מערכת תת-קרקעית 89 מרוחקת 150 מ' מדרום-מזרח לתל מרשה ו-55 מ' מדרום למערכת 61, ומערכת 169 מרוחקת 105 מ' מדרום-מזרח לתל. שתי המערכות נחפרו בהרחבה מאז שנת 2000, לאחר שוד חוזר (אלפרט ושטרן 2008; שטרן ואלפרט 2014). הדוח הסופי על חפירות 2000–2016 במערכת 169 פורסם לאחרונה (Stern 2019). החפירות בשנים 2018 ו-2019 במערכות 89 ו-169 משלימות את החפירות הקודמות, והן התמקדו בכמה חדרים ואזורים במערכות אלה.
כל החומר שעלה משתי המערכות התת-קרקעיות הכיל אדמת סחף ומפולות אבנים שהתמוטטו או הושלכו במכוון לאחר תקופת השימוש העיקרית. התאריך המאוחר ביותר לנטישת מרשה נקבע ל-107/6 לפסה"נ.
 
מערכת תת-קרקעית 89 (איור 1)
החפירות בשנים 2018 ו-2019 התמקדו בשלושה אזורים: חדר 17; מקבץ חדרים בחלקה הדרומי של המערכת (חדרים 50, 52, 53, 62, 63); ומקבץ חדרים בחלקה הצפוני של המערכת (חדרים 59–61, 64–72).
 
חדר 17. נראה כי חדר זה היה מרכז של מקבץ חדרים. לחדר חמישה פתחים: שניים במערב, והם מובילים למעברים צרים; אחד בדרום, ששימש פתח ראשי מפני השטח, והוא חסום כיום; אחד בפינה הדרומית-מזרחית; ואחד בפינה הצפונית-מזרחית. בצד המערבי של הפתח הדרומי נחרתה כתובת קטנה בכתב יווני קורסיבי: "הרמס, האחראי על עזרה ו...". מתחת לפתח הדרומי נחשף בחלקו גרם מדרגות הפונה בחדות מזרחה. רצפת הסלע וכן שאר גרם המדרגות נחשפו בצד הצפוני-מערבי של החדר.
 
מקבץ החדרים הדרומי. חדר 50 מלבני (איור 2), ובצדו הדרומי נחצבה גומחה מדורגת. פתח החדר נקבע בצד מזרח, ומוליך אליו דרומוס שתקרתו קשותה ונבנתה מאבני גיר שהונחו בקפידה (איור 3). על הקיר המערבי של החדר, מצפון לפתחו של חדר 52, נמצאו חרותות של שלוש ספינות מלחמה (1.9 מ' אורך הספינה הגדולה) ושל פרופיל פנים וכן כתובת (איור 4; Haddad, Stern and Artzy 2018). הכתובת אינה ברורה ומורכבת מסדרת סימנים שטרם פוענחו. חלקי הקיר שעליהם החרותות הוחלקו במכוון לפני החריתה עליהם. חרותות נוספות התגלו במזוזה הצפונית של הפתל אל חדר 52, ובהן כמה ספינות סוחר, הנתמכות על ידי דימוי של אישה או אלילה (איור 5). בחדר 50, סמוך לאותו פתח, התגלה תליון ברונזה של תנית (איור 6).
המאפיינים האדריכליים של חדר 52 מלמדים בבירור שהוא נחצב במקור כקבר כוכים (איורים 7–9). ייתכן שהיה קשר בין הנקברים בקבר לבין חרותות הספינות, ואם כך, הרי שאין זה מקרי שהקבר פונה מערבה לכיוון הים. בחדר התגלו כוכי קבורה שדופנותיהם מוחלקות היטב ולהם תקרות גמלוניות האופייניות למרשה; קו דק של עיטור אדום צויר לרוחב החדר מעל הכוכים. רק מעטים מהכוכים המקוריים השתמרו (כ-0.7 × 2.35 מ', 0.33 מ' המרחק בין האחד לשני), אך נותרו די עדויות לשחזור התכנית המקורית של החדר. נראה כי בחדר היו שלושה כוכים בדופן המערבית ועוד חמישה כוכים בדופנות הצפונית והדרומית. נראה שרוב הכוכים נפרצו ונהרסו כאשר הקבר יצא מכלל שימוש; בחלק מהכוכים השתמרו קשתות. מיקום הקבר באזור המיושב של העיר מהתקופה ההלניסטית מלמד כי הוא נחצב לכל המאוחר במאה הג' לפסה"נ, לפני הרחבת העיר במאה הב' לפסה"נ. מיקומו של הקבר במדרון הדרומי-מזרחי של העיר התחתית וקרבתו לקברים המצוירים בבית הקברות שבמדרון זה מלמדים שהקבר היה במקור חלק מאותו בית קברות. בעוד שחציבת הקבר מתוארכת כנראה למאה הג' לפסה"נ, הרי שרוב הממצא הקרמי מהמילוי הלא-משוכב בחדר מתוארך למאות הג'–הב' לפסה"נ. במילוי בחדר התגלו ידיות אמפורה מוטבעות, המתוארכות למחצית הראשונה של המאה הב' לפסה"נ (180–160 לפסה"נ לערך; ג' פינקלשטיין, מידע בעל-פה). הקשר הפניקי למרשה וכן תליון התנית נדון בפרסום קודם (Wolff, Stern and Erlich 2018).
בצדו המערבי של הקיר הדרומי של חדר 52 התגלה פתח (ר' איור 1), המוביל למחילה צרה שנחצבה בסלע והובילה לשבעה חדרים נוספים, ובהם בית בד; הגישה לחדרים אלה קשה והם לא נחפרו. מצפון לחדר 50, מוביל חדר 53 אל פתח וגרם של מדרגות חצוב בסלע העולה לפני השטח (ר' איור 1), ולאורכו שני מתקני רחצה קטנים. בדופן הדרומית של חדר 62, שממזרח לחדר 50, נחצב פתח, המוביל לבור מים (חדר 63; ר' איור 1), ובו גרם מדרגות שלם ומעקה.
 
