הריבוע המערבי סומן בקו ישר מול מערה IV על הרמה שמנגד. קידוח שנערך בשנת 1996 נועד למקם ולזהות אנומליות תת-קרקעיות שהובחנו בסקר הסיסמי בעומק של 16 מ' (המפלס המשוער של הכניסה למערה IV). הקידוח הצביע על ירידת לחץ בעומק המטרה הסיסמית – רמז לקיומו של חדר קדום. בחפירה הראשונית לעומק של 1.5 מ' מפני השטח התגלו שברי כלי חרס פזורים, בהם ידית קנקן אחת בשכבת פני השטח; אבן מעוצבת, ככל הנראה אבן שחיקה, בתוך מילוי חלוקים מתחת לפני השטח; מרבצים אחדים של ביטומן ששימשו אולי דלק מאובן ומספר שברי עצמות בשכבה חולית מתחת למילוי החלוקים. מתחת למפלס זה לא נמצאו שרידים חומריים, החפירה הידנית נמשכה לעומק של 16 מ' ובהמשך, במפלס 17 מ' נתגלו שתי מנהרות צדיות לכיוון דרום ומזרח (כ-3 מ' אורך). מאפיינים גאופיזיים תועדו בחתך. ריכוזים של קווי אבן טבעיים שפרצו בין שכבות הרקבובית במפלסי המטרה ומתחתיהן הוגדרו כמקור לאנומליות הסיסמיות. ניתן עתה להציע כי הירידה בלחץ במהלך הבדיקה נבעה  מאויר במשאבות שעל פני השטח שנלכד בשכבה החולית שבעומק המטרה. נתונים אלה יהיו לעזר לסקרים סיסמיים עתידיים באזור קומראן שיתייחסו לאנומליות תת-קרקעיות.

 

הריבוע המזרחי נמצא במפלס נמוך מעט מן הריבוע המערבי. הוא נחפר לעומק של 1.2 מ' עד למפלס רצפת עפר כבוש. שני קנקני אגירה נמצאו באתרם במרחק 2 מ' זה מזה בתוך שכבת חול שכיסתה את הרצפה. הקנקן הראשון היה בצבע לבן-גיר והכיל מספר רב (78) של חלוקי נחל בגודל בינוני ואבני ואדי, וכן שפה וידיות של קנקן אחר. שפתו של הקנקן עצמו וידיותיו לא נמצאו. הקנקן השני היה בצבע אדמדם ולו דפנות דקים ללא שפה, אך עם ידיות וגוף שלמים. סימני אבניים נראו בצד הפנימי של הקנקן, שהיה מלא חול. מצבו הפריך של הקנקן מנע את הוצאתו. טבון שנבנה מאבני שדה נמצא על רצפת העפר הכבוש שבפינה הצפונית-מזרחית של הריבוע בציר מזרח-מערב עם הקנקן. הטבון הכיל מצבורי אפר, שבר של אבן מעובדת ועצם קטנה של ציפור. לכמה אבנים מעוגלות ומבודדות ליד הטבון סימני בליה המשויכים לחום רב; אלה היו קרוב לוודאי בשימוש הקשור למתקן הבישול.

           

ארבעה סירי בישול גדולים נתגלו על פני כ-0.5 מ' בקצהו הצפוני של הריבוע; אלה היו מלאים במצבור אפר ושברי עצמות כבשים במחיצה הדרומית-מערבית, סנטימטרים ספורים מתחת לפני השטח. סיר בישול אחד היה שלם, אחר היה כמעט שלם, ומשני הנותרים נמצאו ידיות, שפות ושברי גוף. אחד מסירי הבישול שהיו לו בסיס שלם, וכרבע מגופו, הכיל כמות גדולה של אפר ושברי עצמות. מיקומם של הכלים הישר מתחת לפני השטח רומז על קיומה של קבורה מכוונת, מאוחרת לטבון ולקנקנים שמעל לרצפת העפר הכבוש. חפירות דה-וו העלו דוגמאות רבות של סירי בישול מלאים כאלה, שזוהו ככלים טקסיים. מ' אלגרו הציע לזהות את הכלים בהקשר ל'כלי הדם' הנזכרים במגילת הנחושת. הרחבת הריבוע 0.5 מ' לצפון גילתה מתחת לפני השטח קנקן שהתרסק בשכבה סלעית שבמחיצה המערבית וכן שפות, ידיות ושברי גוף בצבע גירי של קנקנים אחרים בשכבת החול שבמחיצה הצפונית. עוד נתגלו בסיס של קערה קטנה ואבן שחיקה במחיצה הצפונית-מזרחית. בעקבות הניקוי של רצפת העפר הכבוש נפתח בור בדיקה ( 1.5 X 1.5 מ') בחלק הדרומי-מזרחי של הריבוע, לעומק של 2 מ'. לא נמצאו שרידים חומריים בעומק שמתחת למפלס 1.2 מ' של רצפת העפר הכבוש אולם נמצא שחדירות האבן בתוך השכבות התת-קרקעיות שעליהן הצביע הרדר הן גאולוגיות.

 

ניתוח הקרמיקה מן הריבוע המזרחי, במיוחד סירי הבישול, בהשוואה לאינדקס הקרמיקה של דה-וו מצביע על תאריך מתקופת היישוב של קומראן II (31 לפסה"נ–68 לסה"נ), למרות שסירי הבישול שפורסמו על ידי בר-נתן מחפירות נצר ביריחו ותויגו HS1 תוארכו
ל-100-85/95 לפסה"נ. עדות זו להתיישבות ברמת קומראן זהה לגילוים של בורות מדופני אבן במבצע מגילה (1994) שהיו בציר צפון–דרום ונמצאו 3 עד 4 מ' מצפון לריבוע המזרחי שלנו. ארבעת סירי הבישול, שהוטמנו ככל הנראה במהלך טקס כלשהו, מתקשרים לתגליות דומות קודמות ומצביעים על קשר בין פעילויות הכהונה של קהילת קומראן והרמה הדרומית הנמצאת בתחומיה. ניתן להציע כי מתקן הבישול בריבוע המזרחי, השייך לבורות מדופני האבן ממבצע מגילה, היה חלק ממכלול גדול יותר שנמצא בחלק המזרחי של הרמה הדרומית. אפשר כי האתר נעזב בשל שיטפון שבא ממערב וחדר למבנה. עדות לשיטפון כזה מופיעה בחלק הסחוף של החומה המזרחית של היישוב, מדרום לריבוע המזרחי ונמוך ממנו.