בתל יבנה ובסביבתו נערכו סקרים וחפירות רבות, רובן חפירות הצלה (לסקירה נרחבת, ר' טקסל תשס"ה; Fischer and Taxel 2007; Kletter and Nagar 2015). בחפירה שנערכה בשנים 2010–2011 במרחק כ-350 מ' מצפון לשטח 1T נחשפו שרידי מכלול נרחב של מבנים וכבשנים לתעשיית כלי חרס מן התקופה הביזנטית (ינאי 2014). בשנים 2019–2021 נערכו חפירות ממזרח ומדרום-מזרח לתל, ומאז שנת 2021 נערכות חפירות בשטחים נרחבים מצפון וממערב לשטח 1T (הדד ואחרים 2021; בצר, וורגה וקוגן-זהבי 2022; וורגה, בצר וויינגרטן 2022; נדב-זיו ואחרים 2022; עבאדי-רייס, בצר ווורגה 2022), שבמסגרתן נחשף גם מכלול תעשייתי במרחק כ-40 מ' מצפון-מערב לשטח 1T (שטח K; בצר, וורגה ויוזפובסקי 2023).
בחפירה הנוכחית נפתחו 26 ריבועי חפירה (650 מ"ר; איורים 2, 3). במילויים ובהצטברויות בשכבות התחתונות של החפירה התגלו ממצאים ללא הקשר ברור, המתוארכים לתקופות הברונזה הביניימית והברזל–הרומית. מעליהם נחשפו שישה שלבי בנייה מן התקופה הביזנטית, ובהם מבנים, כבשן סיד, באר, בריכות מטויחות ומתקנים. כן התגלו שרידים וממצאים מעטים מהתקופות האסלאמית הקדומה והעות'מאנית.
 
תקופות הברונזה הביניימית והברזל
במרכז שטח החפירה נחפר בור בדיקה, ובו נחשפה שכבה חולית (52223L; כ-3.5 מ' עומק), כנראה סחף של נחל שורק הסמוך, ובתוכה נמצאו חרסים מתקופות הברונזה הביניימית והברזל (52217L), בהם שברים וידיות של קנקנים. ממזרח לבור הבדיקה נחשף קבר שוחה (52082L; כ-3 מ' עומק) ולצדו כלים האופייניים לתקופת הברזל 2ב. בקצה הצפוני-מזרחי של שטח החפירה נחשפה שכבה של אדמת חמרה (52215L; כ-3 מ' עומק), ובה חרסים מתקופת הברזל, רובם שברי גוף של קנקנים.
 
התקופות הפרסית–הרומית
בקצה הדרומי-מזרחי של שטח החפירה נחשף מילוי של אדמה חומה בהירה (52075L), ובו נמצאו כלי חרס מסוף התקופה הפרסית–ראשית התקופה הלניסטית, הכוללים קערה אתית מחופה שחור המעידה על יבוא. במרכז השטח, מתחת למפולת של השכבה מהתקופה הביזנטית (להלן), נחשף מילוי של אדמה חומה (52262L), ובו חרסים מהתקופה הרומית, הכוללים נר מקבוצת נרות הדרום. נרות נוספים המתוארכים לתקופה הרומית נמצאו מתחת ליסודות של קירות מבנה 1B מהתקופה הביזנטית (להלן).
 
התקופה הביזנטית (המאות הה'–הז' לסה"נ; איור 4)
נחשפו שרידי מבנים ומתקנים שהובחנו בהם שישה שלבי בנייה (1–6). נראה כי המתקנים בכל השלבים קשורים לבאר שנחשפה בדרום שטח החפירה.
 
