שטח 2000 (ריבועים SE 7/8 ,SE 6/8 ,SE 6/6; איורים 1, 2)

נפתחו שני ריבועים חדשים במטרה לברר את תכנית המבנה בכפר העתיק; ריבוע אחד נפתח בפינה הצפונית-מערבית והריבוע האחר נפתח בפינה הצפונית-מזרחית. כן, חודשו החפירות בריבוע 7/8 SE, שנחפר חלקית בעונת 2011 (מגנס 2012; מגנס ואחרים 2013). יחד עם המחיצות שהוסרו במהלך העונה בין הריבועים במטרה לחשוף את הקשרים שבין הקירות לרצפות במבנה נחפרו בשטח 2000 עד סוף העונה שישה ריבועים. התברר כי החדרים אינם שייכים כנראה למבנה אחד אלא לשתי יחידות צמודות שלהן קיר משותף (W212). שתי היחידות, המערבית והמזרחית, כוללות במרכזן שני חדרים צמודים המופרדים בקיר (חדרים 1 ו-2 ביחידה המערבית וחדרים 3 ו-4 ביחידה המזרחית). צמוד לארבעת חדרים אלה ממערב, מצפון וממזרח נחשפו חדרים נוספים (5–9), שהקשר שלהם לשתי היחידות אינו ברור.
הפתח הראשי ליחידה המערבית נקבע בקיר הדרומי של חדר 1 (W208), ולו מזוזות וסף מונוליתיים. המעבר המקורי בין חדר 1 לחדר 2 היה דרך שלושה פתחים צמודים בקיר 217, שהופרדו בעמודים מונוליתיים, שתמכו אולי קשתות. בשלב מאוחר יותר נחסמו שני הפתחים הצדדים וכן לאורך החלק המזרחי של חדר 1 נבנתה שורה של לוחות אבן ניצבים בכיוון צפון–דרום, אולי שוקת אורווה (מגנס ואחרים 2013). עם זאת נראה כי הרצפה המקורית של חדר 1 (L2146) המשיכה לשמש גם בשלב המאוחר. בחדר 2 נחשפה רצפת עפר מהודק (L2152), שהשתמרה רק בפינה הדרומית-מזרחית של החדר; ברצפה שולבו שברים גדולים של קרמיקה ואבן שחיקה ששכבה בזווית ולה שלוש רגליים.
בקיר הדרומי של חדר 3 ביחידה המזרחית (W209) לא התגלה פתח. אפשר שהפתח המקורי ליחידה זו היה קבוע בקיר הצפוני של חדר 4 (W222). בקיר המפריד בין חדר 3 לחדר 4 (W226), התגלה פתח ובו סף שנבנה מאבנים חצובות היטב. רצפות החדרים ביחידה המזרחית, בדומה ליחידה המערבית, עשויות מעפר מהודק עם כתמי טיח (L2157 ,L2156).
אבני מפולת שהתגלו במילוי אדמה מעל רצפות שתי היחידות מלמדות שקירות היחידות התמוטטו בהדרגה לאחר שאלה ננטשו. אין עדות לשרפה או להרס אלים של היחידות. המפולות כוללות חרסים רבים, ובהם מעט שאפשר לרפא,  שברים של כלי חרס עם חוט נחושת ששימש לתיקון, אבני שחיקה ושברי כלי זכוכית.
אם אכן היה פתח בקיר 222 הוא קישר בין חדר 4 לחדר 8 שמצפון ליחידה המזרחית. אולם, הסף בקיר 222 התגלה בגובה של כ-0.6 מ' מעל מפלס הרצפה בחדר 2 ובגובה של 0.35 מ' מעל מפלס הרצפה בחדר 8, ולא התגלו סימנים למדרגות. אפשר שהסף היה קשור לרצפות בחדרים 2 ו-8 בשלב המאוחר במבנה, אך רצפות כאלה לא התגלו בחפירה. אמנם בכל חדר בשטח 2000 התגלתה רק רצפה אחת, אך מפלס הרצפות של החדרים ההקפיים 5–9 גבוה כדי 0.3–0.5 מ' לפחות מרצפות החדרים המרכזיים 1–4. מסיבה זו לא ברור היחס בין שתי היחידות לחדרים שמסביבן. יותר מכך, יסודות קירות 223 ו-211 נמוכים בכ-2 מ' מרצפת חדר 5 (L2144 ,L2134).
