החפירה התמקדה בתיעוד האזור החשוף: מהירכתיים ועד לצלע השישית לכיוון החרטום. מתנוחת הספינה הטרופה בקרקעית ניתן לראות כי הירכתיים פונים לעבר החוף (לצפון-צפון-מזרח, 33°) והחרטום פונה לכיוון הים הפתוח (לדרום-דרום-מערב, 213°). הספינה נטויה בזווית של כ-45° על דופן שמאל, שהשתטחה על הקרקעית והתכסתה ברובה בחול ולכן השתמרה היטב (איור 2). שרידי הספינה השתרעו על פני שטח של כ-8 × 30 מ' וכללו צלעות, לוחות ציפוי, לוחות רצפה, מרכיבי ירכתיים, קורות תמיכה של הסיפון, מערכת מובילי חבל לקיבוע התורן במקומו ומחבר ציר ההגה עשוי ברונזה (איורים 3, 4).
הספינה נבנתה ממערך של צלעות שלהן חתך מרובע. כל צלע מורכבת משתי קורות עבות המחוברות זו לזו במסמרים שהוחדרו מהצד (רוחב כל צלע 0.14 מ' וזוג צלעות 0.28 מ', כ-0.24 מ' רווח בין הצלעות; איור 5). בחפירה נספרו בלא ברצף כ-40 צלעות בדופן ימין שנותרה זקופה וחשופה בחלקה. בהסתמך על אורך הספינה (כ-30 מ') וצפיפות הצלעות יש להניח כי בספינה היו כ-56 צלעות, שחלקן קבורות בחול. בכמה מהצלעות שהשתמרו היטב ניתן להבחין בסימני עיבוד של כלי הנגר. הצלעות שנחשפו לתקופה ממושכת נמצאו מחוררות ונקבוביות כתוצאה מפעילות תולעי האוניות ושחיקת החול והגלים. בשנים ספורות נוספות של חשיפה ייהרס העץ ללא תקנה כתוצאה מפעילותן של תולעים אלו (Muller 2009). מערך הצלעות נראה אחיד במידותיו באזור מרכז הספינה, אולם ככל שמתקרבים לירכתיים נראה כי הצלעות מצטופפות ומתכנסות עד לרווח קטן מאוד ביניהן. בדופן שמאל שהשתטחה בקרקעית ניתן לראות צלעות באורך של כ-2 מ' ויותר, שהיו מונחות וממוסמרות על השדרית. הצלעות העולות את סיבוב השיפוליים, מרמזות על צורת חתך הגוף של הספינה (איורים 3, 6). הן עשויות מעץ אלון שסוע המכונה גם אלון תורכי (Quercus ceris; Liphschitz 2012a).
זוהו שרידיהם של עשרה לוחות ציפוי (0.14–0.23 מ' רוחב, 6.5 ס"מ עובי) בדופן שמאל, עשויים מעץ אורן ברוטיה (Pinus brutia; Liphschitz 2012a). הלוחות משיקים זה לזה ללא חפיפה ביניהם (איור 7). הלוחות חוברו לצלעות במסמרי ברונזה (כ-0.14 מ' אורך) בעלי ראש עגול ופחוס וגוף שחתכו מרובע. לאורך המסמר נחתכו מעין שיניים או זיזים חדים, הפונים אל ראש המסמר הפוך לכיוון הדפיקה. זיזים אלה נועדו להינעץ בעץ ולמנוע את שליפת המסמר ממקומו (איור A8). לשני מסמרים נעשה ניתוח מטלורגי (טבלה 1). בלוחות הדופן נמצאו מסמרי עץ (כ-0.13 מ' אורך, 1.9 ס"מ קוטר) שחתכם מעוגל. סמוך ללוחות נמצאו יתדות עץ (0.36 מ' אורך, 6.8 ס"מ קוטר; איור B8). בדופן ימין נחשף ציפוי נחושת שנועד להגן על תחתית הספינה מפני תולעת האוניות (Teredo) ובלוטי ים. הציפוי חובר ללוחות הדופן במסמרים קטנים (כ-3 ס"מ אורך; איור 9).
שני לוחות רצפה נחשפו בדופן שמאל (איור 3) ושישה במרכז הספינה (8–15 ס"מ רוחב; איור 10).
