתיישבות במקום גם בתקופות קדומות, כפי שמעיד פריט הצור מהתקופה הפליאוליתית התיכונה. הממצאים מן התקופות ההלניסטית והרומית מעידים כנראה על פעילות באתר גם בתקופות אלה, שבהן הייתה התיישבות בחורבת משכנה ובחורבת עמודים הסמוכה.