מקבץ החדרים הצפוני (ר' איור 1). גרם מדרגות חצוב יורד אל דרומוס המוליך אל חדרים 59 ו-60. בצדו הצפוני של חדר 59 נחשפה גומחה ששימשה כמחצבה. במערבו של חדר 59 נחצב פתח מרובע גדול, המוביל לחדר גדול יותר – חדר 61. בחלקו המערבי של חדר 60, מדרום לדרומוס, נמצא פיר צר המוביל אל פני השטח; הוא חסום היום. בצד המזרחי של חדר 60 נחצב פתח, המוביל לתשעת החדרים הנוספים במקבץ הצפוני. בתקרת חדר 64 נחצב פתח קטן, המוליך לרצפה של אמבט טקסי קטן (חדר 65), ובה תעלת מים צרה שעוברת לאורך הדופן שלו. דגם זה של אמבט מוכר במערכות תת-קרקעיות רבות במרשה. התעלה הוזנה דרך פתח ברצפת האמבט, אשר מחבר אותו לחדר הנמצא מדרום-מזרח לו (חדר 66). כמה מדרגות בצד המערבי של חדר 66 מובילות לפתח שנחסם במכוון בגושי סלע גיר; על המדרגות התגלה סיר בישול מהתקופה הרומית. בקיר הצפוני-מזרחי של חדר 66 נחצב פתח מרובע קטן, שהשתמרו עליו שרידי טיח. מול הפתח התגלו גושי אבן וסלעים רבים, שקרבו כנראה מסתימה מכוונת של הפתח. פתח זה מוליך לחדר סגלגל קטן (חדר 67; כ-2.0 × 3.5 מ', כ-1.5 מ' גובה), ובו התגלו שרידים של ארבעה קנקני אגירה גדולים ושבורים ו-1027 בולות טין לא צרופות שהיו מפוזרות על הרצפה (להלן).
על פני השטח של מקבץ החדרים הצפוני התגלו כלי חרס מהתקופה הרומית, כמו גם שתי 'תעלות שוד', המלמדים כי החדרים הושחתו לאחר התקופה ההלניסטית/107 לפסה"נ, אולי במהלך מרד בר כוכבא. נדרשת חפירה נוספת כדי לאמת הנחה זו.
 