בחדר 9, שאולי היה חצר פתוחה, התגלתה אבן סף גדולה (W220), אולי בשימוש משני; היא הייתה משולבת למחצה במחיצה המזרחית של הריבוע. חלקה העליון של אבן הסף גבוה במידה רבה מרצפת הטיח שהתגלתה בחדר (L2124), ולכן אפשר שאבן זו הייתה חלק ממתקן שעמד על הרצפה או שהיא הייתה קשורה לשלב שימוש מאוחר יותר שממנו לא השתמרה רצפה. בשרידי הבנייה הובחן היטב שלב שימוש מאוחר, המתוארך לתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית, דוגמת הכניסה שהותקנה בקיר 222, בניית קיר (W219) מעל רצפת חדר 5 וחסימת שני הפתחים בקיר 217. לא התגלו רצפות הקשורות לשלב מאוחר זה.
למרות ההבדלים במפלסי הרצפות בין החדרים החיצוניים לפנימיים והעדויות לשינויים שנערכו בחדרים, הממצא הקרמי והמטבעות שהתגלו במילויים מתחת לרצפות ובתשתיות הרצפות וכן מעל הרצפות ובמפולות מלמדים כי השימוש במבנה נמשך רק כמאה שנים, וכי הוא נבנה לא לפני תחילת המאה הה' לסה"נ וננטש סופית לפני אמצע המאה הו' לסה"נ.
נוסף על הקרמיקה מהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית התגלו במילויים שמתחת לרצפות בכל החדרים שברי כלי חרס מתקופות קדומות, ובהן בעיקר שלהי תקופת הברזל, התקופה הפרסית וראשית התקופה ההלניסטית, וכן שברי כלים מאבן גיר, האופייניים לימי הבית השני וממשיכים עד למאות הג'–הד' לסה"נ.
מתחת לשרידי המבנה מהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית התגלו קירות קדומים (W227 ,W221 ,W216), שנבנו בכיוון צפון-מזרח–דרום-מערב. אי אפשר לתארכם שכן לא התגלו רצפות או מפלסים הקשורים אליהם.
 
שטח 3000 (איורים 3–5)
ריבוע 2/7 SW (איורים 3, 4). החפירה בריבוע זה נמשכה בחלקו הצפוני-מזרחי של חדר, שנחשף בעונה הקודמת ותחום בקירות מדרום, ממזרח ומצפון (W317 ,W308 ,W301; ר' איור 3). על פני השטח ניכר כי קיר 317 נמשך למערב אל מחוץ לתחום החפירה. צמוד לקיר 317 נחשפה אומנה (L3105), ובתעלת היסוד שלה התגלו חרסים מהמאות הי"ט–הכ' לסה"נ. בבסיסו של קיר 308 נחשף נדבך יחיד של קיר (W327), שנבנה באבני שדה גדולות; קיר 327 סוטה מעט לדרום מקיר 308. בדרומו של הריבוע התגלו שני מפלסים, זה מעל זה, הקשורים לקיר 327: רצפת טיח (L3902) ורצפת אדמה מהודקת כהה (L3905). שני המפלסים משופעים ופני השטח שלהם אינם אחידים, ועל כן נראה כי הם נמצאו בשטח פתוח. קיר 327 ושני המפלסים הקשורים אליו הם חלק משלב בנייה בכפר מהמאות הי"ט–הכ' לסה"נ; שלב זה קודם לשלב היישוב המאוחר ביותר בכפר שהסתיים בשנת 1948.