באזור הירכתיים נחשף מוט הקצה עשוי ענף עץ עבה (כ-0.23 מ' רוחב). במאונך לו חובר מעין עמוד עץ שנועד לחיזוק או הגנה, ובצדדיו עוצבו שתי מגרעות עמוקות שלתוכן הוכנסו ומוסמרו קצות לוחות הדופן החיצוניים. בצדו החיצוני של מבנה מוט הקצה נמצאה פותת ההגה עשויה ברונזה ודמוית האות ח' (כ-0.4 מ' אורך, כ-0.27 מ' רוחב חיצוני, כ-0.23 מ' רוחב פנימי, כ-4 ס"מ עובי; Milne, McKewan and Goodburn 1998:31), החובקת את כל חלקי מוט הקצה ומקובעת למקומה במסמרי ברונזה. במרכז פותת ההגה חור עגול (6.5 ס"מ קוטר), ששימש לפין ההגה (איורים 4 ו-11).
בצד הפנימי של מוט הקצה נחשף ענף עבה, שלו פיצול טבעי דמוי Y, שזרועותיו הגיעו עד הצלע הרביעית מהקצה. בקרבת מקום נמצא ריכוז אבני כורכר מהוקצעות ועליהן סימני בערה ופיח, וסמוך להן נמצאו עצמות בעלי חיים ופמוט ברונזה (איורים 10 ו-12). נראה כי האבנים המהוקצעות שימשו רצפה מבודדת שעליה הונח או נבנה תנור בישול, למניעת מעבר ישיר או עקיף של אש או חום לגוף העץ של הספינה שעלול לגרום לשרפה. חשיפתם של ריכוז האבנים והממצאים האחרים מלמד כי בסיפון התחתון בירכתי הספינה מוקם אזור המטבח.
בדופן ימין נראתה היטב סדרה של חמש קורות תמך אלכסוניות במרחק של חמש צלעות זו מזו (2.5–2.7 מ' בין קורה לקורה), ובהמשך לכיוון החרטום נראו קורות אלו גם בדופן שמאל. נראה כי הקורות נמשכו מהצלעות ומלוחות הרצפה אל הציר המרכזי של הסיפון ונועדו לתמוך את הסיפון ולהקל על הדופנות מעומס הסיפון. לצד האבנים סמוך לדופן ימין נראתה קורת עץ אלכסונית שאליה נצמד לוח עץ אורן (איור 13); הקורה נוטה באלכסון לכיוון הציר המרכזי של הספינה. לוח העץ היה חלק ממחיצה שהפרידה בין מדורים בירכתיים (Steffy 1994:287, Fig. G-6).
בדופן שמאל, באזור מרכז הספינה, נתגלה לוח עץ עבה (כ-4.5 מ' אורך) שנתלש מהדופן ואליו מחוברים ארבעה מובילי חבל עגולים וקמורים עשויים מעץ (0.18–0.20 מ' קוטר), שלהם שלושה חורים (2–3 ס"מ קוטר; איור 14). בהיקף החיצוני גולפה מגרעת שלתוכה הוכנס והודק פס מתכת. מערך כזה של ארבעה מובילי חבל המחוברים לדופן הספינה שייך למערכת המיתרים שנמתחו והידקו את תורן הספינה למקומו. מיקום לוח העץ וארבעת מובילי החבל מצביע על מיקום התורן במרכז הספינה. סמוך למובילי החבל נמצא צינור עופרת (כ-1.5 מ' אורך), שבקצהו האחד התרחבות רחבה ובה נקבי מסמרים, שחיברו את הצינור אל דופן הספינה. הצינור היה חלק ממשאבת שיפוליים, ששימשה להוצאת מים שהצטברו בקרקעית הספינה לצד השדרית במרכז הספינה.
את גילה הקדום ביותר של הספינה ניתן לשער על פי מובילי החבל. מובילי חבל עם חבק עשוי מפס ברזל שנמצאו בספינה דומים מאוד למובילי חבל שנמצאו בספינות מהמאה הי"ח לסה"נ (רבן 1986; במאה הי"ז לסה"נ מקובל היה לחבר את מובילי החבל באמצעות שרשרת ברזל לדופן). הניתוח המטלורגי של המסמרים (טבלה 1) מעיד כי הם מאוחרים למסמרים שנמצאו בספינה הטרופה 'עכו 1', המתוארכת לרבע השני של המאה הי"ט לסה"נ (Cvikel and Kahanov 2013). מכאן שיש לייחס את בנייתה של הספינה לסוף המאה הי"ט לסה"נ.
