כפר מנדא מזוהה עם כפר מנדי המופיע בספרות התלמודית ובמדרשי ארץ ישראל מתקופת המשנה והתלמוד (תוספתא יבמות י"ג) יששכר מכפר מנדי הוא בן הדור השני של האמוראים, ולימד תורה בציפורי הסמוכה. מאוחר יותר מופיע כפר מנדי כיישוב יהודי בתעודות מן הגניזה הקהירית מהמאה הי"א לסה"נ. הכפר הוזכר גם במאה הי"ג על ידי הגיאוגרף יאקות אל-חמאווי בספרו 'מֻעגַ'ם אל-בֻלדאן', שזיהה את היישוב על סמך הדמיון לשמות מנדא ומדין עם שועייב (יתרו כהן מדין), מקום קבורתה של ציפורה אשת משה ומקום הולדתם של אשר ונפתלי בני יעקב (טל תשע"ד:158–159). את הכפר הערבי ייסדה במאה הי"ח  חמולת זידאן הבדואית שהיגרה לגליל מעבר הירדן המזרחי.
סמוך למעיין משתרע הגרעין העתיק של הכפר ובו שרידי היישוב הקדום. בעת ניקוי הבאר בכיכר המעיין בשנת 1962 התגלו "מאות כדי חרס שהיו שלמים בחלקם", המתוארכים למאות הי"ד–הט"ו לסה"נ (ח"א תשכ"ב). בחפירה קטנה בשנת 1977 בחלקה הדרומי של כיכר המעיין נחשפו מפלסי חיים מן התקופות הביזנטית הצלבנית והממלוכית (שקד תש"ס; איור 1: 2733-A). בחפירה בשנת 2014 התגלו ביישוב מערות, מחצבה ומתקנים חצובים בסלע וכן שברי כלי חרס מהתקופות הרומית והממלוכית (גור 2016; איור 1: 7162-A).
בחפירה הנוכחית (איורים 2, 3) נפתחו שני ריבועי חפירה בצדה המערבי של כיכר המעיין, ונחשפו מחצבה (שכבה IIב') ומעליה מפלס אדמה ובו ממצא רב (שכבה IIא'), המתוארכים לתקופה הביזנטית וראשית התקופה האסלאמית הקדומה, וכן שכבת אדמה ובה ממצא מהתקופה הממלוכית (שכבה I). הישר מעל השרידים הקדומים נבנו בראשית המאה הכ' שני מבנים ובור ספיגה (105L). בחפירה נחשפו גם שברי כלי חרס וכלי זכוכית מתקופות נוספות ללא הקשר סטרטיגרפי ברור.
 
שכבה II — התקופה הביזנטית וראשית התקופה האסלאמית הקדומה
שכבה IIב'. נחשף חלק ממחצבה (108L; כ-2 מ' אורך חשיפה; איור 4); היא נפגעה בימינו מחפירת בור ספיגה (105L) שחדר עד סלע האם. בשולי המחצבה נמצא שבר יחיד של קנקן מהתקופה ההלניסטית, שאין בו די לתארך את המחצבה. מדרום-מערב למחצבה נחשפו שש אבנים מלבניות, כנראה תוצרי החציבה.
 
שכבה IIא'. מעל המחצבה, מעל סלע האם מדרום לה וברוב חלקו הדרומי של שטח החפירה נחשף מפלס אדמה בהירה (106L). מפלס האדמה שמעל המחצבה חתם אותה; הוא הכיל שברי כלי חרס וכלי זכוכית המתוארכים לתקופה הביזנטית ולראשית התקופה האסלאמית הקדומה — רובם למאות הה'–הז' לסה"נ ומקצתם ממשיכים עד המאה הח' לסה"נ. נראה כי מקורו של ממצא קרמי זה בכלים ששימשו בזמן פעילות המחצבה או בהצטברות מעל המחצבה לאחר שהפעילות בה פסקה; על סמך הממצא אפשר לתארך את המחצבה לתקופה הביזנטית. מפלס האדמה שמעל סלע האם מדרום למחצבה הכיל שברי כלי חרס, שמקצתם תוארכו לתקופה הפאטימית ורובם לתקופות הצלבנית והממלוכית. מפלס האדמה שמדרום למחצבה הופרע מחדירה של שכבה I; הוא הכיל מעט שברי כלי חרס מהתקופות הביזנטית, העבאסית והפאטימית והרבה שברי כלי חרס מהתקופה הממלוכית. גם בצפון שטח החפירה התגלה מפלס דומה של אדמה בהירה (104L; איור 1: חתך 1-1; איור 5). מעל מפלס זה התגלו בצפון השטח מפלסי אפר ומעליהם מפולת אבנים (103L; איור 6), אולי שרידי קיר. על  גבי מפלסי האפר והאדמה הבהירה נמצא מכלול מעורב של שברי כלי חרס מהתקופות ההלניסטית, הביזנטית, העבאסית והפאטימית. נראה כי מכלול מעורב זה הוא תוצאה של בניית קיר (100W; כ-1 מ' אורך השתמרות, גובה נדבך אחד) בראשית המאה הכ' לסה"נ. על פני כל שטח החפירה התגלו שברי כלי חרס וכלי זכוכית מהתקופה הביזנטית.
 