 
ריבוע 4/5 SW (איור 6). החפירה החלה בהסרת מחיצה שהרחיבה את הריבוע בחצי מטר למערב. לאחר מכן נחפרו והוסרו שרידי בנייה מימי הביניים שנחשפו בעונה הקודמת, ובהם קיר 311 ורצפת חצץ וטיח 3106 הניגשת אליו (ר' איור 3; רצפה זו היא המשך רצפה 3044 בריבוע 3/5 SW). על רצפה 3106 נחשפה אבן שחיקה, שהייתה מונחת על גבה. בתשתית הרצפה העשויה מאבני חצץ מבזלת במצע של טיח, חלוקי נחל וגיר כתוש (0.10–0.12 מ' עובי) התגלו חרסים מהמאה הי"ג לסה"נ. בדומה לריבוע 3/5 SW המילוי מתחת לרצפה (L3135 ,L3129 ,L3122) כולל מגוון רבדים של אדמה רכה בצבעים צהוב וחום וחצץ בנייה צהבהב, ונראה כי מילוי זה הונח במקום במכוון מעל רצפת בית הכנסת. במילוי התגלו חרסים מהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית, וברובד העליון של המילוי (L3122) התגלו חרסים מהתקופות הצלבנית–הממלוכית (המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ).
בחפירת חלק מהמילוי (L3135 ,L3129) נחשפו בדרומו של הריבוע שתי שורות של לוחות אבן גדולים (L3138; איור 5), כפי הנראה חלק מחצר מרוצפת שהשתרעה מחוץ לבית הכנסת. מצפון לריצוף 3138 נמצא יסוד הקיר הדרומי, השדוד, של בית הכנסת (W340). בימי הביניים הוקם קיר דרומי חדש למבנה (W315) שהרחיב את המבנה דרומה, כך שכלל בתוכו את ריצוף 3138. מצפון לקיר 340 נמצאו מפולות אבן (L3137) מעל רצפת פסיפס (L3139; ר' להלן); במפולת זו התגלתה כמות רבה של אבני בנייה חתוכות ושברי פריטים אדריכליים, וכן מסמר ברזל, חתיכות טיח שרוף ואפר שחרך את רצפת הפסיפס. כיוון שההרס והשרפה מוגבלים לאזור מצומצם, נראה כי הם קשורים להרס ולשדידת קיר W340 ולא להתמוטטות תקרת בית הכנסת.
מתחת להצטברויות אדמה ומפולות אבנים נחשפו חלקים מרצפת פסיפס (L3139; ר' איור 5), שתשתיתה עשויה מטיח קשה (L3155); היא נמשכת למזרח עד קיר (W310). השתמרו שלושה חלקים עיקריים מרצפת הפסיפס (איור 7). בצד המזרחי של הרצפה, לאורך קיר 310, נחשפה מסגרת לבנה ולצדה מסגרת מעוטרת בדגם קלוע, בדומה לזה שנחשף ברצפה בריבוע 3/5 SW. הדגם הקלוע יוצר פינה דרומית-מזרחית בקצה הדרומי של הריבוע, צמוד לקיר W340 שהוא בן זמנו. המסגרות תוחמות את מרכז רצפת הפסיפס, ובו תיאור של שמשון נושא את שער עזה על כתפיו (שופטים ט"ז:1–3; איור 8). בקטע אחד שהשתמר מהרצפה מתואר שמשון כענק, שידיו כרוכות סביב צדי השער. בקטע אחר ממערב מתוארת החגורה האדומה של שמשון, חולצתו הלבנה וגלימתו האדומה. בקטע רצפה נוסף בצפון-מערב הריבוע מתוארים אדם, כנראה פלישתי, וסוס (איור 9), ומעליהם נראה מגף של אדם נוסף ופרסות סוס. כמו בקטע הפסיפס של שמשון והשועלים מריבוע 3/5 SW גם כאן ראשו של שמשון פונה לכיוון מזרח. קטע הפסיפס ובו תיאור שמשון הנושא את שער עזה הועבר לשימור ואחסון זמני ברשות העתיקות.
ממזרח לקיר 310 נחשפה מדרגה צרה (W312), שנבנתה באבנים במאונך לקיר. משני צדי המדרגה נחשפו מילויי אדמה (L3169 ,L3168), ובהם חרסים שזמנם עד לימינו, מעל מצע קשה השייך כנראה לרצפה השדודה של חצר המבנה מימי הביניים. במילוי שמצפון למדרגה התגלה מקבץ של כ-50 מטבעות מעל למצע הקשה. במילוי שמדרום למדרגה התגלו רק שני מטבעות.