שלב 1. נחשפו באר (52229L; 2 מ' קוטר, 2.5 מ' עומק חפירה; איור 5), שדופנה באבני כורכר בינוניות מסותתות, ומתקן רבוע בנוי (1F; איור 6), המרוחקים כ-14 מ' זה מזה. הממצא מתוך הבאר מעיד על שימוש עד המאה הכ' לסה"נ. הבאר יוחסה לשלב זה, הקדום ביותר, כתוצאה מהעובדה שכל המתקנים שהתגלו סביבה טויחו בטיח הידראולי ונבנו כנראה בזיקה אליה.
מתקן 1F נבנה מארבעה קירות צרים (52122W, 52131W, 52206W, 52208W), שנבנו מאבני כורכר קטנות, לא מסותתות, שלוכדו בחומר מליטה על בסיס סיד. צמוד מדרום לחלקו המערבי של קיר 52131 נבנה קיר נוסף (52189W) מאבני שדה בינוניות, כנראה עיבוי לקיר 52131. הפן הפנימי של הקירות טויח בטיח הידראולי בצבע ורדרד. רצפת המתקן (52190L) עשויה מטיח הידראולי ורדרד ומתחתיה תשתית של אבני שדה קטנות וסיד רך. המתקן נפגע מבניית תשתית (52204L) של מתקן נוסף (3F, להלן) במהלך שלב 3.
 
שלב 2. נחשפו שרידי מבנה (1B; 8.0 × 15.6 מ'; איור 7) התחום בארבעה קירות (52222W, 52296/52328W, 52297W, 52334W), שנבנו מאבני כורכר לא מסותתות בגדלים שונים. קיר 52296/52328 השתמר לגובה של חמישה נדבכים במקטע הדרומי. שלושת הנדבכים התחתונים של הקיר הם נדבכי יסוד שנבנו מאבני כורכר גדולות, ואילו שני הנדבכים העליונים נבנו מאבני כורכר לא מסותתות ומגושי מלט. חלקו הצפוני של הקיר לא השתמר. המבנה חולק לחמישה חדרים (1R–5R). רק בחדר 2R (2.41 × 4.74 מ') השתמרה רצפה (52325L), שנבנתה מאבני גיר גדולות ומאבני בזלת מסותתות בשימוש משני וביניהן חרסים קטנים. בפינה הדרומית-מזרחית של חדר 3R (2.88 × 4.74 מ') נחשפה אבן סף המלמדת על פתח החדר. חדר 4R (5.5 × 7.5 מ') שימש כנראה חצר פתוחה; נחשפו בה שני טבונים, האחד (52315L) השתמר חלקית והשני (52293L) השתמר לגובה של כ-0.5 מ' והתגלה בו פתח הסקה בדופן הצפונית.
ממערב למבנה 1B נחשף בור (52302L) ובו סיד וצדפים כתושים מעורבבים עם שברי חרסים.
 
