בשנים 2009–2012 נערכה חפירה בחומת הים הדרומית בעכו (שרביט, פלנר ובקסטון תשע"ד; שרביט ופלנר 2014; איור 2), ונחשפו בין היתר שרידים לא מוכרים מרציף הנמל מהתקופה ההלניסטית. בחפירות הנוכחיות נפתחו שמונה בורות בדיקה בים (1–8; איור 3), סמוך לרציף מהתקופה ההלניסטית, במטרה לאתר את שפת הרציף וללמוד על גובהו ומתארו. שרידי הרציף התגלו בריבועים 1 ו-4–8. חפירת הבורות נערכה בעזרת תבניות חפירה מרובעות ממתכת (2 × 2 מ'; איור 4), שאפשרו חפירה ללא הפרעות של גלישת חול.
 
עונת חפירה I (2012)
בור בדיקה 1. הבור מרוחק 25 מ' מדרום לחומה מהתקופה העות'מאנית. בתחילת החפירה, בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים, נחשפה קרקע חולית (200L). בעומק 1.05 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבה של אבנים, חלוקים וחול טיני חרסיתי (201L). בעומק 1.45 מ' מתחת לפני הים נחשפה רצפת הרציף הקדום (202L) שנבנתה מאבני בנייה מסותתות (0.2 × 0.4 × 0.8 מ'). בעומק 1.86 מ' מתחת לפני הים נחשף מסד הרציף, שנבנה מאבני בנייה מסותתות בינוניות וקטנות מכורכר (203L), בדומה למסד שנחשף ביבשה מתחת לחומת הים (שרביט ופלנר 2014). מתחת לשכבה זו, בעומק 2 מ' מתחת לפני הים, נחשפה קרקע חולית טינית עשירה בצדפים ובכלי חרס (204L). בעומק 2.57 מ' מתחת לפני הים נחשף סלע האם (205L).
 
עונת חפירה II (2013)
בור בדיקה 2. הבור מרוחק 40 מ' מדרום לחומה מהתקופה העות'מאנית. בעומק 1.3 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני שטח (200L), שכללה בעיקר פסולת בת זמננו. בעומק 1.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבה של אבנים קטנות, חלוקים ואבני ניטלה לא מקומיות (201L). בעומק 2.1 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבה של בוצה טינית (205L), אופיינית לנמל, עשירה בכלי חרס מהתקופה הביזנטית, ובהם קערה (איור 1:5) מטיפוס CRS Form 7 המתוארכת לאמצע המאה הז' לסה"נ (Hayes 1972:377–379, Fig. 81:1–7); קנקן שק מטיפוס Late Roman Amphora 5 (איור 2:5; Reynolds 2005:573575, Plate 19: Fig. 140148); קנקן עזה מטיפוס Late Roman Amphora 4 (איור 3:5) המתוארך למאות הו'–הז' לסה"נ (Reynolds 2005:575, Plate 20: Fig. 153:4); ואמפורה מיובאת (איור 4:5; בושנינו 2010, איור 18:4). מרבית כלי החרס היו שחוקים ומכוסים בחלקם בצמידה ימית וצדפות. מתחת לשכבה זו, בעומק של 2.47 מ' מתחת לפני הים, נחשף סלע האם (206L). על סלע האם נמצאו מושבות אלמוגים שהתפתחו באתר. האלמוגים הם ממשפחת אלמוגי דשא (Cladocora; איור 6) מסדרת אלמוגי האבן, והם מורכבים מפוליפים — גלילים דמויי עמודונים הצמודים זה לזה; קצב הגדילה שלהם הוא 26 מ"מ בשנה. אורך הפוליפים באלמוגים שנמצאו בחפירה הוא 812 ס"מ, ומכאן שהם חיו 3060 שנים (פישלזון 1996). אלמוגים אלו תוארכו באמצעות פחמן 14 לשנים 33594 לפסה"נ (Pietraszek 2018).
 
