בחודש דצמבר 2003 נערכה חפירת הצלה בשכונת אבו טור בירושלים, ברחוב עמינדב (הרשאה מס' 4060-A*; נ"צ —רי"ח 22155/63035; רי"י 17155/13035) לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ע' שיאון, בסיוע ר' אבו חאלף (מנהלה), ו' אסמן וט' קורנפלד (מדידות), צ' שגיב (צילום), י' רפואנו ור' בר נתן (קרמיקה) ומ' סמילנסקי (ציור ממצא).
חלקים מן האתר נסקרו ונחפרו בעבר (ר' Conder C. R. and Kitchener H. H. 1883. The Survey of Western Palestine III, Judaea; Montgomery J. A. 1923. A Catacomb Church on the Hill of Counsel. ASOR II-III: 126-128; Schneider A M. 1933. Zu Einigen Kirchenruinen Palastinas. Oriens Christianus 8: 152-160; חדשות ארכיאולוגיות פו: 23) ונחשפו בו כנסייה, קריפטה, עמודי שיש, כותרות וסורג המתוארכים לתקופה הביזנטית.
החפירה נערכה בשוליים המערביים של גבעה (380 מ"ר) כ-50 מ' ממערב למתחם הכנסייה, ממערב וצמוד לרחוב עמינדב. נחשפו בור מים ושולי מבנה (איורים 1, 2).
בור המים מלבני (9.8×10.7 מ', 5.5 מ' גובה כולל, כ-150 מ"ק), חלקו חצוב בסלע וחלקו בנוי. חלקו התחתון של הבור היה מלא במי שופכין ולא נחפר.
לחלק החצוב (3.4 מ' גובה) נסמכים קירות דיפון בנויים אבן (0.4-0.3 מ' עובי); החלק העליון בנוי מאבנים מסותתות (2.4-1.9 מ' עובי, 2.1 מ' גובה). תקרת הבור היא קמרון חביתי ובחלקה הגבוה נמצא פתח רבוע (0.5×0.5 מ') ששימש לשאיבת המים. פנים הבור כולו טויח בשתי שכבות טיח. שכבה תחתונה (3-1 ס"מ עובי) עשירה בגריסי חרסים בצבע ורוד, שכבה עליונה (1.0-0.5 ס"מ עובי) בצבע צהוב בהיר. סביב הבור, במרחק 2.0-1.3 מ' נחשפו קירות תוחמים (W4-W1), כולם, למעט קיר 3 הונחו על סלע האם בתעלות רדודות (0.3 מ' עומק) והם אחידים ומשתלבים זה בזה (1 מ' עובי, 1.95-0.90 מ' גובה, 9 נדבכים). קירות 1, 2, 4 נבנו משני פנים של אבני גוויל בינוניות וביניהם מילוי של אבנים קטנות וחומר מליטה. קיר 1 ניגש לקיר 3, קיר 4 קטוע ואולי נבנה כך מלכתחילה. בקצהו המזרחי, קרוב לסלע, נמצא פתח. קירות 3 (11.5 מ' אורך) ו-5 (1.8 מ' אורך) במזרח המשולבים זה בזה ויוצרים פינה שונים מהקירות שתוארו לעיל, הם בנויים משני פנים
(0.5-0.4 מ' עובי), בצד החיצוני אבני גוויל (0.3×0.4 מ', 0.3 מ' גובה) ובצד הפנימי אבנים קטנות. הקירות מטויחים מבחוץ בטיח ורדרד (1.0-0.5 ס"מ עובי) והם נמשכים צפונה ומזרחה בהתאמה. קיר 6 (2.4 מ' אורך) הניגש אל קיר 3 מדרום בנוי מאבנים במגוון גדלים בבנייה יבשה. חלקו הדרומי נשען על סלע טבעי. מדרום לקיר 5 וממזרח לקיר 6 נחשף קטע רצפה עשויה אבנים קטנות (לוקוס 20), חלקה הדרומי נתמך בסלע הטבעי וחלקה הצפוני בנוי על שכבת מילוי.
כלי החרס שנמצאו בחפירה מתוארכים לשלהי התקופה ההלניסטית–ראשית התקופה הרומית, ולתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה.
הקנקנים המתוארכים לשלהי התקופה ההלניסטית ולראשית התקופה הרומית נמצאו בשכבות מילוי בבסיס קיר 3 (לוקוס 13, איור 3-1:3) ומקורם כנראה בפעילות קדומה בחלק אחר של האתר.
עיקר כלי החרס נמצאו מעל סלע האם (לוקוס 11), מתחת ומעל לרצפה (לוקוסים 19, 20) והם מתוארכים לתקופה הביזנטית–האסלאמית קדומה: קערות (איור 10-4:3), קנקנים (איור 13-11:3), אמפורה (איור 14:3), נרות (איור 15:3, 16) ורעף (איור 17:3).
נראה כי בור המים וחלקי הרצפה שנחשפו בחפירה שייכים למנזר שכנסייתו נחשפה כבר בתחילת המאה הכ' לסה"נ (ר' ביבליוגרפיה לעיל). ייתכן כי בור המים והקירות סביבו נבנו צמוד לדופן המנזר בשלב מאוחר לבניית הכנסייה, אך עדיין בתקופה הביזנטית. על פי ממצא כלי החרס ניתן לקבוע כי הפעילות באתר הסתיימה בתקופה האסלאמית הקדומה.