שלב 3. מבנה 1B יצא משימוש, ועל קירותיו נבנו שלושה מתקנים (2F–4F). במתקן 2F הובחנו שלושה שלבי משנה (1–3). בשלב 1, הקדום, נבנה מתקן מלבני (5.48 × 6.90 מ'; איור 8) שנתחם בארבעה קירות רחבים (52079W, 52080W, 52090W, 52104W); הם נבנו כיציקה אחת של אבני כורכר וחומר מליטה על בסיס סיד. בפינת קירות 52079 ו-52090 זוהה עיבוי שנבנה באותה שיטה, אולי בסיס לאומנה או לגרם מדרגות. במתקן נחשפה רצפת סיד לבן ופריך (52065L), שהונחה על מילוי של אדמה חומה. אל הפן הדרומי של קיר 52080 ניגשים שלושה קירות (52084W, 52096W, 52106W) שכיוונם צפון–דרום. בשלב 2 הוגבהה רצפת המתקן. על גבי הרצפה מהשלב הקדום הונח מילוי של אדמה, ועליו נבנתה תשתית חדשה (52051L) מחלוקי נחל בינוניים ומעליהם שכבת סיד פריך בשילוב שברים בגודל בינוני של קנקני עזה. התשתית השתמרה בחלקו המערבי של המתקן, והיא מכסה מעט את חלקו המזרחי של קיר 52090. הרצפה של שלב משנה זה לא השתמרה. בשלב 3, המאוחר, הוגבהה שוב רצפת המתקן בכ-6 ס"מ וצומצמה בצד המערבי, שם נבנתה במקומה רצפת פסיפס (52050L). על גבי קיר 52080 הונח מילוי של אבנים ואדמה, ועליו הונחה רצפה עשויה משכבה דקה של טיח הידראולי (52074L). הרצפות הופרדו בקיר מחיצה צר (52083W) שטויח משני צדיו. קירות המתקן נשדדו, כנראה בשלב 6 (להלן).
מתקן 3F (4.5 × 4.7 מ'; איור 9) נבנה צמוד לקיר 52080 מדרום. במרכז המתקן נחשף תא מלבני (2.4 × 3.6 מ' השתמרות), שנתחם בשלושה קירות (52125W, 52165W, 52174W) שטויחו בשני פניהם בטיח הידראולי. מדרום, ממזרח וממערב לתא המרכזי נחשפו שלושה תאים מלבניים נוספים (52204L, 52178L, 52199L), שרוצפו ברצפות טיח (52178L, 52168L) שהשתמרו ברמות השתמרות שונות, והונחו על גבי שכבה של סיד רך. התא המרכזי רוצף באבני פסיפס קטנות לבנות (52093L), והוא נמוך בכ-0.1 מ' מהרצפות של המשטחים הבנויים סביבו. בחלקה הצפוני של רצפת הפסיפס נחשף קיר צר (52094W). תא 52199 רוצף בשכבה עבה של טיח הידראולי (52133L), שהונחה על תשתית של סיד מעורב באבנים קטנות. השתמרותם של שני התאים הנוספים גרועה.
היסודות של מתקן 4F (5.27 × 6.50 מ'; איור 10) נבנו בשיטת בנייה זהה לזו של יסודות מתקן 2F. המתקן נתחם בארבעה קירות רחבים (52123W, 52129W, 52153W, 52173W), שנבנו מיציקה אחת של אבני כורכר וחומר מליטה על בסיס סיד. בפינות הצפונית-מזרחית והדרומית-מזרחית נחשפו עיבויים שיצרו מעין אומנות. במתקן הובחנו שלושה שלבים (1–3). בשלב 1, הקדום, חולק פנים המתקן לארבעה תאים (52179L–52182L), שטויחו מבפנים בטיח הידראולי בגוון ורדרד, והופרדו בשלושה קירות צרים (52157W, 52158W, 52161W) שנבנו מאבני שדה קטנות וסיד רך. תא 52180 הוא היחיד שבו השתמרה רצפה (52176L), העשויה מטיח הידראולי (0.18 מ' עובי); ייתכן כי טיח מעין זה כיסה במקור גם את שלושת הקירות. בצדו המערבי של התא נחשפו ספסל או מדרגה (52152W) שטויחו בטיח הידראולי. קיר נוסף (52207W; 0.63 מ' אורך, 0.59 מ' רוחב) ניגש מצפון ליסוד קיר 52129. בשלב 2 נבנו צמוד לקירות 52123 ו-52173 שני קירות (52184W, 52188W, בהתאמה) על גבי שכבת אדמה מהודקת בצבע אפור (52265L, 52266L; איורים 11, 12), שנועדו, כנראה, לתמיכה. בשלב 3, המאוחר, נבנה מעל קיר 52297 של מבנה 1B תא מוארך (52268L; 1.34 × 4.44 מ'; איור 13), שנתחם בקירות 52152 ו-52153 ונחשפה בו תשתית לרצפה (52192L) עשויה מאבני כורכר בינוניות לא מסותתות וסיד.
 
שלב 4. מצפון לבאר 52229 נחשפו בריכה מלבנית (1P) ומתקן (5F), שנבנו מאבני כורכר לא מסותתות וגושי מלט, בדומה למבנה 1B; הובחנו בהם שני שלבי משנה (1, 2). בשלב 1, הקדום, נבנתה בריכה מטויחת (1P; 5.32 × 5.62 מ'; איור 5) התחומה בארבעה קירות (52226W, 52227W, 52234W, 52261W), שנבנו על תשתית של אבני כורכר לא מסותתות וטויחו משני צדדיהם בטיח הידראולי אפרפר. הפינות של קירות הבריכה מעובות ומטויחות בטיח הידראולי אפרפר; הן מעוגלות בצדן הפנימי, כנראה כדי לעמוד בלחץ של הנוזלים בתוך הבריכה. רצפת הבריכה (52255L) עשויה מטיח הידראולי אפרפר, שהונח על תשתית של שברי חרסים שטוחים. פינת הקירות 52226 ו-52234 פגעה בקיר 52188 של מתקן 4F. אל הפינה הדרומית-מערבית של הבריכה ניגש מתקן מלבני קטן (5F; 0.87 × 1.80 מ'; 52238W, 52239W; איור 14). קיר 52238 הוא המשך של קיר 52227 של הבריכה. בשלב 2, המאוחר, נבנה על קיר 52188 מפלס אבנים (52258L), שחיבר בין מתקן 4F לבין קיר 52226 של הבריכה.
 
