בחודשים יוני-אוגוסט 2001 נערכו שלוש חפירות הצלה בכפר נחף ([1] הרשאה מס' 3441-A; נ"צ — רי"ח 23020-21/75975-76; רי"י 18020-21/25975-76; [2] הרשאה מס' 3449-A; נ"צ — רי"ח 22990-91/76020-21; רי"י 17990-91/26020-21; [3] הרשאה מס' 3479-A; נ"צ — רי"ח 23009-10/76010-11; רי"י 18009-10/26010-11), כדי להתיר בנייה סמוך לבניין קיים. החפירות, מטעם רשות העתיקות ובמימון בעליו של כל נכס, נוהלו וצולמו על ידי ה' סמיטליין בעזרת י' יעקובי (מינהלה), ל' פורת (רפאות כלי חרס), ח' טחן (ציור כלי חרס), ג' פינקלשטיין (זיהוי טביעה על ידית של אמפורה רודית).
[1] נפתח ריבוע על גבי המדרון המזרחי העליון של התל שנפגע קשה על ידי בולדוזר. בחתך שיצר הבולדוזר, כ-2.5 מ' מתחת לפני השטח, הובחנה רצפת טיח המתוארכת לתקופה הביזנטית. מתחת לרצפת הטיח הובחנה עדות להתיישבות נרחבת בתקופה ההלניסטית (המאות הג'–הב' לפסה"נ), לרבות כמות גדולה של כלי חרס גליליים גסים
(GCW). ההתיישבות ההלניסטית הוקמה על גבי שרידים שכללו קיר במצב השתמרות דל המתוארך לתקופת הברונזה הקדומה 1ב. נוסף על השרידים מתקופת הב"ק 1ב והתקופות ההלניסטית והביזנטית, נתגלו גם שברי כלי חרס המתוארכים לב"ק 2,
ב"ת 2, תקופת הברזל 2 והתקופה הרומית.
[2] נחפר ריבוע על המדרון המערבי העליון שנפגע על ידי בולדוזר. בחלק המערבי של הריבוע הובחנו שרידים מן התקופה הביזנטית – שברי כלי חרס ואבני בנייה - אף שלא נתגלו שרידים ארכיטקטוניים. פינת מבנה שמתוארכת ככל הנראה לתקופה ההלניסטית נמצאה בנויה על הסלע הטבעי בחלק המזרחי של הריבוע. שברי כלי חרס לא משוכבים תוארכו לב"ק 2, ב"ת 2 והתקופות הרומית והעות'מאנית הקדומה.
[3] נחפר ריבוע על המדרון המזרחי העליון, מדרום לחפירה הראשונה. בחלקו המזרחי הנמוך של הריבוע נחשף טבון מהתקופה הביזנטית. סמוך לו נמצא שבר של סורג מאבן גיר, ככל הנראה מכנסייה מן התקופה הביזנטית. במרכז הריבוע, כ-2 מ' מתחת לפני השטח, נמצא מילוי אבן על גבי ממצאים קרמיים עשירים המתוארכים לתקופה ההלניסטית. הממצאים, המייצגים מכלול ביתי מן המאות הג'–הב' לפסה"נ, כללו שברים של אמפורות מיובאות, טביעה על ידית אמפורה משנת 147 לפסה"נ, קערות, כלי בישול, נרות וקנקני אגירה. כן נמצאו שברי כלי חרס המתוארכים לב"ק 2, תקופת הברזל והתקופות הפרסית והרומית.
התל של נחף שוכן מתחת לכפר בן ימינו הבנוי בצפיפות. שלוש החפירות מציגות תמונה של התיישבות אינטנסיבית באתר שהתחילה בב"ק 1ב והגיעה לשיאה בתקופות ההלניסטית והביזנטית, שמהן עיקר הממצא בשלושת שטחי החפירה.