בחודש פברואר 2011 נערכה חפירה בליפתא בירושלים (הרשאה מס' 6128-A; נ"צ 218425/633542), לקראת חציבת פיר מילוט מהמנהרה הראשית של קו הרכבת ירושלים–תל אביב. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון רכבת ישראל, נוהלה על ידי י' זלינגר, בסיוע ו' אסמן וי' שמידוב (מדידות ושרטוט), א' פרץ (צילום שטח) וא' בלשוב (תוכניות).
נפתחו שלושה שטחי חפירה (B2 ,B1 ,A; כ-15 מ"ר כל אחד). בשטח A נחשפה מדרגת עיבוד, שנבנתה כנראה בתקופה העות'מאנית, ובשני השטחים האחרים נחשפו שרידי מבנים בני זמננו. שטח החפירה משקיף ממערב על שרידי הכפר הקדום ליפתא, שזוהה עם היישוב המקראי 'מי נפתוח', המוזכר כגבול בין נחלת שבט יהודה לנחלת שבט בנימין (יהושע יח:טו). בתקופה הצלבנית נבנה במקום כפר בשם Clepesta, שקיומו נמשך ברצף עד שנת 1948.
שטח A (איורים 1, 2). נחפר ריבוע (2.5×2.5 מ') צמוד לקיר של מדרגת עיבוד (5.7 מ' אורך חשיפה, 0.8 מ' רוחב, 1.1 מ' גובה מרבי). הקיר נבנה בציר צפון-מזרח–דרום-מערב מאבני שדה והושתת על שכבה של אדמה ואבנים (0.4–0.8 מ' עובי). קיר המדרגה ניגש אל קיר נוסף, שנבנה על מדרגת סלע בציר צפון-מערב–דרום-מזרח (הוא לא נחפר). בחפירת הריבוע נחשפו שתי חציבות רדודות בסלע, מקבילות זו לזו (הדרומית-מערבית — 0.25–0.30×0.73 מ', 0.18–0.25 מ' עומק; הצפונית-מזרחית — 0.28–0.30×0.63 מ', 0.11–0.18 מ' עומק). השרידים שנחשפו בריבוע נמצאים בשולי היישוב ששכן במקום. קיר המדרגה הוא חלק ממערכת מדרגות חקלאיות שבנו כנראה תושבי היישוב הערבי במאות השנים האחרונות. החציבות שימשו כנראה מתקנים חקלאיים.
שטחים B2 ,B1. בכל אחד מהשטחים נחשפו שרידים של מבנה בן זמננו, ובהם קירות ורצפה. שני המבנים נהרסו על ידי עיריית ירושלים בשל בנייה לא חוקית.