 
ריבוע 2/5 SW. הריבוע נפתח בעונה זו מצפון לריבוע 3/5 SW, שבו נחשפה רצפת פסיפס ובה תיאור שמשון והשועלים וכתובת המוקפת בפרצופי נשים. הישר מתחת לפני השטח, המשופע בתלילות ממערב למזרח, נחשפו שני שלבי התיישבות מהמאות הי"ט–הכ' לסה"נ; בשכבה העליונה התגלו שרידי קירות ורצפות, ובשכבה התחתונה התגלו טבונים ורובד אפר (L3126).
מתחת לרובד 3126 התגלה רובד עבה של אדמה לא מהודקת (L3134). ראשיהם של קירות 310 ו-311 התגלו (ר' איור 3), שניהם נמשכים למחיצה הצפונית של הריבוע. אחת האבנים בנדבך העליון שהשתמר מקיר 310 סותתה כְּסַף (2 מ' רוחב) בשימוש משני בימי הביניים, והיא מציינת כנראה את הכניסה הראשית למבנה בתקופה זו. אפשר ללמוד על כך גם מהעובדה שקיר 311 אינו נמשך לאורך חלקו הפנימי של הסף. גם בריבוע זה התגלתה רצפת החצץ והטיח (L3147) שהתגלתה בריבועים 3/5 SW ו-4/5 SW. היא ניגשת אל קיר 311 וממשיכה לאבן הסף שבקיר 310 (איור 10). בקצה הצפוני של הריבוע התגלה על רצפה 3147, צמוד לקיר 311, קטע קטן של רצפת פסיפס לבנה, ובה קצה של דגם צבעוני משולש (איור 11). קטע זה של רצפת פסיפס הושאר במקומו ולא הוסר בהמשך החפירה בשל חשיבות הפסיפס, ככל הנראה מימי הביניים; החפירה בשאר שטח הריבוע העמיקה מתחת למפלס זה (איור 12). נראה שקיר 311, שנבנה מאבני גזית בשימוש משני מקיר 310, הוא ספסל, מפני שאין לא יסודות והוא הושתת על מילוי אדמה. אפשר שבמבנה מימי הביניים נעשה שימוש חוזר באבני קיר 310 ונבנו רצפה וספסל, בגובה של כ-0.7 מ' מעל רצפת בית הכנסת המקורי מהתקופה הרומית המאוחרת. אולי זהו בית הכנסת עם רצפת הפסיפס שאשתורי הפרחי מציין שהוא ראה ביקוק בתחילת המאה הי"ד לסה"נ, למרות שטרם התגלו ממצאים המלמדים על השימוש במבנה.
בדומה לריבועים 3/5 SW ו-4/5 SW גם בריבוע זה התגלו מתחת לרצפה מימי הביניים רובדי אדמה חומה וצהובה וחצץ בנייה שהונחו מעל רצפת בית הכנסת. לאחר הסרת מילויים אלה התגלו קטעים מרצפת הפסיפס של בית הכנסת (L3134; ר' איור 5) וכן תשתית הרצפה העשויה מטיח לבן (L3178), שהשתמרה גם לצד הפן הפנימי של קיר 310. בור מאוחר (L3171) בדרומו של הריבוע, מפנים לסף מימי הביניים, חותך את רצפת הפסיפס. בצפון-מערב הריבוע השתמר קטע קטן של רצפת הפסיפס ובו קווים, אולי חלק מתיאור של מבנה (איור 13). בדרום-מזרח הריבוע השתמר קטע גדול מרצפת הפסיפס, המחולק לשלושה חלקים אופקיים, זה מעל זה, בכיוון מזרח–מערב (איור 14). בחלק העליון של קטע הרצפה מתוארים שלושה גברים לבושים בחולצה וגלימה, המסומנת באות היוונית אטא (gammata, gammadia ;H), מתקדמים לכיוון חייל שחום עור העומד מימין להם (איור 15). מימין לחייל יש תיאור של שתי רגליים קדמיות של בעל חיים שלו פרסות שסועות. בצד הימני של חלק זה מתואר פיל ועליו רתמה מעוטרת ומגן; חדק הפיל מתרומם והעין שלו גדולה ובולטת. מעל הפיל, כלומר מאחוריו, יש התחלת תיאור של פיל נוסף. בחלק האמצעי של קטע פסיפס זה מתוארים עמודים מחוברים בקשתות (ארקדה), ומעל כל קשת נר שמן דולק (איור 16). כל קשת תוחמת דמות. בקשתות מתוארים גברים צעירים האוחזים בנדן החרב, הסדורים מסביב לאדם זקן היושב על כסא ומחזיק בקלף. תיאורי הגברים הצעירים דומים זה לזה פרט לעיצוב השיער שלהם. בחלק התחתון של קטע הפסיפס מתואר שור שנעוצות בו חניתות ודם זורם מפצעו, ולצדו חייל מדמם שהתמוטט אוחז במגן (איור 17). שלושת החלקים מוקפים במסגרת, המעוטרת בדגם דמוי גל. חלק זה של רצפת הפסיפס שונה בסגנון, באיכות ובנושא התיאורים מחלקי רצפת הפסיפס שבהם תיאורי שמשון. המשמעות של התיאורים ברצפת הפסיפס בריבוע מעורפלת, ואין להם השוואות בבתי כנסת קדומים אחרים. אפשר שבחלק העליון של הפסיפס מתוארת תהלוכת נצחון, ואז המגינים הקשורים לפילים הם שלל מלחמה. פילים אינם מוזכרים בתנ"ך, אך הם מופיעים בארבעת ספרי המקבים, ולכן אפשר שתיאורים אלה קשורים לסיפורי המקבים.
