אתר יודפת משתרע על גבעה ברכס יטבת בגליל התחתון (אביעם 2:2005). היישוב היהודי הקדום יודפת מוכר היטב בשל התנגדותו הפעילה לרומאים והמצור שממנו הוא סבל במהלך המרד  הגדול, כפי שתועד בפירוט על ידי יוסף בן מתתיהו (תולדות מלחמת היהודים ברומאים ג:326–334 [תרגום: ל' אולמן]). בשנים 1992–1997 ו-1999 נערכו באתר חפירות נרחבות (אביעם 1999; 2005), ובהן נחשפו ביצורי היישוב, רובעי מגורים וקבר אחים של קהילת היישוב שנטבחה על ידי הכוחות הרומאיים בתום המצור (אביעם 39:2005–93). בעוד שההיסטוריה והארכיאולוגיה של האתר במהלך המאה הא' לסה"נ נחקרו ביסודיות, רק מעט ידוע על היישוב לאחר המרד הגדול.
החפירה הנוכחית התמקדה בשרידי מבנה נרחב לרגלי הגבעה (שטח K; איורים 1, 2). שרידים אלה תוארו לראשונה במהלך הסקר הבריטי בארץ ישראל ויוחסו לשרידי כנסייה (Conder and Kitchner 1881:311). בחפירה שנערכה במבנה הוצע כי אלה הם שרידי בית כנסת (טפר ושחר 28:1985–32), ובבדיקה נוספת במבנה הוא זוהה בשנית כבית כנסת (אביעם 25:2005).
בסקר שנערך במבנה ובסביבתו הקרובה טרם החפירה תועדו כמה עמודים שנראו באתרם וקירותיו הרחבים והמוצקים של המבנה, לרבות הפינותיו הבנויות בקפידה. בחפירת המבנה הובחנו שני שלבי בנייה מהתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית (שלב א) ומימי הביניים (המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ; שלב ב).
 
שלב א — התקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית. נחשפו שרידי מבנה מלבני (10.8 × 15.7 מ') בציר כללי צפון–דרום, ובו אולם בזיליקה רוחבי, שזוהה כבית כנסת, ומצפון לו חדרים שנבנו בסגנון אדריכלי דומה. אולם הבזיליקה (איור 3) מחולק בשתי שורות של עמודים לאולם תווך (115L, 122L) ושתי סטרות צרות (מערבית — 120L; מזרחית — 127L). הקירות החיצוניים של המבנה רחבים (0.80–0.85 מ') ונבנו מאבני גיר מסותתות גס; הפינות נבנו מאבנים גדולות יותר ומסותתות היטב.
הפתח הראשי לאולם הבזיליקה נקבע באמצע הקיר הדרומי, שם השתמר סף מונוליטי גדול. פתח צר נוסף נקבע בקיר המערבי; הוא נחסם בשלב מאוחר יותר. העמודים והפדסטלים שהשתמרו הם באיכות בינונית. באולם התווך ובסטרה המערבית נחשפה רצפת טיח מתחת להצטברות שהכילה מפולת אבנים ורעפים שבורים.
מכלולי כלי החרס מאולם התווך והסטרות דומים ומתוארכים למן התקופה הרומית הקדומה ועד לתקופות הביזנטית המאוחרת–האסלאמית הקדומה. הם כוללים קערה (איור 1:4), קנקני אגירה (איור 2:4–5) ופכים (איור 6:4–8), וכן סיר בישול מהתקופה הרומית המאוחרת (לא צויר) ושבר של נר שמן מהתקופות הביזנטית–האסלאמית הקדומה (לא צויר; ר' Stacey 2004: Fig. 6:6). על רצפת הטיח באולם התווך (115L) ובהצטברות מעליה (116L; איור 6) נמצאו כמה מטבעות (טבלה 1:1–5), המתוארכים גם הם למן התקופה הרומית ועד לתקופה האומיית. אלה, יחד עם כלי החרס, מלמדים כי המבנה נבנה בתקופה הרומית המאוחרת והיה בשימוש לאורך כל התקופה הביזנטית.
 
