בשטח החפירה הוסרה רצפת האבן של חצר בית הכנסת, ונחשף מילוי של עפר, אבנים בינוניות וקטנות ומעט שברי כלי חרס. החפירה לא הגיעה אל סלע האם, פרט לדופן המזרחית של בור החפירה שם נחשף סלע האם חצוב ועליו מושתת קיר החזית של בית הכנסת.
הממצא הקרמי מהחפירה כולל קנקן מקומי, בסיס קערה מזוגגת, אולי מיובאת, וכלי בישול פתוח, המתוארכים לתקופה הממלוכית (המאות הי"ג–הי"ד לסה"נ), בסיס קערה מקומית מזוגגת בירוק כהה ושבר של קערה מזוגגת בתכלת וצהוב ובפסים חומים, כנראה ייבוא מאיטליה (איור 2), המתוארכים לראשית התקופה העות'מאנית (המאות הט"ו–הי"ח לסה"נ) וכן מעט שברים של כלי ראשיא אל-פוחאר המתוארכים לראשית המאה הכ' לסה"נ.
מן הממצא הקרמי בחפירה עולה כי ראשית הנוכחות באתר בתקופה הממלוכית, וזו נמשכת בראשית התקופה העות'מאנית. נראה שהממצא הקרמי מהמאה הכ' לסה"נ מקורו בבניית החצר שבחזית בית הכנסת בתקופה זו.