בחודש ספטמבר 2006 נערכה חפירת בדיקה בכפר נחף (הרשאה מס' 4889-A; נ"צ — רי"ח 229892/760051; רי"י 179892/260051), לקראת הקמת בית מגורים. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון ס' סעיד, בעל החלקה, נוהלה על ידי י' לרר, בסיוע י' יעקובי (מנהלה), ר' אבו ריא (מדידות ושרטוט), ע' שטרן (זיהוי כלי חרס), ח' טחן (ציור כלי חרס), ה' סמיטליין (צילום ממצא קטן) ובני משפחת סעיד.
נפתח ריבוע אחד מדרום-מערב למרכז התל, בתחום גרעין הכפר הקדום, במקום שבו ניצב בעבר בית שהוקם בראשית המאה הכ'. פני הסלע נתגלו סמוך לפני השטח: בעומק של כ-0.1 מ' בקצה המזרחי של הריבוע, ובעומק של כ-0.5 מ' בקצהו המערבי. מילוי האדמה (עד 0.4 מ' עובי) שכיסה את הסלע כלל שברי כלי חרס רבים מן התקופה הממלוכית. מעליו, בשכבה של אדמה בהירה (עד 0.1 מ' עובי) נמצאה כמות קטנה של חרסים מהתקופה האסלאמית הקדומה; דומה כי מקורה של שכבה זו בשפכים שהובאו למקום לצורך פילוס השטח לקראת הקמת הבית.
לא נמצאו שרידי בנייה. בקצה הדרומי-מערבי של הריבוע נחשף בור קטן (1.1 מ' קוטר, 0.5 מ' עומק) חצוב בסלע וחתום בגל אבנים; הבור לא טויח. שברי כלי החרס שנמצאו בבור מתוארכים לתקופה הממלוכית, ודומה על כן כי היה בשימוש ואף נסתם בתקופה זו. הממצא הקרמי כלל כלי בית מקומיים ומיובאים המתוארכים למאות הי"ד–הט"ו לסה"נ, ובהם קערות וצלחות (איור 1:1–9), וכן סירי בישול (איור 1:2, 2) וקנקנים (איור 3:2, 4). כן נמצאו שברים של צלחות עשויות פריט ומעוטרות בציור בצבעי כחול וטורקיז מתחת לשכבת זיגוג שקוף (איורים 10:1–12; 3), אף הן מן התקופה הממלוכית.
אף שהיישוב באתר זה פרח בעיקר בתקופות ההלניסטית והביזנטית, לא נתגלה בחפירה כל ממצא מתקופות אלו. נראה לפיכך כי חלק זה של האתר לא היה מיושב בתקופות שקדמו לתקופה הממלוכית.