חורבת משכנה שוכנת בראש גבעה מוארכת במזרחה של בקעת טורעאן, כקילומטר מצפון לצומת גולני. בחלקה המזרחי של החורבה משתרע אזור קבורה, וממערב לו שטח היישוב העיקרי. ו' גרן ביקר בחורבה באמצע המאה הי"ט לסה"נ ותעד בה בורות מים חצובים, קווי קירות של בתי מגורים שקרסו, קברים חצובים ובריכת מים גדולה (גרן תשמ"ה:124). בסקר שנערך בראשית שנות האלפיים תועדו בחורבה מתקנים חקלאיים, בורות מים ומערות קבורה חצובות בסלע ולוקטו חרסים שתוארכו למן התקופה הרומית הקדומה ועד לתקופה האסלאמית הקדומה (Leibner 2009:284). בשוליו הדרומיים והמערביים של האתר נערכו חפירות אחדות לקראת הרחבת מערך הכבישים בצומת גולני ונחשפו מפלס חיים מתקופת הברונזה התיכונה 2א' (אלכסנדר 2012א), שרידי מבנה מתקופת הברזל 2א' (פייג 2016) וכן שלוש גתות מהתקופות הרומית והביזנטית, בור מים ובור דמוי פעמון (מוקארי 2012). באתר תועדו שתי מערכות מסתור (Shivtiʼel 2019:201–205), ובהן המערכת שתתואר להלן. מדרום לחורבה עברה הדרך הרומית עכו (פתולימאיס)–ציפורי–טבריה. במהלך השנים נחשפו קטעים מדרך זו ממזרח לצומת גולני (רול תשנ"ד:35) ומצפון לצומת (סטפנסקי תשנ"ח; תשס"ג; אלכסנדר 2012ב; ברגר 2013). סמוך לקטע הדרך שמצפון לצומת גולני אותרה בעבר תחנת אבני מיל ובה ארבע אבנים, שאחת מהן נושאת כתובת מימי הקיסר קרקלה (שנהב תשמ"ד; טפר תשע"ט:17). 

חורבת משכנה נזכרת פעמיים בתלמוד הירושלמי בשם משכנא (מסכת ברכות ט, ה; מסכת סנהדרין ג, ב). בתיאור קרב קרני חיטין נזכר כפר בשם Marescalcia/Manescalcia, שבו חנה הצבא הצלבני, ואילו הצבא המוסלמי חנה במקום סמוך בשם Salnubia (Libellus 1875:223). פרוואר (תשכ"ד:121; קדר תשנ"ב:104–107) הציע לזהות את מקום חניית הצבא הצלבני עם חורבת משכנה ואת מקום חניית הצבא המוסלמי בחורבת לוביה הסמוכה.