שלב 5. בשלב זה הובחנו כמה שינויים: בריכה 1P יצאה משימוש ובמקומה נבנתה בריכה חדשה (2P), קטנה יותר; לדופן של הבאר נבנה קיר חיזוק (52137W) שפגע במתקן 5F; נבנו בריכה נוספת (3P) ממזרח לבאר, וצמוד לה מצפון מבנה (2B); בקצה הדרומי-מזרחי של השטח נבנה מתקן רבוע (6F).
בריכה 2P מרובעת (3.91 × 4.75 מ'; איור 5) ותחומה בארבעה קירות (52237W, 52242W, 52247W, 52166W); היא מטויחת בטיח הידראולי. הקירות נבנו כיציקה אחת המורכבת מאבני כורכר בינוניות וסיד. הפינה הדרומית-מערבית של הבריכה מעובה, אולי שרידי אומנה או גרם מדרגות. בפינה הצפונית-מערבית של הבריכה הותקן בור מטויח, ששימש אולי בור שיקוע. בקיר 52237 נחשף צינור עופרת (52240L; 2 ס"מ קוטר), שניקז נוזלים אל מחוץ לבריכה. רצפת הבריכה (52209L) ובור השיקוע טויחו בטיח הידראולי בגוון ורדרד. הבריכה יצאה משימוש, כנראה בזמן שקרסה הפינה הדרומית-מזרחית שלה, אולי עקב רעידת אדמה או תזוזת קרקע (איור 15).
בריכה 3P (3.60 × 3.64 מ') תחומה בארבעה קירות (52006W–52008W, 52011W; 1.8 מ' גובה השתמרות), שנבנו כיציקה אחת של אבני כורכר בגדלים שונים וסיד וטויחו בטיח הידראולי. בפינת קירות 52008 ו-52011 זוהה עיבוי דומה לעיבוי בבריכה 2P. על הדופן החיצונית של קיר 52007 נחשף טיח הידראולי בגוון ורדרד, ולכן נראה כי גם הפן החיצוני של הקירות טויח. תשתית הרצפה (52023L) עשויה שברי חרסים בשילוב אבני פסיפס בינוניות, אולי שרידי רצפה קדומה יותר. בפינה הצפונית-מזרחית של הרצפה נמצא בור שיקוע שטויח בטיח הידראולי. רצפת הבור עשויה מאבני פסיפס בינוניות. בשלב מאוחר כוסתה הרצפה בטיח הידראולי. בריכות 2P ו-3P זהות בחומר הבנייה ובשיטת הבנייה. אל בריכה 3P ניגש ממזרח תא מלבני (52026L; 1.11 × 1.55 מ'), שהשתמרו ממנו היסודות והרצפה (52058L) שטויחה בטיח הידראולי בגוון ורדרד.
מבנה 2B מלבני (4.5 × 14.0 מ' חשיפה; איור 16) ותחום בקירות משלושה כיוונים (52019W, 52031W, 52032W, 52046W; 0.5 מ' עובי ממוצע). הקירות נבנו משתי שורות של אבנים קטנות ובינוניות וביניהן מילוי של אבנים קטנות, אדמה וסיד; הם השתמרו לגובה של ארבעה נדבכים. במרכז קיר 52031 (5 מ' אורך) הותקן פתח המבנה. קיר 52032 (2.57 מ' אורך) ניגש אל קיר 52007 של בריכה 3P. קיר 52046 נבנה צמוד במקביל לקיר 52006 של הבריכה, ונועד כנראה לתמוך בקיר הבריכה באזור שבו נמצא בור השיקוע. אל קיר 52011 של בריכה 3P ניגש קיר (52054W), ששימש אולי חלק מהקיר הדרומי של מבנה 2B. בתוך המבנה התגלה מילוי של פסולת (52027L), שכללה כלי חרס, שברי כלי זכוכית ועצמות. סמוך ממזרח לקיר 52031 נחשפה ערמת פסולת נוספת (52322L). מיון קרמי ראשוני מלמד כי המבנה והבריכה יצאו משימוש במהלך המאות הו'–הז' לסה"נ.
מתקן 6F (0.82 × 0.86 מ'; איור 17) תחום בקירות (52045W, 52109W, 52110W) שנבנו מאבני שדה בינוניות וטויחו בטיח הידראולי. הצד המערבי של המתקן נמצא מכוסה במפלס של אבני שדה בגדלים שונים (52018L), אשר משתרע ברובו לכיוון דרום, ולכן הקיר המערבי לא נחשף. מצפון למתקן 6F נמצאו יסודות מקוטעים של שלושה קירות (52035W, 52048W, 52061W), ששניים מהם יוצרים פינה. ממצא כלי החרס מהמתקן מאפשר לשייכו לשלב זה.
 