עונת חפירה III (2014)
בור בדיקה 3. הבור מרוחק כ-30 מ' מדרום לחומה מהתקופה העות'מאנית. בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני השטח (100L) של חול בן זמננו. בעומק 1.4 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבה של אבני בנייה מהוקצעות (101L; 0.2 × 0.4 × 0.6 מ' מידות האבנים), שאינן מסודרות ברצף ולא נראה כי הן חלק מהרציף. לאחר הוצאת האבנים, בעומק 1.6 מ' מתחת לפני הים, נחשפה שכבה של חול, חלוקים ושברי צדפים (102L). מתחת לשכבה זו, בעומק של 2 מ' מתחת לפני הים, נחשפה שכבה של בוצה טינית עשירה בשברי כלי חרס (103L), המתוארכים לתקופות הרומית–הביזנטית. בעומק 2.4 מ' מתחת לפני הים נחשף סלע האם (104L).
 
בור בדיקה 4. בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני שטח (200L) של חול, אבנים קטנות ופסולת בת זמננו, ובה התגלו כדורי עופרת של רובה מוסקט. בעומק 1.2 מ' מתחת לפני הים נחשפו שתי אבני רציף גדולות ומסותתות מכורכר (201L; 0.2 × 0.6 × 1.2 מ'). האבנים הונחו במפלס אחיד וניגשו זו לזו בדומה לרצפת הרציף. בעומק 1.4–2.0 מ' מתחת לפני הים נראה מסד הרציף (202L) שנבנה מאבני כורכר גדולות ומפולסות.
 
בור בדיקה 5. בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני שטח (300L) של חול ופסולת בת זמננו. בעומק 1.3 מ' מתחת לפני הים נחשפו אבני רציף שטוחות מכורכר (301L; כ-0.5 × 0.6 × 2.1 מ').
 
בור בדיקה 6. בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני שטח (400L) של חול ופסולת בת זמננו. מתחת לשכבה זו, בעומק 1.4–1.6 מ' מתחת לפני הים, נחשפה רצפת הרציף (401L, 402L), שנבנתה מאבני כורכר מלבניות ומסותתות (כ-0.2 × 0.6 × 2.1 מ'). בקצה הדרומי של הבור, מתחת לרצפת הרציף, בעומק 1.6–2.1 מ' מתחת לפני הים, נחשף מסד הרציף (403L), שנבנה מאבני כורכר מסותתות (כ-0.3 מ' עובי).
 
בור בדיקה 7. בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני שטח (500L) של חול ופסולת בת זמננו. בעומק 1.4 מ' מתחת לפני הים נחשפה שפת הרציף (501L; איור 7), שנבנתה כקיר תמך בבניית ראשים מאבני כורכר מלבניות ומסותתות (כ-0.4 × 0.6 × 2.1 מ') והשתמרה לגובה שלושה נדבכים. חלקו העליון של הקיר ניגש אל מפלס הרצפה של הרציף, שתואר בבור 6. מדרום לקצה הרציף, בעומק 1.5 מ' מתחת לפני הים, נחשפה שכבה של אבנים קטנות ובינוניות (502L) שהכילה שברי כלי חרס, חול וצדפים, אולי מפולת. בעומק 2.2 מ' מתחת לפני הים נחשף הנדבך השלישי של הרציף, שנבנה בבניית 'ראשים' מאבני כורכר מלבניות גדולות (0.5 × 0.6 × 1.2 מ') שהונחו על פני סלע האם (504L). מעל סלע האם נחשפה בוצת נמל (503L) עשירה בצדפים, אבנים וכלי חרס, המתוארכים בעיקר לתקופה ההלניסטית, ובהם קערה (איור 1:8) ששפתה חדה ובולטת החוצה וגופה קוני, המתוארכת למאה הב' לפסה (Rotroff 1997: No. 730); קערה (איור 2:8) ששפתה אלכסונית ובולטת החוצה וגופה מעוגל, המתוארכת לתקופה ההלניסטית (Handberg and Peterson 2010: Pl.121:Dc-311); סיר בישול כדורי (איור 3:8) ששפתו ישרה ובולטת מעט החוצה, צווארו ישר, ולו ידיות היוצאות מהשפה לכתף, המתוארך למאה הב' לפסה (Berlin 2015:636; Fig. 6.1.8:7); פך גלילי (Unguentarium; איור 4:8), ולו בסיס כפתור מעובה ובמרכז גופו חריצים אופקיים סמוכים, שדומים לו תוארכו למאות הג' והב' לפסה (Anderson-Stojanović 1987:109; Saraçoğlu 2011:23, Fig. 3:U25); ושבר של נר בתבנית (איור 5:8), הנושא עיטור דמותו של הרקולס, שדומה לו מתוארך לסוף המאה הא' לסה"נ (Rheinland-Pfalz collection 1970–1999).
 