 
מערכת המסתור (איור 2). בחלקה המערבי של החורבה (נ"צ 238736/743259) תועדה מערכת תת-קרקעית חצובה, שאליה מוליך פיר כניסה אנכי עגול (A; 0.7–0.8 מ' קוטר, 1.1 מ' עומק; איור 3). סביב פתח הפיר נמצאו מוטלות אבני בנייה רבות, שנעקרו כנראה ממקומן המקורי על ידי שודדי עתיקות ושימשו אולי במקור במבנה כניסה שהיה בנוי מעל פיר הכניסה למערכת. בתחתית הפיר, בצדו הדרומי-מזרחי, נחצב פתח שהוליך אל מחילה נמוכה (a-b; 1.5 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.9 מ' גובה; איור 4). בדופן הדרומית של המחילה, סמוך לפתח זה ולמדרגה בקרקעית המחילה, נחצבה גומחה מוארכת, ששימשה אולי לקליטת לוח סגירה לחסימת המערכת. בקצה הדרומי-מזרחי של מחילה a-b נחצב פתח מוקף במסגרת מדורגת (איור 5), המוליך אל מחילה (a-bi; כ-2.5 מ' אורך), הנמשכה דרומה עד להצטלבותה עם שתי מחילות נוספות (a-bii, a-biii). בדופנות המחילות הותקנו שקעים חצובים לנרות. מחילה a-bii (כ-2.5 מ' אורך) נחסמת בצדה המזרחי בשפך אדמה. מחילה a-biii מוליכה אל חלל רחב (B; כ-3 × 7 מ'), שמתארו לא סדור. חלל B התגלה מלא בגושי בוץ, שמקורם בפני השטח. שודדי עתיקות חפרו שטח נרחב בחלקו הדרומי-מזרחי של חלל B, עד שאיתרו פתח המוליך מן החלל לדרום אל מחילה ארוכה (b-c; כ-5 מ' אורך, 0.9 מ' רוחב, כ-0.7 מ' גובה). בתוך המחילה, סמוך לפתח, התגלתה אבן מלבנית (0.25 × 0.50 × 0.50 מ'), ששימשה כנראה לחסימתה. מחילה b-c הובילה אל חלל מוארך (C; כ-3 × 5 מ'), שבדופנו המזרחית נחצב פתח, החסום כיום בשפך אדמה, שהוליך אולי אל מחילה או פיר שעלה אל פני השטח.
בצד חלל C התגלתה ערמה של שברי כלי חרס, שנערמה במהלך שוד העתיקות. חלקו המערבי של חלל C מתרחב לחלל נוסף (D; כ-2.5 × 3.0 מ'). בחלק העליון של הדופן הדרומית של חלל D נחצב פתח, המוליך כנראה אל פני השטח, ממנו חדר לחלל שפך אדמה.
בערמת שברי כלי החרס בחלל C התגלו שני קנקני שק, שלהם שפה נוטה חוצה, מדרגה מתחת לשפה בצדה הפנימי ורכס בבסיס הצוואר (איור 1:6, 2), שדומים להם נפוצים במכלולים בגליל החל מהמאה הא' לסה"נ ועד סוף המאה הג' לסה"נ; שבר גוף מעוטר בחריתה וחיתוך בכפיס של דגם גיאומטרי (איור 3:6), המתוארך למאה הט' לסה"נ; שלושה שברים של קערות מעוטרות בזיגוג צהוב-ירוק (איור 4:6–6), המתוארכות לתקופות האיובית–הממלוכית; שבר של קערה גסה מחופה מבחוץ בלבן ומעוטרת בדגם גיאומטרי בצבע אדום (איור 7:6), עיטור הנפוץ במכלולים מהתקופה הממלוכית; וסיר בישול כדורי עשוי ביד ששפתו נוטה חוצה ועליו שרידי חיפוי אדום (איור 8:6), הנפוץ במכלולים מהמאות הי"ג–הט"ו לסה"נ.
במערכת המסתור התת-קרקעית תועדו כמה חללים, שחוברו במחילות צרות המאפשרות מעבר בזחילה בלבד. בחלק מהמחילות הובחן שינוי של המפלס והכיוון, ולאורך דופנותיהן נחצבו שקעים להנחת נרות שמן. נראה כי במערכת הותקנו אביזרים שנועדו לחסום את המחילות בעת הצורך או לבודד בין אגפיה השונים. שני שברי הקנקנים מהמאות הא'–הג' לסה"נ שהתגלו במערכת מלמדים כנראה על זמן חציבת המערכת או תחילת השימוש בה. גם מאפייניה האדריכליים אופייניים למערכות מסתור מהתקופה הרומית. עשרות מערכות מסתור מהתקופה הרומית הקדומה, שלהן מאפיינים דומים, התגלו בעבר בגליל התחתון (שבטיאל תשע"ה:221–223). על סמך הממצא הקרמי נראה כי חללי המערכת שימשו בשנית החל מהתקופות האיובית והממלוכית. ממצא זה מחזק את ההצעה לזהות את החורבה עם הכפר שבו שהה הצבא הצלבני בלילה שלפני קרב קרני חיטין.
 
אבן המיל תועדה שרועה על סוללה של אבנים ועפר, במרחק כ-500 מ' מדרום-מזרח לחורבת משכנה (נ"צ 239157/742955; איורים 7, 8). האבן שבורה בחלקה העליון, והיא כוללת בסיס מלבני (0.4 × 0.7 מ', 0.55 מ' גובה), ומעליו עמוד קוני (0.6 מ' קוטר בסיס, 0.55 מ' גובה); לא זוהתה כתובת. אי אפשר לדעת אם האבן נמצאה באתרה, אך לאור גילויה של תחנת אבני מיל במרחק כ-800 מ' ממערב לאבן זו (שנהב תשמ"ד), במרחק משוער של פחות ממיל רומי, אפשר לשער כי האבן שייכת לאותה תחנת אבני מיל. תחנה זו נמצאת מדרום לחורבת משכנה וקשורה כנראה לדרך הרומית עכו (פתולימאיס)–ציפורי–טבריה שעברה מדרום לחורבה. אם כך, נראה כי האבן הועברה במהלך עבודות עפר שנערכו ממערב לכאן.