 
טבלה 1. ניתוח מטלורגי של שני מסמרים (S ו-L)
תיאור המסמר
הרכב (%)
Cu
Zn
Al
Si
P
Fe
Sn
Pb
מסמר נחושת S (ראש)
72.9
10.4
1.4
1.3
0.2
0.2
4.1
9.5
מסמר נחושת S (גוף)
76.7
14.6
0.3
0.1
--
0.1
0.6
7.6
מסמר נחושת S (זנב, שטח 1)
75.4
14.8
0.4
0.3
--
0.1
0.5
8.5
מסמר נחושת S (זנב, שטח 1)
77.1
14.4
0.3
0.1
--
0.1
0.5
7.5
מסמר נחושת L (ראש)
75.1
14.7
0.6
0.2
--
0.1
0.6
8.7
מסמר נחושת L (גוף)
76.6
11.0
0.7
0.9
0.1
0.1
1.1
6.3
מסמר נחושת L (זנב)
72.2
15.5
0.5
0.4
--
0.1
1.8
9.5
 
כאמור הוגדרו שני סוגי עצים. האחד הוא אורן ברוטיה (Pinus Brutia) הנחשב טוב לבניית אוניות. השימוש באורן אף נזכר אצל תיאופראסטוס (286–371 לפסה"נ; Theophrastus Enquiry 7, 5). גם כיום ביוון, אצל בוני ספינות, הוא נחשב לעץ המועדף (Damiandis 1989:234–241; Davis, Cullen and Coode 1965:74). אזור התפוצה העכשווי של אורן ברוטיה מכסה כיום בעיקר את שטחן של הארצות השוכנות במזרחו של אזור הים התיכון. הוא גדל באופן טבעי מגובה פני הים ועד לגובה 1200 מ' מע לפני הים, בעיקר בתורכיה — באזור איזמיר ובחבל אנטוליה שבדרום תורכיה (שכיחות מעטה בצפון-מערב). הוא גדל גם בחצי האי אתוס ביוון עד הגבול התורכי, באיי מזרח הים האגאי, ובהם כרתים, סמוס, לסבוס, רודוס וקפריסין, בדרום איטליה (Calabria), בצפון עיראק, לאורך חוף הים הסורי, בלבנון ובישראל (Davis, Cullen and Coode 1965:74–75). העץ השני הוא אלון שסוע, המכונה גם אלון תורכי (Quercus ceris). זהו עץ בעל גזע זקוף והיקף ניכר, שיכול להיתמר עד לגובה של 25 מ' ומעלה, ומאופיין במתאר ענפים ישר (Davis, Cullen and Coode 1965:74–75). העץ מתאים לבניית מרכיבים ארוכים וישרים. זהו מין ים-תיכוני, נפוץ אך לא שכיח בצרפת ובאיטליה, ואילו בבלקן ובתורכיה הוא יוצר יערות נרחבים. החרמון הוא גבול תפוצתו הדרומי (שמידע ודרום 216:1992).
שני סוגי העצים שזוהו בספינה הטרופה 'התמרים 1' זוהו גם בספינות טרופות רבות בחופי ארץ ישראל ותורכיה המתוארכות למאות הי"ז–הי"ט לסה"נ (Liphschitz 2012b; 2015). ההשערה היא כי העץ ששימש לבניית כלי השיט נכרת מיער או חורש סמוכים (Muller 2009). לבניית ספינות גדולות דוגמת 'התמרים 1' היה צורך במספנה סמוכה למקורות העץ.
 
לימוד ראשוני של מבנה כלי השיט מצביע על ספינה גדולה ומסיבית שלה צלעות עבות וצפופות ודופנות (כ-0.27 מ' עובי כללי) המורכבות מלוחות חיצוניים ולוחות פנימיים. מבנה זה והתוספות הקנו לכלי השיט חוזק מבני רב. השימוש במסמרי ברונזה איכותיים, בציפוי נחושת וכן בפותה להגה העשויה מיציקת ברונזה מלמדים כי זוהי ספינת מלחמה השייכת כנראה לאחד הציים שפקדו את המקום במאה הי"ט לסה"נ. תפוצת שני מיני העצים יכולה ללמד כי הספינה נבנתה באזור תורכיה או דרום איטליה. מתוצאות הניתוח המטלורגי של מסמרי הספינה עולה כי שני המסמרים יוצרו מאותו חומר גלם ובאותו בית יציקה (באותן טכנולוגיות), ותוצאות אלה מחזקות את תיארוך הספינה לסוף המאה הי"ט לסה"נ.