החפירה ממזרח לקיר 310 העמיקה עד לתחתיתו, אך בניגוד לריבוע 3/5 SW כאן לא התגלה רובד אדמה עבה או מהודק או חצצי בנייה, אלא חלק זה של היסוד הופרע כנראה כתוצאה מהתמוטטות אבנים גדולה.
 
ריבוע 5/5 SW נפתח בעונה זו מדרום לריבוע 4/5 SW. בעונה הקודמת התגלה במחיצה שבין שני הריבועים קיר 315, ונראה היה כי הוא בנוי בתוואי של הקיר הדרומי של בית הכנסת. הריבוע אם כן נפתח במטרה לחשוף את החזית הראשית של בית הכנסת.
על פני השטח הובחן חדר שזמנו המאה הכ' לסה"נ, התחום בקירות מצפון (W318; ר' איור 3) וממזרח (W319). שני קירות אלה נבנו על מפלס של טיח ואפר (L3142; ר' איור 5), שמתחתיו נחשף מפלס של טיח צהוב קשה (L3160) הנמשך מתחת לקיר (W324), שנבנה בציר צפון–דרום. מפלסים 3142 ו-3160 קשורים לטבונים מהמאה הי"ט לסה"נ, אולם החרסים המאוחרים ביותר מתשתית מפלס 3160 מתוארכים לתקופות הצלבנית–הממלוכית. כמו בריבוע 2/5 SW בשלב היישוב המאוחר ביותר מהמאה הכ' לסה"נ נחשפו שרידים אדריכליים, בעוד שבשלב היישוב מהמאה הי"ט ותחילת המאה הכ' לסה"נ נחשפו טבונים לבישול.
מתחת למפלס 3160 נחשפו רובדי אדמה לא מהודקת בצבעים חום וצהוב (L3173), הדומים למילוי שמתחת לרצפת ימי הביניים בתוך בית הכנסת; רובדים אלה הכילו חרסים שזמנם עד תחילת המאה הז' לסה"נ. החפירה בריבוע הופסקה לאחר שנחשף מצע טיח קשה (L3181).
ריבוע זה נפגע קשות, כנראה בעת שוד אבני הקירות, ובעיקר נפגע קיר 315 שהיה הקיר הדרומי של המבנה מימי הביניים. חלקו העליון של קיר 315 נבנה מחדש בתקופה מאוחרת, כפי שעולה מהשילוב של הקצה הצפוני של קיר 324 עם קיר 315. בדרום הריבוע התגלה קיר קדום שנבנה בכיוון מזרח–מערב (W326). הנדבך התחתון של קיר 315, שנבנה מאבני גזית בדומה לקיר 310, מסתיים במזרח בסף, שחלקו התחתון נמצא באותו מפלס של תשתית ריצוף 3168 שנחשפה בריבוע 4/5 SW. בתעלת יסוד מדרום לקיר 315 (L3180), החותכת את מפלס 3160 ואת רובד 3173, התגלו חרסים מהמאה הז' לסה"נ.