שכבה I — התקופה הממלוכית
מעל מפולת 103, בכל שטח החפירה, נחשפה שכבת אדמה חומה כהה (101L, 102L, 107L) שחדרה לשכבות הקדומות. בשכבה זו התגלו שברי כלי חרס ממגוון טיפוסים, ובהם קערות מזוגגות, כלי בישול רבים ומעט קנקנים, המתוארכים למאות הי"ג–הט"ו לסה"נ. מדרום למחצבה התגלה ריכוז של כתריסר אגנים גדולים שבורים, העשויים חרס גס ומתוארכים למאה הט"ז לסה"נ. שברים אחדים של אגנים דומים מאותה תקופה התגלו גם על פני השטח.
 
הממצא הקרמי
התקופה ההלניסטית. התגלו שפת קנקן (איור 1:7) ובסיס פכית (איור 2:7) ללא קשר לשכבה כלשהי.
 
התקופה הביזנטית וראשית התקופה האסלאמית הקדומה. התגלתה כמות גדולה של חרסים ממגוון כלים גדול, ובהם כלי ייבוא, כלי בישול, קנקנים ונר. כלי הייבוא כוללים קערות ממורקות אדום מטיפוס LRW, ובהן קערה מטיפוס LRC (איור 3:7), שתי קערות מחורצות בשפתן מטיפוס CRS (איור 4:7, 5), המתוארכות לשנים 550–600 לסה"נ, קערה עשויה טין דק ולה שפת מדף מחורצת, האופיינית לשלהי התקופה הביזנטית וראשית התקופה האסלאמית הקדומה (איור 6:7), ובסיסי קערות קטנות דמויות כוס מטיפוס FBW (איור 7:7, 8), העשויות מטין צרוף היטב ואופייניות לשלהי התקופה הביזנטית וראשית התקופה האסלאמית הקדומה (אמצע המאה הז' עד המאה הח' לסה"נ). כלי הבישול כוללים עשרות כלים, חלקם פתוחים ולהם מגוון מכסים (איור 9:7, 10) וחלקם סגורים ולהם צוואר גבוה וגוף חביתי (איור 11:7–13). כן התגלה סיר בישול ששפתו מקופלת (איור 14:7) האופייני לבית שאן. הקנקנים כוללים קנקן שלו צוואר גבוה ומפתח רחב (איור 15:7) ושברים של קנקני שק אפורים מעוטרים בלבן (לא צוירו). הנר (איור 16:7) עשוי טין בהיר ועליו עיטור צמחי האופייני למאה הז' לסה"נ. מכלול קרמי זה נפוץ באתרים רבים בגליל בתקופות אלה.
 
התקופות העבאסית והפאטימית. התגלו שברי כלי חרס מעטים ללא הקשר סטרטיגרפי ברור. מהתקופה העבאסית התגלו קערות מזוגגות בחלקן הפנימי בצבעים ירוק, צהבהב וחום (איור 1:8, 2), קערת מונוכרום ירוקה (איור 3:8) ובסיס של פך עשוי מטין צהבהב (איור 4:8). מהתקופה הפאטימית התגלו קערה מזוגגת מחופה מפנים ומחוץ (איור 5:8), קערת בישול מעוטרת בעיטור פלסטי (איור 6:8) וארבעה סירי בישול סגורים (איור 7:8), המתוארכים למן אמצע המאה הי"א עד שלהי המאה הי"ב לסה"נ, כמוהם נחשפו בקיסריה בשכבות IIIIV (Arnon 2008:46, Type 752c, 48, 761b).
 
התקופה הצלבנית. התגלה סיר בישול מזוגג בזיגוג חום על השפה (איור 8:8), המתוארך לאמצע המאה הי"ג ויוצר בביירות (Avissar and Stern 2005:92, Types II.2.1.4).
 
