באר בורגין הייתה ועודנה פעילה, אך מעולם לא נחפרה עד כה. היא מופיעה במפת הסקר הבריטי משנת 1880 (PEF; איור 2). בסוף שנות ה-90 ובתחילת שנות האלפיים נערכו חפירות וסקר בחורבת בורגין (זיסו וגנור תשנ"ט; תשס"ח; גנור וקליין 2011, ור' הפניות נוספות שם). בשנים האחרונות מתקיימות בחורבת בורגין חפירות לימודיות מטעם רשות העתיקות בניהולה של ח' נויגבורן, המתמקדות בחללים תת קרקעיים. כחלק מפרויקט 'מסע ישראלי' נערכו חפירות נוספות במעלה המדרון מהבאר (רוטשטיין וקליין 2019; שור 2019). בחפירות וסקר אלו נתגלו ממצאים המעידים על יישוב ששכן במקום למן התקופה ההלניסטית ועד לתקופה הביזנטית ומאוחר יותר בתקופה העות'מאנית ובימי המנדט הבריטי, וכן על פעילות בתקופה האסלאמית הקדומה.

החפירה (כ-350 מ"ר; איורים 3, 4) נערכה בבאר ובשרידי בנייה בסביבתה. בחפירה פונו כ-250 ממ"ק אבני בנייה בעזרת מחפרון. נחשפו שרידים של בריכת אגירה (A), טחנת קמח מימי המנדט הבריטי (B) ומבנה שנבנה מסביב לבאר (C); בריכת האגירה (A) מאוחרת למבנה הבאר. המבנים נהרסו במהלך פעילות צבאית בימינו. החפירה התפרסה על פני שטח נרחב, אך לא העמיקה לעומק רב. עיקר השרידים מתוארכים לתקופה העות'מאנית ולימי המנדט הבריטי. הממצא הקרמי וממצא הזכוכית מתוארכים לתקופות הרומית המאוחרת, הביזנטית, האסלאמית הקדומה והעות'מאנית ולימינו אנו.

 

בריכת אגירה (A; 101W–103W, 125W; איור 5). נחשפה בריכת אגירה רבועה בנויה ומטויחת סמוך לפי באר, וזוהו בה שלושה שלבי בנייה ושלוש שכבות טיח בהתאמה. שתי שכבות הטיח המאוחרות הושתתו על חרסים מהתקופות הביזנטית עד העות'מאנית, והן מעורבות במלט מודרני, ועל כן תוארכו לימי המנדט הבריטי.

לשלב הקדום של הבריכה יוחסה שכבת טיח (107L), שנחשפה בפינתה הצפונית-מערבית של קרקעית הבריכה; בשלב זה של המחקר אי אפשר לקשור שכבת טיח זו לקירות הבריכה ואי אפשר לתארכה.

בשלב השני, המיוחס לימי המנדט הבריטי, הותקנו מדרגות מטויחות שירדו אל הבריכה מראש הקצה הצפוני של קיר 102. בשלב המאוחר בבריכה בוטלו המדרגות בבניית אומנה (122L; איור 6) בפינה הצפונית-מזרחית של הבריכה. נראה כי האומנה, אשר טויחה באותו טיח מעורב במלט, נבנתה כדי לשאת קשת. האומנה הנגדית לא אותרה, שכן הפינה הצפונית-מערבית של קירות הבריכה לא שרדה. נראה כי שלב זה של הבריכה קשור לאספקת מים לטחנת הקמח (B) אשר הונעה בקיטור, בדומה למבנה טחנת הקמח המנדטורית בנבטים (י' ישראל, מידע בעל פה).

ממערב לבריכה נחשף ראש קיר (152W; איור 7) בכיוון כללי צפון–דרום. הקיר הוא חלק ממבנה שנמשך כנראה למערב וקדם למערך טחנת הקמח, אך הממצא הדל לא מאפשר לתארכו או לזהות את תכליתו.