בור בדיקה 8. בעומק 0.8 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבת פני שטח (600L) של חול ופסולת בת זמננו. בעומק 1.8 מ' מתחת לפני הים נחשף הרציף (601L), שנבנה בבניית ראשים משלושה נדבכים של אבני כורכר מלבניות ומסותתות (כ-0.40 × 0.65 × 1.20 מ'). בעומק 2 מ' מתחת לפני הים נחשפה שכבה של בוצת נמל ובה שברי כלי חרס, המתוארכים לתקופות ההלניסטית–הביזנטית; בשלב זה הושארו כלי החרס במקומם. בעומק 2.4 מ' נחשף סלע האם.
במסגרת תכנית ניטור לבדיקת מצב יסודות החומה זוהה חלק חדש מרצפת הרציף (0.2 × 0.2 × 1.0 מ' גודל ממוצע של האבנים; איור 1) בעומק 1.2 מ' מתחת לפני הים. סקר זה נערך כשלוש שנים לאחר סיום העבודות לשיקום החומה ופינוי הסוללה הימית ולאחר כמה סערות חזקות שהסירו חלק מכיסוי החול והסדימנטים שנותר לאחר פירוק הסוללה בקרקעית הים.
 
במהלך שלוש עונות החפירה התת-ימית נחשף רציף הנמל מהתקופה ההלניסטית בעכו לאורך 7.4 מ'. בבורות הבדיקה 7 ו-8 נחשפה שפת הרציף. נראה כי רצפת אבני הרציף הונחו מעל נדבך של אבני כורכר מסותתות, שהונחו על גבי שכבת בוצה טינית הכוללת כלי חרס. קצה הרציף בא במגע עם הים, ולכן הוא נבנה כקיר תמך מסיבי בשיטת ראשים בטכניקת בנייה פיניקית, למניעת תזוזה/שליפה של האבנים. נדבך היסוד של קיר הרציף הושתת ישירות על גבי סלע האם. בבור 4 התגלה הרציף בעומק 1.2 מ' מתחת לפני הים ואילו בבור 7 בעומק 1.4 מ' מתחת לפני הים; השיפוע של הרציף בין שני הבורות הוא כ-2.7%.
חשיפת שפת הרציף א̣פשרה למדוד את רוחבו עד חומת הים הדרומית (25 מ' רוחב לפחות). כיוון שהחומה מהתקופה העות'מאנית נבנתה מעל לרציף לא התאפשר למדוד את רוחבו המקורי. בוצת הנמל העשירה בכלי חרס מהתקופות ההלניסטית–רומית, שנמצאה בחפירות חומת הים הדרומית (Constantine 2019) ובחפירת בורות הבדיקה, מלמדת כי זהו הרציף מהתקופה ההלניסטית הרחב והמרשים ביותר שנתגלה עד כה בחופי ישראל ובין הגדולים בעולם העתיק. נמל עכו בתקופות ההלניסטית והרומית נועד לקלוט ציים ימיים צבאיים ומסחריים. היעדרן של שכבות ארכיאולוגיות מתקופות מאוחרות יותר מעל הרציף מעיד כי האזור של רציפי הנמל ננטש והפעילות הימית הועתקה כנראה לאזור הדרומי-מערבי, אזור אי הזבובים והנמל המוכר והפעיל גם היום. מושבת אלמוגי הדשא שנמצאה בבור בדיקה 2 היא עדות לכך שהאזור היה נקי ממשקעים עד שנת 94 לפסה והמים היו צלולים. נראה כי לאחר שנה זו התרחש אירוע קיצוני שגרם למותם ולקבירתם של האלמוגים בזמן קצר, אולי שינוי תוואי הזרימה של נחל הנעמן. ייתכן שאירוע זה הביא להעתקת הנמל.