שלב 6. נבנה כבשן עגול (7F; 52202L; 2.72 מ' קוטר, 0.7 מ' גובה השתמרות; איורים 6, 8, 18), ששימש כנראה להפקת סיד. הוא פגע בצדו המזרחי של מתקן 3F, וכנראה הוציא אותו משימוש. ייתכן כי גם מתקן 2F יצא משימוש בעת בניית הכבשן.
 
התקופה האסלאמית הקדומה
שרידי מתקן 2F ורצפה 52093 של מתקן 3F כוסו בשכבת פסולת (52068L), שכללה ממצא זכוכית, לרבות חרוזים במגוון גדלים וצורות וחרוז הנושא חריתה של סמלים, ומטבעות וכלי חרס המתוארכים למן סוף התקופה הביזנטית עד לתקופה העבאסית. הפסולת פגעה ברצפת טיח 52074 ובחלקה הדרומי של רצפת פסיפס 52050 של מתקן 2F. מילויים נוספים ובהם פסולת כלי חרס מתקופה זו פזורים בכל רחבי השטח. מצפון למתקן 2F נחשפה ערמת פסולת של אבני גיר מסותתות (52304L; איור 19), שנלקחו כנראה ממתקן סמוך, וכן אבני קירטון ואבני שיש מסותתות. בין האבנים נמצאו קנקני שק, צפחת שלמה ומטבעות המתוארכים לתקופות האומיית והעבאסית. ממזרח לערמה זו נחשפה תעלת שוד, ובה פסולת הכוללת עצמות בעלי חיים של גמלים, בקר וסוס (52319L). ערמות פסולת דומות (52320L, 52324L) נחשפו ממזרח לשטח החפירה.
 
התקופה העות'מאנית
במילוי בתוך באר 52219 ובשכבת מילוי שכיסתה אותה (52115L) נמצאו כלי חרס המתוארכים לתקופה העות'מאנית, ובהם חלק ממקטרת, וכן שברי מתכות, חלקי גדר תיל ואבזם עם כתב מוטבע וסמל של סהר. שבר של מקטרת נוספת המתוארכת לתקופה העות'מאנית התגלה בשכבת מילוי (52120L) שנחפרה מעל מפלס אבנים 52018 ליד מתקן 6F.
 
השרידים שנחשפו בשטח 1T מלמדים על פעילות חקלאית ותעשייתית שנערכה בעורף העיר יבנה, בין התל לבין נחל שורק, בעיקר בתקופה הביזנטית. נחשפו מתקנים ומבנים, שנבנו בבנייה איתנה לרבות יסודות רחבים וטויחו בטיח הידראולי. חשיפתם של כמה מתקנים מטויחים סמוך לבאר מלמדת על שימוש במים באופן קבוע. ייתכן כי לפחות חלק מן המתקנים הללו שייכים למערכת שנועדה לטיוב חומר לטובת תעשיית הקדרות. מערכת מעין זו צורכת כמויות גדולות של מים, ובאר כמו זו שנחשפה עשויה לספק את הצריכה. מכלול דומה, הכולל צמד כבשני חרס, נחשף בשטח S, המרוחק כ-200 מ' ממערב לשטח 1T. הצורך בדיפון נוסף של הבאר ובבניית יסודות עבים וקירות תמך מצביע על קרקע לא יציבה, אולי בשל זרימות מים תת-קרקעיות או רעידות אדמה. סדקים שהובחנו ביסודות קירותיהם של מתקנים 2F ו-4F מחזקים טענה זו. ייתכן כי חוסר יציבות זה הוא הגורם שהוציא בסופו של דבר את כל המכלול משימוש.