בחפירה התגלו שש שכבות סדימנט (b5 ,a5 ,4 ,b3 ,a3 ו-6). סטרטיגרפיה מלאה של כל שש השכבות התגלתה רק בחתך בשטח F (איור 5). הגדרת שכבות הסדימנט התייחסה לסטרטיגרפיה שזוהתה בחפירות בשנת 2012 (Greenbaum et al. 2014). שכבות 1 ו-2 זוהו בתעלות הבדיקה של שנת 2012, אך לא התגלו בחפירה הנוכחית. להלן תיאור השכבות מלמטה למעלה:

1. שכבה a3. חרסית שחורה כבדה (כ-0.5 מ' עובי), ובה ריכוזי עצמות וכלי צור. שכבה זו נחשפה רק בשטח F. המגע של השכבה עם השכבה שמעליה (b3) הוא הדרגתי.
2. שכבה b3. חרסית חומה-שחורה, סדוקה, המכילה גבישי גבס. בשכבה זו התגלה רוב הממצא, ובו שפע של כלי צור ועצמות בעלי חיים המופיעים החל מן המגע עם השכבה שמעל. שכבה b3 נחשפה בשטחים B ו-F.
3. שכבה 4. חרסית אדומה פריזמטית, המכילה שפע של גבישי גבס מפותחים וגדולים במיוחד. השכבה דלה בממצאים מכל סוג. שכבה 4 נחשפה בשטחים B ו-E ובחתך בשטח F.
4. שכבה a5. חרסית אפורה מסיבית, סדוקה, עם כתמים צהובים-כתומים (gley). בשכבה זו נמצאו מעט פריטי צור ועצמות, בעיקר במגע עם יחידה b5. השכבה נחשפה בשטחים C ,B ,A ו-E ובחתך בשטח F.
5. שכבה b5. חרסית אפורה, המכילה ריכוזים גבוהים של תצבירי גיר. השכבה מכילה כלי צור ועצמות בעלי חיים. היא נחשפה בשטחים A ו-C ובחתכים הצפוני, המערבי והמזרחי של החלקה המזרחית.
6. שכבה 6. חרסית אדומה-חומה (כ-1.2 מ' עובי). השכבה נחתכת בערוצוני נחלים, ועל סמך הממצא בהם זמנם למן התקופה הכלקוליתית ועד לתקופה האסלאמית הקדומה. ערוצונים אלה חותכים גם את שכבות b5 ו-a5 בשטחים A ו-C.
 
שטח  A(כ-42 מ"ר) מרוחק כ-100 מ' מדרום-מערב לשטח החפירה מהשנים 2009–2011. בשטח נחשפו שכבות b5 ו-a5, ובהן התגלה ממצא מהתקופה הפליאוליתית התיכונה (התרבות המוסטרית). ראש שכבה b5, שזמנה התרבות המוסטרית העליונה, נחתך בערוצון שהיה פעיל בתקופה הביזנטית שכיוונו הכללי דרום–צפון. לאחר הסרת הקרקע סמוך לערוצון בעזרת מחפרון נחשף ערוצון נוסף, קדום יותר, כנראה מן התקופה הכלקוליתית, שחתך גם הוא את השכבה. רוב הממצא התגלה בשכבה b5, והוא כולל פריטי צור חדים וטריים במגוון גדלים, שברים של עצמות בעלי חיים ושיניים של אוכלי עשב גדולים. מכלול הצור של שכבה b5 מתאפיין באופן כללי בפריטים ראשוניים גדולים, המייצגים שלבים התחלתיים ברצף הסיתות. ניסיונות רפאות ראשוניים הניבו שני חיבורים של פריטים שסותתו בטכניקת לבלואה (איור 6). שכבה a5 הייתה יותר דלה בממצא. עם זאת נמצאה בה שן טוחנת של אדם.
 
בשטח B (כ-45 מ"ר) נחשפה שכבה b3. במערב השטח התגלו אבני גיר גדולות, מעט פריטי צור, רובם שחוקים ועליהם פטינה, עצמות בעלי חיים וכן סדן אבן (איור 7) וקונכייה (איור 8). במרכז השטח נחשף מפלס של פריטי צור טריים שהשתמרותם טובה, הכוללים בין היתר חודי לבלואה (איור 9) וכן 23 נתזי צור וגרעין שהתחברו לרצף הפחתה אחד. בחלקו המזרחי של השטח נמצאו פריטי צור אחדים ועצמות בעלי חיים. בחלק הצפוני-מזרחי של השטח נמצא ריכוז של חמישה פריטי צור גדולים שהשתמרותם טובה. בחלק הדרומי של השטח נמצא מקבץ של חמש עצמות רגליים כמעט שלמות של אדם. בכל השטח נמצאו גושי אוכרה, בעיקר בצבעים צהוב ואדום.
 
בשטח C (כ-65 מ"ר) נחשפה שכבה b5 שזמנה התקופה הפליאוליתית התיכונה. השכבה נחתכה בערוץ נחל בכיוון דרום–צפון שחילק את השטח לשני אזורי חפירה, מערבי ומזרחי. הממצא בערוץ כולל פריטי צור מהתקופה הפליאוליתית התיכונה, שברי כלי חרס ומטבע מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה. בשטח התגלו פריטי צור ועצמות בצפיפות נמוכה.
 
שטחים D ו-E (כ-15 מ"ר ו-42 מ"ר בהתאמה). בשני השטחים נחשפו שכבות a5 ו-4. בשטח E נמצא ממצא ליתי בצפיפות נמוכה מאוד בתוך חרסית אפורה-חומה. מתחת לממצא זה נמצאו עצמות גדולות ופריטי צור טריים שהורבדו בחרסית שחורה.
 
שטח F. נתגלו עצמות גדולות של מגוון בעלי חיים, ובהם בקר בר, יחמור וצבי בשכבה b3. על חלק מעצמות בעלי החיים, ובהן צלע של צבי, נמצאו סימני חיתוך.
 
הממצא בחפירה בעין קשיש מייצג שרידים של כמה אתרי חניה מן התרבות המוסטרית. חשיפתן של כמה שכבות ארכיאולוגיות זו מעל זו באותו תא שטח אינה מקרית ומצביעה כנראה על מוקד משיכה עבור אנשי התקופה הפליאוליתית התיכונה המאוחרת. נראה שעיקר העיסוק באתרי החניה היה קשור בצייד, שכן כמעט בכל השכבות נמצאו עצמות בעלי חיים עם סימני חיתוך ו/או שבירה שנעשו בידי אדם. פעילויות אחרות, כמו סיתות כלי אבן, גם כן משותפות לכל השכבות והן חלק מהפעילות השוטפת באתרים מסוג זה. בשכבה b3 בשטח B התגלו ממצאים נוספים שעשויים להצביע על פעילויות נוספות: מקבץ עצמות אדם וכן כמה גושי אוכרה וצדף המלמדים אולי על פעילות שאינה יומיומית ואינה שימושית בלבד. עובי השכבות וכמות הממצאים המועטה בכל השכבות מצביעים על התיישבויות קצרות מועד. נראה כי אתרי חניה אלה הם מחנות עונתיים, כנראה בעונת הקיץ שבה לא היו הצפות של נחל הקישון. המחקר של זיהוי מקורות הצור מהחפירות בשנים 2009–2011 בעין קשיש מציע שמקורות הצור של קבוצות אלו היו מערבה לכיוון הכרמל (Ekshtain et al. 2014).