החפירה נערכה במרחק כ-150 מ' מצפון-מערב לגרעין העתיק של הכפר, ובו מבצר מהתקופה הצלבנית — מבצר המלך (איור 1). פני השטח בסביבה מישוריים, ובהם חלקות אדמה רחבות, ששימשו עורף חקלאי של הכפר לאורך מאות שנים. האזור נודע בעתיקות הנמצאות בו, ובמיוחד בבורות מים עמוקים. בחלקה שבה נערכה החפירה נבנה בית בשנת 1875, שהיה מבין הבתים הראשונים במעליא שנבנו מחוץ לגרעין העתיק. בשנת 1936 נבנה בית נוסף במרחק של כ-10 מ' מדרום לבית הראשון. בשנת 1952 בנו הבעלים בית נוסף בין שני הבתים, ובזמן חפירת היסודות נחשפו פסיפסים צבעוניים שכוסו בחזרה ונחתמו ברצפות בטון. בשנת 1988 נערכה חפירה בחלק המערבי של החלקה, במרחק כ-25 מ' ממערב לחפירה הנוכחית, ובה נחשפה רצפת פסיפס צבעונית, ובה שרידי מדליון וכתובת ביוונית שתוארכה למאה הה' או הו' לסה"נ. החופרים הניחו שרצפת הפסיפס הייתה חלק מכנסייה מהתקופה הביזנטית (צפיריס ואבו-עקסה תשמ"ט).
בחפירה הנוכחית נפתחו שלושה ריבועים; שניים בתוך שניים מחדרי הבית (שטחים A ו-B) ואחד בגינה שממזרח לבית (שטח C). נחשפו שרידי כנסייה מהתקופה הביזנטית (שכבה III; המאה הה' ואולי אף המאה הד' לסה"נ), וכן קירות וממצאים רבים מהתקופה הצלבנית (שכבה II), המעידים על שימוש אינטנסיבי במתחם הכנסייה ההרוס לאורך המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ. מעל שרידים אלה נמצאה שכבה בת ימינו (שכבה I).
 
בשטחים A ו-B נחשפו שרידים אדריכליים מחלקה המערבי של הסטרה הדרומית של כנסייה. בשטח C, שבו היו אמורים להתגלות האפסיסים של הכנסייה, נחשפו שרידי קירות שלא ניתן לייחסם בוודאות לכנסייה. בשל שיקולים הנדסיים-בטיחותיים לא ניתן היה להעמיק את החפירה, אולם בשטח B, שם החפירה הגיעה לעומק של 2.2 מ' מתחת לרצפת הבית, נראו סימנים המעידים על קרבה לסלע האם.
 
שכבה III — התקופה הביזנטית. התגלה פסיפס צבעוני הכולל עיטורים גיאומטריים וצלבים בחמישה צבעים. נמצאו גם שני בסיסי עמודים באתרם, שניצבו בטור בציר מזרח–מערב (איור 2). על רצפת הפסיפס התגלו סימני שרפה (איור 2: מימין לסרגל קנה המידה). על סמך כיוון טור העמודים והדגמים שעל הפסיפס, המכוונים מזרחה, נראה כי נחשף חלק מהאגף המערבי של הסטרה הדרומית של הכנסייה. הפסיפס הושתת על שכבת סיד, שהונחה על יסוד אבן יצוק היטב ומפולס. הממצא הקרמי מתחת לתשתית הפסיפס כולל חרסים למן התקופה הרומית הקדומה ועד לראשית המאה הב' לסה"נ. דגמי הפסיפס מזכירים בחלקם את אומנות הפסיפס הרומית (איור 2: בעיקר הדגמים בצד שמאל), ועל כן נראה כי בעת בניית הכנסייה עדיין הייתה השפעה ניכרת של התרבות הרומית. דגמי הפסיפס והממצא הקרמי מתחת לתשתית הפסיפס עשויים להעיד שהכנסייה נבנתה בראשית התקופה הביזנטית, אולי בסוף המאה הד' לסה"נ. אישוש לתאריך זה ניתן לראות בהיעדר ממצא מהתקופה הביזנטית מתחת לתשתית. יש לציין שהפסיפס שנחשף בשנת 1988 תוארך לתקופה הביזנטית אך ורק על סמך דגמי העיטור ברצפת הפסיפס. הממצא הקטן שנמצא בשכבות שמעל לפסיפס כולל חרסים ומטבעות שתוארכו לראשית המאה הז' לסה"נ. על סמך ממצא זה ועל סמך סימני השרפה על הפסיפס ופגיעות נוספות בשטח נראה כי אתר נהרס קשות, אולי בזמן הכיבוש הפרסי בשנת 614 לסה"נ, או בעת הכיבוש המוסלמי בשנת 640 לסה"נ או ברעידת האדמה באותה שנה. בממצאים בחפירה לא התגלו ממצא קרמי ומטבעות מהתקופה האסלאמית הקדומה.
 
שכבה II — התקופה הצלבנית. מעל רצפת הכנסייה נחשפה שכבת אדמה (כ-0.45 מ' עובי), ובה ממצא קרמי ומטבעות המתוארכים ברובם לתקופה הצלבנית (המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ). גם בכל השטח שבו הפסיפס לא השתמר, ועד לעומק של 0.2 מ' מתחת למפלס תשתית הרצפה, התגלו ממצאים מהתקופה הצלבנית. בתקופה זו נבנו על גבי הסטרה הדרומית של הכנסייה קירות אחדים (איור 3), שתחמו כנראה חדרים מלבניים, אך מסקנה זו דורשת בדיקות נוספות. אין בממצא הארכיאולוגי כל רמז לשימושו של מבנה הכנסייה ההרוס בתקופה הצלבנית, אך סביר להניח שהקירות מהתקופה הצלבנית שנתגלו במתחם היו חלק מחדרי מגורים או אפילו מתחם כנסייתי צלבני שניצל את השרידים מהתקופה הביזנטית, דבר שהיה מקובל בתקופה זו.
 
שכבה I — ימינו. נחשפה שכבת מילוי עבה של אדמה חומה (0.75 מ' עובי), הכוללת ממצאים בני ימינו. מתחת ליסודות של שלושה קירות של המבנה שנבנה במקום בשנת 1952, התגלה ממצא בן ימינו המגיע עד לרצפת הפסיפס. בשטח C שמחוץ לבית התגלתה אדמה חקלאית ללא שרידי בנייה.
 
בחפירה התגלו שרידי כנסייה מהתקופה הביזנטית, ככל הנראה מהמאה הה' או אפילו המאה הד' לסה"נ. הכנסייה נהרסה במחצית הראשונה של המאה הז' לסה"נ, והמקום עמד נטוש עד לתקופה הצלבנית בראשית המאה הי"ב לסה"נ. בתקופה הצלבנית נערכו שינויים במבנה הכנסייה, והוא המשיך לשמש כנראה לאורך כל התקופה עד לכיבוש בייברס בשנת 1266 (Khamisy 2013:16). המבנה מהתקופה הצלבנית ננטש בסוף התקופה, בניגוד למבצר הצלבני ('מבצר המלך') שבגרעין הכפר, והמקום שימש לחקלאות עד לבנייה בשנת 1875. גילוים של כנסייה ושל הפסיפס הצבעוני שנחשף בעבר במרחק כ-25 מ' ממערב לה, מלמדים אולי שבמקום שכן מתחם של מנזר ולא רק כנסייה קהילתית.