הבולות. המכלול של 1027 הבולות שהתגלו בחדר 67, שנמצא עדיין בשלב ראשוני של מחקר, הוא הארכיון הפרטי הגדול ביותר שהתגלה בישראל (Stern and Ariel 2020). גודל הבולות ומאפיינים נוספים של המכלול מעידים על האופי הפרטי של הארכיון וכי רוב בעלי החותמות היו אנשים בעלי אמצעים צנועים (ד"צ אריאל, מידע בעל-פה). חלק מהבולות מכוסה לחלוטין בפטינה, חלקן שבירות ומתפוררות ואחרות השתמרו במצב טוב יותר. הניתוח הראשוני הראה שכמעט כל הבולות נושאות טביעות סגלגלות אנכיות, ועל כולן סימני פתיל שהוטבע בגוש הטין (איורים 10, 11). גודל הטביעות (8–14 מ"מ אורך השתמרות) קטן במקצת מאלו שהתגלו בארכיון של תל קדש (שנחקר על ידי ד"צ אריאל).
מכלול הסמלים של הטביעות דומה ברובו לזה שנמצא במכלולי חותמות אחרים מהתקופה ההלניסטית במזרח. למרות המוטיבים השמיים המגוונים שהיו בשימוש בתקופה זו באזור, הסמלים מושפעים באופן גורף מהעולם המיתולוגי היווני: אלים, אלות, גיבורים וייצוגיהם (למשל, קנטאור [איור 10] ופרוטומה של טיכה [איור 11]). בנוסף, יש מספר גדול במיוחד של טביעות הנושאות סמלים יווניים, כגון תיאורים רבים למדי של קרן שפע יחידה. יש מעט מאוד טביעות רשמיות ברורות, ואין דימויים המאפיינים השפעה תרבותית, דתית או פוליטית תלמית או סלבקית.
כמה בולות נושאות תאריך בימי בית סלאוקוס — ברבע השלישי של המאה הב' לפסה"נ. על שלוש בולות ישנן כתובות של חמש אותיות, השייכות אולי לאותה מילה — 'כריאופילקס' – שפירושה פקיד או גזבר (א' הקר, מידע בעל-פה). מילה זו נמצאת על חותמות רבות מסלאוקיה שעל החידקל, אך כמו בתארים רבים אחרים, היא אינה מוכרת בדרום הלבנט.
בשלב זה של המחקר נראה כי הרוב המכריע של החותמות לא היו בבעלות פקידי ציבור כמו נוטריונים, אלא שימשו גורמים פרטיים במסמכים כלכליים, הסכמי מכר, הסכמי נישואין ומסמכים אחרים שהופקדו בדרך כלל בארכיון בגודל כזה. הבולות שהתגלו בחפירה מעידות כי האגף החדש שהתגלה במערכת 89 במרשה היה ארכיון פרטי של אנשים ממעמד חברתי-כלכלי נמוך.
 
מערכת תת-קרקעית 169 (איור 12)
בחפירות בשנים 2018 ו-2019 נחשפו במערכת 13 חדרים; הם נחפרו עד לסלע האם פרט לכמה אזורים ומחיצות שנשמרו כדי לאפשר מחקר עתידי. כפי שהודגש בדוח הסופי, שכלל חומר שהתגלה עד שנת 2016 (Stern 2019), הממצא במערכת תת-קרקעית זו כולל כמות עצומה של חומר פולחני, ובו טקסטים רבים של נבואה בארמית, צלמיות, מזבחות, נרות קרנוס, טביעות מקודשות, פאלי עשויים אבן, חותמות ובולות, לוחות משחק ואסטרגלים. מיקום הממצאים במכלול אינו משקף את השימוש המקורי של החדרים. נראה שיש לייחס ממצא עשיר זה לגניזה או לערמות אשפה (שטרן ואלפרט 2014). נראה כי השימוש המקורי של רוב החדרים היה לאחסון.
בחפירה בחדר 1 נחשף בור מים (כ-7.8 מ' עומק), שלו פתח קטן בתקרתו וגרם מדרגות חצוב עם מעקה הנושא סימני חבל. בפינה הדרומית-מזרחית של החדר נחשף פתח (כ-0.55 × 0.55 מ') המוביל לגומחה קטנה (כ-1.5 × 1.5 מ'). בחדר 6 נחשפה כל רצפת הסלע, ועליה עדויות ברורות לחציבה, לרבות סימנים ברורים של ממגורה במרכזה. ברצפת הסלע בחדר 7 התגלו חצובות שלוש ממגורות; הן לא נחפרו פרט לחלק המערבי של הממגורה הצפונית-מערבית שנחפר עד הסלע בעוד שחלקה המזרחי של ממגורה זו נשמר כמחיצה כדי לאפשר גישה לחדר 6. בחדר 9 נחשף חלק נוסף מרצפת הסלע, והתגלה מזבח קטורת קטן ויפה שסותת מאבן גיר, ועליו כתובת ביוונית. הכתובת מציינת כי המזבח "מקודש לארטמיס" (איור 13). הסלע נראה גם בצד המזרחי של החדר, ובמרכזו יש אזור מחוספס לא ברור של נארי, המקיף חלקים מהצד המערבי של החדר. בחדר 10 התגלו שלושה סימני חציבה גדולים של ממגורות (איור 14).