התקופה הממלוכית. התגלה ממצא קרמי עשיר של כלים מזוגגים ושאינם מזוגגים, רובו בשכבה I ובחדירות של שכבה זו למפלסים נמוכים יותר. הכלים המזוגגים כוללים קערות מונוכרום בצבעים ירוק, צהוב או חום, שלהן דופן עגולה או מזווה (איור 9:8, 10), המתוארכות למאות הי"ג–הט"ו לסה"נ (Avissar and Stern 2005:12–14, Types I.1.4.1–I.1.4.2); קערה מזוגגת בירוק ובצהוב ומעוטרת בחריתה (איור 11:8), המתוארכת למאות הי"ד–הט"ו לסה"נ (Avissar and Stern 2005:16–17, Types I.1.5.2); קערות עשויות מטין חום ומעוטרות בעיטור גיאומטרי, חיפוי לבן וזיגוג צהוב או ירוק (איור 12:8, 13), שלהן מגוון טיפוסי משנה וגדלים והן מופיעות לראשונה באמצע המאה הי"ב ונפוצות לאורך כל התקופה הממלוכית (Avissar and Stern 2005:19–20, Types I.1.6.1–I.1.6.2); קערה שלה שפת מדף המעוטרת בצבעים כחול ושחור ועליהם זיגוג חסר צבע (איור 14:8), האופיינית לסוריה וארץ ישראל למן המאה הי"ג עד ראשית המאה הט"ו לסה"נ (Avissar and Stern 2005:28–29, Types I.2.3.3, Fig. 11:1, 2); קערות בישול מזוגגות בזיגוג חום/כתום (איור 15:8, 16), האופייניות לתקופה זו (Stern 2014: Fig. 6:1, 4); קנקן מעוטר בצבעים כחול ושחור ומזוגג בזיגוג חסר צבע (איור 17:8); ובסיס גביע מוגבה מזוגג בירוק (איור 18:8), המתוארך למאות הט"ז–הי"ז לסה"נ, שאינו נפוץ וכמוהו נחשף בחורבת דנעילה (Stern 2014: Fig. 7:13).
הכלים שאינם מזוגגים כוללים קערה עשויה מטין מקומי (איור 1:9), הזהה בצורתה לקערות המזוגגות והתגלתה בכל המכלולים מהתקופה הממלוכית; מכלול של כ-20 כלים עשויים ביד מטין מקומי גס, ובהם קערה בעלת ידית כפולה (איור 2:9), בסיס מעובה של קדרה עמוקה (איור 3:9), וכן אגן גדול ולו כנראה ארבע ידיות (איור 4:9) ואגן עמוק ממורק היטב (איור 5:9), ששימשו כנראה לאגירה; אגן עשוי באבניים (איור 6:9) האופייני לתקופה הממלוכית, כמוהו נחשפו באתרי הצפון ובירושלים במאות הי"ג–הט"ו לסה"נ; סירי בישול סגורים כדוריים שלהם שפה מופשלת ושתי ידיות צמודות לגוף הכלי (איור 1:10–4), האופייניים לתקופה הממלוכית ונפוצים בכל הארץ (Avissar and Stern 2005:92, Types II.2.1.5, Fig. 39:9–11); סיר בישול (איור 5:10) דמוי פערור ששפתו מעובה, שהתגלה רק במעט אתרים, ובהם למשל חורבת דנעילה, גבעת יסף, חורבת עוצה וטבריה (Stern 2014:83, Fig. 6:14, ור' שם דיון מפורט); קנקנים שלהם צוואר ארוך עשוי בתבנית (איור 6:10, 7), ששימשו מכלי מים וכמותם נמצאו בנצרת וביקנעם (Alexandre 2012: Fig. 3.12:1,5; Avissar 2005: Fig. 2.22:1). קנקן עשוי ביד שבסיסו מעוטר (איור 8:10), המתוארך למן אמצע המאה הי"ב עד ראשית התקופה העות'מאנית; בסיס של פך עשוי באבניים שלו צוואר נפוח וגוף קעור (איור 9:10); ופך שצווארו נפוח ולו שפת מדף בולטת במיוחד (איור 10:10). מכלולים דומים של כלים שאינם מזוגגים נחשפו בחורבת דנעילה ובחורבת עוצה (Stern 2014:72–93; Stern and Tatcher 2009:129–167).
 
ממצא הזכוכית
התגלו כ-70 שברי זכוכית (לא צוירו), מהם 40 שברים תוארכו לתקופות הרומית מאוחרת, הביזנטית, האסלאמית הקדומה והממלוכית. רוב החומר מתוארך לתקופה הביזנטית, לרבות סוף התקופה, וכולל מבחר של כלים מטיפוסים נפוצים בתקופה: גביעי יין, נרות כלילה ובקבוקים. הכלים עשויים מחומר שמקורו ככל הנראה בבית יוצר מקומי. מהתקופה האסלאמית הקדומה נמצאה שפה של קערה גלילית עמוקה, מטיפוס האופייני לתקופה העבאסית. מהתקופה הממלוכית נמצאו שני שברים בגוון סגלגל, המעוטרים בחוטים לבנים סרוקים בשיטת מרוורינג, ובהם שבר של בקבוקון תמרוקים שגופו פירמדלי. כלי הזכוכית שנמצאו מייצגים את הרפרטואר המוכר מהגליל בכל אחת מהתקופות הנדונות.
 
על סמך המכלול המגוון של כלי החרס נראה כי עיקר הפעילות במקום התקיימה בתקופה הביזנטית, לרבות סופה של התקופה ותחילת התקופה האסלאמית הקדומה. היעדר שרידים אדריכליים משמעותיים וגילויה של המחצבה, שנמצאת בדרך כלל מחוץ לשטחי המגורים, מלמדים ששטח החפירה השתרע סמוך לגרעין היישוב. הקרבה למעיין ולשטחים החקלאיים אפשרה לקיים במקום פעילות תעשייתית הקשורה במזון. על סמך הממצאים נראה כי גם בתקופות העבאסית, הפאטימית והממלוכית התקיימה בשטח פעילות.