הסקר נערך בשני שלבים: בשלב הראשון, לפני תחילת עבודות התשתית על קרקעית הים, נערך סקר תת-ימי ויזואלי לאורך התוואי המיועד להנחת הצינור; בשלב השני, לאחר חפירת התעלה להנחת הצינור, נערך סקר תת-ימי בתוואי התעלה וכן נבדק האתר הזמני להטלת החול. לאחר הנחת צינור הגז בתעלה הוחזר החול מאתר ההטלה לכיסוי הצינור.

הניווט התבצע באמצעות מערכת GIS שהוצבה על גבי הספינה 'קדמונית', לתוכה הוזנו שכבות וקטוריות של צינור הגז (התקבלו ממשרד התשתיות), שכבה בתימטרית (מפת עומקים) ותצלום אוויר. המערכת חוברה לDGPS- מסוג TRIMBLE ברמת דיוק הקטנה מ-1 מ'. מצופי סימון הושלכו במרחקים קצובים (20 מ') לאורך תוואי הצינור, וביניהם ניווט צוות צוללים באמצעות מצפן וחבל סריקה. כל ממצא שהתגלה תועד מתחת למים, וסומן במצוף סימון קטן. בתום הצלילה אותרו המצופים ומיקומם נמדד באמצעות ה-DGPS.
במהלך הסקר נעשה שימוש במגלה מתכות תת-מימי. לשם ייעול, קרי הגדלת משך הצלילה, קיצור זמני ההמתנה בין הצלילות והגברת הבטיחות, נערכו הצלילות באמצעות תערובות עשירות בחמצן (Nitrox) על ידי צוללים שהוסמכו לכך.
 
אזור הסקר מאופיין בארבע יחידות גיאומורפולוגיות:
יחידה 1 (חולות אשקלון) – רצועת חוף חולית צרה ונמוכה, בעורפה מצוק כורכר נמוך מכוסה בחוליות. בסערות החורף מוצפת רצועה צרה זו במלואה עד המצוק החופי.
יחידה 2 (מקו החוף ועד 150–200 מ' ובעומק 2–3 מ' מתחת לפני הים) – קרקעית הים מאופיינת בכיסוי לא רציף של סלעי כורכר, שהם שרידים משוליו המערביים של רכס הכורכר שגודדו ומשטחים נטויים של סלעי חוף.
יחידה 3 (0.2–3.0 ק"מ מקו החוף ובעומק 3–32 מ' מתחת לפני הים) – קרקעית הים חולית ונטויה בשיפוע מתון לצפון-מערב, מדי פעם מופיעים גושי סלע בולטים. כיסוי הקרקעית הופך לבוצי וחרסיתי ככל שמעמיקים לצפון-מערב.
יחידה 4 (כ-3 ק"מ מקו החוף ובעומק 30–32 מ' מתחת לפני הים) – הקרקעית בוצית-חרסיתית ומעליה בולטים גושי סלע, שרידיו של רכס כורכר טבוע. רכס זה מופיע בצורה מרשימה יותר כ-1 ק"מ דרומית-מזרחית מאזור הסקר, באותם קווי עומק ובמקביל לחוף אשקלון.