בשלב זה של החפירה לא ניתן לדייק במידותיה של הטרופה למעט קביעת אורכה (כ-30 מ'). מידות הספינה מרשימות מאוד גם בהשוואה לכלי שיט אחרים שנתגלו ונחקרו מהמאות הי"ח–הי"ט לסה"נ בנמל עכו ובמפרצי דור-טנטורה (Yovel 2003; Cvikel 2010; Cvikel and Kahanov 2013).
במאה הי"ז התרחשו באזור שינויים מדיניים עקב השתלטותו של האמיר הדרוזי פ'אחר א-דין השני על דרום סוריה וצפון ארץ ישראל. במסגרת מאמציו להשתחרר מהשלטון העות'מאני ולהשיג עצמאות מדינית, הוא קשר קשרים דיפלומטיים, צבאיים ומסחריים עם בית המלוכה בטוסקנה ועם שודדי הים ממלטה. אלה נהגו לתקוף את הספינות העות'מאניות ולהתנפל על ערי החוף של סוריה וארץ ישראל. בשל מעשים אלה פקד הסולטן העות'מאני בשנת 1613 לסה"נ לתקוף את פ'אחר א-דין השני, וזה בתגובה, כדי למנוע נחיתת כוחות עות'מאניים מהים, ציווה להרוס את הנמלים ולסתום אותם. הסוחר דה ארביו כתב ביומן מסעותיו במאה הי"ז: "למרות שעכו הייתה מאוד חשובה מבחינה מסחרית הספינות העדיפו לעגון מול חופי הכרמל" (Lewis 1963:55–56).
העלייה בחשיבותה של עכו במחצית השנייה של המאה הי"ח מבחינה כלכלית ומדינית לא הביאה לשיקום הנמל כפי שניתן ללמוד מנוסעים ועולי רגל דוגמת ריצ'ארד פוקוק (1704–1756) ועלי ביי אל-עבאסי (1766–1818), המזכירים את נמל עכו כצר ורדוד (שור תשנ"ד).
תפקודו של הנמל מסוף המאה הי"ט נלמד מעדותו החשובה של צ'ארלס ווילסון, מהנדס הצבא הבריטי וממקימי הקרן לחקר ארץ ישראל (PEF). ווילסון דיווח כי אורכו של הנמל הבנוי על גבי שונית צרה הוא 1000 רגל, רוחבו 700 רגל ועומקו 3 רגל, והוא ציין כי הנמל רדוד לאחר שנסתם על ידי פ'אחר א-דין השני בתחילת המאה הי"ז לסה"נ ולכן אינו בטוח לעגינה במזג אוויר סוער (Wilson 1975:124–126).
בשל מצבו הפיזי של הנמל נמנעה כניסתן של ספינות עמוקות שוקע דוגמת הספינה 'התמרים 1' ואלו נאלצו לעגון במפרץ עכו או במפרץ חיפה, שם היה המעגן בטוח יותר (שור תש"ן:187). בתקופה זו הפעילות הימית-מסחרית נשלטה על ידי סוחרים אירופאים, יהודים, יוונים וארמנים, ואילו המסחר היבשתי הפנימי נעשה בידי סוחרים מוסלמים. הסחורה שהועברה לעכו באמצעות ספינות סוחר קטנות ונפרקה בנמל עכו מיועדת הייתה להעמסה על כלי שיט אירופאים ושווקה באירופה. ספינות אלו היו גדולות מהספינות ששימשו בסחר החופי המקומי (Lighters) ושטו בעיקר בחודשי הקיץ; בזמן זה יצא גם צי עות'מאני מאיסטנבול למצרים לגביית המיסים. ספינות אלו היו חמושות כספינות מלחמה במטרה להתמודד עם האנרכיה ששררה בים התיכון בשל פעילות של קבוצות פירטים רבות (Harlaftis 2002); הספינות היו מצוידות במגוון תותחים שהצריכו מבנה מתאים של כלי השיט, שנועד לשאת את המשקל ולספוג את רתע התותח בעת ירי. חפירת הספינה 'התמרים 1' היא בשלביה הראשוניים אך בשל גודלה ומבנה הספינה יש להניח כי היא קשורה לפעילות מסחרית זו והיא עשויה להאיר היבטים רבים של הסחר והימאות בעכו ובלבנט במאה הי"ט לסה"נ.