שלב ב — ימי הביניים. המבנה נושב מחדש בימי הביניים (סוף המאה הי"ב–המאה הי"ג לסה"נ), ככל הנראה כבית מגורים. בין העמודים ולרוחב אולם התווך נבנו קירות דלים (18W, 19W, 24W; איור 5), שחילקו את אולם התווך ואת הסטרה המערבית לארבעה חדרים (IIV). רצפת הטיח והסף מהשלב הקודם המשיכו לשמש את הדיירים החדשים. בבור קטן שחתך את רצפת הטיח בחדר IV (122L) התגלו כמה סירי בישול מזוגגים בצבע חום כהה ומנופצים, המתוארכים למאות הי"ב–הי"ג לסה"נ (איור 6). שני סירי בישול מזוגגים נוספים מאותה תקופה נמצאו בהצטברות 116 בחדר IV (לא צוירו). במפולת אבנים בחדר II (106L) התגלה מטבע ממלוכי מימי שלטונו של בייברס (טבלה 8:1).
בפינה הצפונית-מזרחית של המבנה התגלו שני חדרים נוספים (108L, 111L, 113L; 5.7 × 7.5 מ'; איור 7), שהשתמרותם טובה מזו של חדרים IIV. בקירותיהם שולבו שלושה חלקי עמודים. לא נמצאה עדות לרצפה. בשני החדרים נמצאו כלי חרס מעורבים מהתקופות הרומית והביזנטית ומימי הביניים, ובהם קערה מזוגגת (113L; לא צוירה), הדומה לקערות שנמצאו בבניאס ומתוארכות למאות הי"ב–הי"ג לסה"נ (Avissar and Stern 2005: Fig. 7:2). כן נמצאו שני מטבעות מהתקופה הצלבנית (המאה הי"ב לסה"נ), האחד של אמלריק מירושלים (טבלה 6:1) והשני של ריימונד ה-V מטולוז (טבלה 7:1; איור 8), יחד עם ראש חץ מברזל, האופייני לימי הביניים (המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ; לא צויר; ר' Raphael 2008: Fig. 2).
 
טבלה 1. המטבעות
מס'
לוקוס
סל
תקופה/שליט
תאריך לסה"נ
מטבעה
מס' רשות
1
116
1095
אלכסנדר ינאי
80–76 לפסה"נ
ירושלים
167558
2
115
1119
רומית מאוחרת (כנראה קונסטנטינוס II)
341–361
 
167556
3
116
1094
קונסטנטינוס II
341–361
ניקומדיה?
167557
4
116
1096
רומית מאוחרת
400 לערך
 
167559
5
115
1120
אומיית
המאה הח' לערך
 
167555
6
111
1066
אמלריק מירושלים
1163–1174
 
167552
7
111
1070
ריימונד מטולוז
1148–1194
 
167553
8
106
1032
בייברס
1260–1277
 
167551
 
בחפירה נחשף מבנה בזיליקה בציר צפון–דרום, המתוארך לתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית על סמך המטבעות והממצא הקרמי. כיוון בניית המבנה אינו תואם לכיוון האופייני לכנסיות, והקרמיקה והמטבעות הקדומים לתקופה האסלאמית הקדומה שוללים את האפשרות שמדובר במסגד. הכיוון והתכנית של המבנה דומים לאלה של קבוצת בתי כנסת בגליל ההררי, שלהם פתח דרומי ראשי ופתח צדדי נוסף (אילן 232:1987; Avigad 1981:44). היעדר ספסלים לאורך הקירות נדיר, אך מוכר בבתי כנסת. בבית הכנסת בברעם, למשל, אין ספסלים (אביעם 122:2022), ואפשר שנעשה שם שימוש בספסלי עץ. יתר על כן, ישנם כמה בתי כנסת שלהם תכנית בזיליקה ללא אפסיס (פרסטר 177:1987). היעדר סמלים יהודיים מסורתיים, הן במבנה והן בסביבתו, מעיד כי אם אכן היה זה בית כנסת, הוא היה צנוע ושימש כפר קטן שלו משאבים כספיים מוגבלים.
לאחר פער יישובי של כ-450 שנה, הוסב המבנה לבית מגורים, ובו כמה חדרים שלהם קירות מחיצה דלים שנבנו בין העמודים הקדומים. תמונה דומה מוכרת במרות, שם נבנה בית מגורים בימי הביניים (המאות הי"ג–הי"ד לסה"נ) על גבי שרידי בית כנסת קדום יותר (אילן ודמתי 47:1985). על סמך הכמות המועטה של כלי החרס מימי הביניים, נראה שהמבנה שימש לפרק זמן קצר יחסית לפני שננטש סופית במאה הי"ג לסה"נ. לא נמצאו סימנים להרס אלים, אלא להידרדרות הדרגתית של המבנה.