בחודשי הסתיו של השנים 2000 ו-2001 נערך סקר פרהיסטורי של חופי דרום הכנרת (רישיונות מס' 115/2000-G* ו-75/2001-G*; נ"צ — רי"ח 254750-255000/734700-735000; רי"י204750-205000/234700-235000). הסקר, מטעם המכון לארכיאולוגיה ע"ש זינמן באוניברסיטת חיפה, נוהל על ידי ד' נדל בסיוע סטודנטים.
בשנים אלה היה מפלס המים באגם נמוך במיוחד. הסקר התמקד בחופים החדשים שנחשפו, בגבהים הנמוכים מ-211.5 מ' מתחת לפני הים. רוב השטח שנסקר היה מכוסה צמחייה עבותה, למעט קו החוף. לא נתגלו אתרים חדשים (לסקר מ-1990 ר' עתיקות 22: 12-1). נראה כי סדימנט רצנטי דק (בעיקר חול וחרסית) מכסה את רוב השטח, לכן התמקד הסקר בבדיקת 'איים' קטנים מול חוף דגניה א'. לא נערכו חפירות.
ה'איים' נחשפו בקרבת הצינור הגדול של חוף דגניה ובמרחק של כ-300 מ' ממזרח למוצא הירדן מן האגם. על הגדול שבהם סלע חוף בולט נטוי מזרחה. הוא מכיל אבנים, חלוקים, צדפות, גושי חרסית ואף שברי חומר צמחי ומונח על שכבת חלוקים, חצץ, צדפות וחול. מתחתיו שכבת חרסית. חומר דומה נראה על ה'איים' הקטנים שנחשפו מדרום. עוד נראו כמה מעגלים בנויים מאבני גוויל מבזלת (3-2 מ' קוטר). נמצאו כמה שברי כלי חרס שאינם ניתנים לתיארוך. בשתי העונות ערכו גאולוגים בדיקות ומצאו כי ה'איים' הם שרידים של מניפות סחף, ככל הנראה של נהר הירמוך.