 

טחנת קמח (B; 100W, 136W, 151W; 10 × 20 מ'). מבנה טחנת הקמח נסמך אל סלע קירטון מדרום לבאר. שרידי הטחנה — מבנה מלבני שנבנה באבנים מסותתות — נמצאו מכוסים במפולת אבני בנייה (2 מ' גובה מרבי). מתחת למפולת נחשפו גם אבן פריכה מודרנית עשויה יציקת בטון מוחלק ושברי אבנים וכן שברים של אבני פריכה מודרניות נוספות. אל המבנה נכנסו דרך פתח במרכז קיר 136, שממנו ירדו פנימה בשלוש מדרגות. הפתח נמצא חסום בשני סלעים גדולים (143L; איור 8), אולי סתימה מכוונת. קיר 151 שולב בדופן סלע הקירטון (איור 9). לצד הפן החיצוני של קיר 100 נחשף חלק ממתקן מלבני מטויח (132L; 0.7 × 1.0 מ', כ-0.1 מ' עומק; איור 10), שבמרכז קירו הצפוני התגלתה תעלת ניקוז צרה. הטיח במתקן דומה לטיח המאוחר ביותר בבריכת האגירה. לקראת סוף החפירה נחשפה ממזרח למתקן 132 שכבת קרקע צהבהבה, ובה חרסים מהתקופה הרומית המאוחרת לכל המאוחר. מצפון לטחנת הקמח נחשף אזור שהיה מכוסה גם הוא במפולת אבנים (113L), אך הוא נחפר באופן חלקי בלבד, ולא נמצאו בו ממצאים.

בחפירה נחשף במבנה זנב פצצת מרגמה 120 מ"מ, שגרם להרס המבנה. בקיר 151 אותרו, באמצעות גלאי מתכות, שני קליעי רובה בקוטר 9 מ"מ. בחלק הצפוני של טחנת הקמח וכן בשטח שבינה לבין בריכת האגירה, נחשפו פגזים ופריטי תחמושת מימי מלחמת העולם השנייה, שהיו בשימוש צה"ל בראשית דרכו. רבים מפריטי התחמושת שנחשפו בחפירה הם מתוצרת ישראל, ולכן סביר שהמבנה נהרס בפעילות צה"ל בשנות ה-50 של המאה הכ'. במבנה נחשפו גם חלקי מחרשה מודרנית, המרמזים אולי שהמבנה שימש בשלבים מאוחרים מחסן חקלאי.

על סמך השוואת תכנית המבנה ובנייתו לתכנית בריכת האגירה ולשרידים דומים שהתגלו בבסיס נבטים, נראה כי טחנת הקמח הופעלה בקיטור וזמנה בימי המנדט הבריטי.

 
מבנה מסביב לבאר (C). סביב פי הבאר נחשף מבנה מלבני (110W, 111W, 134W, 139W, 142W). פתח המבנה נקבע בקירו המערבי. במבנה התגלתה רצפה של אבנים שטוחות (137L), ששימשה כנראה בשלב השימוש המאוחר ביותר במבנה. על הרצפה הצטברה שכבת אדמה, שהכילה אבנים, חרסים, שברי זכוכית ופחמים. אי אפשר לתארך את שלב בניית הרצפה. מצפון לקיר 142 נחשף ראש קיר מקביל (155W; איור 11); תיארוכו והקשרו למבנה אינם ברורים. הקיר הצפוני של בריכת האגירה (125W) חתך את קירות 111 ו-139 (איור 12).
 
בשטח שממזרח לבריכת האגירה נחשף קיר (104W; איור 13), שנבנה מאבנים מסותתות גדולות. כן נחשף באזור זה ראשו של קיר נוסף (126W; איור 14), שנבנה בכיוון צפון–דרום; הוא מרמז על קיומו של מבנה נוסף, הקדום לבריכת האגירה. באזור זה נמצאו צמידי זכוכית רבים מהתקופה העות'מאנית, המלמדים כי המבנה שימש בתקופה זו, אך לא ברור מתי המבנה נבנה.
 
השימוש האחרון באתר היה באימונים של צה"ל, אולם תקופת היישוב האחרונה הייתה בימי המנדט הבריטי, עת שכנה במקום טחנת קמח מונעת קיטור. לתקופה זו יוחס גם השלב האחרון של בריכת האגירה. בחפירה התגלה ממצא קרמי רב מהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית (לא צויר), המלמד על נוכחות במקום בתקופות אלה, אך טרם נחשפו שרידים אדריכליים מתקופות אלה.